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Primer Extension Capture: Targeted Sequence Retrieval from Heavily Degraded DNA Sources

We present a method of targeted DNA sequence retrieval from DNA sources which are heavily degraded and contaminated with microbial DNA, as is typical of ...

Max-Planck Institute for Evolutionary Anthropology, Leipzig

&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x662F;&#x6700;&#x4E0E;&#x5F53;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x5173;&#x7CFB;&#x5BC6;&#x5207;&#xFF0C;&#x56E0;&#x6B64;&#xFF0C;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E00;&#x4E2A;&#x72EC;&#x7279;&#x7684;&#x673A;&#x4F1A;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x786E;&#x5B9A;&#x5B8C;&#x5168;&#x89E3;&#x5256;&#x5B66;&#x4E0A;&#x7684;&#x73B0;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x6240;&#x7279;&#x6709;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x53D8;&#x5316;&#x7684;&#x706D;&#x7EDD;&#x539F;&#x59CB;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x7FA4;&#x4F53;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5DF2;&#x786E;&#x5B9A; 38,000 &#x5C81;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x5316;&#x77F3;&#x662F;&#x975E;&#x5E38;&#x81EA;&#x7531;&#x7684;&#x73B0;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x7C7B; DNA &#x7684;&#x6C61;&#x67D3;&#x3002;&#x76F4;&#x63A5;&#x9AD8;&#x901A;&#x91CF;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684; DNA &#x63D0;&#x53D6;&#x7269;&#x8FD9;&#x4E2A;&#x5316;&#x77F3;&#x8FC4;&#x4ECA;&#x53D6;&#x5F97;&#x4E86;&#x8D85;&#x8FC7; 100 &#x4E07;&#x78B1;&#x57FA;&#x5BF9;&#x7EC4;&#x6210;&#x7684;&#x542B;&#x53E4;&#x733F;&#x6838; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x3002;&#x4E0E;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x548C;&#x9ED1;&#x7329;&#x7329;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x6BD4;&#x8F83;&#x8868;&#x660E;&#xFF0C;&#x73B0;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x548C;&#x5C3C; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x5E73;&#x5747;&#x5206;&#x9053;&#x626C;&#x9573;&#x7EA6;&#x4E94;&#x5341;&#x4E07;&#x5E74;&#x4EE5;&#x524D;&#x3002;&#x73B0;&#x6709;&#x7684;&#x6280;&#x672F;&#x548C;&#x5316;&#x77F3;&#x8D44;&#x6E90;&#x73B0;&#x5DF2;&#x4E0D;&#x8DB3;&#x4EE5;&#x542F;&#x52A8;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x5DE5;&#x4F5C;&#x3002;

100 &#x4E07;&#x78B1;&#x57FA;&#x5BF9;&#x7EC4;&#x6210;&#x7684;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA; DNA &#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x3002;

Neanderthals are the extinct hominid group most closely related to contemporary humans, so their genome offers a unique opportunity to identify genetic changes specific to anatomically fully modern humans. We have identified a 38,000-year-old Neanderthal fossil that is exceptionally free of contamination from modern human DNA. Direct high-throughput sequencing of a DNA extract from this fossil has thus far yielded over one million base pairs of hominoid nuclear DNA sequences. Comparison with the human and chimpanzee genomes reveals that modern human and Neanderthal DNA sequences diverged on average about 500,000 years ago. Existing technology and fossil resources are now sufficient to initiate a Neanderthal genome-sequencing effort.

Analysis of one million base pairs of Neanderthal DNA.

N&eacute;andertaliens constituent le groupe hominid&eacute; disparu plus &eacute;troitement apparent&eacute; &agrave; l&#39;homme contemporain, donc leur g&eacute;nome offre une occasion unique d&#39;identifier les changements g&eacute;n&eacute;tiques sp&eacute;cifiques aux humains anatomiquement modernes. Nous avons identifi&eacute; un fossile n&eacute;andertalien de 38 000 ans exceptionnellement exempt de contamination de l&#39;ADN humain moderne. S&eacute;quen&ccedil;age haut d&eacute;bit direct d&#39;un extrait de l&#39;ADN de ce fossile a donn&eacute; &agrave; ce jour plus de 1 million de paires de bases des s&eacute;quences d&#39;ADN nucl&eacute;aires hominid&eacute;s. La comparaison avec les g&eacute;nomes de l&#39;homme et du chimpanz&eacute; r&eacute;v&egrave;le que les s&eacute;quences d&#39;ADN humains et n&eacute;andertalien modernes ont diverg&eacute; en moyenne il y a environ 500 000 ans. Les technologies existantes et des ressources fossiles sont maintenant suffisants pour lancer un effort de s&eacute;quen&ccedil;age du g&eacute;nome de Neandertal.

Analyse de 1 million de paires de bases d&#39;ADN de Neandertal.

Neandertaler sind die ausgestorbene Hominiden Gruppe, die am engsten verwandt f&uuml;r den modernen Menschen, so dass ihr Genom bietet Ihnen eine einzigartige M&ouml;glichkeit, genetische Ver&auml;nderungen in voll anatomisch modernen Menschen zu identifizieren. Wir haben ein 38.000 Jahre alten Neandertaler-Fossil identifiziert, die au&szlig;ergew&ouml;hnlich frei von Verunreinigungen durch moderne menschliche DNA ist. Direkter Hochdurchsatz-Sequenzierung eine DNA-Auszugs aus dieses Fossil hat bisher mehr als 1 Million Basenpaare hominoid nuklearer DNA-Sequenzen ergeben. Vergleich mit der Genome von Mensch und Schimpanse zeigt, dass die moderne Menschen und Neanderthal DNA-Sequenzen im Durchschnitt etwa 500.000 Jahren auseinandergelaufen. Vorhandene Technologie und fossilen Ressourcen reichen jetzt um eine Neandertaler-Genoms Anstrengung zu initiieren.

Analyse der 1 Million Basenpaare in der DNA der Neandertaler.

Uomo di Neanderthal &egrave; il gruppo di ominide estinto pi&ugrave; strettamente correlato all&#39;uomo contemporaneo, cos&igrave; loro genoma offre un&#39;opportunit&agrave; unica per identificare i cambiamenti genetici specifici per gli esseri umani anatomicamente completamente moderni. Abbiamo identificato un fossile di Neanderthal 38.000-anno-vecchio che &egrave; eccezionalmente privo di contaminazione da DNA umano moderno. Sequenziamento diretto del high-throughput di un Estratto di DNA di questo fossile finora ha fruttato oltre 1 milione accoppiamenti di ominide sequenze del DNA nucleare. Confronto con le rivela di genomi umani e scimpanz&eacute; che sequenze di DNA Neanderthal e uomo moderno divergevano in media circa 500.000 anni fa. Tecnologia esistente e le risorse fossili sono ora sufficienti per avviare un sforzo di sequenziamento del genoma di Neandertal.

Analisi di 1 milione coppie di basi del DNA del Neanderthal.

&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x89E3;&#x5256;&#x5B66;&#x7684;&#x5B8C;&#x5168;&#x306B;&#x73FE;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x9593;&#x306B;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x30E6;&#x30CB;&#x30FC;&#x30AF;&#x306A;&#x6A5F;&#x4F1A;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x306E;&#x3067;&#x6700;&#x3082;&#x5BC6;&#x63A5;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x3066;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x306B;&#x7D76;&#x6EC5;&#x3057;&#x305F;&#x4EBA;&#x985E;&#x306E;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E; DNA &#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x6C5A;&#x67D3;&#x306E;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x7121;&#x6599;&#x3067; 38,000 &#x5E74;&#x524D;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x5316;&#x77F3;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x5316;&#x77F3;&#x304B;&#x3089;&#x306E; DNA &#x62BD;&#x51FA;&#x7269;&#x306E;&#x76F4;&#x63A5;&#x306E;&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306F;&#x3053;&#x308C;&#x307E;&#x3067;&#x4EE5;&#x4E0A; 100 &#x4E07;&#x306E;&#x5869;&#x57FA;&#x5BFE;&#x306E;&#x30D2;&#x30C8;&#x4E0A;&#x79D1;&#x306E;&#x6838; DNA &#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x3082;&#x305F;&#x3089;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6BD4;&#x8F03;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x3068;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; &#x30D2;&#x30C8;&#x3068;&#x30C1;&#x30F3;&#x30D1;&#x30F3;&#x30B8;&#x30FC;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30EA;&#x30D3;&#x30FC;&#x30EB;&#x3092;&#x5E73;&#x5747;&#x3067;&#x7D04; 50&#x4E07;&#x5E74;&#x524D;&#x5206;&#x5C90;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x65E2;&#x5B58;&#x306E;&#x6280;&#x8853;&#x3068;&#x5316;&#x77F3;&#x8CC7;&#x6E90;&#x4ECA;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x52AA;&#x529B;&#x3092;&#x958B;&#x59CB;&#x3059;&#x308B;&#x306E;&#x306B;&#x5341;&#x5206;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

100 &#x4E07;&#x306E;&#x5869;&#x57FA;&#x5BFE;&#x306E;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E; DNA &#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x3002;

&#xC6D0;&#xC2DC;&#xC778; &#xBA78;&#xC885; hominid &#xADF8;&#xB8F9; &#xADF8;&#xB798;&#xC11C; &#xD2B9;&#xC815; &#xD574;&#xBD80;&#xD559; &#xC801;&#xC778; &#xBAB8;&#xC758; &#xC644;&#xBCBD; &#xD558; &#xAC8C; &#xD604;&#xB300; &#xC778;&#xAC04; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBCC0;&#xD654;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558;&#xB294; &#xB3C5;&#xD2B9;&#xD55C; &#xAE30;&#xD68C;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xB294; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xD604;&#xB300; &#xC778; &#xAC04;&#xC5D0; &#xAC8C; &#xAC00;&#xC7A5; &#xBC00;&#xC811; &#xD558; &#xAC8C; &#xAD00;&#xB828; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xD604;&#xB300; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; DNA&#xC5D0;&#xC11C; &#xC624;&#xC5FC;&#xC758; &#xC608;&#xC678;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xBB34;&#xB8CC; 38000 &#xC138; &#xB124;&#xC548;&#xB370;&#xB974;&#xD0C8;&#xC778; &#xD654;&#xC11D;&#xC744; &#xBC1C;&#xACAC; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC774; &#xD654;&#xC11D;&#xC5D0;&#xC11C; DNA &#xCD94;&#xCD9C;&#xC758; &#xC9C1;&#xC811; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xC5F0;&#xC18D; &#xC9C0;&#xAE08;&#xAE4C;&#xC9C0; 100&#xB9CC; &#xC774;&#xC0C1;&#xC758; &#xC790;&#xB8CC; &#xC30D; hominoid &#xD575; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758;&#xB97C; &#xC5BB;&#xC9C0; &#xBABB;&#xD588;&#xB2E4;. &#xC778;&#xAC04;&#xACFC; &#xCE68;&#xD32C;&#xC9C0; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC640; &#xBE44;&#xAD50; &#xD604;&#xB300; &#xC778;&#xAC04;&#xACFC; &#xB124;&#xC548;&#xB370;&#xB974;&#xD0C8;&#xC778; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAC08;&#xB77C; &#xC624; &#xC2ED;&#xB9CC; &#xB144; &#xC804; &#xD3C9;&#xADE0;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900;&#xB2E4;. &#xAE30;&#xC874; &#xAE30;&#xC220; &#xBC0F; &#xD654;&#xC11D; &#xC790;&#xC6D0; &#xB124;&#xC548;&#xB370;&#xB974;&#xD0C8;&#xC778; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xB178;&#xB825;&#xC744; &#xC2DC;&#xC791; &#xD558;&#xAE30;&#xC5D0; &#xCDA9;&#xBD84; &#xD55C; &#xC788;&#xB2E4;.

100&#xB9CC; &#xAE30;&#xBCF8; &#xC30D; &#xB124;&#xC548;&#xB370;&#xB974;&#xD0C8;&#xC778; DNA&#xC758; &#xBD84;&#xC11D;.

Los neandertales son el grupo hom&iacute;nido extintos m&aacute;s estrechamente relacionados con los seres humanos contempor&aacute;neos, por lo que su genoma ofrece una oportunidad &uacute;nica para identificar cambios gen&eacute;ticos espec&iacute;ficos a los seres humanos anat&oacute;micamente modernos. Hemos identificado un f&oacute;sil de Neandertal de 38.000 a&ntilde;os excepcionalmente libre de contaminaci&oacute;n de ADN humano moderno. La secuencia directa de alto rendimiento de un extracto de ADN de este f&oacute;sil ha rendido hasta ahora m&aacute;s de 1 mill&oacute;n de pares de bases de secuencias de ADN nucleares hominoid. Comparaci&oacute;n con los genomas de humanos y chimpanc&eacute;s revela que secuencias de ADN humanas y Neanderthal modernas en promedio divergieron hace unos 500.000 a&ntilde;os. La tecnolog&iacute;a existente y los recursos f&oacute;siles ahora son suficientes para iniciar un esfuerzo de secuenciaci&oacute;n del genoma del Neandertal.

An&aacute;lisis de 1 mill&oacute;n de pares de bases del ADN del Neandertal.

&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x76F4;&#x63A5;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x5C31;&#x5DF2;&#x5230;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x6700;&#x8FD1;&#x6253;&#x5F00;&#x66F4;&#x65B0;&#x4E16;&#x751F;&#x7269;&#x7684;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x5206;&#x6790;&#x786E;&#x5B9A;&#x4ECE; Neandertal&#x3001; &#x731B;&#x72B8;&#x548C;&#x6D1E;&#x718A;&#x7684; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x663E;&#x793A;&#x9635;&#x5730;&#x6BD7;&#x90BB;&#x7B26;&#x5728;&#x53E4;&#x4EE3; DNA&#xFF0C;&#x662F;&#x4EFB;&#x804C;&#x4EBA;&#x6570;&#x8FC7;&#x591A;&#x560C;&#x5464;&#x6697;&#x793A;&#xFF0C;depurination &#x4E3A;&#x5176;&#x9000;&#x5316;&#x4F5C;&#x51FA;&#x4E86;&#x8D21;&#x732E;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x6B64;&#x5916;&#x663E;&#x793A;&#x7F16;&#x7801;&#x80DE;&#x5627;&#x5576;&#x6B8B;&#x7559;&#x7269;&#x6240;&#x5F15;&#x8D77;&#x7684;&#x66FF;&#x6362;&#x662F;&#x5927;&#x5927;&#x4EFB;&#x804C;&#x7684; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x800C;&#x5176;&#x4ED6;&#x66FF;&#x6362;&#x662F;&#x7F55;&#x89C1;&#x5927;&#x5E45;&#x805A;&#x96C6;&#x5728;&#x5206;&#x5B50;&#x7684;&#x4E24;&#x7AEF;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x76EE;&#x524D;&#x89C2;&#x6D4B;&#x5230;&#x7684;&#x66FF;&#x4EE3;&#x6A21;&#x5F0F;&#x7528;&#x4E8E;&#x4F30;&#x8BA1;&#x7684;&#x8131;&#x6C28;&#x4F5C;&#x7528;&#x4E2D;&#x5355;&#x548C;&#x53CC;&#x94FE; DNA&#x3001; &#x5355;&#x7EDE;&#x4E24;&#x7AEF;&#x7684;&#x957F;&#x5EA6;&#x548C;&#x9891;&#x7387;&#x7684;&#x7EDD;&#x7F18;&#x5C42;&#x6709;&#x65E0;&#x7834;&#x635F;&#x90E8;&#x5206;&#x80DE;&#x5627;&#x5576;&#x6B8B;&#x7559;&#x7387;&#x6A21;&#x578B;&#x3002;&#x7814;&#x7A76;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E;&#x53EF;&#x4EE5;&#x4ECE;&#x66F4;&#x65B0;&#x4E16;&#x751F;&#x7269;&#x83B7;&#x5F97;&#x53EF;&#x9760;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x3002;

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High-throughput direct sequencing techniques have recently opened the possibility to sequence genomes from Pleistocene organisms. Here we analyze DNA sequences determined from a Neandertal, a mammoth, and a cave bear. We show that purines are overrepresented at positions adjacent to the breaks in the ancient DNA, suggesting that depurination has contributed to its degradation. We furthermore show that substitutions resulting from miscoding cytosine residues are vastly overrepresented in the DNA sequences and drastically clustered in the ends of the molecules, whereas other substitutions are rare. We present a model where the observed substitution patterns are used to estimate the rate of deamination of cytosine residues in single- and double-stranded portions of the DNA, the length of single-stranded ends, and the frequency of nicks. The results suggest that reliable genome sequences can be obtained from Pleistocene organisms.

Patterns of damage in genomic DNA sequences from a Neandertal.

Techniques de s&eacute;quen&ccedil;age direct haut d&eacute;bit ont r&eacute;cemment ouvert la possibilit&eacute; aux g&eacute;nomes de s&eacute;quence d&#39;organismes du Pl&eacute;istoc&egrave;ne. Ici, nous analysons les s&eacute;quences d&#39;ADN d&eacute;termin&eacute;es &agrave; partir d&#39;un Neandertal, un mammouth et un ours des cavernes. Nous montrons que les purines sont surrepr&eacute;sent&eacute;s aux positions adjacentes pour les pauses dans l&#39;ADN ancien, ce qui sugg&egrave;re que d&eacute;purination a contribu&eacute; &agrave; sa d&eacute;gradation. Nous montrent en outre que les substitutions r&eacute;sultant d&#39;erreurs de codification r&eacute;sidus cytosine sont largement surrepr&eacute;sent&eacute;es dans les s&eacute;quences d&#39;ADN et radicalement regroup&eacute;s dans les extr&eacute;mit&eacute;s des mol&eacute;cules, tandis que les autres substitutions sont rares. Nous pr&eacute;sentons un mod&egrave;le o&ugrave; les mod&egrave;les de substitution observ&eacute;s sont utilis&eacute;es pour estimer le taux de d&eacute;samination des r&eacute;sidus cytosine en portions de simple et double-brin de l&#39;ADN, la longueur des extr&eacute;mit&eacute;s simple brin et la fr&eacute;quence des pseudos. Les r&eacute;sultats sugg&egrave;rent que s&eacute;quences g&eacute;nomiques fiables peuvent &ecirc;tre obtenus aupr&egrave;s des organismes du Pl&eacute;istoc&egrave;ne.

Patrons de dommages en g&eacute;nomique des s&eacute;quences d&#39;ADN d&#39;un Neandertal.

Hochdurchsatz-Direkte Sequenzierung Techniken haben vor kurzem die M&ouml;glichkeit zu Genome aus Pleistoz&auml;n Organismen ge&ouml;ffnet. Hier analysieren wir DNA-Sequenzen, die aus einem Neandertal, Mammuts und H&ouml;hlenb&auml;ren ermittelt. Wir zeigen, dass Purine &uuml;berrepr&auml;sentiert an Positionen, die in der alten DNA, angrenzend an die Pausen darauf hindeutet, dass das Depurination seine Sch&auml;digung beigetragen hat. Wir au&szlig;erdem zeigen, dass die Ersetzungen aus Fehlcodierung Cytosin R&uuml;ckst&auml;nde in den DNA-Sequenzen erheblich &uuml;berrepr&auml;sentiert sind und drastisch-Cluster in die Enden der Molek&uuml;le, w&auml;hrend andere Substitutionen selten sind. Wir pr&auml;sentieren ein Modell, in denen die beobachteten Ersatz-Muster verwendet werden, um die Rate der Deamination Cytosin R&uuml;ckst&auml;nde in Portionen von Einzel- und Doppelstrang-DNA, die L&auml;nge der einzelstr&auml;ngige enden und die H&auml;ufigkeit der Nicknamen zu sch&auml;tzen. Die Ergebnisse legen nahe, dass zuverl&auml;ssige Genomsequenzen aus Pleistoz&auml;n Organismen abgerufen werden k&ouml;nnen.

Muster der Schaden in der genomischen Sequenzen DNA aus einer Neandertal.

Tecniche di sequenziamento diretto ad alta velocit&agrave; hanno recentemente aperto la possibilit&agrave; di genomi di sequenza da organismi del Pleistocene. Qui analizziamo le sequenze di DNA determinate da un Neandertal, un mammut e un orso della caverna. Mostriamo che le purine sono sovrarappresentate in posizioni adiacenti per le rotture nel DNA antico, suggerendo che depurinazione ha contribuito alla sua degradazione. Abbiamo inoltre mostrano che le sostituzioni derivanti da miscoding residui della citosina sono notevolmente sovrarappresentate nelle sequenze del DNA e drasticamente raggruppati nelle estremit&agrave; delle molecole, mentre le altre sostituzioni sono rare. Vi presentiamo un modello dove i modelli di sostituzione osservati sono utilizzati per stimare il tasso di deaminazione dei residui della citosina in porzioni di single e double-stranded del DNA, la lunghezza delle estremit&agrave; a singolo filamento e la frequenza dei Nick. I risultati suggeriscono che le sequenze di genoma affidabili possono essere ottenuti da organismi del Pleistocene.

Modelli di danno in genomic DNA sequenze da un Neandertal.

&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x30C0;&#x30A4;&#x30EC;&#x30AF;&#x30C8; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x6280;&#x8853;&#x6700;&#x8FD1;&#x3001;&#x66F4;&#x65B0;&#x4E16;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x304B;&#x3089;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x3092;&#x958B;&#x3044;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x3001;&#x30DE;&#x30F3;&#x30E2;&#x30B9;&#x3068;&#x6D1E;&#x7A9F;&#x30D9;&#x30A2;&#x304B;&#x3089;&#x6C7A;&#x5B9A; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x5206;&#x6790;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x79C1;&#x9054;&#x306F;&#x30D7;&#x30EA;&#x30F3;&#x306E;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x6539;&#x306B;&#x96A3;&#x63A5;&#x3059;&#x308B;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x3067;&#x53CE;&#x76E3;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x305D;&#x306E; depurination &#x305D;&#x306E;&#x52A3;&#x5316;&#x306B;&#x8CA2;&#x732E;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x30C1;&#x30C8;&#x30B8;&#x30F3;&#x306E;&#x6B8B;&#x4F59;&#x306E; miscoding &#x304B;&#x3089;&#x7D50;&#x679C;&#x306E;&#x7F6E;&#x63DB;&#x304C; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x53CE;&#x76E3;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x4ED6;&#x306E;&#x7F6E;&#x63DB;&#x306F;&#x7A00;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x305D;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x4E21;&#x7AEF;&#x3067;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30FC;&#x5316;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x89B3;&#x6E2C;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x7F6E;&#x63DB;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x7528;&#x3044;&#x3066;&#x30C1;&#x30C8;&#x30B8;&#x30F3;&#x306E;&#x6B8B;&#x4F59; DNA &#x4E00;&#x672C;&#x9396;&#x7AEF;&#x306E;&#x9577;&#x3055;&#x3001;&#x30CB;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x306E;&#x5468;&#x6CE2;&#x6570;&#x306E;&#x5358;&#x4E00;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x4E8C;&#x91CD;&#x9396;&#x306E;&#x90E8;&#x5206;&#x3067;&#x306E;&#x8131;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x5316;&#x7387;&#x3092;&#x63A8;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3092;&#x63D0;&#x6848;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x4FE1;&#x983C;&#x6027;&#x306E;&#x9AD8;&#x3044;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x66F4;&#x65B0;&#x4E16;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x304B;&#x3089;&#x5F97;&#x3089;&#x308C;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x5506;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x640D;&#x50B7; DNA &#x304B;&#x3089;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xC9C1;&#xC811; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xAE30;&#xBC95; &#xCD5C;&#xADFC;&#xC5D0; &#xC5F0; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131; &#xC21C;&#xC11C; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0; &#xD6D9; &#xC801; &#xC138; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4;&#xC5D0;&#xC11C;. &#xC5EC;&#xAE30;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; Neandertal&#xB294; &#xB9D8;&#xBAA8;&#xC2A4; &#xB3D9;&#xAD74; &#xACF0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xACB0;&#xC815; &#xD558;&#xB294; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBD84;&#xC11D;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xACE0; &#xB300; DNA&#xC5D0;&#xC11C; &#xD734;&#xC2DD;&#xC5D0; &#xC778;&#xC811; &#xD55C; &#xC704;&#xCE58;&#xC5D0; purines overrepresented&#xB294; &#xC81C;&#xC548; &#xD558;&#xB294; depurination&#xC758; &#xC800;&#xD558;&#xC5D0; &#xAE30;&#xC5EC; &#xD558;&#xACE0;&#xC788;&#xB2E4; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xB610;&#xD55C; &#xB300;&#xCCB4; miscoding &#xC2DC; &#xC794;&#xB958;&#xBB3C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xADF8; &#xACB0;&#xACFC; &#xAD11;&#xB300; &#xD558; &#xAC8C; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; overrepresented&#xC744; &#xD45C;&#xC2DC; &#xD558; &#xACE0; &#xB2E4;&#xB978; &#xB300;&#xCCB4;&#xB294; &#xB4DC;&#xBB38; &#xBC18;&#xBA74;, &#xBD84;&#xC790;&#xC758; &#xB05D;&#xC5D0; &#xACFC;&#xAC10; &#xD558; &#xAC8C; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130; &#xB41C;. &#xC120;&#xBB3C;&#xC774; &#xBAA8;&#xB378; &#xAD00;&#xCC30;&#xB41C; &#xB300;&#xCCB4; &#xD328;&#xD134; DNA &#xB2E8;&#xC77C; &#xAC00;&#xB2E5; &#xB05D;&#xC758; &#xAE38;&#xC774; &#xB2C9;&#xC2A4;&#xC758; &#xC8FC;&#xD30C;&#xC218;&#xC758; &#xB2E8;&#xC77C; &#xBC0F; &#xC774;&#xC911; &#xAC00;&#xB2E5; &#xBD80;&#xBD84;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC2DC; &#xC794;&#xB958;&#xBB3C;&#xC758; &#xD0C8;&#xC758; &#xC18D;&#xB3C4; &#xCD94;&#xC815; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xACB0;&#xACFC; &#xBBFF;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xD6D9; &#xC801; &#xC138; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC5BB;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xAC83;&#xC774; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0; &#xC190;&#xC0C1;&#xC758; &#xD328;&#xD134;&#xC744; Neandertal&#xC5D0;&#xC11C; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C;.

T&eacute;cnicas de secuenciaci&oacute;n directa de alto rendimiento han abierto recientemente la posibilidad de secuenciar genomas de organismos Pleistocenos. Aqu&iacute; analizamos las secuencias de ADN determinadas un Neandertal, un mamut y un oso de las cavernas. Demostramos que los purines son representados en posiciones adyacentes a las roturas en el ADN antiguo, sugiriendo que depurinaci&oacute;n ha contribuido a su degradaci&oacute;n. Adem&aacute;s, mostramos que sustituciones resultantes de un residuos de citosina son enormemente en las secuencias de ADN y dr&aacute;sticamente agrupadas en los extremos de las mol&eacute;culas, mientras que otras sustituciones son raras. Presentamos un modelo donde los patrones observados de sustituci&oacute;n se utilizan para estimar la tasa de desaminaci&oacute;n de residuos de citosina en porciones de la solo - y double-stranded de la DNA, la longitud de los extremos monocatenario y la frecuencia de nicks. Los resultados sugieren que las secuencias del genoma confiable pueden obtenerse organismos Pleistocenos.

Patrones de da&ntilde;o gen&oacute;mico secuencias de ADN de un Neandertal.

&#x76EE;&#x524D;&#x7684;&#x52AA;&#x529B;&#x6765;&#x6062;&#x590D; Neandertal &#x548C;&#x731B;&#x72B8;&#x8C61;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4; DNA 454 &#x6D4B;&#x5E8F;&#x8BC1;&#x660E;&#x8FD9;&#x79CD;&#x6280;&#x672F;&#x7684;&#x654F;&#x611F;&#x6027;&#x3002;&#x4F46;&#x662F;&#xFF0C;&#x4F8B;&#x7A0B; 454 &#x6D4B;&#x5E8F;&#x5E94;&#x7528;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x4ECD;&#x7136;&#x9700;&#x8981;&#x5FAE;&#x514B;&#x6570;&#x91CF;&#x7684;&#x521D;&#x6B65;&#x6750;&#x6599;&#x3002;&#x8FD9;&#x662F;&#x7531;&#x4E8E;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x6709;&#x6548;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6765;&#x91CF;&#x5316; 454 &#x6D4B;&#x5E8F;&#x5E93;&#xFF0C;&#x56E0;&#x6B64;&#x6709;&#x5FC5;&#x8981;&#x6602;&#x8D35;&#x548C;&#x52B3;&#x52A8;&#x5BC6;&#x96C6;&#x578B;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x65F6;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x548C;&#x5176;&#x4ED6;&#x7A77;&#x4EBA;&#x7684; DNA &#x6837;&#x672C;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x62A5;&#x544A;&#x4E00;&#x79CD;&#x57FA;&#x4E8E;&#x5B9A;&#x91CF; pcr &#x6280;&#x672F;&#xFF0C;&#x6709;&#x6548;&#x5730;&#x6D88;&#x9664;&#x4E86;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x9650;&#x5236;&#x7684; 454 &#x6D4B;&#x5E8F;&#x5E93;&#x91CF;&#x5316;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F30;&#x8BA1;&#x5206;&#x5B50;&#x6570;&#x76EE;&#x548C;&#x7247;&#x6BB5;&#x5927;&#x5C0F;&#x5206;&#x5E03;&#x5728;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x5E93;&#x6765;&#x81EA; Neandertal DNA &#x63D0;&#x53D6;&#x3001; SAGE ditags &#x548C;&#x9ED1;&#x7329;&#x7329;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4; DNA&#xFF0C;&#x800C;&#x4E0D;&#x6267;&#x884C;&#x4EFB;&#x4F55;&#x6EF4;&#x5B9A;&#x8FD0;&#x884C;&#x83B7;&#x5F97;&#x6700;&#x4F18;&#x6392;&#x5E8F;&#x7684;&#x6536;&#x76CA;&#x7387;&#x3002;&#x4F7F;&#x7528;&#x6B64;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;454 &#x6D4B;&#x5E8F;&#x53EF;&#x4EE5;&#x7ECF;&#x5E38;&#x4ECE;&#x6267;&#x884C;&#x53EA;&#x8981; 50 pg &#x7684;&#x521D;&#x6B65;&#x6750;&#x6599;&#x65E0;&#x6EF4;&#x5B9A;&#x6CD5;&#x8FD0;&#x884C;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x800C;&#x5927;&#x5E45;&#x5EA6;&#x964D;&#x4F4E;&#x6210;&#x672C;&#xFF0C;&#x540C;&#x65F6;&#x63D0;&#x9AD8;&#x6837;&#x54C1;&#x7684;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x548C;&#x534F;&#x8BAE;&#x5F00;&#x53D1; 454 &#x5E73;&#x53F0;&#x4E0A;&#x7684;&#x8303;&#x56F4;&#x3002;&#x8BE5;&#x65B9;&#x6CD5;&#x4E5F;&#x5E94;&#x9002;&#x7528;&#x4E8E;&#x7167;&#x6392;&#x80F6;&#x7247;/Solexa &#x548C; ABI/&#x56FA;&#x4F53;&#x6D4B;&#x5E8F;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5E94;&#x56E0;&#x6B64;&#x6709;&#x52A9;&#x4E8E;&#x6269;&#x5927;&#x6240;&#x6709;&#x4E09;&#x4E2A;&#x5E73;&#x53F0;&#x7684;&#x8F85;&#x52A9;&#x529F;&#x80FD;&#x3002;

&#x4ECE;&#x5411;&#x76AE;&#x514B;/&#x5FAE;&#x514B;&#xFF1A; &#x5B9A;&#x91CF; pcr &#x6280;&#x672F;&#x964D;&#x4F4E;&#x4E86;&#x9AD8;&#x901A;&#x91CF;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684;&#x7269;&#x8D28;&#x9700;&#x6C42;&#x3002;

Current efforts to recover the Neandertal and mammoth genomes by 454 DNA sequencing demonstrate the sensitivity of this technology. However, routine 454 sequencing applications still require microgram quantities of initial material. This is due to a lack of effective methods for quantifying 454 sequencing libraries, necessitating expensive and labour-intensive procedures when sequencing ancient DNA and other poor DNA samples. Here we report a 454 sequencing library quantification method based on quantitative PCR that effectively eliminates these limitations. We estimated both the molecule numbers and the fragment size distributions in sequencing libraries derived from Neandertal DNA extracts, SAGE ditags and bonobo genomic DNA, obtaining optimal sequencing yields without performing any titration runs. Using this method, 454 sequencing can routinely be performed from as little as 50 pg of initial material without titration runs, thereby drastically reducing costs while increasing the scope of sample throughput and protocol development on the 454 platform. The method should also apply to Illumina/Solexa and ABI/SOLiD sequencing, and should therefore help to widen the accessibility of all three platforms.

From micrograms to picograms: quantitative PCR reduces the material demands of high-throughput sequencing.

Les efforts actuels pour r&eacute;cup&eacute;rer le Neandertal et g&eacute;nomes mammouths par s&eacute;quen&ccedil;age 454 d&eacute;montrent la sensibilit&eacute; de cette technologie. Cependant, les applications de s&eacute;quen&ccedil;age 454 de routine exigent encore quantit&eacute;s de microgramme de mati&egrave;res premi&egrave;res. Cela est d&ucirc; au manque de m&eacute;thodes efficaces pour quantifier 454 s&eacute;quen&ccedil;age des biblioth&egrave;ques, ce qui n&eacute;cessite des proc&eacute;dures co&ucirc;teuses et &agrave; forte intensit&eacute; de main-d&#39;&oelig;uvre lors du s&eacute;quencement d&#39;ADN ancien et autres pauvres &eacute;chantillons d&#39;ADN. Nous pr&eacute;sentons une m&eacute;thode de quantification de biblioth&egrave;que 454 s&eacute;quen&ccedil;age bas&eacute;e sur la PCR quantitative qui &eacute;limine efficacement ces limitations. Nous avons estim&eacute; que tant les num&eacute;ros de la mol&eacute;cule et les distributions de taille de fragment dans les biblioth&egrave;ques de s&eacute;quen&ccedil;age provenant des extraits d&#39;ADN de Neandertal, SAGE ditags et l&#39;ADN g&eacute;nomique de bonobo, obtenir des rendements de s&eacute;quen&ccedil;age optimal sans effectuer les ex&eacute;cutions de titrage. En utilisant cette m&eacute;thode, s&eacute;quen&ccedil;age 454 peut r&eacute;guli&egrave;rement &ecirc;tre effectu&eacute;es depuis aussi peu que 50 pg de mat&eacute;riels initiaux sans pistes de titrage, r&eacute;duisant ainsi consid&eacute;rablement les co&ucirc;ts tout en augmentant la port&eacute;e de l&#39;&eacute;chantillon d&eacute;bit et protocole de d&eacute;veloppement sur la plateforme 454. La m&eacute;thode s&#39;applique &eacute;galement aux Illumina/Solexa et s&eacute;quen&ccedil;age de l&#39;ABI/solide et devrait donc contribuer &agrave; &eacute;largir l&#39;acc&egrave;s &agrave; tous les trois plates-formes.

De microgrammes &agrave; picogrammes : PCR quantitative r&eacute;duit les exigences mat&eacute;rielles de s&eacute;quen&ccedil;age haut-d&eacute;bit.

Aktuelle Bem&uuml;hungen, die Neandertal und Mammut Genome von 454 DNA-Sequenzierung zu erholen demonstrieren die Empfindlichkeit dieser Technologie. Routine 454 Sequenzierung Anwendungen erfordern jedoch noch Mikrogramm Mengen an Ausgangsmaterial. Dies ist aufgrund mangelnder effektive Methoden zur quantifizieren 454 Sequenzierung Bibliotheken, erfordern teure und arbeitsintensive Prozeduren bei der Sequenzierung von alte DNA und anderen armen DNA-Proben. Hier berichten wir eine 454 Sequenzierung Bibliothek Quantifizierung Methode auf der Grundlage quantitativen PCR, die diese Einschr&auml;nkungen wirksam beseitigt. Sch&auml;tzten wir die Molek&uuml;l-Zahlen und die Fragment-Gr&ouml;&szlig;e-Verteilungen in Sequenzierung Bibliotheken von Neandertal DNA Extrakte, SAGE Ditags und Bonobo genomischer DNA, erhalten optimale Sequenzierung Ertr&auml;ge ohne jede Titration l&auml;uft abgeleitet. Mit dieser Methode kann 454 Sequenzierung von weniger als 50 Pg des urspr&uuml;nglichen Materials ohne Titration l&auml;uft, damit drastisch senken und gleichzeitig den Umfang der Stichprobe Durchsatz und Protokoll-Entwicklung auf der 454 Plattform routinem&auml;&szlig;ig durchgef&uuml;hrt werden. Die Methode sollte auch f&uuml;r Illumina/Solexa und ABI/SOLiD-Sequenzierung gelten, und soll daher dazu beitragen, um die Erreichbarkeit aller drei Plattformen zu erh&ouml;hen.

Von Mikrogramm zu Pikogramm: quantitativer PCR verringert die materiellen Anforderungen des Hochdurchsatz-Sequenzierung.

Gli sforzi attuali di recuperare il Neandertal e mammui genomi di sequenziamento del DNA 454 dimostrano la sensibilit&agrave; di questa tecnologia. Tuttavia, routine 454 sequenziamento applicazioni richiedono ancora microgrammi quantitativi di materiale iniziale. Ci&ograve; &egrave; dovuto una mancanza di efficaci metodi per 454 misurando sequenziazione di librerie, che necessita di procedure costose e manodopera quando sequenziamento del DNA antico e altri poveri campioni di DNA. Qui riportiamo un metodo di quantificazione di biblioteca di 454 sequenziamento basato su PCR quantitativa che elimina in modo efficace queste limitazioni. Abbiamo stimato sia i numeri della molecola e le distribuzioni di dimensione frammento nelle biblioteche di sequenziamento derivate da estratti di DNA Neandertal, salvia ditags e DNA genomic bonobo, ottenendo rese di sequenziamento ottimale senza eseguire qualsiasi titolazione corre. Utilizzando questo metodo, sequenziamento 454 pu&ograve; essere eseguita regolarmente da poco quanto 50 pg del materiale iniziale senza titolazione corre, riducendo quindi drasticamente i costi aumentando la portata del campione throughput e protocollo di sviluppo su piattaforma 454. Il metodo deve applicarsi anche alla sequenza di ABI e solide e Illumina/Solexa e pertanto dovrebbe contribuire ad per ampliare l&#39;accessibilit&agrave; di tutte e tre le piattaforme.

Da microgrammi di picogrammi: PCR quantitativa riduce le richieste di materiale di sequenziamento ad alta velocit&agrave;.

&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x3068;&#x30DE;&#x30F3;&#x30E2;&#x30B9;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0; 454 &#x3092;&#x56DE;&#x5FA9;&#x3059;&#x308B;&#x73FE;&#x5728;&#x306E;&#x52AA;&#x529B;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x6280;&#x8853;&#x306E;&#x611F;&#x5EA6;&#x3092;&#x30C7;&#x30E2;&#x30F3;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305F;&#x3060;&#x3057;&#x3001;&#x30A2;&#x30D7;&#x30EA;&#x30B1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x51E6;&#x7406;&#x30EB;&#x30FC;&#x30C1;&#x30F3; 454 &#x307E;&#x3060;&#x521D;&#x671F;&#x7D20;&#x6750;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30B0;&#x30E9;&#x30E0;&#x91CF;&#x304C;&#x5FC5;&#x8981;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x306F;&#x3001;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x3092;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3001;&#x9AD8;&#x4FA1;&#x3067;&#x3001;&#x52B4;&#x50CD;&#x96C6;&#x7D04;&#x578B;&#x306E;&#x624B;&#x9806;&#x306F;&#x3001;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x4ED6;&#x306E;&#x8CA7;&#x3057;&#x3044;&#x4EBA;&#x3005; &#x306E; DNA &#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x3092;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3059;&#x308B;&#x3068;&#x304D; necessitating &#x5B9A;&#x91CF;&#x5316; 454 &#x306E;&#x52B9;&#x679C;&#x7684;&#x306A;&#x65B9;&#x6CD5;&#x306E;&#x4E0D;&#x8DB3;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x52B9;&#x679C;&#x7684;&#x306B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x5236;&#x9650;&#x3092;&#x6392;&#x9664;&#x5B9A;&#x91CF;&#x7684; PCR &#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x304F;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5316;&#x6CD5;&#x306E; 454 &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x5831;&#x544A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3001;&#x5206;&#x5B50;&#x756A;&#x53F7;&#x3068;&#x7531;&#x6765;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E; DNA &#x30A8;&#x30AD;&#x30B9;&#x3001;&#x30BB;&#x30FC;&#x30B8; ditags &#x3068;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x6EF4;&#x5B9A;&#x306E;&#x5B9F;&#x884C;&#x3092;&#x5B9F;&#x884C;&#x305B;&#x305A;&#x6700;&#x9069;&#x9806;&#x5E8F;&#x5229;&#x56DE;&#x308A;&#x3092;&#x53D6;&#x5F97; bonobo &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0; &#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x30D5;&#x30E9;&#x30B0;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8; &#x30B5;&#x30A4;&#x30BA;&#x5206;&#x5E03;&#x63A8;&#x5B9A;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;454 &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306F;&#x65E5;&#x5E38;&#x7684;&#x306B;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB; &#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C8;&#x30B3;&#x30EB;&#x958B;&#x767A; 454 &#x30D7;&#x30E9;&#x30C3;&#x30C8;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x4E0A;&#x306E;&#x7BC4;&#x56F2;&#x3092;&#x5897;&#x52A0;&#x3055;&#x305B;&#x306A;&#x304C;&#x3089;&#x3001;&#x30B3;&#x30B9;&#x30C8;&#x3092;&#x524A;&#x6E1B;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x5C11;&#x3057; 50 pg &#x521D;&#x671F;&#x7D20;&#x6750;&#x6EF4;&#x5B9A;&#x306E;&#x5B9F;&#x884C;&#x304C;&#x306A;&#x304F;&#x304B;&#x3089;&#x5B9F;&#x884C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x306F;&#x3001;&#x30A4;&#x30EB;&#x30DF;&#x30CA;/Solexa &#x3068;&#x914D;&#x5217;&#x3059;&#x308B; ABI/&#x56FA;&#x4F53;&#x306B;&#x3082;&#x9069;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x5FC5;&#x8981;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3001;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E; 3 &#x3064;&#x306E;&#x30D7;&#x30E9;&#x30C3;&#x30C8;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x30A2;&#x30AF;&#x30BB;&#x30B7;&#x30D3;&#x30EA;&#x30C6;&#x30A3;&#x3092;&#x5E83;&#x3052;&#x308B;&#x306B;&#x5F79;&#x7ACB;&#x3064;&#x306F;&#x305A;&#x3002;

&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF; &#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30B0;&#x30E9;&#x30E0;&#x304B;&#x3089;: &#x91CF;&#x7684;&#x306A; PCR &#x306F;&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x6750;&#x6599;&#x306E;&#x8981;&#x6C42;&#x3092;&#x6E1B;&#x3089;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

454 DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xD558; &#xC5EC; Neandertal &#xBC0F; &#xAC70; &#xB300; &#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xBCF5;&#xAD6C; &#xD558;&#xB824;&#xBA74; &#xD604;&#xC7AC; &#xB178;&#xB825;&#xC774; &#xAE30;&#xC220;&#xC758; &#xAC10;&#xB3C4; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xB8E8;&#xD2F4; 454 &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC751;&#xC6A9; &#xD504;&#xB85C;&#xADF8;&#xB7A8;&#xC5D0;&#xB294; &#xC5EC;&#xC804;&#xD788; &#xADF8;&#xB7A8; &#xC591;&#xC758; &#xCD08;&#xAE30; &#xC790;&#xB8CC; &#xD544;&#xC694;. &#xC774;&#xAC83;&#xC740; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;, &#xACE0; &#xB300; DNA &#xBC0F; &#xB2E4;&#xB978; &#xBD88; &#xC30D; &#xD55C; DNA &#xC0D8;&#xD50C;&#xC744; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xD560; &#xB54C; &#xBE44;&#xC2F8;&#xACE0; &#xB178;&#xB3D9; &#xC9D1;&#xC57D;&#xC801;&#xC778; &#xC808;&#xCC28;&#xB97C; &#xD544;&#xC694;&#xB85C; &#xD558;&#xB294; &#xCE21;&#xB7C9; 454 &#xC704;&#xD55C; &#xD6A8;&#xACFC;&#xC801;&#xC778; &#xBC29;&#xBC95;&#xC758; &#xBD80;&#xC871; &#xB54C;&#xBB38;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xD55C;&#xACC4;&#xB97C; &#xD6A8;&#xACFC;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC81C;&#xAC70;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xC815;&#xB7C9; PCR &#xAE30;&#xBC18; 454 &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; &#xC815;&#xB7C9;&#xD654; &#xBC29;&#xBC95; &#xBCF4;&#xACE0;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xBD84;&#xC790; &#xC22B;&#xC790;&#xC640; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; Neandertal DNA &#xCD94;&#xCD9C; &#xBB3C;, &#xC138;&#xC774; &#xC9C0; ditags &#xBC0F; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC801;&#xC815; &#xC2E4;&#xD589; &#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xACE0; &#xCD5C;&#xC801; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC218;&#xC728;&#xC744; &#xC5BB;&#xB294; &#xBCF4;&#xB178;&#xBCF4; genomic DNA&#xC5D0;&#xC11C; &#xD30C;&#xC0DD; &#xB41C; &#xC870;&#xAC01; &#xD06C;&#xAE30; &#xBD84;&#xD3EC; &#xCD94;&#xC815;. &#xC774; &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;, 454 &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC218; 454 &#xD50C;&#xB7AB;&#xD3FC;&#xC5D0; &#xC0D8;&#xD50C; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xBC0F; &#xD504;&#xB85C;&#xD1A0;&#xCF5C; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC758; &#xBC94;&#xC704;&#xB97C; &#xC99D;&#xAC00; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; &#xBE44;&#xC6A9;&#xC744; &#xC808;&#xAC10; &#xD568;&#xC73C;&#xB85C;&#xC368; &#xACFC;&#xAC10; &#xD558; &#xAC8C; &#xC801;&#xC815; &#xC2E4;&#xD589; &#xC5C6;&#xC774; &#xCD08;&#xAE30; &#xC790;&#xB8CC;&#xC758; &#xC791;&#xC740; 50 &#xC138;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC77C;&#xC0C1;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC218;&#xD589;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB2E4;. &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xC640; Illumina/Solexa&#xC640; ABI &#xB2E8;&#xB2E8;&#xD55C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xC801;&#xC6A9; &#xD574;&#xC57C; &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; &#xC138; &#xD50C;&#xB7AB;&#xD3FC; &#xBAA8;&#xB450;&#xC758; &#xC811;&#xADFC;&#xC131;&#xC744; &#xD655;&#xB300; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xB3C4;&#xC6C0;&#xC774; &#xD574;&#xC57C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Picograms &#xD558; &#x338D;&#xC5D0;&#xC11C;: &#xC815;&#xB7C9; PCR &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC758; &#xC18C;&#xC7AC; &#xC218;&#xC694; &#xAC10;&#xC18C;.

Los esfuerzos actuales para recuperar el Neandertal y el mamuts genomas por 454 secuenciaci&oacute;n de ADN demuestran la sensibilidad de esta tecnolog&iacute;a. Sin embargo, aplicaciones de secuenciaci&oacute;n de rutina 454 todav&iacute;a requieren cantidades de microgramos de material inicial. Esto es debido a la falta de m&eacute;todos eficaces para cuantificaci&oacute;n 454 secuenciaci&oacute;n bibliotecas, que requiere procedimientos costosos y mano de obra cuando la secuenciaci&oacute;n de ADN antiguo y otras muestras de ADN de pobres. Presentamos un m&eacute;todo de cuantificaci&oacute;n de biblioteca de 454 secuenciaci&oacute;n basado en la PCR cuantitativa que elimina eficazmente estas limitaciones. Estimamos tanto los n&uacute;meros de la mol&eacute;cula y las distribuciones de tama&ntilde;o de fragmento en bibliotecas de secuenciaci&oacute;n derivadas de extractos de ADN del Neandertal, SAGE ditags y el ADN gen&oacute;mico de bonobo, obtener rendimientos &oacute;ptimos de la secuencia sin realizar cualquier valoraci&oacute;n carreras. Usando este m&eacute;todo, las secuencia 454 rutinariamente se puede realizar desde tan poco como 50 pg de material inicial sin titulaci&oacute;n carreras, reduciendo as&iacute; dr&aacute;sticamente costos aumentando el alcance del desarrollo de la velocidad de transmisi&oacute;n y Protocolo de la muestra en la plataforma 454. El m&eacute;todo tambi&eacute;n deber&iacute;a aplicarse a Illumina/Solexa y secuenciaci&oacute;n de ABI/s&oacute;lido y por lo tanto contribuir&aacute; a ampliar la accesibilidad de las tres plataformas.

De microgramos a picogramos: PCR cuantitativa reduce las demandas materiales de secuenciaci&oacute;n de alto rendimiento.

&#x5C3D;&#x7BA1;&#x6B63;&#x5728;&#x7814;&#x7A76;&#x7684;&#x6700;&#x5185;&#x98DF;&#x8089;&#x76EE;&#x5BB6;&#x65CF;&#x4E4B;&#x4E00;&#xFF0C;&#x718A;&#x5BB6;&#x65CF; (Ursidae) &#x7684;&#x6210;&#x5458;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x4EB2;&#x7F18;&#x5173;&#x7CFB;&#x5DF2;&#x4E45;&#x4ECD;&#x4E0D;&#x6E05;&#x695A;&#x3002;&#x63D0;&#x51FA;&#x4E86;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x4E0D;&#x540C;&#x62D3;&#x6251;&#x57FA;&#x4E8E;&#x5404;&#x79CD;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x548C;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;

&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x63ED;&#x793A;&#x706D;&#x7EDD;&#xFF0C;&#x73B0;&#x5B58;&#x718A;&#x98CE;&#x5C18;&#x8FB9;&#x754C;&#x9644;&#x8FD1;&#x7206;&#x70B8;&#x8F90;&#x5C04;&#x3002;

Despite being one of the most studied families within the Carnivora, the phylogenetic relationships among the members of the bear family (Ursidae) have long remained unclear. Widely divergent topologies have been suggested based on various data sets and methods.

Mitochondrial genomes reveal an explosive radiation of extinct and extant bears near the Miocene-Pliocene boundary.

En d&eacute;pit d&#39;&ecirc;tre une des familles plus &eacute;tudi&eacute;es dans les carnivores, les relations phylog&eacute;n&eacute;tiques entre les membres de la famille des ours (Ursidae) est rest&eacute;e longtemps incertaine. Topologies largement divergentes ont &eacute;t&eacute; sugg&eacute;r&eacute;es, bas&eacute; sur diff&eacute;rents ensembles de donn&eacute;es et m&eacute;thodes.

G&eacute;nomes mitochondriaux r&eacute;v&egrave;lent une radiation explosive des ours &eacute;teintes et actuelles, pr&egrave;s de la fronti&egrave;re du Mioc&egrave;ne-Plioc&egrave;ne.

Obwohl er einer der am besten untersuchten Familien innerhalb der Raubtiere (Carnivora), sind die phylogenetischen Beziehungen unter den Mitgliedern der Familie der B&auml;ren (Ursidae) lange unklar geblieben. Aufgrund &auml;u&szlig;erst unterschiedlicher Topologien wurden anhand verschiedener Datens&auml;tze und Methoden vorgeschlagen.

Mitochondrial genome offenbaren eine explosive Strahlung ausgestorben und erhaltenen B&auml;ren nahe der Grenze Miocene-Pliocene.

Pur essendo una delle famiglie pi&ugrave; studiate all&#39;interno Carnivora, le relazioni filogenetiche tra i membri della famiglia orso (Ursidae) sono rimasta a lungo poco chiare. Topologie ampiamente divergenti sono state suggerite basato su diversi set di dati e metodi.

Genoma mitocondriale rivela una radiazione esplosiva degli orsi estinti ed esistenti nei pressi del confine-pliocenici.

&#x6700;&#x3082;&#x7814;&#x7A76;&#x306E;&#x5BB6;&#x65CF;&#x3001;&#x98DF;&#x8089;&#x5185;&#x306E; 1 &#x3064;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x3001;&#x30AF;&#x30DE;&#x5BB6;&#x65CF; &#xFF08;&#x30AF;&#x30DE;&#xFF09; &#x306E;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x9593;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x95A2;&#x4FC2;&#x306F;&#x3001;&#x9577;&#x3044;&#x4E0D;&#x660E;&#x306E;&#x307E;&#x307E;&#x306B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5E83;&#x304F;&#x767A;&#x6563;&#x306E;&#x30C8;&#x30DD;&#x30ED;&#x30B8;&#x306F;&#x3001;&#x3055;&#x307E;&#x3056;&#x307E;&#x306A;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF; &#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x3068;&#x65B9;&#x6CD5;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x63D0;&#x6848;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x7206;&#x767A;&#x7684;&#x306A;&#x653E;&#x6563;&#x306E;&#x7D76;&#x6EC5;&#x3068;&#x73FE;&#x5B58;&#x3059;&#x308B;&#x30AF;&#x30DE;&#x4E2D;&#x65B0;-&#x9BAE;&#x65B0;&#x7D71;&#x5883;&#x754C;&#x4ED8;&#x8FD1;&#x306E;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3002;

&#xD558;&#xB098;&#xB294; &#xC2DD;&#xC721;&#xBAA9; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC00;&#xC7A5; &#xACF5;&#xBD80; &#xAC00;&#xC871; &#xC784;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0; &#xACF0; &#xAC00;&#xC871; (Ursidae) &#xAD6C;&#xC131;&#xC6D0; &#xAC04;&#xC758; phylogenetic &#xAD00;&#xACC4; &#xC624;&#xB798; &#xBD88;&#xBD84;&#xBA85; &#xB0A8;&#xC544; &#xC788;&#xB2E4;. &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD558; &#xAC8C; &#xBD84;&#xAE30; &#xD1A0;&#xD3F4;&#xB85C;&#xC9C0; &#xAE30;&#xBC18; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC138;&#xD2B8;&#xC640; &#xBC29;&#xBC95;&#xC73C;&#xB85C; &#xC81C;&#xC548; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xBBF8;&#xD1A0; &#xCF58; &#xB4DC;&#xB9AC; &#xC544; &#xAC8C;&#xB188; &#xACF5;&#xAC1C; &#xBA78;&#xC885; &#xD558; &#xACE0; &#xD604;&#xC874; &#xACF0; Miocene &#xD50C;&#xB9AC;&#xC624;&#xC138; &#xACBD;&#xACC4; &#xADFC;&#xCC98;&#xC758; &#xD3ED;&#xBC1C;&#xC801;&#xC778; &#xBC29;&#xC0AC;&#xC120;.

A pesar de ser una de las familias m&aacute;s estudiadas dentro de los carn&iacute;voros, las relaciones filogen&eacute;ticas entre los miembros de la familia del oso (Ursidae) durante mucho tiempo han permanecido claras. Topolog&iacute;as ampliamente divergentes han sugerido basado en varios conjuntos de datos y m&eacute;todos.

Genomas mitocondriales revelan una radiaci&oacute;n explosiva de osos extintos y han conservado cerca del l&iacute;mite del Mioceno-Plioceno.

&#x4E00;&#x4E2A;&#x5B8C;&#x6574;&#x7684;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53; (mt) &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x662F;&#x4ECE;&#x4E2A;&#x522B; 38,000 &#x5C81; Neandertal &#x6539;&#x9020;&#x7684; 8341 mtDNA &#x5E8F;&#x5217;&#x786E;&#x5B9A; 4.8 Gb &#x7684; DNA &#x751F;&#x6210;&#x4ECE;&#x5927;&#x7EA6; 0.3 g &#x7684;&#x9AA8;&#x4E4B;&#x95F4;&#x3002;&#x88C5;&#x914D;&#x5E8F;&#x5217;&#x5206;&#x6790;&#x6BEB;&#x4E0D;&#x542B;&#x7CCA;&#x5730;&#x89C4;&#x5B9A; Neandertal &#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x53D8;&#x5F02;&#x7684;&#x73B0;&#x5B58;&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B; mtDNAs&#xFF0C;&#x4E0D;&#x5C5E;&#x4E8E;&#x548C;&#x5141;&#x8BB8;&#x5206;&#x6B67;&#x65E5;&#x671F;&#x4E4B;&#x95F4;&#xFF0C;&#x4E24;&#x4E2A; mtDNA &#x5931;&#x4F20;&#x7684; 660,000 + 140,000 &#x5E74;&#x7684;&#x4F30;&#x8BA1;&#x6570;&#x3002;&#x5728;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7F16;&#x7801;&#x7684; 13 &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#xFF0C;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x547C;&#x5438;&#x94FE;&#x7684;&#x7EC6;&#x80DE;&#x8272;&#x7D20; c &#x6C27;&#x5316;&#x9176;&#x4E9A; 2 &#x5355;&#x4F4D;&#x81EA;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x5206;&#x79BB;&#x7ECF;&#x5386;&#x4E86;&#x6570;&#x76EE;&#x6700;&#x5927;&#x7684;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x66FF;&#x6362;&#x4E2D;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x7684;&#x7956;&#x5148;&#x3002;&#x6709;&#x8BC1;&#x636E;&#x8868;&#x660E;&#x51C0;&#x5316; mtDNA &#x6CA6;&#x843D;&#x7684;&#x521D;&#x7A3F;&#x4E2D;&#x7684;&#x9009;&#x5B9A;&#x5185;&#x5BB9;&#x76F8;&#x6BD4;&#x5176;&#x4ED6;&#x7075;&#x957F;&#x7C7B;&#x8C31;&#x7CFB;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x8868;&#x660E;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x7684;&#x6709;&#x6548;&#x79CD;&#x7FA4;&#x5927;&#x5C0F;&#x5C0F;&#x3002;

&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x786E;&#x5B9A;&#x7684;&#x9AD8;&#x901A;&#x91CF;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684;&#x5B8C;&#x6210;&#x521D;&#x7A3F;&#x3002;

A complete mitochondrial (mt) genome sequence was reconstructed from a 38,000 year-old Neandertal individual with 8341 mtDNA sequences identified among 4.8 Gb of DNA generated from approximately 0.3 g of bone. Analysis of the assembled sequence unequivocally establishes that the Neandertal mtDNA falls outside the variation of extant human mtDNAs, and allows an estimate of the divergence date between the two mtDNA lineages of 660,000 +/- 140,000 years. Of the 13 proteins encoded in the mtDNA, subunit 2 of cytochrome c oxidase of the mitochondrial electron transport chain has experienced the largest number of amino acid substitutions in human ancestors since the separation from Neandertals. There is evidence that purifying selection in the Neandertal mtDNA was reduced compared with other primate lineages, suggesting that the effective population size of Neandertals was small.

A complete Neandertal mitochondrial genome sequence determined by high-throughput sequencing.

Une s&eacute;quence du g&eacute;nome mitochondrial complet (mt) a &eacute;t&eacute; reconstruite &agrave; partir d&#39;un Neandertal ans 38 000 individuels avec des s&eacute;quences d&#39;ADN mitochondrial 8341 identifi&eacute;s entre 4,8 Go d&#39;ADN produit d&#39;environ 0,3 g d&#39;os. Analyse de la s&eacute;quence Assembl&eacute;e &eacute;tablit sans &eacute;quivoque que l&#39;ADNmt de Neandertal ne rel&egrave;ve pas de la variation de l&#39;ADNmt humain existants et permet une estimation de la date de divergence entre les deux lign&eacute;es d&#39;ADNmt de 660 000 +/-140 000 ans. Des 13 prot&eacute;ines cod&eacute;es dans l&#39;ADN mitochondrial, sous-unit&eacute; 2 de cytochrome c oxydase de la cha&icirc;ne mitochondriale de transport d&#39;&eacute;lectrons a connu le plus grand nombre de substitutions d&#39;acides amin&eacute;s dans les anc&ecirc;tres de l&#39;homme depuis la s&eacute;paration des N&eacute;andertaliens. Il est prouv&eacute; que purifier la s&eacute;lection dans le Neandertal ADNmt a &eacute;t&eacute; r&eacute;duite par rapport aux autres lign&eacute;es de primates, sugg&eacute;rant que la taille effective de la population de N&eacute;andertal &eacute;tait petite.

Un Neandertal complet du g&eacute;nome mitochondrial s&eacute;quence d&eacute;termin&eacute;e par s&eacute;quen&ccedil;age haut-d&eacute;bit.

Eine vollst&auml;ndige mitochondriale (Mt)-Genom-Sequenz wurde mit 8341 MtDNA-Sequenzen identifiziert unter 4,8 Gb von DNA aus ca. 0,3 g Knochen generiert aus einem 38.000 Jahre Neandertal einzelne rekonstruiert. Analyse der montierten Sequenz legt eindeutig fest, dass die Neandertal MtDNA nicht in die Variation der erhaltenen menschlichen MtDNAs f&auml;llt und eine Sch&auml;tzung des Datums Divergenz zwischen den zwei MtDNA Abstammungen von 660.000 +/-140.000 Jahren erm&ouml;glicht. Der 13 Proteine codiert in der MtDNA hat 2-Untereinheit des Cytochrom-C-Oxidase der mitochondrialen Atmungskette die gr&ouml;&szlig;te Zahl von Aminos&auml;ure-Ersetzungen in menschlichen Vorfahren seit der Trennung von Neandertals erlebt. Es gibt Hinweise, dass reinigende Selektion aus dem Neandertal MtDNA reduziert wurde mit anderen Primaten-Linien verglichen, was darauf hindeutet, dass die effektive Populationsgr&ouml;&szlig;e des Neandertals klein war.

Eine komplette Neandertal mitochondrialen Genom-Sequenz von Hochdurchsatz-Sequenzierung bestimmt.

Una sequenza del genoma mitocondriale completo (mt) &egrave; stata ricostruita da un Neandertal di 38.000 anni individuale con 8341 sequenze di DNA mitocondriale identificate tra 4,8 Gb di DNA generato da circa 0,3 g di osso. Analisi della sequenza montata stabilisce inequivocabilmente che il mtDNA di Neandertal non rientra la variazione dei mtDNAs umani esistenti e permette una stima della data divergenza tra i due lignaggi di mtDNA di 660.000 + 140.000 anni. Delle 13 proteine codificate nel mtDNA, subunit&agrave; 2 di citocromo c ossidasi della catena di trasporto degli elettroni mitocondriale ha sperimentato il maggior numero di sostituzioni dell&#39;amminoacido in antenati umani poich&eacute; la separazione da Neandertals. Ci sono prove che purificante selezione nel Neandertal mtDNA &egrave; stato ridotto rispetto a altri lignaggi di primate, suggerendo che la dimensione effettiva della popolazione di Neandertals era piccola.

Un Neandertal completa sequenza del genoma mitocondriale determinato dal sequenziamento di alto-rendimento.

&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2; (mt) &#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306F; 38,000 &#x6B73; Neandertal &#x304B;&#x3089;&#x500B;&#x5225; 8341 mtDNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x9593;&#x3067; 4.8 Gb &#x9AA8;&#x306E;&#x7D04; 0.3 g &#x304B;&#x3089;&#x751F;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x308B; DNA &#x306E;&#x8B58;&#x5225;&#x3068;&#x518D;&#x5EFA;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x7D44;&#x307F;&#x7ACB;&#x3066;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x89E3;&#x6790;&#x306B;&#x306F;&#x306F;&#x3063;&#x304D;&#x308A;&#x3068;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2; Dna &#x304C;&#x73FE;&#x5B58;&#x3059;&#x308B;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E; Mtdna &#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x306E;&#x5916;&#x306B;&#x8A72;&#x5F53;&#x3057;&#x3001;&#x767A;&#x6563;&#x65E5;&#x4ED8; 2 &#x306E;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2; Dna &#x7CFB;&#x7D71; 660,000 &plusmn; 14&#x4E07;&#x5E74;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x63A8;&#x5B9A;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x78BA;&#x7ACB;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2; Dna &#x306B;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3055;&#x308C;&#x305F; 13 &#x306E;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2;&#x306E;&#x96FB;&#x5B50;&#x4F1D;&#x9054;&#x9396;&#x30B7;&#x30C8;&#x30AF;&#x30ED;&#x30E0; c &#x9178;&#x5316;&#x9175;&#x7D20;&#x306E;&#x30B5;&#x30D6;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8; 2 &#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x304B;&#x3089;&#x5206;&#x96E2;&#x4EE5;&#x6765;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x7956;&#x5148;&#x306E;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x7F6E;&#x63DB;&#x306E;&#x6700;&#x5927;&#x6570;&#x3092;&#x7D4C;&#x9A13;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2; Dna &#x6E1B;&#x5C11;&#x3057;&#x305F;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x306E;&#x6D44;&#x5316;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x306E;&#x52B9;&#x679C;&#x7684;&#x306A;&#x4EBA;&#x53E3;&#x30B5;&#x30A4;&#x30BA;&#x304C;&#x5C0F;&#x3055;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x305D;&#x306E;&#x4ED6;&#x970A;&#x9577;&#x985E;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3068;&#x3044;&#x3046;&#x8A3C;&#x62E0;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x304C;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x3002;

&#xC644;&#xC804; &#xD55C; &#xBBF8;&#xD1A0; &#xCF58; &#xB4DC;&#xB9AC; &#xC544; (&#xC0B0;) &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB294; &#xAC1C;&#xBCC4; 38000 &#xC138; Neandertal&#xC5D0;&#xC11C; &#xC57D; 0.3 g&#xC758; &#xBF08;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0DD;&#xC131; &#xB41C; DNA&#xC758; 4.8 g b &#xC911; &#xC2DD;&#xBCC4; 8341 mtDNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC7AC;&#xAC74; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC870;&#xB9BD; &#xC21C;&#xC11C;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xBA85;&#xBC31; &#xD558; &#xAC8C; Neandertal mtDNA &#xD604;&#xC874; &#xC778;&#xAC04; Mtdnas&#xC758; &#xD3B8;&#xCC28;&#xB97C; &#xBC97;&#xC5B4;&#xB098;&#xB294; &#xACE0; 140000 &#xB144; + 660,000&#xC758; &#xB450; mtDNA &#xACC4;&#xBCF4; &#xC0AC;&#xC774; &#xBD84;&#xAE30; &#xB0A0;&#xC9DC; &#xACAC;&#xC801;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xB3C4;&#xB85D; &#xC124;&#xC815; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. Mtdna&#xC5D0; &#xC778;&#xCF54;&#xB529;&#xB41C; 13 &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xC18C; &#xB2E8;&#xC704; 2 &#xBBF8;&#xD1A0; &#xCF58; &#xB4DC;&#xB9AC; &#xC544; &#xC804;&#xC790; &#xC218;&#xC1A1; &#xCCB4;&#xC778;&#xC758; &#xC2DC; &#xD1A0; &#xD06C;&#xB86C; c &#xC0B0;&#xD654; &#xD6A8;&#xC18C; Neandertals&#xC5D0;&#xC11C; &#xBD84;&#xB9AC; &#xC774;&#xD6C4; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC870;&#xC0C1;&#xC5D0; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xB97C; &#xD568;&#xC720;&#xD55C; &#xC0B0; &#xC131; &#xB300;&#xCCB4;&#xC758; &#xAC00;&#xC7A5; &#xD070; &#xC218;&#xB97C; &#xACBD;&#xD5D8; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC99D;&#xAC70;&#xB294; Neandertals&#xC758; &#xD6A8;&#xACFC;&#xC801;&#xC778; &#xC778;&#xAD6C; &#xD06C;&#xAE30;&#xB294; &#xC791;&#xC740; &#xC81C;&#xC548; &#xB2E4;&#xB978; &#xC601;&#xC7A5;&#xB958; &#xACC4;&#xBCF4;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; &#xC815;&#xD654; mtDNA &#xAC10;&#xC18C; &#xD588;&#xB2E4; Neandertal&#xC758; &#xC120;&#xD0DD; &#xC774;&#xB2E4;.

&#xC644;&#xC804; &#xD55C; Neandertal &#xBBF8;&#xD1A0; &#xCF58; &#xB4DC;&#xB9AC; &#xC544; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xACB0;&#xC815; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Una secuencia del genoma mitocondrial completo (mt) fue reconstruida de un Neandertal de a&ntilde;os 38.000 individuales con 8341 secuencias de mtDNA entre 4,8 Gb de ADN generado a partir de aproximadamente 0,3 g de hueso. An&aacute;lisis de la secuencia montado establece inequ&iacute;vocamente que el Neandertal mtDNA cae fuera de la variaci&oacute;n de mtDNAs humanos existentes y permite una estimaci&oacute;n de la fecha de divergencia entre los dos linajes de mtDNA de 660.000 +/-140.000 a&ntilde;os. De las 13 prote&iacute;nas codificadas en el ADNmt, subunidad 2 de citocromo c oxidasa de la cadena de transporte de electrones mitocondrial ha experimentado el mayor n&uacute;mero de sustituciones de amino&aacute;cidos en los antepasados humanos desde la separaci&oacute;n de los neandertales. Existen evidencias que purificar la selecci&oacute;n en el Neandertal mtDNA se redujo en comparaci&oacute;n con otros linajes de primates, lo que sugiere que el tama&ntilde;o efectivo de poblaci&oacute;n de neandertales era peque&ntilde;o.

Un Neandertal completa secuencia del genoma mitocondrial determinado por secuenciaci&oacute;n de alto rendimiento.

Neandertal DNA &#x5206;&#x6790;&#x5B58;&#x5728;&#x5DE8;&#x5927;&#x6F5C;&#x529B;&#x7684;&#x8C03;&#x67E5;&#x4EBA;&#x53E3;&#x5386;&#x53F2;&#x8FD9;&#x4E00;&#x7FA4;&#x4F53;&#x7684;&#x667A;&#x4EBA;&#xFF0C;&#x4F46;&#x8FDB;&#x5C55;&#x4E00;&#x76F4;&#x6709;&#x9650;&#x7531;&#x4E8E;&#x6837;&#x672C;&#x548C; DNA &#x7684;&#x635F;&#x574F;&#x7684;&#x72B6;&#x6001;&#x7684;&#x7470;&#x5B9D;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x76EE;&#x524D;&#x6709;&#x9488;&#x5BF9;&#x6027;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x68C0;&#x7D22;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x5927;&#x5927;&#x51CF;&#x5C11;&#x6837;&#x54C1;&#x9500;&#x6BC1;&#x548C;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684;&#x8981;&#x6C42;&#xFF0C;&#x5E76;&#x4F7F;&#x7528;&#x6B64;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6765;&#x91CD;&#x5EFA;&#x5B8C;&#x6574;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53; DNA (mtDNA) &#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x4E94;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x4ECE;&#x5176;&#x5730;&#x7406;&#x8303;&#x56F4;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x5728;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#xFF0C;&#x4F4F;&#x5728; 38,000 &#x5230;&#x4E03;&#x4E07;&#x5E74;&#x524D;&#x5E74;&#x524D; mtDNA &#x9057;&#x4F20;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x662F;&#x5927;&#x7EA6;&#x4E09;&#x5206;&#x4E4B;&#x4E00;&#x7684;&#x5728;&#x5F53;&#x4EE3;&#x7684;&#x73B0;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x3002;&#x4E0E;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x86CB;&#x767D;&#x6F14;&#x53D8;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6570;&#x636E;&#x8868;&#x660E;&#x7684;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x7684;&#x957F;&#x671F;&#x6709;&#x6548;&#x79CD;&#x7FA4;&#x5927;&#x5C0F;&#x662F;&#x6BD4;&#x73B0;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x548C;&#x73B0;&#x5B58;&#x7C7B;&#x4EBA;&#x733F;&#x7684;&#x5C11;&#x3002;

&#x6709;&#x9488;&#x5BF9;&#x6027;&#x5730;&#x7684;&#x68C0;&#x7D22;&#x548C;&#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x4E94;&#x4E2A; Neandertal &#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x3002;

Analysis of Neandertal DNA holds great potential for investigating the population history of this group of hominins, but progress has been limited due to the rarity of samples and damaged state of the DNA. We present a method of targeted ancient DNA sequence retrieval that greatly reduces sample destruction and sequencing demands and use this method to reconstruct the complete mitochondrial DNA (mtDNA) genomes of five Neandertals from across their geographic range. We find that mtDNA genetic diversity in Neandertals that lived 38,000 to 70,000 years ago was approximately one-third of that in contemporary modern humans. Together with analyses of mtDNA protein evolution, these data suggest that the long-term effective population size of Neandertals was smaller than that of modern humans and extant great apes.

Targeted retrieval and analysis of five Neandertal mtDNA genomes.

Analyse de l&#39;ADN de Neandertal offre de grandes possibilit&eacute;s pour l&#39;&eacute;tude de l&#39;histoire de la population de ce groupe des hominin&eacute;s, mais les progr&egrave;s ont &eacute;t&eacute; limit&eacute;s en raison de la raret&eacute; des &eacute;chantillons et &eacute;tat endommag&eacute; de l&#39;ADN. Nous pr&eacute;sentons une m&eacute;thode d&#39;antique DNA sequence recherche cibl&eacute;e qui r&eacute;duit consid&eacute;rablement la destruction de l&#39;&eacute;chantillon et le s&eacute;quen&ccedil;age des demandes et cette m&eacute;thode permet de reconstruire les g&eacute;nomes mitochondriaux complets d&#39;ADN (ADN mitochondrial) de cinq N&eacute;andertaliens de dans l&#39;ensemble de leur aire de r&eacute;partition g&eacute;ographique. Nous constatons que l&#39;ADN mitochondrial diversit&eacute; g&eacute;n&eacute;tique chez les N&eacute;andertaliens qui vivait il y a 38 000 &agrave; 70 000 ans &eacute;tait environ le tiers de celui chez l&#39;homme moderne contemporain. Avec des analyses de l&#39;&eacute;volution des prot&eacute;ines ADN mitochondrial, ces donn&eacute;es sugg&egrave;rent que la taille effective de la population &agrave; long terme des N&eacute;andertaliens a &eacute;t&eacute; inf&eacute;rieure &agrave; celle des hommes modernes et les grands singes.

Recherche cibl&eacute;e et l&#39;analyse des cinq g&eacute;nomes d&#39;ADNmt de Neandertal.

Analyse von Neandertal DNA h&auml;lt gro&szlig;es Potential f&uuml;r die Untersuchung der Bev&ouml;lkerung-Geschichte dieser Gruppe von Homininae, aber Fortschritte sind aufgrund der Seltenheit der Proben und besch&auml;digten Zustand der DNA. Wir pr&auml;sentieren eine Methode zur gezielten alte DNA Sequenz Abruf bereit, der Probe Zerst&ouml;rung und Sequenzierung Forderungen erheblich reduziert und verwenden Sie diese Methode, um die komplette mitochondriale DNA (MtDNA) Genome von f&uuml;nf Neandertals aus in ihrem geografischen Umfeld zu rekonstruieren. Wir finden, dass genetische Diversit&auml;t der MtDNA in Neandertals, die vor 38.000 bis 70.000 Jahren lebte etwa ein Drittel davon in zeitgen&ouml;ssischen modernen Menschen war. Zusammen mit der Analyse der MtDNA Protein Evolution zufolge diese Daten die langfristige effektive Populationsgr&ouml;&szlig;e des Neandertals kleiner als die des modernen Menschen und erhaltenen Menschenaffen war.

Gezielte Abruf- und Analyse von f&uuml;nf Neandertal MtDNA Genomen.

Analisi del DNA Neandertal detiene un grande potenziale per indagare la storia della popolazione di questo gruppo di ominidi, ma i progressi sono stati limitati a causa della rarit&agrave; dei campioni e stato danneggiato del DNA. Noi presentiamo un metodo mirato antico DNA sequenza recupero che riduce notevolmente la distruzione del campione e sequenziamento richieste e utilizzare questo metodo per ricostruire il genoma di DNA (mtDNA) mitocondriale completo di cinque Neandertals da attraverso il loro areale geografico. Troviamo che la diversit&agrave; genetica del DNA mitocondriale in Neandertals che visse 38.000 a 70.000 anni fa era circa un terzo di quello in contemporanei degli esseri umani moderni. Insieme con l&#39;analisi dell&#39;evoluzione della proteina del DNA mitocondriale, questi dati suggeriscono che la dimensione della popolazione efficace a lungo termine di Neandertals era inferiore a quella degli esseri umani moderni e grandi scimmie esistenti.

Recupero mirato e l&#39;analisi di cinque genomi mtDNA di Neandertal.

&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E; DNA &#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x306E;&#x30DB;&#x30DF;&#x30CB;&#x30F3;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x306E;&#x4EBA;&#x53E3;&#x306E;&#x6B74;&#x53F2;&#x3092;&#x8ABF;&#x67FB;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x5927;&#x304D;&#x306A;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x3092;&#x4FDD;&#x6301;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x304C;&#x3001;&#x9032;&#x884C;&#x306F;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x304A;&#x3088;&#x3073; DNA &#x306E;&#x7834;&#x640D;&#x3057;&#x305F;&#x72B6;&#x614B;&#x306E;&#x5E0C;&#x5C11;&#x6027;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x5236;&#x9650;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x7834;&#x58CA;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x8981;&#x6C42;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x7D5E;&#x3063;&#x305F;&#x306E;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x691C;&#x7D22;&#x306E;&#x624B;&#x6CD5;&#x3092;&#x63D0;&#x6848;&#x3057;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066; 5 &#x3064;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2; DNA (mtDNA) &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3092;&#x8D8A;&#x3048;&#x3066;&#x5730;&#x7406;&#x7684;&#x7BC4;&#x56F2;&#x3092;&#x518D;&#x69CB;&#x7BC9;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2; Dna &#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x304C; 70,000 &#x306B; 38,000 &#x5E74;&#x524D;&#x4F4F;&#x3093;&#x3067;&#x3044;&#x305F;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x73FE;&#x4EE3;&#x7684;&#x306A;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x7D04; 1/3 &#x306E;&#x3053;&#x3068;&#x3060;&#x3063;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x898B;&#x3064;&#x3051;&#x307E;&#x3059;&#x3002;MtDNA &#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x9032;&#x5316;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x3068;&#x3068;&#x3082;&#x306B;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF; &#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x306E;&#x9577;&#x671F;&#x306E;&#x52B9;&#x679C;&#x7684;&#x306A;&#x4EBA;&#x53E3;&#x30B5;&#x30A4;&#x30BA;&#x306F;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x3068;&#x73FE;&#x751F;&#x985E;&#x4EBA;&#x733F;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x5C11;&#x306A;&#x3044;&#x3068;&#x8003;&#x3048;&#x3089;&#x308C;&#x305F;.

&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x7D5E;&#x3063;&#x305F;&#x691C;&#x7D22;&#x3068; 5 &#x3064;&#x306E;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2; Dna &#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x89E3;&#x6790;&#x3002;

Neandertal DNA&#xC758; &#xBD84;&#xC11D; &#xC870;&#xC0AC; hominins,&#xC774; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC758; &#xC778;&#xAD6C; &#xC5ED;&#xC0AC;&#xB97C; &#xC704;&#xD55C; &#xC911;&#xB300; &#xD55C; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xB825;&#xC744; &#xBCF4;&#xC720; &#xD558; &#xACE0; &#xC788;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC9C4;&#xD589; &#xC0D8;&#xD50C; &#xBC0F; DNA&#xC758; &#xC190;&#xC0C1;&#xB41C; &#xC0C1;&#xD0DC;&#xC758; &#xD76C;&#xADC0; &#xD55C; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xC81C;&#xD55C; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xB300;&#xC0C1;&#xB41C; &#xACE0; &#xB300; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAC80;&#xC0C9; &#xC0D8;&#xD50C; &#xD30C;&#xAD34; &#xBC0F; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC694;&#xAD6C; &#xC0AC;&#xD56D;&#xC744; &#xD06C;&#xAC8C; &#xAC10;&#xC18C; &#xC2DC;&#xD0A4;&#xB294; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xC81C;&#xC2DC; &#xD558; &#xACE0;&#xC774; &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC9C0;&#xB9AC;&#xC801; &#xBC94;&#xC704;&#xC5D0; &#xAC78;&#xCCD0; &#xC644;&#xC804; &#xD55C; &#xBBF8;&#xD1A0; &#xCF58; &#xB4DC;&#xB9AC; &#xC544; DNA (mtDNA) &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0;&#xC11C; 5 Neandertals&#xC758; &#xC7AC;&#xAD6C;&#xC131;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; mtDNA &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131; 38000 70000 &#xB144; &#xC804;&#xC5D0; &#xC0B4;&#xC558;&#xB358; Neandertals&#xC5D0;&#xB294; &#xC57D; 1 / 3&#xB294; &#xD604;&#xB300; &#xD604;&#xB300; &#xC778;&#xAC04;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCC3E;&#xC744;. MtDNA &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC9C4;&#xD654;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D;, &#xD568;&#xAED8; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB370;&#xC774;&#xD130; Neandertals&#xC758; &#xC7A5;&#xAE30; &#xD6A8;&#xACFC;&#xC801;&#xC778; &#xC778;&#xAD6C; &#xD06C;&#xAE30;&#xB294; &#xD604;&#xB300; &#xC778;&#xAC04;&#xACFC; &#xD604;&#xC874; &#xC720;&#xC778;&#xC6D0;&#xC758; &#xADF8;&#xAC83; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xB354; &#xC791;&#xC740; &#xAC83;&#xC774; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xB300;&#xC0C1;&#xB41C; &#xAC80;&#xC0C9; &#xBC0F; 5 &#xAC1C;&#xC758; Neandertal mtDNA &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D;.

An&aacute;lisis de ADN del Neandertal tiene gran potencial para la investigaci&oacute;n de la historia de la poblaci&oacute;n de este grupo de hom&iacute;nidos, pero el progreso ha sido limitado debido a la rareza de las muestras y estado da&ntilde;ado de la DNA. Presentamos un m&eacute;todo de espec&iacute;fica antigua recuperaci&oacute;n de secuencia de ADN que reduce la destrucci&oacute;n de la muestra y la secuenciaci&oacute;n de las demandas y utiliza este m&eacute;todo para reconstruir los genomas completos de ADN (mtDNA) mitocondriales de cinco neandertales de a trav&eacute;s de su &aacute;rea de distribuci&oacute;n geogr&aacute;fica. Encontramos que la diversidad gen&eacute;tica del mtDNA en neandertales que vivieron hace de 38.000 a 70.000 a&ntilde;os era aproximadamente un tercio de los en los seres humanos modernos contempor&aacute;neos. Junto con el an&aacute;lisis de la evoluci&oacute;n de prote&iacute;nas mtDNA, estos datos sugieren que el tama&ntilde;o efectivo de poblaci&oacute;n a largo plazo de los neandertales era menor que la de los seres humanos modernos y los grandes simios.

Recuperaci&oacute;n espec&iacute;fico y an&aacute;lisis de genomas de mtDNA de Neandertal cinco.

&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF; DNA &#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684;&#x6700;&#x65B0;&#x8FDB;&#x5C55;&#x5DF2;&#x706D;&#x7EDD;&#x751F;&#x7269;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x89C4;&#x6A21;&#x5206;&#x6790;&#x53EF;&#x80FD;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x65B0;&#x7684;&#x673A;&#x4F1A;&#x5E26;&#x6765;&#x65B0;&#x7684;&#x56F0;&#x96BE;&#xFF0C;&#x5728;&#x8BC4;&#x4F30;&#x4E2D;&#x68C0;&#x7D22;&#x7684; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x771F;&#x5B9E;&#x6027;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5C06;&#x8BA8;&#x8BBA;&#x5982;&#x4F55;&#x89E3;&#x51B3;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x56F0;&#x96BE;&#xFF0C;&#x5C24;&#x5176;&#x662F; Neandertal &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8BA4;&#x4E3A;&#x53EA;&#x6709;&#x76F4;&#x63A5;&#x6D4B;&#x5B9A;&#x7684;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x4ECE;&#x6240;&#x6709;&#x5F53;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x6709;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x804C;&#x4F4D;&#x53EF;&#x4EE5;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x4E00;&#x79CD;&#x53EF;&#x9760;&#x7684;&#x624B;&#x6BB5;&#x6765;&#x4F30;&#x8BA1;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x7684;&#x6C61;&#x67D3;&#x3002;&#x95F4;&#x63A5;&#x7684;&#x63AA;&#x65BD;&#xFF0C;&#x5982; DNA &#x788E;&#x7247;&#x3001; &#x6838;&#x82F7;&#x9178; misincorporations &#x6216;&#x5728;&#x4E0D;&#x540C;&#x7247;&#x6BB5;&#x5927;&#x5C0F;&#x7C7B;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x6D3E;&#x751F;&#x7684;&#x7B49;&#x4F4D;&#x57FA;&#x56E0;&#x9891;&#x7387;&#x7684;&#x6BD4;&#x8F83;&#x7684;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x662F;&#x4E0D;&#x53EF;&#x9760;&#x7684;&#x3002;&#x5E78;&#x8FD0;&#x7684;&#x662F;&#xFF0C;&#x57FA;&#x4E8E; mtDNA &#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x548C;&#x5F53;&#x524D;&#x4EBA;&#x7C7B;&#xFF0C;&#x7537;&#x6027; Y &#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x901A;&#x8FC7;&#x6C61;&#x67D3;&#x7684;&#x68C0;&#x6D4B;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x5DEE;&#x5F02;&#x548C;&#x91CD;&#x590D;&#x5E8F;&#x5217;&#x4ECE;&#x76F8;&#x540C;&#x7684;&#x5316;&#x77F3;&#x6765;&#x68C0;&#x6D4B;&#x5E38;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x663E;&#x6027;&#x9057;&#x4F20;&#x6C61;&#x67D3;&#x7684;&#x4E34;&#x65F6;&#x529E;&#x6CD5;&#x5141;&#x8BB8;&#x521D;&#x59CB; Neandertal &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5927;&#x89C4;&#x6A21;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x3002;&#x8FD9;&#x5C06;&#x5BFC;&#x81F4;&#x56FA;&#x5B9A;&#x6838;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4E2D;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x548C;&#x5F53;&#x524D;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x53EF;&#x4EE5;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x4ECA;&#x540E;&#x76F4;&#x63A5;&#x6C61;&#x67D3;&#x68C0;&#x6D4B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x5DEE;&#x5F02;&#x7684;&#x53D1;&#x73B0;&#x3002;&#x7528;&#x4E8E;&#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x5176;&#x4ED6;&#x5316;&#x77F3;&#x7684;&#x667A;&#x4EBA;&#x53EF;&#x80FD;&#x5728;&#x672A;&#x6765;&#x6210;&#x4E3A;&#x53EF;&#x80FD;&#x7684;&#x6211;&#x4EEC;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x7684; &#39;&#x5F15;&#x5BFC;&#x5E26;&#39; &#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x76F4;&#x5230;&#x83B7;&#x5F97;&#x8DB3;&#x591F;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#xFF0C;&#x505A;&#x66F4;&#x660E;&#x786E;&#x7684;&#x76F4;&#x63A5;&#x68C0;&#x6D4B;&#x9002;&#x7528;&#x7684;&#x4E34;&#x65F6;&#x529E;&#x6CD5;&#x3002;

Neandertal &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x548C;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x771F;&#x5B9E;&#x6027;&#x3002;

Recent advances in high-thoughput DNA sequencing have made genome-scale analyses of genomes of extinct organisms possible. With these new opportunities come new difficulties in assessing the authenticity of the DNA sequences retrieved. We discuss how these difficulties can be addressed, particularly with regard to analyses of the Neandertal genome. We argue that only direct assays of DNA sequence positions in which Neandertals differ from all contemporary humans can serve as a reliable means to estimate human contamination. Indirect measures, such as the extent of DNA fragmentation, nucleotide misincorporations, or comparison of derived allele frequencies in different fragment size classes, are unreliable. Fortunately, interim approaches based on mtDNA differences between Neandertals and current humans, detection of male contamination through Y chromosomal sequences, and repeated sequencing from the same fossil to detect autosomal contamination allow initial large-scale sequencing of Neandertal genomes. This will result in the discovery of fixed differences in the nuclear genome between Neandertals and current humans that can serve as future direct assays for contamination. For analyses of other fossil hominins, which may become possible in the future, we suggest a similar 'boot-strap' approach in which interim approaches are applied until sufficient data for more definitive direct assays are acquired.

The Neandertal genome and ancient DNA authenticity.

Recent advances in haute-passage s&eacute;quen&ccedil;age de l&#39;ADN ont permis des analyses &agrave; l&#39;&eacute;chelle du g&eacute;nome des g&eacute;nomes d&#39;organismes &eacute;teints. Avec ces nouvelles opportunit&eacute;s viennent des difficult&eacute;s nouvelles pour &eacute;valuer l&#39;authenticit&eacute; des s&eacute;quences ADN r&eacute;cup&eacute;r&eacute;e. Nous discutons comment ces difficult&eacute;s peuvent &ecirc;tre trait&eacute;es, en particulier en ce qui concerne les analyses du g&eacute;nome de Neandertal. Nous faisons valoir que seulement directs essais des positions de s&eacute;quence ADN qui N&eacute;andertaliens diff&egrave;rent de celles de tous les &ecirc;tres humains contemporains peuvent servir comme un moyen fiable pour estimer la contamination humaine. Les mesures indirectes, telles que l&#39;&eacute;tendue de la fragmentation ADN, misincorporations s&eacute;quences de nucl&eacute;otides ou comparaison des fr&eacute;quences des all&egrave;les d&eacute;riv&eacute;e dans les classes de taille des fragments diff&eacute;rents, ne sont pas fiables. Heureusement, des approches provisoires bas&eacute;e sur l&#39;ADN mitochondrial des diff&eacute;rences entre les N&eacute;andertaliens et les humains actuels, d&eacute;tection de la contamination masculine &agrave; travers des s&eacute;quences chromosomiques Y et r&eacute;p&eacute;t&eacute; de s&eacute;quen&ccedil;age de la m&ecirc;me fossiles pour d&eacute;tecter la contamination autosomique permettent premier s&eacute;quen&ccedil;age &agrave; grande &eacute;chelle du g&eacute;nome de Neandertal. Cela se traduira par la d&eacute;couverte des diff&eacute;rences fixes dans le g&eacute;nome nucl&eacute;aire entre les N&eacute;andertaliens et les humains actuels qui peuvent servir de futurs essais de directs de contamination. Pour les analyses d&#39;autres hominin&eacute;s fossiles, qui peuvent devenir possible &agrave; l&#39;avenir, nous sugg&eacute;rons une approche similaire de &laquo; bootstrap &raquo; dans lequel les m&eacute;thodes provisoires sont appliqu&eacute;es jusqu&#39;&agrave; ce que suffisamment de donn&eacute;es pour des dosages directs plus d&eacute;finitifs est acquis.

Le g&eacute;nome de Neandertal et l&#39;authenticit&eacute; d&#39;ADN ancienne.

J&uuml;ngste Fortschritte in der hoch-Thoughput-DNA-Sequenzierung haben Genom-Skala Analysen der Genome ausgestorbene Organismen erm&ouml;glicht. Mit diesen neuen M&ouml;glichkeiten kommen neue Schwierigkeiten bei der Beurteilung der Echtheit der DNA-Sequenzen, retrieved. Wir diskutieren, wie diese Probleme angegangen werden k&ouml;nnen, insbesondere im Hinblick auf Analysen des Genoms Neandertal. Wir argumentieren, dass nur direkte Proben der DNA-Sequenz-Positionen, die in denen Neandertals von allen zeitgen&ouml;ssischen Menschen unterscheiden als zuverl&auml;ssige Mittel zur Sch&auml;tzung der menschlichen Verunreinigung dienen k&ouml;nnen. Indirekte Ma&szlig;nahmen, wie das Ausma&szlig; der DNA-Fragmentierung, Nukleotid-Misincorporations oder Vergleich der abgeleitete Allel-Frequenzen in verschiedenen Fragment Gr&ouml;&szlig;enklassen, sind unzuverl&auml;ssig. Gl&uuml;cklicherweise erlauben interim Ans&auml;tze auf der Grundlage von MtDNA Unterschiede zwischen Neandertals und aktuelle Menschen, Erkennung von m&auml;nnlichen Kontaminationen durch Y-chromosomaler Sequenzen, und wiederholt Sequenzierung von der gleichen fossilen autosomal Verunreinigungen erkennen erste gro&szlig; angelegte Sequenzierung Neandertal Genome. Daraufhin wird die Entdeckung des festen Unterschiede im Kerngenom Neandertals und aktuelle Menschen, die als zuk&uuml;nftige direkte Assays f&uuml;r Kontamination dienen kann. Analysen von anderen fossilen Homininae, die in Zukunft m&ouml;glich werden kann, empfehlen wir einen &auml;hnlichen &#39;Boot-Armband&#39;-Ansatz in dem interim Ans&auml;tze angewendet werden, bis ausreichende Daten f&uuml;r mehr endg&uuml;ltigen direkte Assays erworben werden.

Das Neandertal Genom und alten DNA-Authentizit&auml;t.

Recenti progressi in alto-thoughput sequenziamento del DNA hanno reso possibile l&#39;analisi del genoma-scala di genomi di organismi estinti. Con queste nuove opportunit&agrave; venire nuove difficolt&agrave; nel valutare l&#39;autenticit&agrave; delle sequenze del DNA estratto. Discutiamo di come queste difficolt&agrave; possono essere affrontate, soprattutto per quanto riguarda l&#39;analisi del genoma di Neandertal. Ci sostengono che solo dirette analisi delle posizioni di sequenza del DNA in cui Neandertals differiscono da tutti gli esseri umani contemporanei possono servire come un mezzo affidabile per valutare la contaminazione umana. Misure indirette, come ad esempio il grado di frammentazione del DNA, misincorporations nucleotide o confronto di frequenze alleliche derivata in classi di dimensioni differenti frammenti, sono inaffidabili. Fortunatamente, ad interinali approcci basati su mtDNA differenze tra Neandertals ed esseri umani attuali, rilevamento di contaminazione maschio attraverso sequenze cromosomiche Y e ripetuto sequenziamento dal fossile stesso per rilevare la contaminazione autosomica permettono iniziale su larga scala sequenziamento del genoma di Neandertal. Questo si tradurr&agrave; nella scoperta delle differenze fisse nel genoma nucleare tra Neandertals e gli esseri umani attuali che possono servire come futuri saggi diretti per contaminazione. Nell&#39;analisi di altri ominidi fossili, che possono diventare in futuro possibile, consigliamo un approccio &#39;boot-strap&#39; simile in cui approcci intermedi vengono applicati fino a quando non vengono acquisiti dati sufficienti per dosaggi diretti pi&ugrave; definitivi.

Il genoma di Neandertal e autenticit&agrave; del DNA antico.

&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x6700;&#x8FD1;&#x306E;&#x9032;&#x6B69;&#x306E;&#x7D76;&#x6EC5;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30B9;&#x30B1;&#x30FC;&#x30EB;&#x89E3;&#x6790;&#x304C;&#x53EF;&#x80FD;&#x3067;&#x3042;&#x308B;.&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x6A5F;&#x4F1A;&#x3092;&#x53D6;&#x5F97; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x4FE1;&#x6191;&#x6027;&#x3092;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3059;&#x308B;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x96E3;&#x3057;&#x3055;&#x3092;&#x6765;&#x308B;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3069;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x96E3;&#x3057;&#x3055;&#x3001;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x306B;&#x95A2;&#x3057;&#x3066;&#x7279;&#x306B;&#x5BFE;&#x51E6;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3001;&#x306E;&#x307F;&#x76F4;&#x63A5;&#x8A66;&#x91D1;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x73FE;&#x4EE3;&#x7684;&#x306A;&#x4EBA;&#x9593;&#x304B;&#x3089;&#x7570;&#x306A;&#x308B; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x6C5A;&#x67D3;&#x3092;&#x63A8;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x4FE1;&#x983C;&#x6027;&#x306E;&#x9AD8;&#x3044;&#x624B;&#x6BB5;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x5F79;&#x7ACB;&#x3064;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x4E3B;&#x5F35;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;DNA &#x306E;&#x65AD;&#x7247;&#x5316;&#x3001;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9; misincorporations &#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x30D5;&#x30E9;&#x30B0;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8; &#x30B5;&#x30A4;&#x30BA; &#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x4E2D;&#x306E;&#x6D3E;&#x751F;&#x30A2;&#x30EC;&#x30EB;&#x983B;&#x5EA6;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x306E;&#x7BC4;&#x56F2;&#x306A;&#x3069;&#x306E;&#x9593;&#x63A5;&#x624B;&#x6BB5;&#x304C;&#x4FE1;&#x983C;&#x6027;&#x306E;&#x9AD8;&#x3044;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x5E78;&#x3044;&#x306B;&#x3082;&#x3001;mtDNA &#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x3001;&#x73FE;&#x5728;&#x30D2;&#x30C8; Y &#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x901A;&#x3058;&#x3066;&#x7537;&#x6027;&#x6C5A;&#x67D3;&#x306E;&#x691C;&#x51FA;&#x306E;&#x9055;&#x3044;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x304F;&#x3001;&#x5E38;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x512A;&#x6027;&#x306E;&#x6C5A;&#x67D3;&#x3092;&#x691C;&#x51FA;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x540C;&#x3058;&#x5316;&#x77F3;&#x304B;&#x3089;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x7E70;&#x308A;&#x8FD4;&#x3059;&#x4E2D;&#x9593;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1; &#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x521D;&#x671F;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x8A31;&#x53EF;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x306F;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x3068;&#x5C06;&#x6765;&#x306E;&#x76F4;&#x63A5;&#x8A66;&#x91D1;&#x306E;&#x6C5A;&#x67D3;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x5F79;&#x7ACB;&#x3064;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x73FE;&#x5728;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x6838;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x56FA;&#x5B9A;&#x306E;&#x9055;&#x3044;&#x306E;&#x767A;&#x898B;&#x306B;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5C06;&#x6765;&#x53EF;&#x80FD;&#x306B;&#x306A;&#x308B;&#x304B;&#x3082;&#x3057;&#x308C;&#x306A;&#x3044;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x4ED6;&#x5316;&#x77F3;&#x306E;&#x30DB;&#x30DF;&#x30CB;&#x30F3;&#x306E;&#x89E3;&#x6790;&#x3088;&#x308A;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x7684;&#x306A;&#x76F4;&#x63A5;&#x8A66;&#x91D1;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x5341;&#x5206;&#x306A;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x53D6;&#x5F97;&#x3059;&#x308B;&#x307E;&#x3067;&#x306E;&#x66AB;&#x5B9A;&#x7684;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x306E;&#x9069;&#x7528;&#x3068;&#x540C;&#x69D8; &#39;&#x30D6;&#x30FC;&#x30C8; &#x30B9;&#x30C8;&#x30E9;&#x30C3;&#x30D7;&#39; &#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x304A;&#x52E7;&#x3081;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3068;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x306E;&#x4FE1;&#x6191;&#x6027;&#x3002;

&#xB192;&#xC740; thoughput DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC758; &#xCD5C;&#xADFC; &#xBC1C;&#xC804; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xBA78;&#xC885; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xADDC;&#xBAA8; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xB9CC;&#xB4E4;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xAE30;&#xD68C;&#xC640; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC5B4;&#xB824;&#xC6C0; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAC80;&#xC0C9;&#xC758; &#xC2E0;&#xB8B0;&#xC131;&#xC744; &#xD3C9;&#xAC00; &#xC11C;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC5B4;&#xB5BB;&#xAC8C; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xBB38;&#xC81C;&#xAC00; &#xD574;&#xACB0; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xB294;, Neandertal &#xAC8C;&#xB188; &#xBD84;&#xC11D;&#xC5D0; &#xAD00;&#xD574;&#xC11C;&#xB294; &#xD2B9;&#xD788; &#xB17C;&#xC758;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xD604;&#xB300; &#xC778;&#xAC04; &#xC73C;&#xB85C;&#xBD80;&#xD130; Neandertals &#xB2E4; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC704;&#xCE58;&#xC758; &#xC9C1;&#xC811; &#xBD84;&#xC11D; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC624;&#xC5FC; &#xC608;&#xCE21;&#xC744; &#xC2E0;&#xB8B0;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xC218;&#xB2E8;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC8FC;&#xC7A5; &#xD55C;&#xB2E4;. DNA &#xBD84;&#xC5F4;, &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; misincorporations, &#xB610;&#xB294; &#xB2E4;&#xB978; &#xC870;&#xAC01; &#xD06C;&#xAE30; &#xD074;&#xB798;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD30C;&#xC0DD; &#xB41C; &#xB300;&#xB9BD; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBE48;&#xB3C4;&#xC758; &#xBE44;&#xAD50;&#xC758; &#xC815;&#xB3C4; &#xB4F1;&#xC758; &#xAC04;&#xC811; &#xC870;&#xCE58; &#xC2E0;&#xB8B0;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB2E4;&#xD589;&#xD788;&#xB3C4;, Neandertals&#xC640; &#xD604;&#xC7AC; &#xC778;&#xAC04;, Y &#xC5FC;&#xC0C9;&#xCCB4; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xD1B5;&#xD574; &#xB0A8;&#xC131; &#xC624;&#xC5FC; &#xD0D0;&#xC9C0; mtDNA &#xCC28;&#xC774;&#xC810;&#xC5D0; &#xAE30;&#xBC18; &#xD558; &#xACE0; autosomal &#xC624;&#xC5FC; &#xAC10;&#xC9C0;&#xB97C; &#xAC19;&#xC740; &#xD654;&#xC11D;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xBC18;&#xBCF5; &#xC911;&#xAC04; &#xC811;&#xADFC; Neandertal &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xCD08;&#xAE30; &#xB300;&#xADDC;&#xBAA8; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xD5C8;&#xC6A9;. &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; Neandertals&#xC640; &#xC624;&#xC5FC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBBF8;&#xB798;&#xC758; &#xC9C1;&#xC811; &#xBD84;&#xC11D; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xD604;&#xC7AC; &#xC778;&#xAC04; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xD575; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0;&#xC11C; &#xACE0;&#xC815;&#xB41C; &#xCC28;&#xC774;&#xC758; &#xBC1C;&#xACAC;. &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xBBF8;&#xB798;&#xC5D0; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;, &#xB2E4;&#xB978; &#xD654;&#xC11D; hominins&#xC758; &#xBD84;&#xC11D;&#xC740; &#xB354; &#xD655;&#xC2E4; &#xD55C; &#xC9C1;&#xC811; &#xBD84;&#xC11D; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xCDA9;&#xBD84; &#xD55C; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xB97C; &#xC778;&#xC218; &#xD558;&#xB294; &#xB54C;&#xAE4C;&#xC9C0; &#xC784;&#xC2DC; &#xC811;&#xADFC; &#xC801;&#xC6A9; &#xB418;&#xB294; &#xC720;&#xC0AC;&#xD55C; &#39; &#xBD80;&#xD2B8; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB7A9; &#39; &#xC811;&#xADFC; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xAC83;&#xC774; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Neandertal &#xAC8C;&#xB188;&#xACFC; &#xACE0; &#xB300; DNA &#xC2E0;&#xB8B0;&#xC131;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Los avances recientes en la secuencia de la DNA de alto-thoughput, an&aacute;lisis del genoma-escala de genomas de organismos extintos han hecho posible. Con estas nuevas oportunidades vienen nuevas dificultades para evaluar la autenticidad de las secuencias de ADN obtenido. Discutimos c&oacute;mo pueden abordarse estas dificultades, particularmente en relaci&oacute;n con el an&aacute;lisis del genoma Neandertal. Sostenemos que s&oacute;lo directos ensayos de posiciones de la secuencia de ADN en los que los neandertales difieren de todos los seres humanos contempor&aacute;neos pueden servir como un medio confiable para estimar la contaminaci&oacute;n humana. Medidas indirectas, como el grado de fragmentaci&oacute;n de ADN, misincorporations nucle&oacute;tido o comparaci&oacute;n de frecuencias de alelos derivadas en clases de tama&ntilde;o diferentes fragmentos, no son confiables. Afortunadamente, provisionales enfoques basados en las diferencias de mtDNA entre neandertales y humanos actuales, detecci&oacute;n de contaminaci&oacute;n masculina a trav&eacute;s Y secuencias cromos&oacute;micas y repite la secuencia desde el mismo f&oacute;sil para detectar la contaminaci&oacute;n de un autosoma permiten inicial a gran escala secuenciaci&oacute;n del genoma del Neandertal. Esto resultar&aacute; en el descubrimiento de diferencias fijos en el genoma nuclear entre neandertales y humanos actuales que pueden servir como futuros ensayos directos de contaminaci&oacute;n. Para el an&aacute;lisis de otros hom&iacute;nidos f&oacute;siles, que pueden ser posible en el futuro, le sugerimos un enfoque &#39;el&aacute;stico de bota&#39; similar en que se aplican enfoques provisionales hasta que se adquieren los datos suficientes para ensayos directos m&aacute;s definitivos.

El genoma del Neandertal y autenticidad de ADN antiguo.

&#x786E;&#x5B9A;&#x4ECE;&#x53E4;&#x4EE3;&#x751F;&#x7269;&#x7684; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x6709;&#x9AD8;&#x7684;&#x9519;&#x8BEF;&#x7387;&#xFF0C;&#x4E3B;&#x8981;&#x662F;&#x7531;&#x4E8E;&#x5C3F;&#x5627;&#x5576;&#x57FA;&#x5730;&#x521B;&#x5EFA;&#x7684;&#x80DE;&#x5627;&#x5576;&#x8131;&#x6C28;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F7F;&#x7528;&#x5408;&#x6210;&#x7684;&#x5BE1;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x4ECE;&#x731B;&#x72B8;&#x8C61;&#x548C; Neandertal &#x9057;&#x9AB8;&#x4E2D;&#x63D0;&#x53D6;&#x7684; DNA&#xFF0C;&#x4EE5;&#x663E;&#x793A;&#x5C3F;&#x5627;&#x5576;-DNA-&#x7CD6;&#x82F7;&#x9176;&#x4E0E;&#x6838;&#x9178;&#x5185;&#x5207;&#x9176;&#x516B;&#x6CBB;&#x7597;&#x4E2D;&#x5C3F;&#x5627;&#x5576;&#x6B8B;&#x7559;&#x5220;&#x9664;&#x4ECE;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x548C;&#x4FEE;&#x590D;&#x5927;&#x90E8;&#x5206;&#x4EA7;&#x751F;&#x4ECE;&#x65E0;&#x5230;&#x6709;&#x7F51;&#x7AD9;&#xFF0C;&#x79BB;&#x5F00;&#x672A;&#x635F;&#x574F;&#x90E8;&#x4EF6;&#x7684; DNA &#x7247;&#x6BB5;&#x4E0D;&#x53D8;&#x3002;Neandertal DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x4E0E;&#x672C;&#x8BAE;&#x5B9A;&#x4E66;&#x786E;&#x5B9A;&#x6781;&#x5927;&#x5730;&#x589E;&#x52A0;&#x4E86;&#x51C6;&#x786E;&#x6027;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E; Neandertal DNA &#x4FDD;&#x7559;&#x4F53;&#x5185; CpG &#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x6A21;&#x5F0F;&#xFF0C;&#x53EF;&#x80FD;&#x4F1A;&#x8BA9;&#x672A;&#x6765;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x5931;&#x6D3B;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x548C;&#x5370;&#x8FF9;&#x5728;&#x8FDC;&#x53E4;&#x751F;&#x7269;&#x3002;

&#x53BB;&#x9664; deaminated &#x7684; cytosines &#x548C;&#x4F53;&#x5185;&#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x53E4; DNA &#x68C0;&#x6D4B;&#x3002;

DNA sequences determined from ancient organisms have high error rates, primarily due to uracil bases created by cytosine deamination. We use synthetic oligonucleotides, as well as DNA extracted from mammoth and Neandertal remains, to show that treatment with uracil-DNA-glycosylase and endonuclease VIII removes uracil residues from ancient DNA and repairs most of the resulting abasic sites, leaving undamaged parts of the DNA fragments intact. Neandertal DNA sequences determined with this protocol have greatly increased accuracy. In addition, our results demonstrate that Neandertal DNA retains in vivo patterns of CpG methylation, potentially allowing future studies of gene inactivation and imprinting in ancient organisms.

Removal of deaminated cytosines and detection of in vivo methylation in ancient DNA.

Les s&eacute;quences d&#39;ADN d&eacute;termin&eacute;es &agrave; partir d&#39;anciens organismes ont des taux d&#39;erreur &eacute;lev&eacute;s, en raison surtout de l&#39;uracile bases cr&eacute;&eacute;s par d&eacute;samination de la cytosine. Nous utilisons des oligonucl&eacute;otides synth&eacute;tiques, mais aussi l&#39;ADN extrait de mammouth et de restes de Neandertal, pour montrer que le traitement avec uracile-ADN-glycosylase et endonucl&eacute;ase VIII supprime les r&eacute;sidus de l&#39;uracile d&#39;ADN ancien et r&eacute;pare la plupart des sites abasiques qui en r&eacute;sulte, laissant intact les parties de l&#39;ADN fragments intacts. Les s&eacute;quences d&#39;ADN de Neandertal d&eacute;termin&eacute;s avec ce protocole ont grandement accru la pr&eacute;cision. En outre, nos r&eacute;sultats d&eacute;montrent que les ADN de Neandertal conserve des mod&egrave;les in vivo de la m&eacute;thylation de la CpG, potentiellement permettant les futures &eacute;tudes d&#39;inactivation de g&egrave;nes et d&#39;impression dans les anciens organismes.

Enl&egrave;vement des cytosines d&eacute;samin&eacute;s et d&eacute;tection d&#39;in vivo m&eacute;thylation de l&#39;ADN ancien.

DNA-Sequenzen, die aus alten Organismen ermittelt haben hohe Fehlerquoten, vor allem durch Uracil Grundlagen erstellt von Cytosin Deamination. Wir verwenden synthetische Oligonukleotide, sowie DNA extrahiert aus Mammut und Neandertal bleibt, um anzuzeigen, dass die Behandlung mit Uracil-DNA-Glycosylase und Endonuklease VIII alte DNA Uracil R&uuml;ckst&auml;nde entfernt und repariert die meisten resultierende abasic Websites, unbesch&auml;digt verlassen Teile der DNA Fragmente intakt. Neandertal DNA-Sequenzen, die mit diesem Protokoll bestimmt haben die Genauigkeit stark zugenommen. Dar&uuml;ber hinaus zeigen unsere Ergebnisse, dass Neandertal DNA in vivo Muster der CpG Methylierung, beh&auml;lt sich potenziell so dass zuk&uuml;nftige Studien der Gen-Inaktivierung und Pr&auml;gung in alten Organismen.

Entfernung von deaminated Cytosines und Erkennung der in-vivo-Methylierung in alte DNA.

Sequenze di DNA determinate da antichi organismi hanno tassi di errore elevato, principalmente a causa di uracile basi creati da deaminazione della citosina. Usiamo oligonucleotides sintetici, come pure il DNA Estratto da mammut e resti di Neandertal, per mostrare che il trattamento con uracile-DNA-glycosylase ed endonucleasi VIII rimuove i residui di uracile dal DNA antico e ripara la maggior parte dei siti abasic risultante, lasciando integro parti del DNA frammenti intatti. Sequenze di DNA Neandertal determinate con questo protocollo hanno notevolmente aumentato la precisione. Inoltre, i nostri risultati dimostrano che DNA Neandertal conserva modelli in vivo di CpG metilazione, potenzialmente permettendo che gli studi futuri di inattivazione del gene e l&#39;imprinting di antichi organismi.

Rimozione di cytosines deaminati e rilevamento di metilazione in vivo nel DNA antico.

&#x53E4;&#x4EE3;&#x751F;&#x7269;&#x304B;&#x3089;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x308B; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306F;&#x4E3B;&#x306B;&#x30A6;&#x30E9;&#x30B7;&#x30EB;&#x5869;&#x57FA;&#x306E;&#x30B7;&#x30C8;&#x30B7;&#x30F3;&#x8131;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x5316;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x4F5C;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x305F;&#x3081;&#x3001;&#x9AD8;&#x3044;&#x8AA4;&#x308A;&#x7387;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30A6;&#x30E9;&#x30B7;&#x30EB; DNA &#x30B0;&#x30EA;&#x30B3;&#x30B7;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC;&#x3068;&#x30A8;&#x30F3;&#x30C9;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30A2;&#x30FC;&#x30BC; VIII &#x6CBB;&#x7642;&#x306F;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x306E;&#x30A6;&#x30E9;&#x30B7;&#x30EB;&#x6B8B;&#x57FA;&#x3092;&#x524A;&#x9664;&#x3057;&#x3001;&#x7121;&#x50B7;&#x3092;&#x6B8B;&#x3057;&#x3001;&#x7D50;&#x679C;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x5F97;&#x3089;&#x308C;&#x308B;&#x8131;&#x5869;&#x57FA;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306E;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306E;&#x4FEE;&#x7406;&#x3092;&#x8868;&#x793A;&#x3059;&#x308B;&#x90E8;&#x54C1; DNA &#x306E;&#x30D5;&#x30E9;&#x30B0;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x307E;&#x307E;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x5408;&#x6210;&#x30AA;&#x30EA;&#x30B4;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x30DE;&#x30F3;&#x30E2;&#x30B9;&#x3084;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E;&#x907A;&#x4F53;&#x304B;&#x3089;&#x62BD;&#x51FA;&#x3057;&#x305F; DNA &#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C8;&#x30B3;&#x30EB;&#x3067;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x306E;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306F;&#x3001;&#x7CBE;&#x5EA6;&#x5927;&#x5E45;&#x5897;&#x52A0;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E; DNA &#x304C;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x4E0D;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x306E;&#x5C06;&#x6765;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x3092;&#x8A31;&#x53EF;&#x3057;&#x3066;&#x53E4;&#x4EE3;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x5237;&#x308A;&#x8FBC;&#x307F;&#x306B; CpG &#x306E;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x306E; in vivo &#x3067;&#x306E;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x3092;&#x4FDD;&#x6301;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

Deaminated &#x30B7;&#x30C8;&#x30B7;&#x30F3;&#x3068;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x751F;&#x4F53;&#x5185;&#x3067;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x306E;&#x691C;&#x51FA;&#x306E;&#x9664;&#x53BB;&#x3002;

DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xACE0;&#xB300;&#xC758; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xACB0;&#xC815; &#xC2DC; &#xD0C8;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xB9CC;&#xB4E4;&#xC5B4;&#xC9C4; uracil &#xAE30;&#xC9C0; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xC8FC;&#xB85C; &#xB192;&#xC740; &#xC624;&#xB958; &#xBE44;&#xC728;&#xC774; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xB9D8;&#xBAA8;&#xC2A4; &#xBC0F; Neandertal&#xC5D0;&#xC11C; &#xCD94;&#xCD9C;&#xD55C; DNA&#xB85C; &#xC11C; &#xD569;&#xC131; oligonucleotides &#xC0AC;&#xC6A9;, &#xD45C;&#xC2DC; uracil DNA glycosylase&#xC640; endonuclease 8 &#xC138; &#xCE58;&#xB8CC; &#xACE0; &#xB300; DNA&#xC5D0;&#xC11C; uracil &#xC794;&#xB958;&#xBB3C;&#xC744; &#xC81C;&#xAC70; &#xD558; &#xACE0; &#xC190;&#xC0C1; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740; &#xB5A0;&#xB098;&#xB294; &#xACB0;&#xACFC; abasic &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC744; &#xBCF5;&#xAD6C; &#xD558;&#xB294; DNA&#xC758; &#xBD80;&#xBD84; &#xC870;&#xAC01; &#xADF8;&#xB300;&#xB85C;. &#xC774; &#xD504;&#xB85C;&#xD1A0;&#xCF5C;&#xC744; &#xACB0;&#xC815; &#xD558;&#xB294; Neandertal DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xD06C;&#xAC8C; &#xC815;&#xD655;&#xB3C4; &#xC99D;&#xAC00;. &#xB610;&#xD55C;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xACB0;&#xACFC; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBE44;&#xD65C;&#xC131;&#xD654;&#xC758; &#xBBF8;&#xB798; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xB97C; &#xD5C8;&#xC6A9; &#xD558; &#xACE0; &#xACE0; &#xB300; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xC5D0; &#xAC01; &#xC778; Neandertal DNA vivo&#xC5D0;&#xC11C; CpG &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; &#xD328;&#xD134;&#xC744; &#xC720;&#xC9C0; &#xD558;&#xB294; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Deaminated cytosines &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; vivo&#xC5D0;&#xC11C; &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; &#xACE0; &#xB300; dna&#xC5D0;&#xC11C;&#xC758; &#xAC80;&#xCD9C;&#xC758; &#xC81C;&#xAC70;.

Secuencias de ADN determinadas organismos antiguos tienen tasas de error altas, debido principalmente a uracilo bases creadas por desaminaci&oacute;n de la citosina. Utilizamos oligonucle&oacute;tidos sint&eacute;ticos, as&iacute; como ADN extra&iacute;do de mamut y restos de Neandertal, para mostrar que el tratamiento con uracil-DNA-glicosilasa y endonucleasa VIII elimina residuos de uracilo ADN antiguo y repara la mayor&iacute;a de los sitios un resultantes, dejando intacto fragmentos de piezas del ADN intacto. Secuencias de ADN de Neandertal determinadas con este protocolo han aumentado grandemente la precisi&oacute;n. Adem&aacute;s, nuestros resultados demuestran que ADN de Neandertal conserva vivo en patrones de metilaci&oacute;n CpG, potencialmente permitiendo estudios futuros de inactivaci&oacute;n del gen e imprimiendo en organismos antiguos.

Retiro de cytosines deaminated y detecci&oacute;n de metilaci&oacute;n en vivo en ADN antiguo.

&#x4ECE;&#x65E9;&#x671F;&#x73B0;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x7C7B; (EMHs) &#x7684; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x6062;&#x590D;&#x53EF;&#x4EE5;&#x63ED;&#x793A;&#x4E0E;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x7684;&#x53E4;&#x8001;&#x7FA4;&#x4F53;&#x53CA;&#x5176;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x548C;&#x5B83;&#x4EEC;&#x5728;&#x5F53;&#x524D;&#x7684;&#x4EBA;&#x53E3;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x5173;&#x7CFB;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x79CD;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x662F;&#x5F88;&#x6709;&#x95EE;&#x9898;&#x7684;&#x56E0;&#x4E3A;&#x5F53;&#x4ECA;&#x4EBA;&#x7C7B; DNA &#x7ECF;&#x5E38;&#x6C61;&#x67D3;&#x9AA8;&#x5934; [1&#xFF0C;2]&#x3002;&#x4F8B;&#x5982;&#xFF0C;&#x5728;&#x6700;&#x8FD1;&#x7684;&#x4E00;&#x9879;&#x7814;&#x7A76;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53; (mt) DNA &#x4ECE;&#x65B0;&#x77F3;&#x5668;&#x65F6;&#x4EE3;&#x7684;&#x6B27;&#x6D32;&#x9AA8;&#x67B6;&#xFF0C;&#x5E8F;&#x5217;&#x53D8;&#x5F02;&#x53EA;&#x91C7;&#x53D6;&#x4E86;&#x771F;&#x786E;&#x5982;&#x679C;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x6CA1;&#x6709;&#x6216;&#x7F55;&#x89C1;&#x7684;&#x73B0;&#x65F6;&#x7684;&#x4EBA;&#x53E3;&#xFF0C;&#x800C;&#x5176;&#x4ED6;&#x4EBA;&#x4E5F;&#x8981;&#x6298;&#x6263;&#x5C3D;&#x53EF;&#x80FD;&#x6C61;&#x67D3; [3&#xFF0C;4]&#x3002;&#x8FD9;&#x9650;&#x5236;&#x4E86;&#x5BF9;&#x6709;&#x6548;&#x5E02;&#x573A;&#x5047;&#x8BF4;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x643A;&#x5E26;&#x7F55;&#x89C1;&#x5E8F;&#x5217;&#x5206;&#x6790;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x800C;&#x4EA7;&#x751F;&#x504F;&#x89C1;&#xFF0C;&#x89C6;&#x53E4;&#x4EE3;&#x57FA;&#x56E0;&#x6C60;&#x3002;&#x5176;&#x4ED6;&#x529E;&#x6CD5;&#x786E;&#x5B9A;&#x6C61;&#x67D3;&#x7684; DNA&#xFF0C;&#x5982;&#x6709;&#x6295;&#x5165;&#x7684;&#x6240;&#x6709;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x90FD;&#x8054;&#x7CFB;&#x4E0E;&#x6837;&#x672C;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x5206;&#x578B;&#x7684;&#x6807;&#x672C;&#x662F;&#x53EF;&#x80FD;&#x7684;&#x60C5;&#x51B5;&#x4E0B;&#x9650;&#x5236;&#x5206;&#x6790; [5&#x3001; 6] &#x5E76;&#x4E14;&#x4E0D;&#x80FD;&#x6392;&#x9664;&#x6240;&#x6709;&#x53EF;&#x80FD;&#x7684;&#x6C61;&#x67D3;&#x6765;&#x6E90;&#x3002;&#x901A;&#x8FC7;&#x7814;&#x7A76; mtDNA Neandertal &#x9057;&#x9AB8;&#xFF0C;&#x90A3;&#x91CC;&#x53EF;&#x4EE5;&#x533A;&#x5206;&#x6C61;&#x67D3;&#x548C;&#x5185;&#x6E90;&#x6027; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x663E;&#x793A;&#x788E;&#x7247;&#x6A21;&#x5F0F;&#x548C;&#x6838;&#x82F7;&#x9178; misincorporations &#x53EF;&#x4EE5;&#x7528;&#x4E8E;&#x8861;&#x91CF;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x771F;&#x5B9E;&#x6027;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F7F;&#x7528;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x529F;&#x80FD;&#x6765;&#x786E;&#x5B9A;&#x4ECE;&#x5927;&#x7EA6; 30,000 &#x5C81;&#x6709;&#x6548;&#x5E02;&#x573A;&#x5047;&#x8BF4;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x4FC4;&#x7F57;&#x65AF;&#x7684; Kostenki 14 &#x7AD9;&#x70B9;&#x7684;&#x5B8C;&#x6574;&#x7684; mtDNA &#x5E8F;&#x5217;&#x3002;

&#x65E9;&#x671F;&#x7684;&#x73B0;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x7C7B;&#xFF0C;&#x4ECE; Kostenki&#xFF0C;&#x4FC4;&#x7F57;&#x65AF;&#x7684;&#x5B8C;&#x6574;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x3002;

The recovery of DNA sequences from early modern humans (EMHs) could shed light on their interactions with archaic groups such as Neandertals and their relationships to current human populations. However, such experiments are highly problematic because present-day human DNA frequently contaminates bones [1, 2]. For example, in a recent study of mitochondrial (mt) DNA from Neolithic European skeletons, sequence variants were only taken as authentic if they were absent or rare in the present population, whereas others had to be discounted as possible contamination [3, 4]. This limits analysis to EMH individuals carrying rare sequences and thus yields a biased view of the ancient gene pool. Other approaches of identifying contaminating DNA, such as genotyping all individuals who have come into contact with a sample, restrict analyses to specimens where this is possible [5, 6] and do not exclude all possible sources of contamination. By studying mtDNA in Neandertal remains, where contamination and endogenous DNA can be distinguished by sequence, we show that fragmentation patterns and nucleotide misincorporations can be used to gauge authenticity of ancient DNA sequences. We use these features to determine a complete mtDNA sequence from a approximately 30,000-year-old EMH from the Kostenki 14 site in Russia.

A complete mtDNA genome of an early modern human from Kostenki, Russia.

La r&eacute;cup&eacute;ration de s&eacute;quences d&#39;ADN des premiers humains modernes (EMHs) pourrait faire la lumi&egrave;re sur leurs interactions avec les groupes archa&iuml;ques comme les N&eacute;andertaliens et leurs relations avec les populations humaines actuelles. Toutefois, ces exp&eacute;riences sont tr&egrave;s probl&eacute;matiques parce que l&#39;ADN humain actuel contamine fr&eacute;quemment OS [1, 2]. Par exemple, dans une &eacute;tude r&eacute;cente de mitochondrial (mt) ADN du n&eacute;olithiques europ&eacute;ens squelettes, s&eacute;quence variantes n&#39;&eacute;taient prises aussi authentiques que si elles &eacute;taient absentes ou rares dans la population actuelle, tandis que d&#39;autres devaient &ecirc;tre r&eacute;duits que possible contamination [3, 4]. Cela limite l&#39;analyse aux individus EMH transportant des s&eacute;quences rares et donne ainsi une vue biais&eacute;e de l&#39;ancien pool g&eacute;nique. Autres approches d&#39;identifier la contamination ADN, comme le g&eacute;notypage tous les individus qui sont entr&eacute;s en contact avec un &eacute;chantillon, limitent les analyses aux sp&eacute;cimens lorsque cela est possible [5, 6] et n&#39;excluent pas toutes les sources possibles de contamination. En &eacute;tudiant l&#39;ADN mitochondrial dans les restes de Neandertal, o&ugrave; la contamination et l&#39;ADN endog&egrave;ne se distingue par la s&eacute;quence, nous montrons que les patrons de fragmentation et de misincorporations de nucl&eacute;otides peuvent servir pour &eacute;valuer l&#39;authenticit&eacute; des s&eacute;quences d&#39;ADN anciens. Ces caract&eacute;ristiques nous permet de d&eacute;terminer une s&eacute;quence d&#39;ADN mitochondrial complet d&#39;un EMH environ 30 000 ans sur le site de 14 Kostenki en Russie.

Un g&eacute;nome d&#39;ADN mitochondrial complet d&#39;un homme modern pr&eacute;coce de Kostenki en Russie.

Die Wiederherstellung der DNA-Sequenzen von fr&uuml;hen modernen Menschen (EMHs) k&ouml;nnte Aufschluss &uuml;ber ihre Interaktionen mit archaischen Gruppen wie Neandertals und ihre Beziehungen zur aktuellen menschlichen Populationen. Solche Experimente sind jedoch sehr problematisch, da die heutigen menschlicher DNA h&auml;ufig Knochen [1, 2] Verunreinigungen. Beispielsweise in einer k&uuml;rzlich durchgef&uuml;hrten Studie der Mitochondrien (Mt) DNA von neolithischen Europ&auml;ische Skelette, Sequenz, die Varianten nur so authentisch getroffen wurden, wenn sie abwesend waren oder selten in der heutigen Bev&ouml;lkerung, w&auml;hrend andere werden mussten als m&ouml;gliche Verunreinigung [3, 4 abgezinst]. Dadurch werden Analyse EMH Einzelpersonen tragen seltene Sequenzen und somit ergibt sich eine voreingenommene Blick von der alten Genlache. Andere Ans&auml;tze zur Identifizierung kontaminierender DNA, wie alle Individuen, die kommen, in Kontakt mit einer Stichprobe, die Genotypisierung beschr&auml;nken Analysen f&uuml;r Exemplare, wo dies m&ouml;glich ist [5, 6] und alle m&ouml;gliche Quellen der Verunreinigung nicht ausschlie&szlig;en. Durch das Studium von MtDNA in Neandertal bleibt, wo Kontamination und endogene DNA Reihenfolge unterschieden werden k&ouml;nnen, zeigen wir, dass Fragmentierung Muster und Nukleotid-Misincorporations zum Messen der Authentizit&auml;t des alten DNA-Sequenzen verwendet werden k&ouml;nnen. Wir verwenden diese Features, um eine komplette MtDNA-Sequenz aus einer rund 30.000 Jahre alte EMH vom Standort Kostenki 14 in Russland zu bestimmen.

Eine komplette MtDNA-Genom von einem fr&uuml;hen modernen Menschen aus Kostenki, Russland.

Il recupero delle sequenze del DNA dai primi esseri umani moderni (EMHs) potrebbe far luce sulle loro interazioni con gruppi arcaiche come Neandertals e delle loro relazioni attuali popolazioni umane. Tuttavia, tali esperimenti sono altamente problematici perch&eacute; attuale DNA umano spesso contamina ossa [1, 2]. Ad esempio, in un recente studio del DNA mitocondriale (mt) dal neolitici europei scheletri, sequenza di varianti sono state prese come autentiche solo se fossero assenti o rari nella popolazione presente, mentre gli altri hanno dovuto essere scontati come possibili contaminazioni [3, 4]. Questo limita l&#39;analisi ai singoli EMH portando rare sequenze e quindi produce una vista parziale del patrimonio genetico antico. Altri approcci di identificazione di contaminazione del DNA, come ad esempio la genotipizzazione di tutti gli individui che sono entrati in contatto con un campione, limitano l&#39;analisi a campioni dove questo &egrave; possibile [5, 6] e non escludere tutte le possibili fonti di contaminazione. Dallo studio del DNA mitocondriale in resti di Neandertal, dove la contaminazione e DNA endogeno si possono distinguere dalla sequenza, mostriamo che motivi di frammentazione e misincorporations nucleotide pu&ograve; essere utilizzato per valutare l&#39;autenticit&agrave; delle sequenze del DNA antiche. Usiamo queste caratteristiche per determinare una sequenza completa del mtDNA da un EMH circa 30.000 anni fa dal sito Kostenki 14 in Russia.

Un genoma completo del DNA mitocondriale di un inizio umano moderno da Kostenki, Russia.

DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x65E9;&#x3044;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593; &#xFF08;EMHs&#xFF09; &#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x56DE;&#x5FA9;&#x306F;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x306A;&#x3069;&#x306E;&#x53E4;&#x98A8;&#x306A;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x3068;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3068;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x73FE;&#x5728;&#x306E;&#x4EBA;&#x53E3;&#x306E;&#x95A2;&#x4FC2;&#x306B;&#x5149;&#x3092;&#x5F53;&#x3066;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E; DNA &#x306F;&#x983B;&#x7E41;&#x306B;&#x9AA8; [1, 2] &#x3092;&#x6C5A;&#x67D3;&#x3059;&#x308B;&#x306E;&#x3067;&#x305D;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x5B9F;&#x9A13;&#x306F;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x554F;&#x984C;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305F;&#x3068;&#x3048;&#x3070;&#x3001;&#x6700;&#x8FD1;&#x306E;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2; (mt &#x306E;) DNA &#x65B0;&#x77F3;&#x5668;&#x6642;&#x4EE3;&#x306E;&#x6B27;&#x5DDE;&#x306E;&#x30B9;&#x30B1;&#x30EB;&#x30C8;&#x30F3;&#x3001;&#x30D0;&#x30EA;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x307F;&#x4E0D;&#x5728;&#x3060;&#x3063;&#x305F;&#x304B;&#x4ED6;&#x306E;&#x3082;&#x306E;&#x3059;&#x308B;&#x5FC5;&#x8981;&#x304C;&#x3042;&#x308B;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3001;&#x73FE;&#x5728;&#x306E;&#x4EBA;&#x53E3;&#x3067;&#x306F;&#x73CD;&#x3057;&#x3044;&#x3001;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x9650;&#x308A;&#x6C5A;&#x67D3; [3, 4] &#x5272;&#x5F15;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x672C;&#x683C;&#x7684;&#x306A;&#x64AE;&#x5F71;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x304B;&#x3089;&#x7814;&#x7A76;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x306F;&#x307E;&#x308C;&#x306A;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x904B;&#x3076; EMH &#x500B;&#x4EBA;&#x306B;&#x5206;&#x6790;&#x3092;&#x5236;&#x9650;&#x3001;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x504F;&#x898B;&#x3092;&#x53E4;&#x4EE3;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30D7;&#x30FC;&#x30EB;&#x3068;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;DNA &#x3092;&#x6C5A;&#x67D3;&#x3059;&#x308B;&#x306E;&#x306B;&#x6765;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x500B;&#x4EBA;&#x306B;&#x9023;&#x7D61;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x3001;&#x30B8;&#x30A7;&#x30CE;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x306A;&#x3069;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x4ED6;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x306F;&#x3053;&#x308C;&#x304C;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x6A19;&#x672C;&#x306B;&#x5206;&#x6790;&#x3092;&#x5236;&#x9650;&#x3059;&#x308B; [5, 6] &#x3068;&#x6C5A;&#x67D3;&#x306E;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x30BD;&#x30FC;&#x30B9;&#x3092;&#x9664;&#x5916;&#x3057;&#x306A;&#x3044;&#x3067;&#x304F;&#x3060;&#x3055;&#x3044;&#x3002;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E;&#x307E;&#x307E;&#x3001;&#x3069;&#x3053;&#x3067;&#x6C5A;&#x67D3;&#x3068;&#x5185;&#x56E0;&#x6027; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3092;&#x533A;&#x5225;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3001;mtDNA &#x52C9;&#x5F37;&#x3057;&#x3066;&#x65AD;&#x7247;&#x5316;&#x306E;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x3068;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x306E; misincorporations &#x306F;&#x3001;&#x53E4;&#x4EE3;&#x306E; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x4FE1;&#x6191;&#x6027;&#x3092;&#x5224;&#x65AD;&#x3059;&#x308B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A; mtDNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x304B;&#x3089;&#x7D04; 30,000 &#x5E74;&#x524D; EMH &#x30ED;&#x30B7;&#x30A2;&#x3067; Kostenki 14 &#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x304B;&#x3089;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

Kostenki&#x3001;&#x30ED;&#x30B7;&#x30A2;&#x304B;&#x3089;&#x3001;&#x65E9;&#x3044;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A; mtDNA &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3002;

&#xCD08;&#xAE30; &#xD604;&#xB300; &#xC778;&#xAC04; (EMHs)&#xC5D0;&#xC11C; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xBCF5;&#xAD6C; Neandertals &#xAC19;&#xC740; &#xACE0;&#xB9AC; &#xD0C0; &#xBD84; &#xD55C; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC73C;&#xB85C; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xBC0F; &#xD604;&#xC7AC; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC778;&#xAD6C;&#xC5D0; &#xAC8C; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xAD00;&#xACC4;&#xC5D0; &#xC8FC;&#xC2E4; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xD604;&#xC7AC;&#xC758; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; DNA&#xB294; &#xC790;&#xC8FC; &#xBF08; [1, 2] &#xC624;&#xC5FC; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xBB38;&#xC81C;&#xAC00; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC608;&#xB97C; &#xB4E4;&#xC5B4;, &#xCD5C;&#xADFC; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xBBF8;&#xD1A0; &#xCF58; &#xB4DC;&#xB9AC; &#xC544; (&#xC0B0;) DNA&#xC758; &#xC2E0;&#xC11D;&#xAE30; &#xC2DC;&#xB300; &#xC720;&#xB7FD; &#xD574;&#xACE8;, &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBCC0;&#xC885;&#xB9CC; &#xCC0D;&#xC740; &#xC815;&#xD1B5; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC774; &#xACB0; &#xC11D; &#xD558;&#xAC70;&#xB098; &#xD604;&#xC7AC; &#xC778;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB4DC;&#xBB38; &#xBC18;&#xBA74; &#xB2E4;&#xB978; &#xD588;&#xB2E4; &#xD560;&#xC778; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xC624;&#xC5FC; [3, 4]&#xC5D0;&#xC11C;. &#xC774; &#xB4DC;&#xBB38; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xB4E4;&#xACE0; EMH &#xAC1C;&#xC778; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xC81C;&#xD55C; &#xD558; &#xACE0; &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; &#xC218;&#xC775;&#xB960;&#xC740; &#xACE0; &#xB300; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD480;&#xC758; &#xD55C;&#xCABD;&#xC73C;&#xB85C; &#xCE58;&#xC6B0;&#xCE5C;&#xB41C; &#xBCF4;&#xAE30;. DNA, &#xBAA8;&#xB4E0; &#xAC1C;&#xC778;&#xC5D0; &#xAC8C;&#xB85C; &#xC11C; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC744; &#xC811;&#xCD09; &#xD558;&#xB294; &#xC720;&#xC804;&#xD615; &#xB4F1; &#xC624;&#xC5FC; &#xC2DD;&#xBCC4;&#xC758; &#xB2E4;&#xB978; &#xC811;&#xADFC; &#xC81C;&#xD55C; &#xBD84;&#xC11D; &#xD45C;&#xBCF8; &#xC774;&#xAC83;&#xC774; &#xAC00;&#xB2A5; [5, 6] &#xC624;&#xC5FC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xC18C;&#xC2A4;&#xB97C; &#xC81C;&#xC678; &#xD558; &#xACE0;. Neandertal &#xB0A8;&#xC544;, &#xC5B4;&#xB514;&#xB85C; &#xC624;&#xC5FC; &#xBC0F; &#xC0DD; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xAD6C;&#xBD84;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;&#xC5D0; Mtdna&#xB97C; &#xACF5;&#xBD80; &#xD568;&#xC73C;&#xB85C;&#xC368; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC870;&#xAC01;&#xD654; &#xD328;&#xD134; &#xBC0F; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; misincorporations &#xACE0; &#xB300; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xC2E0;&#xB8B0;&#xC131;&#xC744; &#xCE21;&#xC815; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB7EC;&#xC2DC;&#xC544;&#xC5D0;&#xC11C; Kostenki 14 &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC57D; 30000 &#xC138; EMH&#xC5D0;&#xC11C; &#xC644;&#xC804; &#xD55C; mtDNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xD655;&#xC778; &#xD558;&#xB824;&#xBA74; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9;.

Kostenki, &#xB7EC;&#xC2DC;&#xC544;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC774;&#xB978; &#xD604;&#xB300; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC644;&#xC804; &#xD55C; mtDNA &#xAC8C;&#xB188;.

La recuperaci&oacute;n de secuencias de ADN de los seres humanos modernos tempranos (EMHs) podr&iacute;a arrojar luz sobre sus interacciones con grupos arcaicos como neandertales y sus relaciones con las poblaciones humanas actuales. Sin embargo, tales experimentos son altamente problem&aacute;ticos ya que ADN humano actual contamina con frecuencia huesos [1, 2]. Por ejemplo, en un reciente estudio de (mt) ADN mitocondrial del neol&iacute;ticos europeos esqueletos, secuencia variantes s&oacute;lo fueron tomadas como aut&eacute;nticas si fueran ausentes o raro en la poblaci&oacute;n actual, mientras que otros tuvieron que ser descontados como posible contaminaci&oacute;n [3, 4]. Esto limita el an&aacute;lisis a individuos EMH portadores de secuencias raras y as&iacute; produce una visi&oacute;n sesgada de la antigua piscina de gene. Otros enfoques de identificar contaminando el ADN, como el genotipado de todas las personas que han entrado en con con una muestra, restringen el an&aacute;lisis a muestras donde esto es posible [5, 6] y no excluyen todas las posibles fuentes de contaminaci&oacute;n. Mediante el estudio de ADNmt en restos de Neandertal, donde la contaminaci&oacute;n y el ADN end&oacute;geno pueden distinguirse por secuencia, demostramos que los patrones de fragmentaci&oacute;n y misincorporations nucle&oacute;tido pueden utilizarse para medir la autenticidad de las secuencias de ADN antiguas. Utilizamos estas caracter&iacute;sticas para determinar una secuencia completa de mtDNA de una EMH aproximadamente 30.000 a&ntilde;os desde el sitio de Kostenki 14 en Rusia.

Un genoma completo del mtDNA de un humano moderno temprano de Kostenki, Rusia.

&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#xFF0C;&#x5F53;&#x4ECA;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x7684;&#x8FDB;&#x5316;&#x8FD1;&#x4EB2;&#x5728;&#x4E09;&#x4E07;&#x5E74;&#x524D;&#x6D88;&#x5931;&#x4E4B;&#x524D;&#x4F4F;&#x5728;&#x6B27;&#x6D32;&#x548C;&#x897F;&#x4E9A;&#x7684;&#x5927;&#x90E8;&#x5206;&#x5730;&#x533A;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x76EE;&#x524D;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x4E09;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x4ECE;&#x8D85;&#x8FC7; 40 &#x4EBF;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x7EC4;&#x6210;&#x7684; Neandertal &#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x8349;&#x56FE;&#x3002;&#x6765;&#x81EA;&#x4E16;&#x754C;&#x5404;&#x5730;&#x7684;&#x4E94;&#x4E2A;&#x5F53;&#x4ECA;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684; Neandertal &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x6BD4;&#x8F83;&#x627E;&#x51FA;&#x4E00;&#x4E9B;&#x53EF;&#x80FD;&#x53D7;&#x7956;&#x4F20;&#x7684;&#x73B0;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x7C7B;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x6240;&#x6D89;&#x53CA;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x5728;&#x4EE3;&#x8C22;&#x548C;&#x8BA4;&#x77E5;&#x548C;&#x9AA8;&#x9ABC;&#x53D1;&#x5C55;&#x4E2D;&#x7684;&#x79EF;&#x6781;&#x9009;&#x62E9;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x533A;&#x57DF;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x663E;&#x793A;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x4E0E;&#x5F53;&#x4ECA;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x5728;&#x6492;&#x54C8;&#x62C9;&#x4EE5;&#x5357;&#x975E;&#x6D32;&#x4E0E;&#x6B27;&#x4E9A;&#x5927;&#x9646;&#x6BD4;&#x5F53;&#x4ECA;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x5171;&#x4EAB;&#x4E86;&#x66F4;&#x591A;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x53D8;&#x5F02;&#x6697;&#x793A;&#x5230;&#x975E;&#x975E;&#x6D32;&#x4EBA;&#x7684;&#x7956;&#x5148;&#x6765;&#x81EA;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x57FA;&#x56E0;&#x6D41;&#x53D1;&#x751F;&#x524D;&#x6B27;&#x4E9A;&#x96C6;&#x56E2;&#x7684;&#x5206;&#x6B67;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x5F7C;&#x6B64;&#x3002;

Neandertal &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x8349;&#x56FE;&#x3002;

Neandertals, the closest evolutionary relatives of present-day humans, lived in large parts of Europe and western Asia before disappearing 30,000 years ago. We present a draft sequence of the Neandertal genome composed of more than 4 billion nucleotides from three individuals. Comparisons of the Neandertal genome to the genomes of five present-day humans from different parts of the world identify a number of genomic regions that may have been affected by positive selection in ancestral modern humans, including genes involved in metabolism and in cognitive and skeletal development. We show that Neandertals shared more genetic variants with present-day humans in Eurasia than with present-day humans in sub-Saharan Africa, suggesting that gene flow from Neandertals into the ancestors of non-Africans occurred before the divergence of Eurasian groups from each other.

A draft sequence of the Neandertal genome.

N&#xE9;andertaliens, les parents les plus proches de l&#x26;#39;&#xE9;volution de l&#x26;#39;homme d&#x26;#39;aujourd&#x26;#39;hui, vivaient dans de grandes parties de l&#x26;#39;Europe et l&#x26;#39;Asie occidentale avant de dispara&#xEE;tre il ya 30.000 ans. Nous pr&#xE9;sentons un projet de s&#xE9;quence du g&#xE9;nome de Neandertal compos&#xE9; de plus de 4 milliards de nucl&#xE9;otides de trois individus. Les comparaisons du g&#xE9;nome de Neandertal aux g&#xE9;nomes de cinq humains actuels de diff&#xE9;rentes parties du monde, &#xE0; identifier un certain nombre de r&#xE9;gions g&#xE9;nomiques qui peuvent avoir &#xE9;t&#xE9; affect&#xE9;s par une s&#xE9;lection positive dans ancestrales humains modernes, y compris les g&#xE8;nes impliqu&#xE9;s dans le m&#xE9;tabolisme et dans le d&#xE9;veloppement cognitif et du squelette . Nous montrons que les N&#xE9;andertaliens en commun des variantes g&#xE9;n&#xE9;tiques avec plus humains actuels en Eurasie qu&#x26;#39;avec les humains d&#x26;#39;aujourd&#x26;#39;hui en Afrique sub-saharienne, ce qui sugg&#xE8;re que le flux de g&#xE8;nes &#xE0; partir de N&#xE9;andertaliens dans les anc&#xEA;tres de non-Africains a eu lieu avant la divergence des groupes d&#x26;#39;Eurasie de l&#x26;#39;autre .

Un projet de s&#xE9;quence du g&#xE9;nome de Neandertal

Neandertals, die evolution&auml;ren engsten Verwandten des heutigen Menschen, lebte in weiten Teilen von Europa und Westasien vor dem Verschwinden vor 30.000 Jahren. Wir pr&auml;sentieren eine Entwurf-Sequenz von der Neandertal von mehr als 4 Milliarden Nukleotiden aus drei Personen Genom. Vergleiche des Genoms Neandertal in den Genomen von f&uuml;nf heutigen Menschen aus verschiedenen Teilen der Welt identifizieren zahlreicher genomischen Regionen, die durch positive Selektion beim Vorfahren moderner Menschen, einschlie&szlig;lich der beteiligten Gene im Stoffwechsel und in der kognitiven und Skelett beeinflusst worden sein k&ouml;nnten. Wir zeigen, dass Neandertals gemeinsam weitere genetischen Varianten mit den heutigen Menschen in Eurasien als mit den heutigen Menschen in Subsahara-Afrika, darauf hindeutet, dass Genfluss von Neandertals in die Vorfahren der nicht-Afrikaner vor die Divergenz der eurasischen Gruppen voneinander aufgetreten sind.

Ein Entwurf-Sequenz des Genoms Neandertal.

Neandertals, i parenti evolutivi pi&ugrave; vicini degli esseri umani dell&#39;attuale, vissuto nelle grandi parti di Europa e dell&#39;Asia occidentale prima di sparire 30.000 anni fa. Vi presentiamo una sequenza di bozza di Neandertal genoma &egrave; composto da pi&ugrave; di 4 miliardi di nucleotidi da tre individui. Confronti del genoma di Neandertal per i genomi dei cinque esseri umani attuali provenienti da diverse parti del mondo identificano un numero di regioni genomiche che potrebbe essere stata influenzata dalla selezione positiva in esseri umani moderni ancestrali, inclusi geni coinvolti nel metabolismo e nello sviluppo cognitivo e scheletrico. Mostriamo che Neandertals condivisi pi&ugrave; varianti genetiche con gli esseri umani attuali in Eurasia rispetto con gli esseri umani attuali nell&#39;Africa subsahariana, suggerendo che flusso genico da Neandertals negli antenati degli africani non si &egrave; verificato prima la divergenza dei gruppi Eurasian da altro.

Una sequenza di bozza del genoma di Neandertal.

&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x3001;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x9032;&#x5316;&#x306E;&#x6700;&#x3082;&#x8FD1;&#x3044;&#x89AA;&#x621A;&#x306F;&#x3001;&#x6D88;&#x3048;&#x3066;&#x4E07;&#x5E74;&#x524D;&#x306B;&#x524D;&#x306B;&#x3001;&#x30E8;&#x30FC;&#x30ED;&#x30C3;&#x30D1;&#x3084;&#x897F;&#x30A2;&#x30B8;&#x30A2;&#x306E;&#x5927;&#x90E8;&#x5206;&#x306B;&#x4F4F;&#x3093;&#x3067;&#x3044;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306F;3&#x4EBA;&#x304B;&#x3089;40&#x5104;&#x500B;&#x306E;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x304B;&#x3089;&#x6210;&#x308B;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30C9;&#x30E9;&#x30D5;&#x30C8;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x63D0;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x4E16;&#x754C;&#x306E;&#x3055;&#x307E;&#x3056;&#x307E;&#x306A;&#x90E8;&#x5206;&#x304B;&#x3089;5&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x3068;&#x8A8D;&#x77E5;&#x3068;&#x9AA8;&#x683C;&#x306E;&#x767A;&#x9054;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x7956;&#x5148;&#x306E;&#x73FE;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x3001;&#x6B63;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5F71;&#x97FF;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x9818;&#x57DF;&#x306E;&#x756A;&#x53F7;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3002;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306F;&#x3001;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306F;&#x3001;&#x975E;&#x30A2;&#x30D5;&#x30EA;&#x30AB;&#x4EBA;&#x306E;&#x7956;&#x5148;&#x306B;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x6D41;&#x52D5;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3001;&#x30B5;&#x30CF;&#x30E9;&#x4EE5;&#x5357;&#x306E;&#x30A2;&#x30D5;&#x30EA;&#x30AB;&#x3067;&#x306F;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x30E6;&#x30FC;&#x30E9;&#x30B7;&#x30A2;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x3068;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x5909;&#x7570;&#x3092;&#x5171;&#x6709;&#x3057;&#x4E92;&#x3044;&#x306B;&#x30E6;&#x30FC;&#x30E9;&#x30B7;&#x30A2;&#xB7;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x306E;&#x5206;&#x5C90;&#x524D;&#x306B;&#x767A;&#x751F;&#x3057;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;

&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30C9;&#x30E9;&#x30D5;&#x30C8;&#x914D;&#x5217;

Neandertals, &#xD604;&#xC7AC;&#xC758; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC9C4;&#xD654; &#xAC00;&#xAE4C;&#xC6B4; &#xCE5C;&#xCC99; 30000 &#xB144; &#xC804;&#xC5D0; &#xC0AC;&#xB77C;&#xC838; &#xC804;&#xC5D0; &#xC720;&#xB7FD;&#xACFC; &#xC11C; &#xBD80; &#xC544;&#xC2DC;&#xC544;&#xC758; &#xB9CE;&#xC740; &#xBD80;&#xBD84;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0B4; &#xC558;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0;&#xC11C; 3 &#xAC1C;&#xC778;&#xC774; 4 &#xC5B5; &#xAC1C; &#xC774;&#xC0C1;&#xC758; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC;&#xB85C; &#xAD6C;&#xC131; &#xD558;&#xB294; Neandertal&#xC758; &#xCD08;&#xC548; &#xC21C;&#xC11C; &#xD604;&#xC7AC;. &#xC138;&#xACC4;&#xC758; &#xB2E4;&#xB978; &#xBD80;&#xBD84;&#xC5D0;&#xC11C; 5 &#xD604;&#xB300; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188;&#xC744; Neandertal &#xAC8C;&#xB188; &#xBE44;&#xAD50; &#xC870;&#xC0C1; &#xD604;&#xB300; &#xC778;&#xAC04;, &#xC2E0;&#xC9C4; &#xB300;&#xC0AC;&#xC5D0; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xB4F1; &#xC778;&#xC9C0; &#xBC0F; &#xACE8;&#xACA9; &#xBC1C;&#xB2EC;&#xC5D0; &#xAE0D;&#xC815;&#xC801;&#xC778; &#xC120;&#xD0DD;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xAC8C;&#xB188; &#xC601;&#xC5ED; &#xC218;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; Neandertals &#xC0AC;&#xD558;&#xB77C; &#xC0AC;&#xB9C9; &#xC774;&#xB0A8;&#xC758; &#xC544;&#xD504;&#xB9AC;&#xCE74;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD604;&#xC7AC;&#xC758; &#xC778;&#xAC04; &#xBCF4;&#xB2E4;&#xB294; &#xC720;&#xB77C;&#xC2DC;&#xC544;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD604;&#xC7AC;&#xC758; &#xC778;&#xAC04;&#xC740; &#xB354; &#xB9CE;&#xC740; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBCC0;&#xD615; &#xACF5;&#xC720; &#xBE44; &#xC544;&#xD504;&#xB9AC;&#xCE74; &#xC870;&#xC0C1;&#xC5D0; Neandertals&#xC5D0;&#xC11C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD750;&#xB984; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xC720;&#xB77C;&#xC2DC;&#xC544; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC758; &#xBC1C;&#xC0B0; &#xD558;&#xAE30; &#xC804;&#xC5D0; &#xC11C;&#xB85C; &#xC81C;&#xC548; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Neandertal &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xCD08;&#xC548; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Los neandertales, los parientes evolutivos m&#xE1;s cercanos de los humanos actuales, viv&#xED;an en grandes partes de Europa y Asia occidental antes de desaparecer hace 30.000 a&#xF1;os. Se presenta un proyecto de secuencia del genoma del Neandertal compuesta por m&#xE1;s de 4 mil millones de nucle&#xF3;tidos de tres individuos. Las comparaciones del genoma del Neandertal con los genomas de cinco humanos actuales de diferentes partes del mundo, identificar una serie de regiones gen&#xF3;micas que pueden haber sido afectados por la selecci&#xF3;n positiva en los ancestrales los seres humanos modernos, incluidos los genes implicados en el metabolismo y en el desarrollo cognitivo y del esqueleto . Se demuestra que los neandertales comparten variantes gen&#xE9;ticas con m&#xE1;s de hoy en d&#xED;a los seres humanos en Eurasia que con los actuales seres humanos en el &#xC1;frica subsahariana, lo que sugiere que el flujo gen&#xE9;tico de los neandertales a los ancestros de los no africanos se produjo antes de la divergencia de los grupos euroasi&#xE1;ticos entre s&#xED; .

Un esbozo de la secuencia del genoma del Neandertal

&#x73B0;&#x5728;&#x662F;&#x53EF;&#x80FD;&#x6267;&#x884C;&#x706D;&#x7EDD;&#x751F;&#x7269;&#x7684;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x9E1F;&#x67AA;&#x6CD5;&#x6D4B;&#x5E8F;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x6355;&#x83B7;&#x7279;&#x5B9A;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x533A;&#x57DF;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x6709;&#x9488;&#x5BF9;&#x6027;&#x5730;&#x91CD;&#x65B0;&#x6392;&#x5E8F;&#x7684;&#x6838;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x5927;&#x90E8;&#x5206;&#x5730;&#x533A;&#x5C1A;&#x672A;&#x88AB;&#x8BC1;&#x660E;&#x53E4;&#x4EE3; DNA&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x663E;&#x793A;&#x5FAE;&#x9635;&#x5217;&#x4E0A;&#x7684;&#x6742;&#x4EA4;&#x6355;&#x83B7;&#x6210;&#x529F;&#x53EF;&#x4EE5;&#x8D85;&#x8FC7;&#x7ECF;&#x8FC7;&#x4ECE; Neandertal &#x5373;&#x4F7F;&#x5B58;&#x5728;&#x7EA6; 99.8%&#x5FAE;&#x751F;&#x7269; DNA DNA &#x7684;&#x76EE;&#x6807;&#x533A;&#x57DF;&#x7684;&#x6062;&#x590D;&#x3002;&#x4F7F;&#x7528;&#x8FD9;&#x79CD;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x5927;&#x7EA6; 14,000 &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7F16;&#x7801;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x63A8;&#x65AD;&#x4E3A;&#x5BF9;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x7684;&#x6CBF;&#x88AD;&#x81EA;&#x6700;&#x540E;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5171;&#x540C;&#x7684;&#x7956;&#x5148;&#x4E0E;&#x9ED1;&#x7329;&#x7329;&#x5171;&#x4EAB;&#x540E;&#x5DF2;&#x66F4;&#x6539;&#x3002;&#x901A;&#x8FC7;&#x751F;&#x6210;&#x4E00;&#x4E2A; Neandertal &#x548C; 50 &#x5F53;&#x4ECA;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x5728;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x804C;&#x4F4D;&#x7684;&#x987A;&#x5E8F;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x786E;&#x5B9A;&#x4E86; 88 &#x5DF2;&#x6210;&#x4E3A;&#x56FA;&#x5B9A;&#x5728;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x4EE5;&#x6765;&#x6211;&#x4EEC;&#x5206;&#x6B67;&#x4ECE;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x7684;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x66FF;&#x6362;&#x3002;

&#x6709;&#x9488;&#x5BF9;&#x6027;&#x5730;&#x8FDB;&#x884C;&#x8C03;&#x67E5;&#xFF0C;&#x901A;&#x8FC7;&#x57FA;&#x4E8E;&#x9635;&#x5217;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x6355;&#x83B7;&#x7684; Neandertal &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x3002;

It is now possible to perform whole-genome shotgun sequencing as well as capture of specific genomic regions for extinct organisms. However, targeted resequencing of large parts of nuclear genomes has yet to be demonstrated for ancient DNA. Here we show that hybridization capture on microarrays can successfully recover more than a megabase of target regions from Neandertal DNA even in the presence of approximately 99.8% microbial DNA. Using this approach, we have sequenced approximately 14,000 protein-coding positions inferred to have changed on the human lineage since the last common ancestor shared with chimpanzees. By generating the sequence of one Neandertal and 50 present-day humans at these positions, we have identified 88 amino acid substitutions that have become fixed in humans since our divergence from the Neandertals.

Targeted investigation of the Neandertal genome by array-based sequence capture.

Il est maintenant possible de r&eacute;aliser le s&eacute;quen&ccedil;age du g&eacute;nome entier fusil de chasse, mais aussi capture des r&eacute;gions g&eacute;nomiques sp&eacute;cifiques pour les organismes disparus. Cependant, res&eacute;quen&ccedil;age cibl&eacute;e de grandes parties de g&eacute;nomes nucl&eacute;aires doit encore &ecirc;tre d&eacute;montr&eacute;e pour l&#39;ADN ancien. Nous d&eacute;montrons que capture d&#39;hybridation sur micror&eacute;seaux peut r&eacute;ussir &agrave; r&eacute;cup&eacute;rer plus d&#39;un megabase des r&eacute;gions cibles d&#39;ADN de Neandertal m&ecirc;me en pr&eacute;sence de l&#39;ADN microbien &agrave; environ 99,8 %. En utilisant cette approche, nous avons s&eacute;quenc&eacute; environ 14 000 postes codant pour des prot&eacute;ines et d&eacute;duits sur la lign&eacute;e humaine n&#39;ont chang&eacute; depuis le dernier anc&ecirc;tre commun partag&eacute; avec les chimpanz&eacute;s. En g&eacute;n&eacute;rant la s&eacute;quence d&#39;un Neandertal et 50 hommes aujourd&#39;hui &agrave; ces postes, nous avons identifi&eacute; des substitutions d&#39;acides amin&eacute;s 88 qui ont devenu fixe chez l&#39;homme depuis notre divergence &agrave; partir des N&eacute;andertaliens.

Enqu&ecirc;te cibl&eacute;e sur le g&eacute;nome de Neandertal de capture de la s&eacute;quence bas&eacute;e sur la baie.

Es ist jetzt m&ouml;glich, Sequenzierung des gesamten Genoms Schrotflinte sowie Erfassung der spezifischen genomischen Regionen f&uuml;r ausgestorbene Organismen durchzuf&uuml;hren. Allerdings hat das gezielte Neusequenzierung von gro&szlig;en Teilen der nuklearen Genome noch f&uuml;r alte DNA nachgewiesen werden. Hier zeigen wir, dass Hybridisierung Erfassung auf Microarrays erfolgreich mehr als ein Megabase Zielregionen aus Neandertal DNA auch in Gegenwart von ca. 99,8 % mikrobiellen DNA wiederherstellen kann. Bei dieser Vorgehensweise haben wir rund 14.000 Proteinkodierung Positionen hergeleitet auf die menschliche Abstammung seit den letzten gemeinsamen Vorfahren gemeinsam mit Schimpansen ge&auml;ndert wurden sequenziert. Durch die Abfolge von einem Neandertal und 50 heutigen Menschen an diesen Positionen generieren, haben wir 88 Aminos&auml;ure Substitutionen identifiziert, die beim Menschen seit unserem Divergenz aus der Neandertals behoben werden.

Gezielte Untersuchung des Genoms Neandertal von Array-basierte Sequenz Capture.

Ora &egrave; possibile effettuare il sequenziamento del genoma intero fucile cos&igrave; come acquisizione di specifiche regioni genomiche per organismi estinti. Tuttavia, risequenziamento mirato di grandi parti del genoma nucleare deve ancora essere dimostrata per DNA antico. Qui vi mostriamo che cattura l&#39;ibridazione su microarrays pu&ograve; recuperare con successo pi&ugrave; di una megabase delle regioni di destinazione da DNA Neandertal anche in presenza di 99,8% circa del DNA microbico. Utilizzando questo approccio, noi abbiamo sequenziato circa 14.000 proteina-codificazione posizioni dedotte hanno cambiato sulla stirpe umana poich&eacute; l&#39;ultimo antenato comune condivisa con gli scimpanz&eacute;. Generando la sequenza di un Neandertal e 50 esseri umani attuali a queste posizioni, abbiamo individuato 88 aminoacidiche che hanno fissati in esseri umani dal nostro divergenza dal Neandertals.

Indagini mirate del genoma di Neandertal di cattura sequenza basata su array.

&#x7D76;&#x6EC5;&#x3057;&#x305F;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x5168;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30B7;&#x30E7;&#x30C3;&#x30C8;&#x30AC;&#x30F3; &#x30FB; &#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x6CD5;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x9818;&#x57DF;&#x306E;&#x30AD;&#x30E3;&#x30D7;&#x30C1;&#x30E3;&#x3092;&#x884C;&#x3046;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x53EF;&#x80FD;&#x306B;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x305F;&#x3060;&#x3057;&#x3001;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x7D5E;&#x3063;&#x305F;&#x6838;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x5927;&#x90E8;&#x5206;&#x306E;&#x30EA;&#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x307E;&#x3060;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x306E;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306E;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; &#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x306E;&#x4EA4;&#x914D;&#x306E;&#x30AD;&#x30E3;&#x30D7;&#x30C1;&#x30E3;&#x304C;&#x6B63;&#x5E38;&#x306B;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x9818;&#x57DF;&#x304B;&#x3089;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E; DNA &#x3067;&#x3082;&#x7D04; 99.8% &#x5FAE;&#x751F;&#x7269; DNA &#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x4E0B;&#x3067;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x3088;&#x308A;&#x56DE;&#x5FA9;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x3072;&#x3068;&#x7CFB;&#x7D71;&#x306E;&#x30C1;&#x30F3;&#x30D1;&#x30F3;&#x30B8;&#x30FC;&#x3068;&#x5171;&#x6709;&#x306E;&#x6700;&#x7D42;&#x5171;&#x901A;&#x7956;&#x5148;&#x306E;&#x5909;&#x308F;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3068;&#x63A8;&#x6E2C;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x7D04; 14,000 &#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0; &#x30DD;&#x30B8;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3092;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;1 &#x3064;&#x306E;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x3068; 50 &#x306E;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x306B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x3001;&#x4EBA;&#x9593;&#x3067;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306E;&#x767A;&#x6563;&#x4EE5;&#x6765;&#x304B;&#x3089;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x56FA;&#x5B9A;&#x3068;&#x306A;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B; 88 &#x306E;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x7F6E;&#x63DB;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; &#x30AD;&#x30E3;&#x30D7;&#x30C1;&#x30E3;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x76EE;&#x6A19;&#x3068;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x8ABF;&#x67FB;&#x3002;

&#xC774;&#xC81C; &#xBA78;&#xC885; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD2B9;&#xC815; &#xAC8C;&#xB188; &#xC601;&#xC5ED; &#xCEA1;&#xCC98;&#xB85C; &#xC804;&#xCCB4; &#xAC8C;&#xB188; &#xC0F7;&#xAC74; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC744; &#xC218;&#xD589; &#xD558;&#xB294; &#xAC83;&#xC774; &#xAC00;&#xB2A5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xD575; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xD070; &#xBD80;&#xBD84;&#xC758; &#xD0C0;&#xAC9F; resequencing &#xC544;&#xC9C1; &#xACE0; &#xB300; DNA&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC99D;&#xBA85; &#xD574;&#xC57C; &#xD55C;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; microarrays&#xC5D0; &#xAD50; &#xC7A1; &#xCEA1;&#xCC98;&#xC758; &#xC57D; 99.8% &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; DNA&#xC758; &#xC874;&#xC7AC;&#xB3C4; DNA Neandertal&#xC5D0;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB300;&#xC0C1; &#xC601;&#xC5ED; megabase &#xBCF4;&#xB2E4; &#xB354; &#xBCF5;&#xAD6C; &#xC131;&#xACF5;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xBA74; &#xC57D; 14000 &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xCF54;&#xB529; &#xC704;&#xCE58; &#xCE68;&#xD32C;&#xC9C0;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xACF5;&#xC720; &#xD558;&#xB294; &#xB9C8;&#xC9C0;&#xB9C9; &#xACF5;&#xD1B5; &#xC870;&#xC0C1; &#xC774;&#xD6C4; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xD608;&#xD1B5;&#xC5D0; &#xBCC0;&#xACBD;&#xC73C;&#xB85C; &#xC720;&#xCD94; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xD55C; &#xC6B0;&#xB9AC;. &#xD55C; Neandertal&#xC640; 50 &#xD604;&#xC7AC;&#xC758; &#xC778;&#xAC04;&#xC774;&#xC774; &#xC704;&#xCE58;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC758; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xC0DD;&#xC131; &#xD558; &#xC5EC; &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC778;&#xAC04;&#xC5D0;&#xC11C;&#xB97C; Neandertals&#xC5D0;&#xC11C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xBD84;&#xAE30; &#xC774;&#xD6C4; &#xACE0;&#xC815; &#xB418;&#xB294; 88 &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xB97C; &#xD568;&#xC720;&#xD55C; &#xC0B0; &#xC131; &#xB300;&#xCCB4;&#xB97C; &#xD655;&#xC778; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xBC30;&#xC5F4; &#xAE30;&#xBC18; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xCEA1;&#xCC98;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; Neandertal &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xD0C0;&#xAC9F;&#xB41C; &#xC870;&#xC0AC;.

Ahora es posible realizar la secuenciaci&oacute;n del genoma completo de escopeta, as&iacute; como captura de regiones gen&oacute;micas espec&iacute;ficas de los organismos extintos. Sin embargo, resecuenciaci&oacute;n espec&iacute;ficas de las partes grandes de genomas nucleares todav&iacute;a debe demostrarse para ADN antiguo. Aqu&iacute; mostramos que captura de hibridaci&oacute;n de microarrays podr&aacute; recuperar con &eacute;xito m&aacute;s de una megabase de regiones objetivo de ADN Neandertal incluso en presencia de aproximadamente 99,8% de ADN microbiano. Usando esta aproximaci&oacute;n, hemos secuenciado aproximadamente 14.000 prote&iacute;na-codificaci&oacute;n posiciones deducidos a han cambiado en el linaje humano desde el &uacute;ltimo antepasado com&uacute;n compartido con los chimpanc&eacute;s. Mediante la generaci&oacute;n de la secuencia de un Neandertal y 50 seres humanos actuales en estas posiciones, hemos identificado 88 sustituciones de amino&aacute;cidos que se fijan en los seres humanos desde nuestra divergencia de los neandertales.

Investigaci&oacute;n dirigida del genoma Neandertal por captura de secuencia basada en arreglos.

&#x867D;&#x7136;&#x5728;&#x8FC7;&#x53BB;&#x51E0;&#x5E74;&#x770B;&#x5230;&#x5F88;&#x5927;&#x7684;&#x8FDB;&#x6B65;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x5316;&#x77F3;&#x6807;&#x672C; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x68C0;&#x7D22;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x4E00;&#x4E9B;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x7684;&#x7279;&#x5F81;&#x4ECD;&#x7136;&#x77E5;&#x4E4B;&#x751A;&#x5C11;&#x3002;&#x8FD9;&#x662F;&#x963B;&#x585E;&#x6027;&#x75C5;&#x53D8;&#xFF0C;&#x5373;&#x5316;&#x5B66;&#x6539;&#x5EFA;&#xFF0C;&#x4E0D;&#x80FD;&#x88AB;&#x5FFD;&#x89C6;&#x7684; DNA &#x805A;&#x5408;&#x9176;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x800C;&#x9632;&#x6B62;&#x6269;&#x589E;&#x53CA;&#x53D7;&#x5F71;&#x54CD;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x968F;&#x540E;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x5C24;&#x5176;&#x5982;&#x6B64;&#x3002;&#x4E00;&#x4E9B;&#x7814;&#x7A76;&#x5F97;&#x51FA;&#x7684;&#x7ED3;&#x8BBA;&#xFF0C;&#x7EDD;&#x5927;&#x591A;&#x6570;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x5206;&#x5B50;&#x643A;&#x5E26;&#x963B;&#x585E;&#x75C5;&#x53D8;&#xFF0C;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x62C6;&#x9664;&#x3001; &#x4FEE;&#x590D;&#x6216;&#x65C1;&#x8DEF;&#x7684;&#x963B;&#x585E;&#x75C5;&#x53D8;&#x53EF;&#x80FD;&#x4F1A;&#x5927;&#x5927;&#x589E;&#x52A0;&#x7684;&#x65F6;&#x95F4;&#x6DF1;&#x5EA6;&#x548C;&#x5730;&#x7406;&#x8303;&#x56F4;&#x7684;&#x6807;&#x672C;&#x53EF;&#x4F9B;&#x53E4; DNA &#x5206;&#x6790;&#x3002;&#x4F46;&#x662F;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x524D;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x4F7F;&#x7528;&#x975E;&#x5E38;&#x95F4;&#x63A5;&#x68C0;&#x6D4B;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x6CA1;&#x6709;&#x5BF9;&#x9891;&#x7387;&#x7684;&#x963B;&#x585E;&#x75C5;&#x53D8;&#x4E2D;&#x5185;&#x6E90;&#x6027;&#x7684;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x63D0;&#x4F9B;&#x786E;&#x51FF;&#x7684;&#x4F30;&#x8BA1;&#x6570;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5F00;&#x53D1;&#x4E86;&#x4E00;&#x4E2A;&#x65B0;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x805A;&#x5408;&#x9176;&#x5EF6;&#x4F38;&#x5206;&#x6790; &#xFF08;PEP&#xFF09;&#xFF0C;&#x76F4;&#x63A5;&#x63ED;&#x793A;&#x4E86;&#x805A;&#x5408;&#x9176;&#x5728; DNA &#x6A21;&#x677F;&#x4E0A;&#x5931;&#x901F;&#x7684;&#x5339;&#x914D;&#x9879;&#x3002;&#x901A;&#x8FC7;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x5355;&#x5F15;&#x7269;&#x5EF6;&#x4F38;&#x4EA7;&#x54C1;&#x4F7F;&#x7528; PEP &#x65B9;&#x6CD5;&#x6210;&#x5343;&#x4E0A;&#x4E07;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x4E3A;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x5728;&#x5355;&#x5206;&#x5B50;&#x6C34;&#x5E73;&#x4E0A;&#x7B2C;&#x4E00;&#x6B21;&#x76F4;&#x63A5;&#x786E;&#x5B9A;&#x963B;&#x585E;&#x75C5;&#x53D8;&#x3002;&#x867D;&#x7136;&#x6211;&#x4EEC;&#x627E;&#x5230;&#x963B;&#x6B62;&#x75C5;&#x53D8;&#x4E09;/&#x56DB;&#x53E4;&#x4EE3;&#x6837;&#x54C1;&#x4E2D;&#x7684;&#x660E;&#x786E;&#x8BC1;&#x636E;&#xFF0C;&#x4F46;&#x4E0D;&#x8D85;&#x8FC7; 40%&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x53D7;&#x4E2D;&#x7684;&#x6837;&#x672C;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x8868;&#x660E;&#x8FD9;&#x79CD;&#x4FEE;&#x6539;&#x8FDC;&#x4E0D;&#x90A3;&#x4E48;&#x9891;&#x7E41;&#xFF0C;&#x5728;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x6BD4;&#x4EE5;&#x524D;&#x6240;&#x8BA4;&#x4E3A;&#x7684;&#x4EFB;&#x4F55;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;

&#x8DEF;&#x969C;&#x4E0A; paleogenomes &mdash; &mdash; &#x805A;&#x5408;&#x9176;&#x5EF6;&#x4F38;&#x5206;&#x6790;&#x63ED;&#x793A;&#x4E86;&#x963B;&#x585E;&#x75C5;&#x53D8;&#x5728;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x4E2D;&#x7684;&#x9891;&#x7387;&#x3002;

Although the last few years have seen great progress in DNA sequence retrieval from fossil specimens, some of the characteristics of ancient DNA remain poorly understood. This is particularly true for blocking lesions, i.e. chemical alterations that cannot be bypassed by DNA polymerases and thus prevent amplification and subsequent sequencing of affected molecules. Some studies have concluded that the vast majority of ancient DNA molecules carry blocking lesions, suggesting that the removal, repair or bypass of blocking lesions might dramatically increase both the time depth and geographical range of specimens available for ancient DNA analysis. However, previous studies used very indirect detection methods that did not provide conclusive estimates on the frequency of blocking lesions in endogenous ancient DNA. We developed a new method, polymerase extension profiling (PEP), that directly reveals occurrences of polymerase stalling on DNA templates. By sequencing thousands of single primer extension products using PEP methodology, we have for the first time directly identified blocking lesions in ancient DNA on a single molecule level. Although we found clear evidence for blocking lesions in three out of four ancient samples, no more than 40% of the molecules were affected in any of the samples, indicating that such modifications are far less frequent in ancient DNA than previously thought.

Road blocks on paleogenomes--polymerase extension profiling reveals the frequency of blocking lesions in ancient DNA.

Bien que ces derni&egrave;res ann&eacute;es ont vu de grands progr&egrave;s dans la r&eacute;cup&eacute;ration de s&eacute;quence ADN de sp&eacute;cimens de fossiles, certaines caract&eacute;ristiques de l&#39;ADN ancien restent mal compris. Ceci est particuli&egrave;rement vrai pour le blocage des l&eacute;sions, des alt&eacute;rations chimiques c&#39;est-&agrave;-dire qui ne peuvent pas &ecirc;tre contourn&eacute;es par des ADN polym&eacute;rases et pr&eacute;venir ainsi l&#39;amplification et le s&eacute;quen&ccedil;age subs&eacute;quent des mol&eacute;cules concern&eacute;es. Certaines &eacute;tudes ont conclu que la grande majorit&eacute; des mol&eacute;cules d&#39;ADN anciens porteurs de l&eacute;sions bloquants, sugg&eacute;rant que l&#39;enl&egrave;vement, la r&eacute;paration ou le contournement de blocage des l&eacute;sions pourrait augmenter consid&eacute;rablement la profondeur temporelle et sp&eacute;cimens disponibles pour l&#39;analyse de l&#39;ADN ancienne aire de r&eacute;partition g&eacute;ographique. Toutefois, des &eacute;tudes ant&eacute;rieures utilis&eacute; des m&eacute;thodes de d&eacute;tection tr&egrave;s indirecte qui n&#39;a pas fourni d&#39;estimations concluantes sur la fr&eacute;quence des l&eacute;sions dans l&#39;ADN antique endog&egrave;ne de blocage. Nous avons d&eacute;velopp&eacute; une nouvelle m&eacute;thode, l&#39;extension de polym&eacute;rase profilage (PEP), qui r&eacute;v&egrave;le directement des occurrences de la polym&eacute;rase caler sur les mod&egrave;les de l&#39;ADN. En s&eacute;quen&ccedil;ant les milliers de produits d&#39;extension amorce unique &agrave; l&#39;aide de la m&eacute;thodologie PEP, nous avons pour les premi&egrave;res fois identifi&eacute; directement blocage les l&eacute;sions ADN ancien sur le plan de la mol&eacute;cule unique. Bien que nous avons trouv&eacute; des preuves claires pour le blocage des l&eacute;sions dans trois des quatre &eacute;chantillons anciens, pas plus de 40 % des mol&eacute;cules ont &eacute;t&eacute; touch&eacute;s dans aucun des &eacute;chantillons, ce qui indique que de telles modifications sont beaucoup moins fr&eacute;quentes dans l&#39;ADN ancien, qu&#39;on ne le pensait.

Les barrages routiers sur paleogenomes--polym&eacute;rase extension profilage r&eacute;v&egrave;le la fr&eacute;quence des l&eacute;sions dans l&#39;ADN antique de blocage.

Obwohl in die letzten Jahren gro&szlig;en Fortschritte in der DNA-Sequenz-Abruf von fossilen Exemplaren gesehen haben, bleiben einige der Merkmale der alte DNA weitgehend unverstanden. Dies gilt insbesondere f&uuml;r blockierende L&auml;sionen, d.h. chemische Ver&auml;nderungen, die k&ouml;nnen nicht umgangen werden durch DNA-Polymerasen und verhindern so Amplifizierung und anschlie&szlig;ende Sequenzierung der betroffenen Molek&uuml;le. Einige Studien haben geschlossen, dass die &uuml;berwiegende Mehrheit der alten DNA-Molek&uuml;le blockierende L&auml;sionen tragen, was darauf hindeutet, dass die Entfernung, die Reparatur oder die Umgehung der Sperrung L&auml;sionen dramatisch die Zeit Tiefe und die geographische Reichweite von Exemplaren zur alten DNA-Analyse zur Verf&uuml;gung erh&ouml;hen. Fr&uuml;here Studien verwendet jedoch sehr indirekte Nachweismethoden, die nicht schl&uuml;ssige Sch&auml;tzungen &uuml;ber die H&auml;ufigkeit von L&auml;sionen im endogenen alte DNA blockieren bieten konnte. Wir entwickelten eine neue Methode, Polymerase-Erweiterung (PEP), Profilerstellung, da&szlig; direkt Vorkommen der Polymerase abw&uuml;rgen auf DNA-Vorlagen. Durch Sequenzierung Tausende von einzelnen Primer Extension-Produkte mit PEP-Methodik, haben wir f&uuml;r die ersten Zeit direkt identifiziert blockierende L&auml;sionen in alte DNA auf ein einzelnes Molek&uuml;l-Ebene. Obwohl wir klare Beweise f&uuml;r das Blockieren von L&auml;sionen in drei der vier alten Proben gefunden, waren nicht mehr als 40 % der Molek&uuml;le betroffen, in der Beispiele, die darauf hinweist, dass solche &Auml;nderungen weit weniger h&auml;ufig in alte DNA sind, als bisher angenommen.

Stra&szlig;ensperren auf Paleogenomes--Polymerase Erweiterung Profilerstellung zeigt die H&auml;ufigkeit der L&auml;sionen im Alter DNA blockieren.

Anche se gli ultimi anni hanno visto grandi progressi nel recupero di sequenza del DNA da campioni fossili, alcune delle caratteristiche del DNA antico rimangono scarsamente comprensibile. Questo &egrave; particolarmente vero per bloccare lesioni, alterazioni chimiche cio&egrave; che non possono essere aggirate da una polimerasi del DNA e quindi impediscono amplificazione e successivo sequenziamento di molecole colpite. Alcuni studi hanno concluso che la stragrande maggioranza delle molecole di DNA antichi porta bloccare lesioni, suggerendo che la rimozione, riparazione o bypass di bloccare le lesioni potrebbe aumentare drammaticamente la profondit&agrave; del tempo e la gamma geografica degli esemplari disponibili per l&#39;analisi del DNA antica. Tuttavia, precedenti studi utilizzati metodi di rilevamento molto indiretto che non hanno fornito stime conclusive sulla frequenza delle lesioni in ancient DNA endogeno di blocco. Abbiamo sviluppato un nuovo metodo, estensione della polimerasi profilatura (PEP), che rivela direttamente occorrenze di stallo sui modelli del DNA polimerasi. Sequenziando migliaia di prodotti di estensione dell&#39;iniettore singolo utilizzando la metodologia PEP, abbiamo per la prime volta identificato direttamente blocco lesioni in ancient DNA a livello di singola molecola. Anche se abbiamo trovato prove evidenti per lesioni in tre dei quattro antichi campioni di blocco, non pi&ugrave; del 40% delle molecole sono stato colpito in uno qualsiasi dei campioni, indicando che tali modifiche siano molto meno frequenti nel DNA antico quanto si pensasse.

Blocchi stradali su paleogenomes - polimerasi estensione profilatura rivela la frequenza delle lesioni nel DNA antico di blocco.

&#x6700;&#x5F8C;&#x306E;&#x6570;&#x5E74;&#x5316;&#x77F3;&#x6A19;&#x672C;&#x304B;&#x3089;&#x306E; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x53D6;&#x5F97;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x5927;&#x304D;&#x306A;&#x9032;&#x6B69;&#x3092;&#x898B;&#x3066;&#x304D;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3001;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x306E;&#x7279;&#x6027;&#x306E;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x3088;&#x304F;&#x7406;&#x89E3;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x306A;&#x3044;&#x307E;&#x307E;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x306F; DNA &#x30DD;&#x30EA;&#x30E1;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x30D0;&#x30A4;&#x30D1;&#x30B9;&#x3067;&#x304D;&#x306A;&#x3044;&#x3057;&#x3001;&#x3053;&#x3046;&#x3057;&#x3066;&#x5897;&#x5E45;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5F8C;&#x7D9A;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x53D7;&#x3051;&#x308B;&#x5206;&#x5B50;&#x3092;&#x9632;&#x3050;&#x3059;&#x306A;&#x308F;&#x3061;&#x5316;&#x5B66;&#x5909;&#x5316;&#x30D6;&#x30ED;&#x30C3;&#x30AD;&#x30F3;&#x30B0;&#x75C5;&#x5909;&#x306F;&#x7279;&#x306B;&#x305D;&#x3046;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x3092;&#x9664;&#x53BB;&#x3001;&#x4FEE;&#x5FA9;&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x75C5;&#x5909;&#x306E;&#x30D6;&#x30ED;&#x30C3;&#x30AD;&#x30F3;&#x30B0; &#x30D0;&#x30A4;&#x30D1;&#x30B9;&#x5287;&#x7684;&#x306B;&#x6642;&#x9593;&#x306E;&#x6DF1;&#x3055;&#x3068;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x5206;&#x6790;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x6A19;&#x672C;&#x306E;&#x5730;&#x7406;&#x7684;&#x7BC4;&#x56F2;&#x9AD8;&#x3081;&#x308B;&#x304B;&#x3082;&#x3057;&#x308C;&#x306A;&#x3044;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3001;&#x30D6;&#x30ED;&#x30C3;&#x30AD;&#x30F3;&#x30B0;&#x75C5;&#x5909;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x5927;&#x534A;&#x3092;&#x904B;&#x3076;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x7DE0;&#x7D50;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305F;&#x3060;&#x3057;&#x3001;&#x4EE5;&#x524D;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306F;&#x5185;&#x56E0;&#x6027;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x75C5;&#x5909;&#x306E;&#x30D6;&#x30ED;&#x30C3;&#x30AF;&#x306E;&#x983B;&#x5EA6;&#x306B;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x7684;&#x306A;&#x898B;&#x7A4D;&#x3082;&#x308A;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x306A;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x9593;&#x63A5;&#x7684;&#x306A;&#x691C;&#x51FA;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x304C;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x305F;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x3001;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0; &#xFF08;PEP&#xFF09; &#x30DD;&#x30EA;&#x30E1;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC;&#x62E1;&#x5F35;&#x5B50;&#x306F;&#x76F4;&#x63A5;&#x30DD;&#x30EA;&#x30E1;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC;&#x304C; DNA &#x306E;&#x30C6;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C8;&#x306E;&#x5931;&#x901F;&#x306E;&#x51FA;&#x73FE;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;PEP &#x306E;&#x65B9;&#x6CD5;&#x8AD6;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30DE;&#x30FC;&#x62E1;&#x5F35;&#x88FD;&#x54C1;&#x306E;&#x4F55;&#x5343;&#x3082;&#x3092;&#x914D;&#x5217;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x53E4;&#x4EE3; DNA 1 &#x5206;&#x5B50;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306E;&#x6700;&#x521D;&#x306E;&#x76F4;&#x63A5;&#x8B58;&#x5225;&#x6642;&#x306B;&#x30D6;&#x30ED;&#x30C3;&#x30AD;&#x30F3;&#x30B0;&#x75C5;&#x5909;&#x306E;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x79C1;&#x305F;&#x3061; 4 &#x4EBA;&#x306E;&#x3046;&#x3061; 3 &#x3064;&#x306E;&#x53E4;&#x4EE3;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306E;&#x75C5;&#x5909;&#x3092;&#x30D6;&#x30ED;&#x30C3;&#x30AF;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x660E;&#x78BA;&#x306A;&#x8A3C;&#x62E0;&#x3092;&#x767A;&#x898B;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3001;&#x5206;&#x5B50;&#x306E; 40% &#x306F;&#x305D;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x5909;&#x66F4;&#x304C;&#x4EE5;&#x524D;&#x601D;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x3067;&#x306F;&#x308B;&#x304B;&#x306B;&#x983B;&#x7E41;&#x306B;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x3001;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306E;&#x3044;&#x305A;&#x308C;&#x304B;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x53D7;&#x3051;&#x305F;&#x3002;

Paleogenomes--&#x4E0A;&#x306E;&#x9053;&#x8DEF;&#x30D6;&#x30ED;&#x30C3;&#x30AF; &#x30DD;&#x30EA;&#x30E1;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC;&#x62E1;&#x5F35;&#x5B50;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x75C5;&#x5909;&#x306E;&#x30D6;&#x30ED;&#x30C3;&#x30AF;&#x306E;&#x983B;&#x5EA6;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xC9C0;&#xB09C; &#xBA87; &#xB144; &#xB3D9;&#xC548; &#xD654;&#xC11D; &#xD45C;&#xBCF8;&#xC5D0;&#xC11C; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAC80;&#xC0C9;&#xC5D0; &#xD070; &#xC9C4;&#xC804;&#xC744; &#xBCF4;&#xC558;&#xB2E4;, &#xBE44;&#xB85D; &#xACE0; &#xB300; DNA&#xC758; &#xD2B9;&#xC131;&#xC758; &#xC77C;&#xBD80; &#xC800;&#xC870;&#xD55C; &#xC774;&#xD574; &#xB0A8;&#xC544; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC774;&#xAC83;&#xC740; &#xCC28;&#xB2E8; &#xBCD1; &#xBCC0;, &#xC989; &#xD654;&#xD559; &#xBCC0;&#xACBD; DNA &#xD3F4;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xBB34;&#xC2DC; &#xB420; &#xC218; &#xC5C6;&#xB294; &#xBC0F; &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; &#xC99D;&#xD3ED; &#xBC0F; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBC1B;&#xB294; &#xBD84;&#xC790;&#xC758; &#xD6C4;&#xC18D; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC744; &#xBC29;&#xC9C0; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xD2B9;&#xD788; &#xC9C4;&#xC2E4; &#xD558;&#xB2E4;. &#xC77C;&#xBD80; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0; &#xB530;&#xB974;&#xBA74; &#xACE0; &#xB300; DNA &#xBD84;&#xC790;&#xC758; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84; &#xCC28;&#xB2E8; &#xC7A5;&#xC560; &#xC2DC;&#xAC04; &#xAE4A;&#xC774; &#xD45C;&#xBCF8;&#xC758; &#xACE0; &#xB300; DNA &#xBD84;&#xC11D;&#xC5D0; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xC9C0;&#xB9AC;&#xC801; &#xBC94;&#xC704; &#xC81C;&#xAC70;, &#xBCF5;&#xAD6C; &#xB610;&#xB294; &#xBCD1; &#xBCC0; &#xCC28;&#xB2E8; &#xC6B0;&#xD68C; &#xC99D;&#xAC00; &#xADF9;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC218;&#xB3C4; &#xC81C;&#xC548; &#xC218;&#xD589; &#xACB0;&#xB860;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xC774;&#xC804; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xC0DD; &#xACE0; &#xB300; DNA&#xC5D0; &#xBCD1; &#xBCC0; &#xCC28;&#xB2E8; &#xC8FC;&#xD30C;&#xC218;&#xC5D0; &#xACB0;&#xC815;&#xC801;&#xC778; &#xACAC;&#xC801;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xAC04;&#xC811; &#xAC80;&#xCD9C; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xBC29;&#xBC95;, &#xD6A8;&#xC18C; &#xD655;&#xC7A5; &#xD504;&#xB85C; &#xD30C;&#xC77C;&#xB9C1; (PEP) &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC744; &#xC9C1;&#xC811; &#xD6A8;&#xC18C; DNA &#xD15C;&#xD50C;&#xB9BF;&#xC5D0; &#xC5F0;&#xAE30;&#xC758; &#xBC1C;&#xC0DD;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900;&#xB2E4;. PEP &#xBC29;&#xBC95;&#xB860;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xB2E8;&#xC77C; &#xB1CC;&#xAD00; &#xD655;&#xC7A5; &#xC81C;&#xD488;&#xC758; &#xC218;&#xCC9C;&#xC744; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xD558; &#xC5EC; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xACE0; &#xB300; DNA &#xB2E8;&#xC77C; &#xBD84;&#xC790; &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCC98;&#xC74C; &#xC9C1;&#xC811; &#xD655;&#xC778; &#xD558;&#xB294; &#xC2DC;&#xAC04; &#xCC28;&#xB2E8; &#xBCD1; &#xBCC0;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; 3 4 &#xACE0; &#xB300; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBCD1; &#xBCC0; &#xCC28;&#xB2E8;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBD84;&#xBA85; &#xD55C; &#xC99D;&#xAC70; &#xBC1C;&#xACAC;, &#xBD84;&#xC790;&#xC758; 40% &#xD574;&#xB2F9; &#xBCC0;&#xACBD;&#xC740; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xC0DD;&#xAC01; &#xD588;&#xB358; &#xAC83; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xACE0; &#xB300; DNA&#xC5D0; &#xD6E8;&#xC52C; &#xB35C; &#xC790;&#xC8FC; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0B4;&#xB294; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBC1B;&#xC558;&#xB2E4;.

Paleogenomes-&#xC5D0;&#xB85C; &#xBE14;&#xB85D; &#xACE0; &#xB300; DNA&#xC5D0; &#xBCD1; &#xBCC0; &#xCC28;&#xB2E8; &#xC8FC;&#xD30C;&#xC218;&#xB97C; &#xBC1D;&#xD600; &#xD6A8;&#xC18C; &#xD655;&#xC7A5; &#xD504;&#xB85C; &#xD30C;&#xC77C;&#xB9C1;.

Aunque los &uacute;ltimos a&ntilde;os han visto grandes avances en la recuperaci&oacute;n de la secuencia de ADN de muestras f&oacute;siles, algunas de las caracter&iacute;sticas de ADN antiguo siguen siendo mal entendidas. Esto es particularmente cierto para las lesiones bloquea, alteraciones qu&iacute;micas, es decir que no pueden evitarse por DNA polimerasas y evitar as&iacute; la amplificaci&oacute;n y posterior secuenciaci&oacute;n de mol&eacute;culas afectadas. Algunos estudios han concluido que la mayor&iacute;a de las mol&eacute;culas de ADN antiguas lleva bloquea lesiones, lo que sugiere que la remoci&oacute;n, reparaci&oacute;n o derivaci&oacute;n de bloquear las lesiones puede aumentar dram&aacute;ticamente el tiempo profundidad y distribuci&oacute;n geogr&aacute;fica de las muestras para an&aacute;lisis de ADN antiguo. Sin embargo, estudios anteriores utilizaron m&eacute;todos de detecci&oacute;n muy indirecta que no proporcionaron estimaciones concluyentes sobre la frecuencia de lesiones en el ADN antiguo end&oacute;gena de bloqueo. Hemos desarrollado un nuevo m&eacute;todo, la extensi&oacute;n de la polimerasa perfilado (PEP), que revela directamente las ocurrencias de estancamiento en las plantillas de la DNA de la polimerasa. Mediante la secuenciaci&oacute;n de miles de productos de extensi&oacute;n de la cartilla &uacute;nica metodolog&iacute;a PEP, tenemos para las lesiones bloqueo de primeras tiempo directamente identificado en ADN antiguo a nivel de un sola mol&eacute;cula. Aunque encontramos evidencia clara para bloquear las lesiones en tres de las cuatro muestras antiguas, no m&aacute;s del 40% de las mol&eacute;culas se vieron afectado en ninguna de las muestras, lo que indica que dichas modificaciones son mucho menos frecuentes en ADN antiguo que se pensaba.

Bloqueos en paleogenomes--perfiles de extensi&oacute;n de polimerasa revela la frecuencia de lesiones en el ADN antiguo de bloqueo.

&#x4F7F;&#x7528;&#x4ECE;&#x5728;&#x897F;&#x4F2F;&#x5229;&#x4E9A;&#x5357;&#x90E8;&#x7684; Denisova &#x5C71;&#x6D1E;&#x53D1;&#x73B0;&#x624B;&#x6307;&#x9AA8;&#x4E2D;&#x63D0;&#x53D6;&#x7684; DNA&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5DF2;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7EA6; 1.9-fold &#x8986;&#x76D6;&#x5230;&#x53E4; hominin &#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x7EC4;&#x3002;&#x6B64;&#x4EBA;&#x662F;&#x4ECE;&#x7EC4;&#x4E2D;&#x4E0E;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x5171;&#x4EAB;&#x5171;&#x540C;&#x7684;&#x8D77;&#x6E90;&#x3002;&#x8FD9;&#x90E8;&#x5206;&#x4EBA;&#x53E3;&#x6CA1;&#x6709;&#x53C2;&#x4E0E;&#x4ECE;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x7684;&#x63A8;&#x5B9A;&#x57FA;&#x56E0;&#x6D41;&#x6210;&#x4EBA;&#x58EB; &#xFF1B;&#x4F46;&#x662F;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6570;&#x636E;&#x8868;&#x660E;&#x5B83;&#x8D21;&#x732E;&#x53CA;&#x5176;&#x5BF9;&#x5F53;&#x4ECA;&#x7F8E;&#x62C9;&#x5C3C;&#x897F;&#x4E9A;&#x4EBA;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x6750;&#x6599;&#x7684; 4-6%&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x6307;&#x5B9A;&#x6B64; hominin &#x4EBA;&#x53E3; &#39;Denisovans&#39;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x5B83;&#x53EF;&#x80FD;&#x662F;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x5B58;&#x5728;&#x4E8E;&#x4E9A;&#x6D32;&#x671F;&#x95F4;&#x5728;&#x665A;&#x66F4;&#x65B0;&#x4E16;&#x3002;&#x5728; Denisova &#x5C71;&#x6D1E;&#x91CC;&#x53D1;&#x73B0;&#x7684;&#x4E00;&#x9897;&#x7259;&#x8FDB;&#x884C;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x76F8;&#x4F3C;&#x7684;&#x624B;&#x6307;&#x9AA8;&#x3002;&#x8FD9;&#x9897;&#x7259;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x4E0E;&#x73B0;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x7C7B;&#xFF0C;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x8868;&#x660E; Denisovans &#x6709;&#x4E0D;&#x540C;&#x4E8E;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x4E0E;&#x73B0;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x7684;&#x8FDB;&#x5316;&#x5386;&#x53F2;&#x4E00;&#x6837;&#x6CA1;&#x6709;&#x6D3E;&#x751F;&#x7684;&#x5F62;&#x6001;&#x7279;&#x5F81;&#x3002;

&#x4ECE;&#x897F;&#x4F2F;&#x5229;&#x4E9A;&#x7684; Denisova &#x5C71;&#x6D1E;&#x53E4; hominin &#x7EC4;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x53F2;&#x3002;

Using DNA extracted from a finger bone found in Denisova Cave in southern Siberia, we have sequenced the genome of an archaic hominin to about 1.9-fold coverage. This individual is from a group that shares a common origin with Neanderthals. This population was not involved in the putative gene flow from Neanderthals into Eurasians; however, the data suggest that it contributed 4-6% of its genetic material to the genomes of present-day Melanesians. We designate this hominin population 'Denisovans' and suggest that it may have been widespread in Asia during the Late Pleistocene epoch. A tooth found in Denisova Cave carries a mitochondrial genome highly similar to that of the finger bone. This tooth shares no derived morphological features with Neanderthals or modern humans, further indicating that Denisovans have an evolutionary history distinct from Neanderthals and modern humans.

Genetic history of an archaic hominin group from Denisova Cave in Siberia.

En utilisant l&#39;ADN extraite &agrave; partir d&#39;un os de doigt trouv&eacute; dans la grotte de Denisova en Sib&eacute;rie du Sud, nous avons s&eacute;quenc&eacute; le g&eacute;nome d&#39;un archa&iuml;que hominiens &agrave; environ 1.9-fold de couverture. Cette personne est un groupe qui partage une origine commune avec les N&eacute;andertaliens. Cette population n&#39;&eacute;tait pas impliqu&eacute;e dans le flux de g&egrave;nes putatif de N&eacute;andertaliens dans eurasiens ; Cependant, les donn&eacute;es indiquent qu&#39;il a contribu&eacute; &agrave; 4-6 % de son mat&eacute;riel g&eacute;n&eacute;tique aux g&eacute;nomes des M&eacute;lan&eacute;siens actuels. Nous d&eacute;signer cette population d&#39;hominiens &laquo; Denisovans &raquo; et sugg&egrave;rent qu&#39;il &eacute;taient r&eacute;pandue en Asie durant le Pl&eacute;istoc&egrave;ne tardif. Une dent dans la caverne Denisova transporte un g&eacute;nome mitochondrial tr&egrave;s semblable &agrave; celle de l&#39;os de doigt. Cette dent ne partage aucuns d&eacute;riv&eacute;es de caract&eacute;ristiques morphologiques avec l&#39;homme de N&eacute;andertal ou l&#39;homme moderne, indiquant que les Denisovans ont une histoire &eacute;volutionnaire distincte de l&#39;homme de N&eacute;andertal et l&#39;homme moderne.

Adrian W. Briggs

Max-Planck Institute for Evolutionary Anthropology, Leipzig

Primer Extension Capture: Targeted Sequence Retrieval from Heavily Degraded DNA Sources