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A Protocol for Computer-Based Protein Structure and Function Prediction

Genome sequencing projects have ciphered millions of protein sequence, which require knowledge of their structure and function to improve the ...

University of Michigan 

University of Kansas

L&#39;obiettivo di questo lavoro &egrave; stato di valutare la stabilit&agrave; della soluzione del dominio EC1 della E-caderina in varie condizioni. Il dominio EC1 &egrave; stato incubato a varie temperature (4, 37 e 70 gradi C) e valori di pH (3,0 7,0 e 9,0). Gradi di pH 9.0 e 37 o 70 C, &egrave; stata osservata una significativa perdita di EC1 a causa di una reazione di idrolisi e di precipitazione. Il degrado fu soppressa con l&#39;aggiunta di ditiotreitolo (DTT), suggerendo che la formazione del dimero EC1 facilitato il degrado EC1. A 4 gradi C e vari valori di pH, EC1 secondario e terziario ha mostrato cambiamenti dopo incubazione a 28 giorni e DTT ha impedito qualsiasi cambiamenti strutturali dopo 28 giorni di incubazione. Simulazioni di dinamica molecolare indicato che il dimero di EC1 ha maggiore mobilit&agrave; rispetto al monomero; Questa maggiore mobilit&agrave; del dimero EC1 pu&ograve; contribuire all&#39;instabilit&agrave; del dominio EC1.

Il ruolo di dimerizzazione covalente sulla stabilit&agrave; fisica e chimica del dominio EC1 dell&#39;umano E-caderina.

Ziel dieser Arbeit war es, die Stabilit&auml;t der L&ouml;sung der EC1-Dom&auml;ne des E-Cadherin unter verschiedenen Bedingungen zu bewerten. Die EC1-Dom&auml;ne wurde bei verschiedenen Temperaturen (4, 37 und 70 Grad C) und pH-Werte (3.0, 7.0 und 9.0) inkubiert. Bei pH 9,0 und 37 oder 70 Grad C wurde ein erheblicher Verlust an EC1 durch Niederschl&auml;ge und eine Hydrolyse-Reaktion beobachtet. Der Abbau wurde unterdr&uuml;ckt, bei Zugabe von Dithiothreitol (DTT), was darauf hindeutet, dass die Bildung von EC1 Dimer EC1 Abbau erleichtert. Bei 4 Grad C verschiedenen pH-Werten die EC1 Sekund&auml;r und Terti&auml;r zeigte Ver&auml;nderungen nach Inkubation bis 28 Tage und DTT verhindert strukturellen Ver&auml;nderungen nach 28 Tagen Inkubationszeit. Molekulardynamik-Simulationen darauf hingewiesen, dass das Dimer des EG1 h&ouml;here Mobilit&auml;t hat als das Monomer tut; Diese h&ouml;here Mobilit&auml;t von EC1-Dimer kann zu Instabilit&auml;t der Dom&auml;ne EC1 beitragen.

Die Rolle der kovalenten Dimerisierung auf die physikalischen und chemischen Stabilit&auml;t der EC1-Dom&auml;ne des menschlichen E-Cadherin.

&#x8FD9;&#x9879;&#x5DE5;&#x4F5C;&#x7684;&#x76EE;&#x7684;&#x662F;&#x8BC4;&#x4F30;&#x89E3;&#x51B3;&#x65B9;&#x6848; EC1 &#x57DF; E-&#x9499;&#x7C98;&#x86CB;&#x767D;&#x5728;&#x4E0D;&#x540C;&#x6761;&#x4EF6;&#x4E0B;&#x7684;&#x7A33;&#x5B9A;&#x6027;&#x3002;EC1 &#x57DF;&#x662F;&#x5728;&#x5404;&#x79CD;&#x6E29;&#x5EA6; &#xFF08;4&#x3001; 37&#xFF0C;&#x548C; 70 &#x5EA6; C&#xFF09; &#x548C; pH &#x503C; &#xFF08;3.0&#x3001; 7.0&#x3001; 9.0) &#x5B75;&#x80B2;&#x3002;&#x5728; ph &#x503C; 9.0 &#x548C; 37 &#x6216; 70 &#x5EA6; C&#xFF0C;EC1 &#x91CD;&#x5927;&#x635F;&#x5931;&#x6307;&#x51FA;&#x7531;&#x4E8E;&#x964D;&#x6C34;&#x548C;&#x6C34;&#x89E3;&#x53CD;&#x5E94;&#x3002;&#x52A0;&#x5165;&#x9187; (DTT) &#x5904;&#x7406;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x7684; EC1 &#x4E8C;&#x805A;&#x4F53;&#x5F62;&#x6210;&#x4FBF;&#x5229; EC1 &#x9000;&#x5316;&#xFF0C;&#x6291;&#x5236;&#x4E86;&#x9000;&#x5316;&#x3002;&#x5728; 4 &#x6444;&#x6C0F;&#x5EA6;&#x548C;&#x5404;&#x79CD; pH &#x503C;&#x3001; EC1 &#x4E8C;&#x7EA7;&#x548C;&#x4E09;&#x7EA7;&#x9732;&#x9762;&#x5728;&#x5B75;&#x5316;&#x540E;&#x7684;&#x66F4;&#x6539;&#x81F3; 28 &#x5929;&#xFF0C;&#x548C; DTT &#x963B;&#x6B62;&#x4EFB;&#x4F55;&#x5728; 28 &#x5929;&#x7684;&#x5B75;&#x5316;&#x540E;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x53D8;&#x5316;&#x3002;&#x5206;&#x5B50;&#x52A8;&#x529B;&#x5B66;&#x6A21;&#x62DF;&#x8868;&#x793A;&#x7684; EC1 &#x4E8C;&#x805A;&#x4F53;&#x5177;&#x6709;&#x66F4;&#x9AD8;&#x7684;&#x6D41;&#x52A8;&#x6027;&#x6BD4;&#x5355;&#x4F53; &#xFF1B;EC1 &#x4E8C;&#x805A;&#x4F53;&#x8FD9;&#x4E2A;&#x8F83;&#x9AD8;&#x7684;&#x6D41;&#x52A8;&#x6027;&#x53EF;&#x80FD;&#x6709;&#x52A9;&#x4E8E; EC1 &#x57DF;&#x7684;&#x4E0D;&#x7A33;&#x5B9A;&#x3002;

&#x4EBA;&#x7C7B; E-&#x9499;&#x7C98;&#x86CB;&#x767D; EC1 &#x57DF;&#x4E0A;&#x7684;&#x7269;&#x7406;&#x548C;&#x5316;&#x5B66;&#x7A33;&#x5B9A;&#x6027;&#x5171;&#x4EF7;&#x952E;&#x4E8C;&#x805A;&#x53CD;&#x5E94;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;

The objective of this work was to evaluate the solution stability of the EC1 domain of E-cadherin under various conditions. The EC1 domain was incubated at various temperatures (4, 37, and 70 degrees C) and pH values (3.0, 7.0, and 9.0). At pH 9.0 and 37 or 70 degrees C, a significant loss of EC1 was observed due to precipitation and a hydrolysis reaction. The degradation was suppressed upon addition of dithiothreitol (DTT), suggesting that the formation of EC1 dimer facilitated the EC1 degradation. At 4 degrees C and various pH values, the EC1 secondary and tertiary showed changes upon incubation up to 28 days, and DTT prevented any structural changes upon 28 days of incubation. Molecular dynamics simulations indicated that the dimer of EC1 has higher mobility than does the monomer; this higher mobility of the EC1 dimer may contribute to instability of the EC1 domain.

The role of covalent dimerization on the physical and chemical stability of the EC1 domain of human E-cadherin.

L&#39;objectif de ce travail &eacute;tait d&#39;&eacute;valuer la stabilit&eacute; de la solution du domaine de la E-cadh&eacute;rine CE1 dans diverses conditions. Le domaine de CE1 est incub&eacute; &agrave; diff&eacute;rentes temp&eacute;ratures (4, 37 et 70 degr&eacute;s C) et des valeurs de pH (3.0, 7,0 et 9,0). &Agrave; des degr&eacute;s divers pH 9.0 et 37 ou 70 C, une perte importante de CE1 a &eacute;t&eacute; observ&eacute;e en raison des pr&eacute;cipitations et une r&eacute;action d&#39;hydrolyse. La d&eacute;gradation a &eacute;t&eacute; supprim&eacute;e lors de l&#39;addition de dithiothr&eacute;itol (DTT), ce qui sugg&egrave;re que la formation de dim&egrave;res de CE1 a facilit&eacute; la d&eacute;gradation du CE1. &Agrave; 4 degr&eacute;s C et diverses valeurs de pH, le CE1 secondaire et tertiaire a montr&eacute; des changements lors de l&#39;incubation &agrave; 28 jours, et TNT ont emp&ecirc;ch&eacute; tout changement structurel sur 28 jours d&#39;incubation. Simulations de dynamique mol&eacute;culaire a indiqu&eacute; que le dim&egrave;re de CE1 a une mobilit&eacute; plus &eacute;lev&eacute;e que ne le fait le monom&egrave;re ; cette mobilit&eacute; accrue du dim&egrave;re CE1 peut contribuer &agrave; l&#39;instabilit&eacute; du domaine CE1.

Le r&ocirc;le de dim&eacute;risation covalente sur la stabilit&eacute; physique et chimique du domaine de la E-cadh&eacute;rine humain CE1.

&#x3053;&#x306E;&#x4F5C;&#x696D;&#x306E;&#x76EE;&#x7684;&#x306F;&#x3001;E-&#x30AB;&#x30C9;&#x30D8;&#x30EA;&#x30F3;&#x306E; EC1 &#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x69D8;&#x3005; &#x306A;&#x6761;&#x4EF6;&#x4E0B;&#x3067;&#x306E;&#x30BD;&#x30EA;&#x30E5;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x5B89;&#x5B9A;&#x6027;&#x3092;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x3002;EC1 &#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x306F;&#x69D8;&#x3005; &#x306A;&#x306E; &#xFF08;4&#x3001;37 &#x3068; 70 &#x5EA6; C) &#x6E29;&#x5EA6;&#x3084; pH &#x5024; (3.0&#x3001;7.0&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073; 9.0) &#x3067;&#x57F9;&#x990A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;PH 9.0 &#x3068; 37 &#x307E;&#x305F;&#x306F; 70 &#x5EA6; C &#x3067;&#x306F;&#x3001;EC1 &#x306E;&#x5927;&#x5E45;&#x306A;&#x640D;&#x5931;&#x306F;&#x964D;&#x6C34;&#x91CF;&#x3068;&#x52A0;&#x6C34;&#x5206;&#x89E3;&#x53CD;&#x5FDC;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x89B3;&#x5BDF;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x52A3;&#x5316; EC1 &#x30C0;&#x30A4;&#x30DE;&#x30FC;&#x306E;&#x5F62;&#x6210; EC1 &#x52A3;&#x5316;&#x3092;&#x4FC3;&#x9032;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x30B8;&#x30C1;&#x30AA;&#x30C8;&#x30EC;&#x30A4;&#x30C8;&#x30FC;&#x30EB; &#xFF08;DTT&#xFF09; &#x306E;&#x6DFB;&#x52A0;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x6291;&#x5236;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;4 &#x2103; &#x3068;&#x69D8;&#x3005; &#x306A; pH &#x5024;&#x3001;EC1 &#x4E8C;&#x6B21;&#x3068;&#x4E09;&#x6B21;&#x3067;&#x306B; 28 &#x65E5;&#x306B;&#x3001;&#x30A4;&#x30F3;&#x30AD;&#x30E5;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x6642;&#x5909;&#x5316;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3001;28 &#x65E5;&#x306E;&#x5B75;&#x5316;&#x4EFB;&#x610F;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x5909;&#x5316;&#x306E; DTT &#x3092;&#x9632;&#x6B62;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5206;&#x5B50;&#x52D5;&#x529B;&#x5B66;&#x30B7;&#x30DF;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3; EC1 &#x306E;&#x30C0;&#x30A4;&#x30DE;&#x30FC;&#x5358;&#x91CF;&#x4F53;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x9AD8;&#x3044;&#x30E2;&#x30D3;&#x30EA;&#x30C6;&#x30A3;&#x304C;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;;&#x3053;&#x306E;&#x9AD8;&#x3044;&#x30E2;&#x30D3;&#x30EA;&#x30C6;&#x30A3; EC1 &#x30C0;&#x30A4;&#x30DE;&#x30FC;&#x306E; EC1 &#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x306E;&#x4E0D;&#x5B89;&#x5B9A;&#x6027;&#x306B;&#x8CA2;&#x732E;&#x3059;&#x308B;&#x304B;&#x3082;&#x3057;&#x308C;&#x306A;&#x3044;&#x3002;

EC1 &#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x4EBA;&#x9593; E-&#x30AB;&#x30C9;&#x30D8;&#x30EA;&#x30F3;&#x306E;&#x7269;&#x7406;&#x7684;&#x30FB;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x5B89;&#x5B9A;&#x6027;&#x306B;&#x53CA;&#x307C;&#x3059;&#x5171;&#x6709;&#x7D50;&#x5408;&#x4E8C;&#x91CF;&#x5316;&#x306E;&#x5F79;&#x5272;&#x3002;

&#xC774; &#xC791;&#xD488;&#xC758; &#xBAA9;&#xC801;&#xC740; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC870;&#xAC74; &#xD558;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC804;&#xC790; cadherin EC1 &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778;&#xC758; &#xC194;&#xB8E8;&#xC158; &#xC548;&#xC815;&#xC131;&#xC744; &#xD3C9;&#xAC00; &#xD588;&#xB2E4;. EC1 &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778;&#xC740; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC628;&#xB3C4; (4, 37, &#xBC0F; 70&#xB3C4; C) &#xBC0F; pH &#xAC12; (3.0, 7.0&#xACFC; 9.0)&#xC5D0;&#xC11C; &#xC778; &#xD050;&#xBCA0;&#xC774; &#xD305; &#xD588;&#xB2E4;. PH 9.0 &#xBC0F; 37 &#xB610;&#xB294; 70&#xB3C4; C&#xC5D0;&#xC11C; EC1 &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xC190;&#xC2E4;&#xC740; &#xAC15;&#xC218;&#xB7C9;&#xACFC; &#xAC00;&#xC218;&#xBD84;&#xD574; &#xBC18;&#xC751;&#xC744; &#xAD00;&#xCC30; &#xD588;&#xB2E4;. Dithiothreitol (DTT) &#xC81C;&#xC548; EC1 &#xC774;&#xD569;&#xCCB4;&#xC758; &#xD615;&#xC131; &#xCD09;&#xC9C4; EC1 &#xC800;&#xD558;&#xC758; &#xCD94;&#xAC00; &#xB530;&#xB77C; &#xC800;&#xD558; &#xC5B5;&#xC81C;. 4 &#xC12D;&#xC528;&#xC640; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; pH &#xAC12;, EC1 2 &#xCC28; &#xBC0F; 3 &#xCC28;&#xC5D0; &#xBD80; &#xD654;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xBCC0;&#xD654; &#xD558; 28 &#xC77C; &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; DTT &#xC678;&#xD53C;&#xC758; 28 &#xC77C;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xAD6C;&#xC870; &#xBCC0;&#xACBD; &#xAE08;&#xC9C0;. &#xBD84;&#xC790; &#xB3D9;&#xC5ED;&#xD559; &#xC2DC;&#xBBAC;&#xB808;&#xC774;&#xC158; &#xD45C;&#xC2DC; EC1 dimer&#xB294; &#xB192;&#xC740; &#xC774;&#xB3D9;&#xC131; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xBAA8;&#xB178; &#xBA38;; EC1 &#xC774;&#xD569;&#xCCB4;&#xC758; &#xB192;&#xC740; &#xC774;&#xB3D9;&#xC131;&#xC774; EC1 &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778;&#xC758; &#xBD88;&#xC548;&#xC815;&#xC131;&#xC5D0; &#xAE30;&#xC5EC;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC804;&#xC790; cadherin EC1 &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778;&#xC758; &#xBB3C;&#xB9AC;&#xC801;, &#xD654;&#xD559;&#xC801; &#xC548;&#xC815;&#xC131;&#xC5D0; &#xACF5;&#xC720; dimerization&#xC758; &#xC5ED;&#xD560;.

El objetivo de este trabajo fue evaluar la estabilidad de la soluci&oacute;n del dominio EC1 de E-cadherina en diversas condiciones. El dominio EC1 se incub&oacute; a diferentes temperaturas (4, 37 y 70 grados C) y valores de pH (3.0, 7.0 y 9.0). A grados de pH 9.0 y 37 o 70 C, se observ&oacute; una p&eacute;rdida significativa de EC1 debido a una reacci&oacute;n de hidr&oacute;lisis y precipitaci&oacute;n. La degradaci&oacute;n se suprimi&oacute; a la adici&oacute;n de Ditiotreitol (TDT), lo que sugiere que la formaci&oacute;n de d&iacute;mero EC1 facilit&oacute; la degradaci&oacute;n EC1. En 4 grados C y distintos valores de pH, EC1 secundaria y terciaria presentaron cambios en incubaci&oacute;n a 28 d&iacute;as, y TDT impidi&oacute; cualquier cambios estructurales a 28 d&iacute;as de incubaci&oacute;n. Simulaciones de din&aacute;mica molecular indican que el d&iacute;mero de EC1 tiene mayor movilidad que hace el mon&oacute;mero; Esta mayor movilidad del dimer EC1 puede contribuir a la inestabilidad del dominio EC1.

El papel de dimerizaci&oacute;n covalente en la estabilidad f&iacute;sica y qu&iacute;mica del dominio EC1 de E-cadherin humana.

&#x6211;&#x4EEC;&#x4F7F;&#x7528;&#x7684;&#x5927;&#x578B;&#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#xFF0C;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x4E09;&#x7EF4;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x57DF;&#x5BB6;&#x5EAD;&#x73B0;&#x72B6;&#x5206;&#x6790;&#x5E8F;&#x5217;&#x3001; &#x7ED3;&#x6784;&#x548C;&#x529F;&#x80FD;&#x5BC6;&#x5207;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x9176;&#x50AC;&#x5316;&#x57DF;&#x4E00;&#x7EA7;&#x6267;&#x884C;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x5173;&#x7CFB;&#x3002;&#x53EA;&#x6709; 38%&#x7684;&#x540C;&#x6E90;&#x6027;&#x50AC;&#x5316;&#x57DF;&#x7EA6; 60%&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x6807;&#x8BC6;&#x7684;&#x7279;&#x70B9;&#x5BF9;&#x804C;&#x80FD;&#x7684;&#x51E0;&#x4E4E;&#x5B8C;&#x5168;&#x76F8;&#x540C;&#x3002;&#x8FD1; 43%&#x7684;&#x5BF9;&#x5176;&#x5E95;&#x7269;&#x4E13;&#x4E00;&#x6027;&#x7684;&#x4E0D;&#x540C;&#x3002;&#x56E0;&#x6B64;&#x6700;&#x5E38;&#x89C1;&#x7684;&#x9176;&#x529F;&#x80FD;&#x5BC6;&#x5207;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x540C;&#x7CFB;&#x7269;&#x4E4B;&#x95F4;&#x53D8;&#x5316;&#x662F;&#x5728;&#x5E95;&#x7269;&#x4E13;&#x4E00;&#x6027;&#x7684;&#x5DEE;&#x5F02;&#x3002;&#x7279;&#x70B9;&#x662F;&#x7531;&#x5E8F;&#x5217;&#x6807;&#x8BC6;&#x7684; 30-60%&#xFF0C;&#x5982;&#x679C;&#x7ED3;&#x6784;&#x6027;&#x5DEE;&#x5F02;&#x5EA6;&#x91CF;&#x662F;&#x540C;&#x6E90;&#x5BF9;&#x5C0F;&#x4E8E;&#x5927;&#x7EA6; 30&#x3001; &#x804C;&#x80FD;&#x662F;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x4FDD;&#x5B88;&#x3002;&#x57DF;&#x5BF9;&#x663E;&#x7136;&#x540C;&#x79CD;&#x5F02;&#x4F53;&#x86CB;&#x767D;&#xFF0C;&#x901A;&#x5E38;&#x5C11;&#x4E8E; 40%&#x5E8F;&#x5217;&#x6807;&#x8BC6;&#xFF0C;&#x5206;&#x4EAB;&#x6211;&#x4EEC;&#x89C2;&#x5BDF;&#x7684;&#x5316;&#x5B66;&#x7EC4;&#x5E38;&#x5E38;&#x53C2;&#x4E0E;&#x804C;&#x80FD;&#xFF0C;&#x5E76;&#x6839;&#x636E;&#x4E0D;&#x540C;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FD8;&#x62A5;&#x544A;&#x5BC6;&#x5207;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x540C;&#x7CFB;&#x7269;&#xFF0C;&#x5C5E;&#x4E8E;&#x5B8C;&#x5168;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x9176;&#x7C7B;&#x6848;&#x4EF6;&#x6781;&#x4E0D;&#x5BFB;&#x5E38;&#x3002;&#x8FD9;&#x79CD;&#x6BDB;&#x804C;&#x80FD;&#x7684;&#x540C;&#x7CFB;&#x7269;&#x7684;&#x5267;&#x70C8;&#x53D8;&#x52A8;&#x4F3C;&#x4E4E;&#x8981;&#x5B9E;&#x73B0;&#x7531;&#x50AC;&#x5316;&#x6B8B;&#x7559;&#x7684;&#x66F4;&#x6362;&#x8BBE;&#x5907;&#x6216;&#x6539;&#x53D8;&#x4E2D;&#x7684;&#x751F;&#x5316;&#x53CD;&#x5E94;&#x4E2D;&#x95F4;&#x4F53;&#x7684;&#x7A33;&#x5B9A;&#x6027;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x5DE5;&#x4F5C;&#x63D0;&#x4F9B;&#x6307;&#x5BFC;&#x65B9;&#x9488;&#x57FA;&#x4E8E;&#x540C;&#x6E90;&#x6027;&#x641C;&#x7D22;&#x548C;&#x7ED3;&#x6784;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;&#x5021;&#x8BAE;&#x4E2D;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x6CE8;&#x91CA;&#x3002;

&#x6F02;&#x79FB;&#x7684;&#x804C;&#x80FD;&#x5BC6;&#x5207;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x540C;&#x6E90;&#x9176;&#x57DF;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x548C;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x57FA;&#x7840;&#xFF1A; &#x57FA;&#x4E8E;&#x540C;&#x6E90;&#x6027;&#x641C;&#x7D22;&#x548C;&#x7ED3;&#x6784;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;&#x7684;&#x6279;&#x6CE8;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;

Using a large database of protein domain families of known 3-D structure we present an analysis on the relationships among sequences, structures and functions of closely-related enzymes performed at the level of catalytic domains. Only in 38% of the pairs of homologous catalytic domains characterized by over about 60% of sequence identity the functions are almost completely identical. Nearly 43% of the pairs differ in their substrate specificity. Hence the most common variation of enzyme function among the closely-related homologues is the differences in the substrate specificity. For homologous pairs characterized by a sequence identity of 30-60%, if the structural difference metric is less than about 30, the functions are highly conserved. For clearly homologous protein domain pairs, usually sharing less than 40% sequence identity, we observe that often the chemical groups involved in the functions, and the cofactors differ. We also report of extremely unusual cases of closely-related homologues belonging to entirely different classes of enzymes. Such drastic shifts in the gross functions of homologues seem to be achieved by retooling of catalytic residues or by altering the stability of the intermediates in the biochemical reactions. Our work provides guidelines on the functional annotation based on homology searches and in structural genomics initiatives.

Molecular and structural basis of drift in the functions of closely-related homologous enzyme domains: implications for function annotation based on homology searches and structural genomics.

&Agrave; l&#39;aide d&#39;une grande base de donn&eacute;es des familles de domaine prot&eacute;ine de structure 3D connue, nous pr&eacute;sentons une analyse sur les relations entre les s&eacute;quences, les structures et les fonctions des enzymes &eacute;troitement li&eacute;es, effectu&eacute;s au niveau des domaines catalytiques. Seulement 38 % des paires d&#39;homologues domaines catalytiques caract&eacute;ris&eacute;s par plus de 60 % environ de l&#39;identit&eacute; de s&eacute;quence les fonctions sont quasiment identiques. Presque 43 % des couples se distinguent par leur sp&eacute;cificit&eacute; de substrat. La plus courante variation de la fonction enzymatique parmi les homologues &eacute;troitement li&eacute; est donc les diff&eacute;rences dans la sp&eacute;cificit&eacute; de substrat. Pour les paires homologues caract&eacute;ris&eacute;es par une identit&eacute; de s&eacute;quence de 30 &agrave; 60 %, si la mesure de la diff&eacute;rence structurelle est inf&eacute;rieure &agrave; environ 30, les fonctions sont tr&egrave;s conserv&eacute;es. Pour les paires de prot&eacute;ines homologues clairement de domaine, partage habituellement de moins de 40 % d&#39;identit&eacute;, nous constatons que souvent les groupes chimiques impliqu&eacute;s dans les fonctions, et les cofacteurs diff&egrave;rent. Les auteurs rapportent &eacute;galement des cas extr&ecirc;mement rare d&#39;homologues &eacute;troitement apparent&eacute;s appartenant aux classes tout &agrave; fait diff&eacute;rents des enzymes. Ces changements drastiques dans les fonctions brutes d&#39;homologues semblent &ecirc;tre atteint par le r&eacute;&eacute;quipement des r&eacute;sidus catalytiques ou en alt&eacute;rant la stabilit&eacute; des interm&eacute;diaires dans les r&eacute;actions biochimiques. Notre travail fournit des lignes directrices sur l&#39;annotation fonctionnelle bas&eacute;e sur l&#39;homologie des recherches et &agrave; des initiatives de g&eacute;nomique structurale.

Base mol&eacute;culaire et structurale de la d&eacute;rive dans les fonctions de domaines proches des enzymes homologues : implications pour l&#39;annotation de la fonction bas&eacute;e sur les recherches d&#39;homologie et g&eacute;nomique structurale.

Mithilfe einer gro&szlig;en Datenbank der Dom&auml;ne Proteinfamilien der bekannten 3-d-Struktur pr&auml;sentieren wir eine Analyse der Beziehungen zwischen Sequenzen, Strukturen und Funktionen eng Enzyme, die auf der Ebene der katalytische Dom&auml;nen ausgef&uuml;hrt. Die Funktionen sind nur in 38 % der Paare von homologen katalytische Dom&auml;nen gekennzeichnet von &uuml;ber 60 % der Sequenz Identit&auml;t fast v&ouml;llig identisch. Unterscheiden sich fast 43 % der Paare in ihrer Substratspezifit&auml;t. Daher ist die h&auml;ufigste Variante der Enzym-Funktion unter der eng Homologen die Unterschiede in der Substratspezifit&auml;t. F&uuml;r homologe Paare zeichnet sich durch eine Sequenz-Identit&auml;t von 30-60 %, wenn die strukturellen Unterschied-Metrik ist weniger als etwa 30 sind die Funktionen stark konserviert. F&uuml;r eindeutig Homologen Protein-Dom&auml;ne-Paare beobachten in der Regel weniger als 40 % Sequenz Identit&auml;t, teilen wir, dass oft die chemischen Gruppen beteiligt die Funktionen, die Cofaktoren abweichen. Wir berichten auch extrem ungew&ouml;hnliche F&auml;lle von eng Homologen geh&ouml;ren ganz andere Klassen von Enzymen. Solche drastischen Verschiebungen in den Brutto-Funktionen von homologen scheinen durch Umstellung der katalytischen R&uuml;ckst&auml;nde oder durch &Auml;ndern der Stabilit&auml;t der Zwischenprodukte in der biochemischen Reaktionen erreicht werden. Unsere Arbeit stellt Richtlinien auf die funktionale Anmerkung basierend auf Homologie sucht und strukturelle Genomics Initiativen.

Molekulare und strukturelle Grundlage Drift in den Funktionen eng Homologen Enzyms Domains: Implikationen f&uuml;r Funktion Anmerkung basierend auf Homologie sucht und strukturelle Genomics.

Utilizzando un ampio database di famiglie dominio proteine della struttura conosciuta 3D vi presentiamo un&#39;analisi sulle relazioni tra sequenze, strutture e funzioni degli enzimi strettamente correlati eseguite a livello dei domini catalitici. Solo nel 38% delle coppie di omologhi domini catalitici caratterizzate da sopra circa il 60% di identit&agrave; di sequenza, le funzioni sono quasi completamente identiche. Quasi il 43% delle coppie differiscono nella loro specificit&agrave; di substrato. Da qui la variante pi&ugrave; comune della funzione degli enzimi tra i cromosomi omologhi correlate &egrave; le differenze nella specificit&agrave; di substrato. Per coppie omologhe, caratterizzate da un&#39;identit&agrave; di sequenza di 30-60%, se la differenza strutturale metrica &egrave; inferiore a circa 30, le funzioni sono altamente conservate. Per le coppie di dominio della proteina omologa chiaramente, condivisione di solito meno di identit&agrave; di sequenza del 40%, osserviamo che spesso i gruppi chimici coinvolti nelle funzioni, e i cofattori differiscono. Segnaliamo inoltre dei casi estremamente insoliti di correlate omologhi appartenendo a interamente differenti classi di enzimi. Tali cambiamenti drastici nelle funzioni lorde di omologhi sembrano essere raggiunto dalla riconversione dei residui catalitici o alterando la stabilit&agrave; degli intermedi nelle reazioni biochimiche. Il nostro lavoro fornisce linee guida sull&#39;annotazione funzionale basato sulle ricerche di omologia e nelle iniziative di genomica strutturale.

Basi molecolari e strutturali di drift nelle funzioni di domini enzima omologo strettamente correlati: implicazioni per l&#39;annotazione funzione basata su ricerche di omologia e genomica strutturale.

3&#x6B21;&#x5143;&#x69CB;&#x9020;&#x3067;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x308B;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x5BB6;&#x65CF;&#x306E;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x6211;&#x3005; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x69CB;&#x9020;&#x3068;&#x5BC6;&#x63A5;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x9175;&#x7D20;&#x306E;&#x89E6;&#x5A92;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x306E;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067;&#x5B9F;&#x884C;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x95A2;&#x4FC2;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x3092;&#x63D0;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; id &#x306E;&#x7D04; 60 &#xFF05; &#x4EE5;&#x4E0A;&#x3092;&#x7279;&#x5FB4;&#x3068;&#x76F8;&#x540C;&#x306E;&#x89E6;&#x5A92;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x306E;&#x30DA;&#x30A2;&#x306E; 38 &#xFF05; &#x3067;&#x306E;&#x307F;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306F;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x540C;&#x4E00;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x307B;&#x307C; 43 &#xFF05;&#x3001;&#x30DA;&#x30A2;&#x306E;&#x7279;&#x7570;&#x6027;&#x3068;&#x306F;&#x7570;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305D;&#x308C;&#x3086;&#x3048;&#x9175;&#x7D20;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3068;&#x5BC6;&#x63A5;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x540C;&#x65CF;&#x4F53;&#x306E;&#x9593;&#x3067;&#x306E;&#x6700;&#x3082;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306A;&#x30D0;&#x30EA;&#x30A8;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306F;&#x57FA;&#x8CEA;&#x7279;&#x7570;&#x6027;&#x306E;&#x9055;&#x3044;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x672A;&#x6E80;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x9055;&#x3044;&#x30E1;&#x30C8;&#x30EA;&#x30C3;&#x30AF;&#x306E;&#x5834;&#x5408;&#x3001;30 &#xFF5E; 60% &#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; id &#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x7279;&#x5FB4;&#x3065;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x308B;&#x76F8;&#x540C;&#x306E;&#x30DA;&#x30A2;&#x306B;&#x7D04; 30 &#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x6A5F;&#x80FD;&#x304C;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x306B;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x660E;&#x78BA;&#x306B;&#x76F8;&#x540C;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x306E;&#x30DA;&#x30A2;&#x3092;&#x901A;&#x5E38;&#x672A;&#x6E80;&#x306E; 40 &#xFF05; &#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; id &#x3092;&#x5171;&#x6709;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x3057;&#x3070;&#x3057;&#x3070;&#x5316;&#x5B66;&#x306E;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3057;&#x3001;&#x88DC;&#x56E0;&#x5B50;&#x304C;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x89B3;&#x5BDF;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x307E;&#x305F;&#x5831;&#x544A;&#x3059;&#x308B;&#x9175;&#x7D20;&#x306E;&#x5168;&#x304F;&#x5225;&#x306E;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x306B;&#x5C5E;&#x3059;&#x308B;&#x8FD1;&#x7E01;&#x306E;&#x540C;&#x65CF;&#x4F53;&#x306E;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x73CD;&#x3057;&#x3044;&#x30B1;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x629C;&#x672C;&#x7684;&#x306A;&#x30B7;&#x30D5;&#x30C8;&#x306E;&#x7DCF;&#x95A2;&#x6570;&#x540C;&#x65CF;&#x4F53;&#x306E;&#x89E6;&#x5A92;&#x6D3B;&#x6027;&#x6B8B;&#x57FA;&#x306E;&#x624B;&#x76F4;&#x3057;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x751F;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x53CD;&#x5FDC;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x4E2D;&#x9593;&#x4F53;&#x306E;&#x5B89;&#x5B9A;&#x6027;&#x3092;&#x5909;&#x3048;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x9054;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306E;&#x4ED5;&#x4E8B;&#x306F;&#x30DB;&#x30E2;&#x30ED;&#x30B8;&#x30FC;&#x691C;&#x7D22;&#x3068;&#x69CB;&#x9020;&#x30B2;&#x30CE;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9; &#x30A4;&#x30CB;&#x30B7;&#x30A2;&#x30C6;&#x30A3;&#x30D6;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x6A5F;&#x80FD;&#x30A2;&#x30CE;&#x30C6;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306B;&#x95A2;&#x3059;&#x308B;&#x30AC;&#x30A4;&#x30C9;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

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&#xB3D9;&#xC885; &#xD6A8;&#xC18C; &#xBC00;&#xC811; &#xD558; &#xAC8C; &#xAD00;&#xB828; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB4DC;&#xB9AC;&#xD504;&#xD2B8;&#xC758; &#xBD84;&#xC790; &#xBC0F; &#xAD6C;&#xC870; &#xAE30;&#xC900;: &#xC8FC;&#xC11D; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC758;&#xBBF8; homology &#xAC80;&#xC0C9; &#xBC0F; &#xAD6C;&#xC870; &#xC720;&#xC804;&#xCCB4;&#xD559; &#xAE30;&#xBC18;.

Utilizando una base de datos de familias de dominio de prote&iacute;na de estructura tridimensional conocido se presenta un an&aacute;lisis sobre las relaciones entre secuencias, estructuras y funciones de las enzimas estrechamente relacionadas realizadas a nivel de dominios catal&iacute;ticos. S&oacute;lo en el 38% de los pares de hom&oacute;logos dominios catal&iacute;ticos caracterizados por sobre el 60% de identidad de secuencia las funciones son casi completamente id&eacute;nticas. Casi el 43% de las parejas difieren en su especificidad de sustrato. Por lo tanto, la variaci&oacute;n m&aacute;s com&uacute;n de la funci&oacute;n de la enzima entre los hom&oacute;logos estrechamente relacionadas es las diferencias en la especificidad de sustrato. Para pares hom&oacute;logos, caracterizados por una identidad de secuencia de 30-60%, si la medici&oacute;n de la diferencia estructural es menor que 30, las funciones est&aacute;n muy conservadas. Para pares de dominio claramente hom&oacute;loga de la prote&iacute;na, compartiendo generalmente menos de identidad de secuencia de 40%, observamos que a menudo los grupos qu&iacute;micos implicados en las funciones, y difieren de los cofactores. Tambi&eacute;n divulgamos casos extremadamente inusual de hom&oacute;logos estrechamente relacionadas pertenecientes a clases totalmente diferentes de las enzimas. Esos cambios dr&aacute;sticos en las funciones brutas de hom&oacute;logos parecen ser alcanzada por la reconversi&oacute;n de residuos catal&iacute;ticos o alterando la estabilidad de los intermedios en las reacciones bioqu&iacute;micas. Nuestro trabajo proporciona directrices sobre la anotaci&oacute;n funcional basada en b&uacute;squedas de homolog&iacute;a y en iniciativas de Gen&oacute;mica estructural.

Base molecular y estructural de la deriva en las funciones de los dominios de la enzima hom&oacute;loga estrechamente relacionadas: implicaciones para la anotaci&oacute;n de la funci&oacute;n basan en b&uacute;squedas de homolog&iacute;a y Gen&oacute;mica estructural.

&#x6C22;&#x6784;&#x6210;&#x8FD1;&#x4E00;&#x534A;&#x7684;&#x6240;&#x6709;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x4E2D;&#x7684;&#x539F;&#x5B50;&#x548C;&#x5B83;&#x4EEC;&#x7684;&#x7ACB;&#x573A;&#x5206;&#x6790;-&#x6C22;&#x952E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x548C;&#x7CBE;&#x70BC;&#x539F;&#x5B50;&#x7EA7;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x5927;&#x591A;&#x6570;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7ED3;&#x6784;&#x7531;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x6216;&#x8BA1;&#x7B97;&#x673A;&#x9884;&#x6D4B;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x6C22;&#x5750;&#x6807;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x63D0;&#x51FA;&#x4E00;&#x79CD;&#x65B0;&#x7684;&#x7B97;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x54C8;&#xFF0C;&#x6765;&#x9884;&#x6D4B;&#x57FA;&#x4E8E;&#x91CD;&#x539F;&#x5B50;&#x7684;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x7684;&#x6C22;&#x539F;&#x5B50;&#x7684;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x3002;&#x8BE5;&#x7B97;&#x6CD5;&#x662F;&#x5EFA;&#x7ACB;&#x5728;&#x8DDF;&#x4F18;&#x5316;&#x7A7A;&#x95F4;&#x4F4D;&#x963B;&#x65A5;&#x529B;&#x4E0E;&#x9759;&#x7535;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x6742;&#x5316;&#x8F68;&#x9053;&#x7684;&#x57FA;&#x672C;&#x89C4;&#x5219;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x6D4B;&#x8BD5;&#x4E86;&#x4F7F;&#x7528;&#x4E09;&#x4E2A;&#x72EC;&#x7ACB;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x7684;&#x7B97;&#x6CD5;: &#x8D85;&#x9AD8;&#x5206;&#x8FA8;&#x7387;&#x7684; x &#x5C04;&#x7EBF;&#x7ED3;&#x6784;&#x3001; &#x4E2D;&#x5B50;&#x884D;&#x5C04;&#x786E;&#x5B9A;&#x7ED3;&#x6784;&#x4E0E;&#x8BFA;&#x8D28;&#x5B50;-&#x8D28;&#x5B50;&#x7684;&#x8DDD;&#x79BB;&#x3002;&#x54C8;&#x4E0E;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x4F7F;&#x7528;&#x7684;&#x7A0B;&#x5E8F;&#xFF0C;CHARMM &#x548C;&#x51CF;&#x5C11;&#x76F8;&#x6BD4;&#xFF0C;&#x5177;&#x6709;&#x663E;&#x8457;&#x8F83;&#x9AD8;&#x7684;&#x51C6;&#x786E;&#x6027;&#xFF0C;&#x4E0E;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684;&#x6C22;&#x539F;&#x5B50;&#x5206;&#x522B;&#x4E0B;&#x8DCC; 26%&#x548C; 11%&#x7684; x &#x5C04;&#x7EBF;&#x3001; &#x4E2D;&#x5B50;&#x884D;&#x5C04;&#x7ED3;&#x6784;&#x5E73;&#x5747;&#x7687;&#x5BB6;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x6C22;&#x539F;&#x5B50;&#x7531;&#x54C8;&#x653E;&#x6709;&#x4E0E;&#x8BFA;&#x9650;&#x5236;&#x66F4;&#x591A;&#x6BD4;&#x8D5B;&#x53CA;&#x4E0E;&#x91CD;&#x539F;&#x5B50;&#x8F83;&#x5C11;&#x53D1;&#x751F;&#x51B2;&#x7A81;&#x3002;&#x7531;&#x54C8;&#x7684;&#x5E73;&#x5747; CPU &#x6210;&#x672C;&#x5206;&#x522B;&#x4E3A; 18 &#x548C;&#x6BD4; CHARMM &#x548C;&#x51CF;&#x5C11;&#xFF0C;&#x4F4E; 8 &#x500D;&#x3002;&#x54C8;&#x4E2D;&#x7684;&#x51C6;&#x786E;&#x6027;&#x6709;&#x5DE8;&#x5927;&#x4F18;&#x52BF;&#x548C;&#x6C22;&#x589E;&#x8865;&#x7684;&#x901F;&#x5EA6;&#x5E94;&#x4F7F;&#x54C8;&#x8BE6;&#x7EC6;&#x7814;&#x7A76;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7ED3;&#x6784;&#x548C;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x6709;&#x7528;&#x5DE5;&#x5177;&#x3002;&#x81EA;&#x7531;&#x53EF;&#x5728; http://zhang.bioinformatics.ku.edu/HAAD &#x7684;&#x53EF;&#x6267;&#x884C;&#x6587;&#x4EF6;&#x548C;&#x6E90;&#x4EE3;&#x7801;&#x7684;&#x54C8;&#x3002;

&#x54C8;&#xFF1A; &#x5FEB;&#x901F;&#x51C6;&#x786E;&#x9884;&#x6D4B;&#x7B97;&#x6CD5;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7ED3;&#x6784;&#x4E2D;&#x7684;&#x6C22;&#x539F;&#x5B50;&#x3002;

Hydrogen constitutes nearly half of all atoms in proteins and their positions are essential for analyzing hydrogen-bonding interactions and refining atomic-level structures. However, most protein structures determined by experiments or computer prediction lack hydrogen coordinates. We present a new algorithm, HAAD, to predict the positions of hydrogen atoms based on the positions of heavy atoms. The algorithm is built on the basic rules of orbital hybridization followed by the optimization of steric repulsion and electrostatic interactions. We tested the algorithm using three independent data sets: ultra-high-resolution X-ray structures, structures determined by neutron diffraction, and NOE proton-proton distances. Compared with the widely used programs CHARMM and REDUCE, HAAD has a significantly higher accuracy, with the average RMSD of the predicted hydrogen atoms to the X-ray and neutron diffraction structures decreased by 26% and 11%, respectively. Furthermore, hydrogen atoms placed by HAAD have more matches with the NOE restraints and fewer clashes with heavy atoms. The average CPU cost by HAAD is 18 and 8 times lower than that of CHARMM and REDUCE, respectively. The significant advantage of HAAD in both the accuracy and the speed of the hydrogen additions should make HAAD a useful tool for the detailed study of protein structure and function. Both an executable and the source code of HAAD are freely available at http://zhang.bioinformatics.ku.edu/HAAD.

HAAD: A quick algorithm for accurate prediction of hydrogen atoms in protein structures.

L&#39;hydrog&egrave;ne constitue pr&egrave;s de la moiti&eacute; de tous les atomes dans les prot&eacute;ines et leurs positions sont essentielles pour analyser les interactions hydrog&egrave;nes et raffinage des structures au niveau atomique. Cependant, la plupart des structures prot&eacute;iques d&eacute;termin&eacute;es par exp&eacute;riences ou l&#39;ordinateur pr&eacute;diction manque hydrog&egrave;ne coordonn&eacute;es. Nous pr&eacute;sentons un nouvel algorithme, HAAD, de pr&eacute;voir les positions des atomes d&#39;hydrog&egrave;ne bas&eacute;es sur les positions des atomes lourds. L&#39;algorithme repose sur les r&egrave;gles de base de l&#39;hybridation orbitale, suivie par l&#39;optimisation de la r&eacute;pulsion st&eacute;rique et interactions &eacute;lectrostatiques. Nous avons test&eacute; l&#39;algorithme &agrave; l&#39;aide de trois s&eacute;ries de donn&eacute;es ind&eacute;pendantes : ultra-haute r&eacute;solution structures de rayons x, structures par diffraction de neutrons et les distances de proton-proton NOE. En comparaison avec les programmes couramment CHARMM et r&eacute;duire, HAAD a une pr&eacute;cision significativement plus &eacute;lev&eacute;e, avec la RMSD moyenne des atomes d&#39;hydrog&egrave;ne pr&eacute;vu pour les structures de diffraction des rayons x et neutrons a diminu&eacute; de 26 % et 11 %, respectivement. En outre, les atomes d&#39;hydrog&egrave;ne par HAAD ont plus de matches avec les contraintes NOE et moins d&#39;affrontements avec des atomes lourds. CPU par HAAD co&ucirc;te en moyenne 18 et 8 fois plus faible que celle de CHARMM et r&eacute;duire, respectivement. L&#39;avantage consid&eacute;rable de HAAD dans la pr&eacute;cision et la vitesse des ajouts d&#39;hydrog&egrave;ne devraient faire HAAD un outil utile pour l&#39;&eacute;tude d&eacute;taill&eacute;e de la structure des prot&eacute;ines et de la fonction. Fois un ex&eacute;cutable et code source de HAAD sont librement disponibles &agrave; http://zhang.bioinformatics.ku.edu/HAAD.

HAAD : Un algorithme rapide pour une pr&eacute;vision pr&eacute;cise des atomes d&#39;hydrog&egrave;ne dans les structures prot&eacute;iques.

Wasserstoff bildet fast die H&auml;lfte aller Atome in Proteine und ihre Positionen sind unerl&auml;sslich f&uuml;r die Analyse von Wasserstoff-Bonden Interaktionen und Raffination atomarer Ebene Strukturen. Jedoch bestimmt die meisten Protein-Strukturen durch Experimente oder Computer Vorhersage Mangel an Wasserstoff Koordinaten. Wir pr&auml;sentieren einen neuen Algorithmus, HAAD, die Positionen der Wasserstoffatome, die anhand der Positionen der schweren Atomen Vorhersagen. Der Algorithmus baut auf den elementaren Regeln der Orbitale Hybridisierung, gefolgt von der Optimierung der sterische Absto&szlig;ung und elektrostatische Wechselwirkungen. Wir testeten den Algorithmus mit drei unabh&auml;ngige Datens&auml;tze: ultra-high-resolution R&ouml;ntgen-Strukturen, Strukturen von Neutron-Beugung, bestimmt und NOE-Proton-Proton-Entfernungen. Im Vergleich mit den weit verbreiteten Programmen CHARMM und REDUCE, hat HAAD eine deutlich h&ouml;here Genauigkeit, mit der durchschnittlichen RMSD der vorhergesagte Wasserstoff-Atome auf die x-ray und Neutron Beugung-Strukturen, die verringerte sich um 26 % und 11 %, bzw.. Wasserstoff-Atome von HAAD platziert haben zudem weitere &Uuml;bereinstimmungen mit der NOE-Fesseln und weniger Konflikte mit schweren Atomen. Die durchschnittliche CPU-Kosten von HAAD ist 18 und 8 mal niedriger als die des CHARMM und REDUCE, beziehungsweise. Der wesentliche Vorteil der HAAD in die Genauigkeit und die Geschwindigkeit der Wasserstoff Erg&auml;nzungen sollten HAAD ein n&uuml;tzliches Werkzeug f&uuml;r die detaillierte Untersuchung von Protein-Struktur und Funktion. Eine ausf&uuml;hrbare Datei und den Quellcode der HAAD sind kostenlos unter http://zhang.bioinformatics.ku.edu/HAAD.

HAAD: Einen schnellen Algorithmus f&uuml;r genaue Vorhersage von Wasserstoffatomen in Proteinstrukturen.

Idrogeno costituisce quasi la met&agrave; di tutti gli atomi in proteine e le loro posizioni sono essenziali per l&#39;analisi di interazioni di legame idrogeno e raffinazione strutture a livello atomico. Tuttavia, la maggior parte delle strutture proteiche determinato da esperimenti o computer previsione mancanza idrogeno coordinate. Vi presentiamo un nuovo algoritmo, HAAD, per predire le posizioni degli atomi di idrogeno basati sulle posizioni degli atomi pesanti. L&#39;algoritmo &egrave; costruito sulle regole base di ibridazione orbita seguita dall&#39;ottimizzazione delle interazioni elettrostatiche e la repulsione sterica. Abbiamo testato l&#39;algoritmo utilizzando tre insiemi di dati indipendenti: ultra-alta risoluzione strutture di raggi x, determinate dalla diffrazione neutronica, strutture e distanze NOE protone-protone. Confrontato con i programmi diffusi CHARMM e ridurre, HAAD ha una precisione notevolmente superiore, con la media RMSD predetto atomi di idrogeno delle strutture di diffrazione a raggi x e neutroni sono diminuiti del 26% e l&#39;11%, rispettivamente. Inoltre, gli atomi di idrogeno da HAAD hanno pi&ugrave; partite con i fermi NOE e meno scontri con atomi pesanti. Il costo medio di CPU da HAAD &egrave; 18 e 8 volte inferiore a quello di CHARMM e ridurre, rispettivamente. Il notevole vantaggio di HAAD sia la precisione e la velocit&agrave; delle aggiunte idrogeno dovrebbe rendere HAAD uno strumento utile per lo studio dettagliato della struttura della proteina e la funzione. Sia un eseguibile che il codice sorgente di HAAD sono liberamente disponibili presso http://zhang.bioinformatics.ku.edu/HAAD.

HAAD: Un algoritmo veloce per la previsione accurata di atomi di idrogeno in strutture della proteina.

&#x6C34;&#x7D20;&#x306F;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x539F;&#x5B50;&#x306E;&#x534A;&#x5206;&#x8FD1;&#x304F;&#x3092;&#x69CB;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x3001;&#x5F7C;&#x3089;&#x306E;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x304C;&#x6C34;&#x7D20;&#x7D50;&#x5408;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x3068;&#x539F;&#x5B50;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x3092;&#x7CBE;&#x88FD;&#x306B;&#x4E0D;&#x53EF;&#x6B20;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x305F;&#x3060;&#x3057;&#x3001;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306E;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x5B9F;&#x9A13;&#x3084;&#x30B3;&#x30F3;&#x30D4;&#x30E5;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x4E88;&#x6E2C;&#x6B20;&#x5982;&#x6C34;&#x7D20;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5EA7;&#x6A19;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3002;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x91CD;&#x3044;&#x539F;&#x5B50;&#x306E;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x304F;&#x6C34;&#x7D20;&#x539F;&#x5B50;&#x306E;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3059;&#x308B; HAAD &#x3092;&#x63D0;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;&#x306E;&#x8ECC;&#x9053;&#x306E;&#x6DF7;&#x6210;&#x7ACB;&#x4F53;&#x53CD;&#x767A;&#x3068;&#x9759;&#x96FB;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x6700;&#x9069;&#x5316;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x7D9A;&#x3044;&#x3066;&#x306E;&#x57FA;&#x672C;&#x7684;&#x306A;&#x30EB;&#x30FC;&#x30EB;&#x3067;&#x69CB;&#x7BC9;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F; 3 &#x3064;&#x306E;&#x72EC;&#x7ACB;&#x3057;&#x305F;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF; &#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;&#x3092;&#x30C6;&#x30B9;&#x30C8;: &#x8D85;&#x306E; x &#x7DDA;&#x69CB;&#x9020;, &#x4E2D;&#x6027;&#x5B50;&#x56DE;&#x6298;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x69CB;&#x9020;&#x3068; NOE &#x967D;&#x5B50;-&#x967D;&#x5B50;&#x8DDD;&#x96E2;&#x3002;&#x5E83;&#x304F;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30D7;&#x30ED;&#x30B0;&#x30E9;&#x30E0;&#x3068; CHARMM &#x3068;&#x524A;&#x6E1B;&#x306B;&#x6BD4;&#x3079;&#x3066;&#x3001;HAAD &#x3067; 26 &#xFF05;&#x3001;11 &#xFF05; &#x6E1B;&#x5C11;&#x3057;&#x305F; x &#x7DDA;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x4E2D;&#x6027;&#x5B50;&#x56DE;&#x6298;&#x69CB;&#x9020;&#x3078;&#x306E;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x6C34;&#x7D20;&#x539F;&#x5B50;&#x306E;&#x5E73;&#x5747; RMSD &#x306E;&#x6709;&#x610F;&#x306B;&#x9AD8;&#x3044;&#x7CBE;&#x5EA6;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;&#x6C34;&#x7D20;&#x539F;&#x5B50;&#x306E; HAAD &#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x914D;&#x7F6E; NOE &#x62D8;&#x675F;&#x500B;&#x3068;&#x4E00;&#x81F4;&#x3057;&#x3066;&#x91CD;&#x3044;&#x539F;&#x5B50;&#x3068;&#x306E;&#x885D;&#x7A81;&#x3092;&#x5C11;&#x306A;&#x3044;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;HAAD &#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x306E;&#x5E73;&#x5747;&#x306E; CPU &#x30B3;&#x30B9;&#x30C8;&#x306F;&#x305D;&#x308C;&#x305E;&#x308C; 18 &#x3068; 8 &#x56DE;&#x306E; CHARMM &#x3068;&#x30EA;&#x30C7;&#x30E5;&#x30FC;&#x30B9;&#x3088;&#x308A;&#x4F4E;&#x3044;&#x3067;&#x3059;&#x3002;HAAD &#x4E21;&#x65B9;&#x7CBE;&#x5EA6;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x5229;&#x70B9;&#x3068;&#x306E;&#x6C34;&#x7D20;&#x306E;&#x8FFD;&#x52A0;&#x901F;&#x5EA6; HAAD &#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x3068;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x8A73;&#x7D30;&#x306A;&#x7814;&#x7A76;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x4FBF;&#x5229;&#x306A;&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;&#x3092;&#x3059;&#x308B;&#x5FC5;&#x8981;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5B9F;&#x884C;&#x53EF;&#x80FD;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x3068;&#x30BD;&#x30FC;&#x30B9; &#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x306E; HAAD http://zhang.bioinformatics.ku.edu/HAAD &#x3067;&#x81EA;&#x7531;&#x306B;&#x5229;&#x7528;&#x53EF;&#x80FD;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

HAAD: &#x4E88;&#x6E2C;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x3068;&#x6C34;&#x7D20;&#x306E;&#x8FC5;&#x901F;&#x306A;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;&#x3002;

&#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC6D0;&#xC790;&#xC758; &#xAC70;&#xC758; &#xC808;&#xBC18;&#xC744; &#xAD6C;&#xC131; &#xD558;&#xB294; &#xC218;&#xC18C; &#xBC0F; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC704;&#xCE58;&#xB294; &#xC218;&#xC18C; &#xACB0;&#xD569;&#xC758; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xBD84;&#xC11D; &#xD558; &#xACE0; &#xC6D0;&#xC790; &#xC218;&#xC900; &#xAD6C;&#xC870; &#xC870;&#xC815; &#xC704;&#xD574; &#xD544;&#xC218;&#xC801;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC758; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xAD6C;&#xC870; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xB610;&#xB294; &#xCEF4;&#xD4E8;&#xD130; &#xC608;&#xCE21; &#xBD80;&#xC871; &#xC218;&#xC18C;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC88C;&#xD45C;&#xB97C; &#xACB0;&#xC815;. &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998; HAAD, &#xBB34;&#xAC70;&#xC6B4; &#xC6D0;&#xC790;&#xC758; &#xC704;&#xCE58;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xC218;&#xC18C; &#xC6D0;&#xC790;&#xC758; &#xC704;&#xCE58;&#xB97C; &#xC608;&#xCE21; &#xD558;&#xB294; &#xC120;&#xBB3C;&#xC774;. &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998;&#xC740; &#xC785;&#xCCB4;&#xC801; &#xBC18;&#xBC1C; &#xBC0F; &#xC815;&#xC804;&#xAE30; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xCD5C;&#xC801;&#xD654; &#xB2E4;&#xC74C; &#xADA4;&#xB3C4; &#xAD50; &#xC7A1;&#xC758; &#xAE30;&#xBCF8; &#xADDC;&#xCE59;&#xC744; &#xAE30;&#xBC18;&#xC73C;&#xB85C;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; 3 &#xAC1C;&#xC758; &#xB3C5;&#xB9BD;&#xC801;&#xC778; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998;&#xC744; &#xC2DC;&#xD5D8;: &#xD2B8;&#xB79C;&#xC2A4;&#xBBF8;&#xD130;&#xAC00; x-&#xC120; &#xAD6C;&#xC870;, &#xC911;&#xC131;&#xC790; &#xD68C;&#xC808;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xACB0;&#xC815; &#xAD6C;&#xC870;&#xC640; &#xB178;&#xC5D0; &#xC591;&#xC131;&#xC790;-&#xC591;&#xC131;&#xC790; &#xAC70;&#xB9AC;. &#xB110;&#xB9AC; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB418;&#xB294; &#xD504;&#xB85C;&#xADF8;&#xB7A8; CHARMM &#xBC0F; &#xAC10;&#xC18C;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; HAAD&#xB294; &#xAC01;&#xAC01; 26%, 11%&#xB85C; &#xAC10;&#xC18C; &#xD558;&#xB294; x-&#xC120; &#xBC0F; &#xC911;&#xC131;&#xC790; &#xD68C;&#xC808; &#xAD6C;&#xC870;&#xB97C; &#xC608;&#xCE21;&#xB41C; &#xC218;&#xC18C; &#xC6D0;&#xC790;&#xC758; &#xD3C9;&#xADE0; RMSD&#xB85C; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD788; &#xB192;&#xC740; &#xC815;&#xD655;&#xB3C4;. &#xB610;&#xD55C;, HAAD&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xBC30;&#xCE58; &#xD558;&#xB294; &#xC218;&#xC18C; &#xC6D0;&#xC790;&#xB294; &#xB178; &#xC9C0;&#xC9C0;&#xB300;&#xC640; &#xB354; &#xC77C;&#xCE58; &#xD558; &#xACE0; &#xBB34;&#xAC70;&#xC6B4; &#xC6D0;&#xC790;&#xB97C; &#xAC00;&#xC9C4; &#xC801;&#xC740; &#xCDA9;&#xB3CC;. HAAD &#xC5EC; &#xD3C9;&#xADE0; CPU &#xBE44;&#xC6A9; &#xAC01;&#xAC01; 18 &#xBC0F; 8 &#xBC88; CHARMM &#xBC0F; &#xAC10;&#xC18C;, &#xBCF4;&#xB2E4; &#xB0AE;&#xC740;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xAD6C;&#xC870;&#xC640; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC790;&#xC138;&#xD55C; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xB97C; &#xC704;&#xD55C; &#xC720;&#xC6A9;&#xD55C; &#xB3C4;&#xAD6C; &#xBAA8;&#xB450; &#xC815;&#xD655;&#xB3C4; HAAD&#xC758; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC7A5;&#xC810;&#xACFC; &#xC218;&#xC18C; &#xCD94;&#xAC00; &#xC18D;&#xB3C4; HAAD &#xD655;&#xC778; &#xD574;&#xC57C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC2E4;&#xD589; &#xD30C;&#xC77C; &#xBC0F; HAAD&#xC758; &#xC18C;&#xC2A4; &#xCF54;&#xB4DC;&#xB97C; http://zhang.bioinformatics.ku.edu/haad&#xC5D0;&#xC11C; &#xC790;&#xC720;&#xB86D;&#xAC8C; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

HAAD: &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xAD6C;&#xC870;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC218;&#xC18C; &#xC6D0;&#xC790;&#xC758; &#xC815;&#xD655;&#xD55C; &#xC608;&#xCE21;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xBE60;&#xB978; &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998;.

Hidr&oacute;geno constituye casi la mitad de todos los &aacute;tomos en las prote&iacute;nas y sus posiciones son esenciales para analizar las interacciones de la Uni&oacute;n de hidr&oacute;geno y refinar estructuras de nivel at&oacute;mico. Sin embargo, la mayor&iacute;a de las estructuras de la prote&iacute;na determinan por experimentos o computadora predicci&oacute;n falta hidr&oacute;geno coordenadas. Presentamos un nuevo algoritmo, HAAD, para predecir las posiciones de los &aacute;tomos de hidr&oacute;geno basados en las posiciones de &aacute;tomos pesados. El algoritmo se basa en las reglas b&aacute;sicas de hibridaci&oacute;n orbital, seguido por la optimizaci&oacute;n de repulsi&oacute;n est&eacute;rica e interacciones electrost&aacute;ticas. Probamos el algoritmo usando tres conjuntos de datos independientes: estructuras de rayos x de ultra alta resoluci&oacute;n, estructuras determinadas por difracci&oacute;n de neutrones y NOE prot&oacute;n-prot&oacute;n distancias. Comparado con los programas ampliamente utilizados CHARMM y reducir, HAAD tiene una precisi&oacute;n significativamente mayor, con la RMSD promedio de los &aacute;tomos de hidr&oacute;geno prevista a las estructuras de difracci&oacute;n de rayos x y neutrones disminuidas un 26% y 11%, respectivamente. Adem&aacute;s, los &aacute;tomos de hidr&oacute;geno por HAAD tienen m&aacute;s partidos con las restricciones NOE y menos enfrentamientos con &aacute;tomos pesados. El costo promedio de la CPU por HAAD es 8 veces menor que la de CHARMM y reducir y 18 respectivamente. La gran ventaja de HAAD en la precisi&oacute;n y la velocidad de las adiciones de hidr&oacute;geno deben hacer HAAD una herramienta &uacute;til para el estudio detallado de la estructura de la prote&iacute;na y la funci&oacute;n. Un ejecutable tanto el c&oacute;digo fuente de HAAD son accesibles gratuitamente en http://zhang.bioinformatics.ku.edu/HAAD.

HAAD: Un algoritmo r&aacute;pido para la predicci&oacute;n exacta de &aacute;tomos de hidr&oacute;geno en las estructuras de la prote&iacute;na.

The iterative threading assembly refinement (I-TASSER) server is an integrated platform for automated protein structure and function prediction based on the sequence-to-structure-to-function paradigm. Starting from an amino acid sequence, I-TASSER first generates three-dimensional (3D) atomic models from multiple threading alignments and iterative structural assembly simulations. The function of the protein is then inferred by structurally matching the 3D models with other known proteins. The output from a typical server run contains full-length secondary and tertiary structure predictions, and functional annotations on ligand-binding sites, Enzyme Commission numbers and Gene Ontology terms. An estimate of accuracy of the predictions is provided based on the confidence score of the modeling. This protocol provides new insights and guidelines for designing of online server systems for the state-of-the-art protein structure and function predictions. The server is available at http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER.

I-TASSER: a unified platform for automated protein structure and function prediction.

&#x8FED;&#x4EE3;&#x7684;&#x7EBF;&#x7A0B;&#x5904;&#x7406;&#x5927;&#x4F1A;&#x7EC6;&#x5316; (&#x6211;-TASSER&#xFF09; &#x670D;&#x52A1;&#x5668;&#x662F;&#x57FA;&#x4E8E;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x5230;&#x529F;&#x80FD;&#x8303;&#x5F0F;&#x7684;&#x81EA;&#x52A8;&#x5316;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7ED3;&#x6784;&#x4E0E;&#x529F;&#x80FD;&#x9884;&#x6D4B;&#x7EFC;&#x5408;&#x7684;&#x5E73;&#x53F0;&#x3002;&#x4ECE;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x5E8F;&#x5217;&#x5F00;&#x59CB;&#xFF0C;-TASSER &#x9996;&#x5148;&#x751F;&#x6210;&#x4E09;&#x7EF4; (3D) &#x539F;&#x5B50;&#x6A21;&#x578B;&#x4ECE;&#x591A;&#x4E2A;&#x7EBF;&#x7A0B;&#x7684;&#x8DEF;&#x7EBF;&#x548C;&#x8FED;&#x4EE3;&#x7ED3;&#x6784;&#x5927;&#x4F1A;&#x6A21;&#x62DF;&#x3002;&#x7136;&#x540E;&#x7531;&#x7ED3;&#x6784;&#x5339;&#x914D;&#x7684; 3D &#x6A21;&#x578B;&#x4E0E;&#x5176;&#x4ED6;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x63A8;&#x65AD;&#x8FD9;&#x79CD;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x3002;&#x5178;&#x578B;&#x7684;&#x670D;&#x52A1;&#x5668;&#x8FD0;&#x884C;&#x7684;&#x8F93;&#x51FA;&#x5305;&#x542B;&#x5168;&#x957F;&#x7684;&#x4E8C;&#x7EA7;&#x548C;&#x4E09;&#x7EA7;&#x7ED3;&#x6784;&#x9884;&#x6D4B;&#x548C;&#x529F;&#x80FD;&#x4E0A;&#x914D;&#x4F53;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x3001; &#x9176;&#x59D4;&#x5458;&#x4F1A;&#x6570;&#x5B57;&#x548C;&#x57FA;&#x56E0;&#x672C;&#x4F53;&#x672F;&#x8BED;&#x7684;&#x6279;&#x6CE8;&#x3002;&#x4F30;&#x8BA1;&#x7684;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684;&#x51C6;&#x786E;&#x6027;&#x88AB;&#x63D0;&#x4F9B;&#x57FA;&#x4E8E;&#x6A21;&#x578B;&#x7684;&#x7F6E;&#x4FE1;&#x5EA6;&#x5F97;&#x5206;&#x3002;&#x6B64;&#x534F;&#x8BAE;&#x5148;&#x8FDB;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7ED3;&#x6784;&#x4E0E;&#x529F;&#x80FD;&#x9884;&#x6D4B;&#x8054;&#x673A;&#x670D;&#x52A1;&#x5668;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x7684;&#x8BBE;&#x8BA1;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x65B0;&#x7684;&#x89C1;&#x89E3;&#x548C;&#x6307;&#x5BFC;&#x65B9;&#x9488;&#x3002;&#x53EF;&#x5728; http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER &#x670D;&#x52A1;&#x5668;&#x3002;

TASSER&#xFF1A; &#x9884;&#x6D4B;&#x81EA;&#x52A8;&#x5316;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7ED3;&#x6784;&#x4E0E;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x7EDF;&#x4E00;&#x7684;&#x5E73;&#x53F0;&#x3002;

Le serveur de raffinement (I-TASSER) Assembl&eacute;e filetage it&eacute;rative est une plate-forme int&eacute;gr&eacute;e pour la pr&eacute;diction de structure et la fonction de prot&eacute;ine automatis&eacute;e bas&eacute;e sur le paradigme de la s&eacute;quence de structure-&agrave;-fonction. &Agrave; partir d&#39;une s&eacute;quence d&#39;acides amin&eacute;s, j&#39;ai-TASSER g&eacute;n&egrave;re d&#39;abord des mod&egrave;les atomiques tridimensionnelles (3D) provenant de multiples fileter les alignements et les simulations it&eacute;ratives ensemble structurel. La fonction de la prot&eacute;ine est ensuite d&eacute;duite par correspondance structurellement les mod&egrave;les 3D avec d&#39;autres prot&eacute;ines connues. La sortie d&#39;un serveur typique ex&eacute;cuter contient des pr&eacute;dictions de pleine longueur de structure secondaire et tertiaire, ainsi que des annotations fonctionnelles sur les sites de liaison du ligand, nombres d&#39;Enzyme Commission et termes de Gene Ontology. Une estimation de l&#39;exactitude des pr&eacute;visions repose sur le score de confiance de la mod&eacute;lisation. Ce protocole pr&eacute;voit de nouvelles perspectives et lignes directrices pour la conception des syst&egrave;mes de serveur en ligne pour les pr&eacute;dictions de structure et la fonction des prot&eacute;ines &eacute;tat-of-the-art. Le serveur est disponible &agrave; http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER.

J&#39;ai-TASSER : une plate-forme unifi&eacute;e pour la pr&eacute;diction de structure et la fonction de prot&eacute;ine automatis&eacute;.

Der iterative threading Versammlung Verfeinerung (I-TASSER) Server ist eine integrierte Plattform f&uuml;r automatisierte Protein-Struktur und Funktion-Vorhersage basiert auf dem Paradigma der Sequenz auf Struktur und Funktion. Ausgehend von einer Aminos&auml;ure-Sequenz,-TASSER zuerst erzeugt dreidimensionale (3D) atomaren Modelle aus mehreren threading Ausrichtungen und iterative strukturellen Montage Simulationen. Die Funktion des Proteins wird dann durch entsprechende strukturell die 3D Modelle mit anderen bekannten Proteinen abgeleitet. Die Ausgabe von einem typischen Server ausf&uuml;hren enth&auml;lt in sekund&auml;re und terti&auml;re Struktur Vorhersagen und funktionale Anmerkungen auf Ligand-Bindungsstellen, Enzym-Kommission Zahlen und Gene Ontology Begriffe. Eine Sch&auml;tzung der Genauigkeit der Vorhersagen ist f&uuml;r das Vertrauensergebnis der Modellierung gegeben. Dieses Protokoll stellt neue Erkenntnisse und Leitlinien f&uuml;r die Gestaltung von online-Server-Systeme f&uuml;r die Zustand-of-the-Art-Protein-Struktur und Funktion Vorhersagen. Der Server ist unter http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER verf&uuml;gbar.

TASSER: eine einheitliche Plattform f&uuml;r automatisierte Protein-Struktur und Funktion-Vorhersage.

L&#39;iterativo threading assieme raffinatezza (I-TASSER) server &egrave; una piattaforma integrata per la previsione della struttura e funzione delle proteine automatizzato basato sul paradigma della sequenza-struttura-funzione. A partire da una sequenza di amminoacidi,-TASSER prima genera tridimensionali (3D) modelli atomici da multiple threading allineamenti e simulazioni di assemblaggio strutturale iterativo. La funzione della proteina &egrave; quindi dedotto abbinando strutturalmente i modelli 3D con altre proteine note. L&#39;uscita da un tipico server eseguire contiene previsioni di struttura secondaria e terziaria full-length e annotazioni funzionali su siti ligand-legantesi, enzima Commissione numeri e termini Gene Ontology. &Egrave; fornita una stima dell&#39;accuratezza delle previsioni basato sullo spartito di fiducia di modellazione. Questo protocollo fornisce nuove intuizioni e linee guida per la progettazione di sistemi server online per le previsioni di struttura e funzione della proteina dello stato-of-the-art. Il server &egrave; disponibile presso http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER.

TASSER: una piattaforma unificata per la previsione della struttura e funzione delle proteine automatizzato.

&#x53CD;&#x5FA9;&#x30B9;&#x30EC;&#x30C3;&#x30C9; &#x30A2;&#x30BB;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EA;&#x7D5E;&#x308A;&#x8FBC;&#x307F; &#xFF08;&#x79C1; TASSER&#xFF09; &#x30B5;&#x30FC;&#x30D0;&#x30FC; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;-&#x69CB;&#x9020;-&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x30D1;&#x30E9;&#x30C0;&#x30A4;&#x30E0;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x81EA;&#x52D5;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x69CB;&#x9020;&#x30FB;&#x6A5F;&#x80FD;&#x4E88;&#x6E2C;&#x306E;&#x7D71;&#x5408;&#x30D7;&#x30E9;&#x30C3;&#x30C8;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x914D;&#x5217;&#x304B;&#x3089;&#x59CB;&#x3081;&#x3066;&#x3001;- TASSER &#x307E;&#x305A; 3&#x6B21;&#x5143; (3 D) &#x539F;&#x5B50;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x304B;&#x3089;&#x8907;&#x6570;&#x751F;&#x6210;&#x30B9;&#x30EC;&#x30C3;&#x30C9;&#x306E;&#x7DDA;&#x5F62;&#x3068;&#x53CD;&#x5FA9;&#x69CB;&#x9020;&#x7D44;&#x7ACB;&#x30B7;&#x30DF;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3002;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306F;&#x3001;&#x4ED6;&#x306E;&#x65E2;&#x77E5;&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3068; 3 D &#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3092;&#x69CB;&#x9020;&#x7684;&#x306B;&#x7167;&#x5408;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x63A8;&#x8AD6;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5B9F;&#x884C;&#x5178;&#x578B;&#x7684;&#x306A;&#x30B5;&#x30FC;&#x30D0;&#x30FC;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x51FA;&#x529B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x30D5;&#x30EB;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B0;&#x30B9;&#x306E;&#x4E8C;&#x6B21;&#x3068;&#x4E09;&#x6B21;&#x69CB;&#x9020;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3068;&#x30EA;&#x30AC;&#x30F3;&#x30C9;&#x7D50;&#x5408;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3001;&#x9175;&#x7D20;&#x306E;&#x59D4;&#x54E1;&#x4F1A;&#x306E;&#x6570;&#x5B57;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E; Ontology &#x306E;&#x5229;&#x7528;&#x898F;&#x7D04;&#x306B;&#x6A5F;&#x80FD;&#x4E0A;&#x306E;&#x6CE8;&#x91C8;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x4E88;&#x6E2C;&#x306E;&#x7CBE;&#x5EA6;&#x306E;&#x63A8;&#x5B9A;&#x5024;&#x306F;&#x3001;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x4FE1;&#x983C;&#x30B9;&#x30B3;&#x30A2;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C8;&#x30B3;&#x30EB;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x3068;&#x30AC;&#x30A4;&#x30C9;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3; &#x30AA;&#x30F3;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3; &#x30B5;&#x30FC;&#x30D0;&#x30FC; &#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x72B6;&#x614B;&#x306E;&#x82B8;&#x8853;&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x69CB;&#x9020;&#x30FB;&#x6A5F;&#x80FD;&#x4E88;&#x6E2C;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x8A2D;&#x8A08;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30B5;&#x30FC;&#x30D0;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER &#x3067;&#x5229;&#x7528;&#x53EF;&#x80FD;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

TASSER&#xFF1A; &#x81EA;&#x52D5;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x69CB;&#x9020;&#x30FB;&#x6A5F;&#x80FD;&#x4E88;&#x6E2C;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x7D71;&#x5408;&#x30D7;&#x30E9;&#x30C3;&#x30C8;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x3002;

&#xBC18;&#xBCF5;&#xC801;&#xC778; &#xC2A4;&#xB808;&#xB529; &#xC5B4;&#xC148;&#xBE14;&#xB9AC; &#xC218;&#xC815; (I TASSER) &#xC11C;&#xBC84; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;-&#xAD6C;&#xC870;-&#xAE30;&#xB2A5; &#xD328;&#xB7EC;&#xB2E4;&#xC784;&#xC744; &#xAE30;&#xBC18;&#xC73C;&#xB85C; &#xC790;&#xB3D9;&#xD654; &#xB41C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xAD6C;&#xC870;&#xC640; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC608;&#xCE21;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD1B5;&#xD569;&#xB41C; &#xD50C;&#xB7AB;&#xD3FC;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC2DC;&#xC791; &#xD574; &#xC11C;, &#xB09C; TASSER &#xBA3C;&#xC800; 3 &#xCC28;&#xC6D0; (3D) &#xC6D0;&#xC790; &#xBAA8;&#xB378;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0DD;&#xC131; &#xB2E4;&#xC911; &#xC2A4;&#xB808;&#xB529; &#xC815;&#xB82C;&#xC640; &#xBC18;&#xBCF5;&#xC801;&#xC778; &#xAD6C;&#xC870; &#xC5B4;&#xC148;&#xBE14;&#xB9AC; &#xC2DC;&#xBBAC;&#xB808;&#xC774;&#xC158;. &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5; &#xB2E4;&#xC74C; &#xAD6C;&#xC870;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xB2E4;&#xB978; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC744; &#xD568;&#xAED8; 3D &#xBAA8;&#xB378;&#xC744; &#xBE44;&#xAD50; &#xD558; &#xC5EC; &#xC720;&#xCD94; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC778; &#xC11C;&#xBC84; &#xC2E4;&#xD589;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCD9C;&#xB825; &#xC804;&#xCCB4; &#xAE38;&#xC774; 2 &#xCC28; &#xBC0F; 3 &#xCC28; &#xAD6C;&#xC870; &#xC608;&#xCE21; &#xBC0F; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801; &#xC8FC;&#xC11D; ligand &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;, &#xD6A8;&#xC18C; &#xC704;&#xC6D0;&#xD68C; &#xBC88;&#xD638; &#xBC0F; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC874;&#xC7AC;&#xB860; &#xAE30;&#xAC04;&#xC5D0; &#xD3EC;&#xD568; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC608;&#xCE21;&#xC758; &#xC815;&#xD655;&#xB3C4; &#xC608;&#xC0C1; &#xBAA8;&#xB378;&#xB9C1;&#xC758; &#xC2E0;&#xB8B0;&#xC131; &#xC810;&#xC218;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xC81C;&#xACF5; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xD504;&#xB85C;&#xD1A0;&#xCF5C; &#xCD5C;&#xC2E0;&#xC758; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xAD6C;&#xC870;&#xC640; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC608;&#xCE21;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC628;&#xB77C;&#xC778; &#xC11C;&#xBC84; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;&#xC758; &#xC124;&#xACC4;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xD1B5;&#xCC30;&#xACFC; &#xC9C0;&#xCE68;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC11C;&#xBC84;&#xB294; http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/i-tasser&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

TASSER: &#xC790;&#xB3D9;&#xD654; &#xB41C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xAD6C;&#xC870;&#xC640; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC608;&#xCE21;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD1B5;&#xD569;&#xB41C; &#xD50C;&#xB7AB;&#xD3FC;.

El servidor de refinamiento (I-TASSER) montaje roscado iterativo es una plataforma integrada para la predicci&oacute;n de estructura y funci&oacute;n de prote&iacute;nas automatizado basada en el paradigma de la secuencia-a-a-estructura-funci&oacute;n. A partir de una secuencia de amino&aacute;cidos,-TASSER primero genera tridimensionales (3D) modelos at&oacute;micos de m&uacute;ltiples roscado alineaciones y simulaciones de montaje estructural iterativo. La funci&oacute;n de la prote&iacute;na se infiere entonces estructuralmente emparejando los modelos 3D con otras prote&iacute;nas conocidas. La salida de un t&iacute;pico servidor ejecutar contiene predicciones de larga duraci&oacute;n estructura secundaria y terciaria y anotaciones funcionales en sitios ligando, n&uacute;meros de la Comisi&oacute;n de la enzima y t&eacute;rminos Gene Ontology. Una estimaci&oacute;n de la exactitud de las predicciones es proporcionada basado en el resultado de la confianza de la modelaci&oacute;n. Este protocolo proporciona nuevas ideas y directrices para el dise&ntilde;o de sistemas de servidor en l&iacute;nea para las predicciones de la estructura y funci&oacute;n de prote&iacute;nas de estado-of-the-art. El servidor est&aacute; disponible en http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER.

TASSER: una plataforma unificada para la predicci&oacute;n de estructura y funci&oacute;n de la prote&iacute;na automatizado.

Parkin &#x5C5E;&#x4E8E;&#x4E00;&#x7C7B;&#x7684;&#x591A;&#x4E2A;&#x73AF;&#x57DF;&#x86CB;&#x767D;&#x88AB;&#x6307;&#x5B9A;&#x4E3A; RBR (&#x73AF;&#xFF0C;&#x73AF;&#xFF0C;&#x73AF;&#x4E4B;&#x95F4;) &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x9879;&#x68C0;&#x8BA8;&#x6211;&#x4EEC;&#x68C0;&#x67E5;&#x6240;&#x8C13;&#x7684;&#x5173;&#x4E8E; Parkin &#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;/&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x5173;&#x7CFB;&#x3002;Parkin &#x5305;&#x542B;&#x4E09;&#x4E2A;&#x73AF;&#x57DF;&#x52A0;-&#x4E2D;&#x4ECB;&#x4E2D;&#x73AF; (IBR) &#x57DF;&#x548C;&#x6CDB;&#x7D20;&#x6837;&#x57DF;&#x3002;&#x73AF;&#x57DF;&#x662F;&#x5BCC;&#x542B;&#x534A;&#x80F1;&#x6C28;&#x9178;&#x7684;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x914D;&#x4F53;&#x8981;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x950C;&#x79BB;&#x5B50;&#x3002;&#x73AF;&#x57DF;&#x53EF;&#x80FD;&#x4E0E; DNA &#x6216;&#x4E0E;&#x5176;&#x4ED6;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x8FDB;&#x884C;&#x4EA4;&#x4E92;&#x548C;&#x6267;&#x884C;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x7684;&#x804C;&#x80FD;&#x3002;&#x6709;&#x4E9B;&#x51FD;&#x6570;&#x4F5C;&#x4E3A; E3 &#x6CDB;&#x7D20;&#x8FDE;&#x63A5;&#x9176;&#xFF0C;&#x53C2;&#x4E0E;&#x6CDB;&#x7D20;&#x94FE;&#x9644;&#x4EF6;&#x4FE1;&#x53F7;&#x86CB;&#x767D;&#x9176;&#x4F53;&#x964D;&#x89E3; &#xFF1B;&#x4F46;&#x662F;&#xFF0C;&#x6CDB;&#x7D20;&#x53EF;&#x80FD;&#x9644;&#x52A0;&#x86CB;&#x767D;&#x9176;&#x4F53;&#x964D;&#x89E3;&#x4EE5;&#x5916;&#x7684;&#x76EE;&#x7684;&#x3002;&#x5B83;&#x786E;&#x5B9A; C &#x7EC8;&#x7AEF;&#x5927;&#x591A;&#x6570;&#x73AF;&#xFF0C;RING2&#xFF0C;&#x662F;&#x5FC5;&#x8981;&#x6761;&#x4EF6; Parkin &#x529F;&#x80FD;&#x5982;&#x5DF2;&#x786E;&#x5B9A; E3 &#x6CDB;&#x7D20;&#x8FDE;&#x63A5;&#x9176;&#x548C;&#x5927;&#x91CF;&#x7684;&#x886C;&#x5E95;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x5E15;&#x91D1;&#x8FD8;&#x53C2;&#x52A0;&#x4E00;&#x4E9B;&#x5176;&#x4ED6; fiunctions DNA &#x4FEE;&#x590D;&#x3001; &#x5FAE;&#x7BA1;&#x7A33;&#x5B9A;&#x548C; aggresomes &#x7684;&#x5F62;&#x6210;&#x7B49;&#x3002;&#x6709;&#x4E9B;&#x51FD;&#x6570;&#x5982; multi-protein &#x590D;&#x6742;&#x7684;&#x7275;&#x8FDE; NMDA &#x7684;&#x7A81;&#x89E6;&#x540E;&#x5BC6;&#x5EA6;&#xFF0C;&#x5728;&#x6D3B;&#x52A8;&#x4E2D;&#x7684;&#x53C2;&#x4E0E;&#x4E0D;&#x9700;&#x8981;&#x6CDB;&#x7684;&#x5E95;&#x7269;&#x5206;&#x5B50;&#x3002;&#x73AF;&#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x6700;&#x8FD1;&#x89C2;&#x6D4B;&#x8868;&#x660E;&#x5176;&#x529F;&#x80FD;&#x53EF;&#x80FD;&#x53D7;&#x950C;&#x79BB;&#x5B50;&#x5177;&#x6709;&#x7EA6;&#x675F;&#x529B;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x6709;&#x5EFA;&#x6A21;&#x7684;&#x5E15;&#x91D1;&#x7684;&#x4E09;&#x4E2A;&#x73AF;&#x57DF;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5DF2;&#x786E;&#x5B9A;&#x4E86;&#x4E00;&#x5957;&#x65B0;&#x7684; RING2 &#x914D;&#x4F53;&#x3002;&#x6B64;&#x8BBE;&#x7F6E;&#x5141;&#x8BB8;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x7684;&#x4E24;&#x4E2A;&#xFF0C;&#x800C;&#x4E0D;&#x662F;&#x53EA;&#x662F;&#x4E00;&#x4E2A;&#x950C;&#x79BB;&#x5B50;&#xFF0C;&#x5F00;&#x653E;&#x7684;&#x950C;&#x79BB;&#x5B50;&#x6570;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x5206;&#x5B50;&#x5F00;&#x5173;&#x8C03;&#x8282; Parkin &#x51FD;&#x6570;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x884C;&#x4E3A;&#x7684;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x3002;

Parkin&#xFF0C;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7684;&#x73AF;&#x536B;&#x90E8;&#x7684;&#x6700;&#x9AD8;&#x7EA7;&#x522B;&#x7ECF;&#x7406;&#x3002;

Parkin belongs to a class of multiple RING domain proteins designated as RBR (RING, in between RING, RING) proteins. In this review we examine what is known regarding the structure/function relationship of the Parkin protein. Parkin contains three RING domains plus a ubiquitin-like domain and an in-between-RING (IBR) domain. RING domains are rich in cysteine amino acids that act as ligands to bind zinc ions. RING domains may interact with DNA or with other proteins and perform a wide range of functions. Some function as E3 ubiquitin ligases, participating in attachment of ubiquitin chains to signal proteasome degradation; however, ubiquitin may be attached for purposes other than proteasome degradation. It was determined that the C-terminal most RING, RING2, is essential for Parkin to function as an E3 ubiquitin ligase and a number of substrates have been identified. However, Parkin also participates in a number of other fiunctions, such as DNA repair, microtubule stabilization, and formation of aggresomes. Some functions, such as participation in a multi-protein complex implicated in NMDA activity at the post synaptic density, do not require ubiquitination of substrate molecules. Recent observations of RING proteins suggest their function may be regulated by zinc ion binding. We have modeled the three RING domains of Parkin and have identified a new set of RING2 ligands. This set allows for binding of two rather than just one zinc ion, opening the possibility that the number of zinc ions bound acts as a molecular switch to modulate Parkin function.

Parkin, A Top Level Manager in the Cell's Sanitation Department.

Parkin appartient &#xE0; une classe de prot&#xE9;ines multiples domaine RING d&#xE9;sign&#xE9;s comme RBR (RING, entre RING, RING) prot&#xE9;ines. Dans cette revue, nous examinons ce qui est connu au sujet de la relation structure / fonction de la prot&#xE9;ine Parkin. Parkin contient trois domaines Ring Plus d&#x26;#39;un domaine analogue &#xE0; l&#x26;#39;ubiquitine et un entre-deux-RING (IBR) de domaine. Domaines RING sont riches en acides amin&#xE9;s cyst&#xE9;ine qui agissent comme des ligands se lient &#xE0; des ions de zinc. Domaines RING peuvent interagir avec l&#x26;#39;ADN ou avec d&#x26;#39;autres prot&#xE9;ines et d&#x26;#39;effectuer un large &#xE9;ventail de fonctions. Certains fonctionnent comme des E3 ubiquitine ligases, en participant &#xE0; l&#x26;#39;attachement des cha&#xEE;nes d&#x26;#39;ubiquitine pour signaler d&#xE9;gradation par le prot&#xE9;asome, mais l&#x26;#39;ubiquitine peut &#xEA;tre attach&#xE9; &#xE0; des fins autres que la d&#xE9;gradation du prot&#xE9;asome. Il a &#xE9;t&#xE9; d&#xE9;termin&#xE9; que l&#x26;#39;anneau le plus C-terminale, RING2, est essentielle pour Parkin &#xE0; fonctionner comme une ubiquitine ligase E3, et un certain nombre de substrats ont &#xE9;t&#xE9; identifi&#xE9;s. Toutefois, Parkin participe &#xE9;galement &#xE0; un certain nombre de fiunctions autres, tels que r&#xE9;paration de l&#x26;#39;ADN, la stabilisation des microtubules, et la formation de aggresomes. Certaines fonctions, telles que la participation &#xE0; un complexe multi-prot&#xE9;ique impliqu&#xE9; dans l&#x26;#39;activit&#xE9; NMDA &#xE0; la densit&#xE9; synaptique apr&#xE8;s, ne n&#xE9;cessitent pas l&#x26;#39;ubiquitination de mol&#xE9;cules de substrat. Des observations r&#xE9;centes sugg&#xE8;rent des prot&#xE9;ines RING leur fonction peut &#xEA;tre r&#xE9;gl&#xE9;e par la liaison d&#x26;#39;ions de zinc. Nous avons mod&#xE9;lis&#xE9; les trois domaines RING de Parkin et ont identifi&#xE9; une nouvelle s&#xE9;rie de Ring2 ligands. Cet ensemble permet de lier de deux plut&#xF4;t qu&#x26;#39;un seul ion de zinc, ouvrant la possibilit&#xE9; que le nombre d&#x26;#39;ions de zinc li&#xE9; agit comme un interrupteur mol&#xE9;culaire pour moduler la fonction Parkin.

Parkin, gestionnaire de premier niveau dans le d&#xE9;partement d&#x26;#39;assainissement de la Cellule

Parkin geh&ouml;rt zu einer Klasse mehrere RING-Dom&auml;nen-Proteine, die als RBR (RING, zwischen RING, RING) Proteine. In diesen Bericht untersuchen wir, was &uuml;ber die Struktur/Funktions-Verh&auml;ltnis des Proteins Parkin bekannt ist. Parkin enth&auml;lt drei RING-Dom&auml;nen sowie eine Ubiquitin-wie auch eine in-between-RING (IBR)-Dom&auml;ne. RING-Dom&auml;nen sind reich an Cystein-Aminos&auml;uren, die als Liganden Zinkionen binden dienen. RING-Dom&auml;nen k&ouml;nnen mit DNA oder mit anderen Proteinen zu interagieren und eine Vielzahl von Funktionen ausf&uuml;hren. Einige fungieren als E3-Ubiquitin-Verkn&uuml;pfung, Anlage von Ubiquitin Chains Proteasom Signalverluste beteiligt; Ubiquitin kann jedoch f&uuml;r andere Zwecke als Proteasom Abbau versehen werden. Es wurde festgestellt, dass der C-terminalen most Rings, RING2, ist unabdingbar f&uuml;r Parkin Funktion, da ein E3-Ubiquitin-Ligase und eine Reihe von Substraten identifiziert wurden. Parkin beteiligt sich jedoch auch in einer Reihe von anderen Fiunctions, wie DNA-Reparatur, Microtubule Stabilisierung und Bildung von Aggresomes. Einige Funktionen, wie die Beteiligung an einem multi-protein Komplex in NMDA-Aktivit&auml;t an die Pfosten synaptische Dichte, verwickelt erfordern keine Ubiquitination Substrat Molek&uuml;le. J&uuml;ngste Beobachtungen RING Proteine schlagen ihre Funktion von Zink-Ionen Bindung reguliert werden kann. Wir haben die drei RING-Dom&auml;nen von Parkin modelliert und eine neue Reihe von RING2 Liganden identifiziert haben. Dieses Set erm&ouml;glicht die Bindung von zwei anstatt nur ein Zink-Ion, &ouml;ffnen die M&ouml;glichkeit, dass die Anzahl der Zinkionen Handlungen als molekulare Schalter, Parkin Funktion modulieren gebunden.

Parkin, Ebene Topmanager und Hygiene in der Zelle.

Parkin appartiene a una classe di proteine di dominio RING pi&ugrave; indicato come RBR proteine, tra anello, anello (RING). In questa recensione noi esaminare ci&ograve; che &egrave; noto per quanto riguarda il rapporto struttura/funzione della proteina Parkin. Parkin contiene tre domini RING plus un dominio di ubiquitin-like e un dominio in-tra-RING (IBR). ANELLO domini sono ricche di aminoacidi cisteina che fungono da ligandi per legare ioni di zinco. ANELLO domini possono interagire con il DNA o con altre proteine ed eseguire una vasta gamma di funzioni. Alcuni funzionano come E3 ubiquitina ligasi, partecipando all&#39;attaccamento di ubiquitin catene alla degradazione del segnale del proteasoma; Tuttavia, il ubiquitin pu&ograve; essere attaccato per scopi diversi dalla degradazione del proteasoma. &Egrave; stato stabilito che il C-terminale pi&ugrave; anello, RING2, &egrave; essenziale per Parkin alla funzione come una E3 ubiquitina ligasi e un certo numero di substrati sono stati identificati. Tuttavia, Parkin partecipa anche un certo numero di altri fiunctions, come la riparazione del DNA, stabilizzazione dei microtubuli e la formazione di aggresomes. Alcune funzioni, quali la partecipazione in un complesso multi-protein implicato in attivit&agrave; NMDA presso la densit&agrave; post sinaptica, non necessitano di ubiquitination di molecole di substrato. Recenti osservazioni delle proteine anello suggeriscono che la loro funzione pu&ograve; essere regolamentata dalla associazione dello ione zinco. Ci hanno modellato i tre domini di anello di Parkin e hanno identificato un nuovo insieme di ligandi RING2. Questo set permette per l&#39;associazione di due piuttosto che un solo ione zinco, aprendo la possibilit&agrave; che il numero di ioni di zinco associato atti come un interruttore molecolare per modulare la funzione Parkin.

Parkin, un Top Manager di livello dipartimento di igiene della cella.

&#x30D1;&#x30FC;&#x30AD;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;RBR&#xFF08;RING&#x3001;RING&#x306E;&#x9593;&#x306B;&#x3001;RING&#xFF09;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x6307;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x8907;&#x6570;&#x306E;RING&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x306B;&#x5C5E;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30EC;&#x30D3;&#x30E5;&#x30FC;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30D1;&#x30FC;&#x30AD;&#x30F3;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;/&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x95A2;&#x4FC2;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x306F;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3082;&#x306E;&#x3092;&#x8ABF;&#x3079;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30D1;&#x30FC;&#x30AD;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;3 RING&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x306B;&#x52A0;&#x3048;&#x3001;&#x30E6;&#x30D3;&#x30AD;&#x30C1;&#x30F3;&#x69D8;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x3068;&#x306E;&#x9593;&#x306E;-RING&#xFF08;IBR&#xFF09;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; RING&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x306F;&#x4E9C;&#x925B;&#x30A4;&#x30AA;&#x30F3;&#x3092;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x30EA;&#x30AC;&#x30F3;&#x30C9;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x4F5C;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30A4;&#x30F3;&#x306E;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x304C;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002; RING&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;DNA&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x4ED6;&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3068;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3057;&#x3001;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x5E83;&#x3044;&#x7BC4;&#x56F2;&#x3092;&#x5B9F;&#x884C;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30A2;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x5206;&#x89E3;&#x3092;&#x901A;&#x77E5;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x30E6;&#x30D3;&#x30AD;&#x30C1;&#x30F3;&#x9396;&#x306E;&#x6DFB;&#x4ED8;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x306B;&#x53C2;&#x52A0;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;E3&#x30E6;&#x30D3;&#x30AD;&#x30C1;&#x30F3;&#x30EA;&#x30AC;&#x30FC;&#x30BC;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x95A2;&#x6570;&#x306F;&#x3001;&#x305F;&#x3060;&#x3057;&#x3001;&#x30E6;&#x30D3;&#x30AD;&#x30C1;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30A2;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x5206;&#x89E3;&#x4EE5;&#x5916;&#x306E;&#x76EE;&#x7684;&#x306B;&#x30A2;&#x30BF;&#x30C3;&#x30C1;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305D;&#x308C;&#x306F;&#x30D1;&#x30FC;&#x30AD;&#x30F3;&#x306F;E3&#x30E6;&#x30D3;&#x30AD;&#x30C1;&#x30F3;&#x30EA;&#x30AC;&#x30FC;&#x30BC;&#x3068;&#x57FA;&#x8CEA;&#x306E;&#x6570;&#x304C;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;C&#x672B;&#x7AEF;MOST&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x3001;RING2&#x304C;&#x3001;&#x4E0D;&#x53EF;&#x6B20;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x5224;&#x660E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x30D1;&#x30FC;&#x30AD;&#x30F3;&#x306F;&#x307E;&#x305F;&#x3001;DNA&#x4FEE;&#x5FA9;&#x3001;&#x5FAE;&#x5C0F;&#x7BA1;&#x5B89;&#x5B9A;&#x5316;&#x3001;aggresomes&#x306E;&#x5F62;&#x6210;&#x306A;&#x3069;&#x306E;&#x4ED6;&#x306E;fiunctions&#x3001;&#x6570;&#x306B;&#x53C2;&#x52A0;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305D;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x30DD;&#x30B9;&#x30C8;&#x30B7;&#x30CA;&#x30D7;&#x30B9;&#x306E;&#x5BC6;&#x5EA6;&#x3067;NMDA&#x6D3B;&#x52D5;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3057;&#x305F;&#x30DE;&#x30EB;&#x30C1;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x3078;&#x306E;&#x53C2;&#x52A0;&#x306A;&#x3069;&#x306E;&#x4E00;&#x90E8;&#x306E;&#x95A2;&#x6570;&#x306F;&#x3001;&#x57FA;&#x8CEA;&#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x30E6;&#x30D3;&#x30AD;&#x30C1;&#x30F3;&#x5316;&#x3092;&#x5FC5;&#x8981;&#x3068;&#x3057;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002; RING&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x6700;&#x8FD1;&#x306E;&#x89B3;&#x6E2C;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x95A2;&#x6570;&#x304C;&#x4E9C;&#x925B;&#x30A4;&#x30AA;&#x30F3;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x5506;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x30D1;&#x30FC;&#x30AD;&#x30F3;&#x306E;3 RING&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x3092;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x5316;&#x3057;&#x305F;&#x3068;RING2&#x30EA;&#x30AC;&#x30F3;&#x30C9;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306F;&#x3001;&#x4E9C;&#x925B;&#x30A4;&#x30AA;&#x30F3;&#x306E;&#x6570;&#x306F;&#x3001;&#x30D1;&#x30FC;&#x30AD;&#x30F3;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x5206;&#x5B50;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x306E;&#x884C;&#x70BA;&#x3092;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x3092;&#x958B;&#x3044;&#x3066;&#x3001;2&#x3060;&#x3051;&#x3067;&#x306F;&#x306A;&#x304F;&#x3001;1&#x4E9C;&#x925B;&#x30A4;&#x30AA;&#x30F3;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x3092;&#x53EF;&#x80FD;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30D1;&#x30FC;&#x30AD;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;&#x30BB;&#x30EB;&#x306E;&#x885B;&#x751F;&#x90E8;&#x9580;&#x306E;&#x30C8;&#x30C3;&#x30D7;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306E;&#x30DE;&#x30CD;&#x30FC;&#x30B8;&#x30E3;&#x30FC;

RBR &#xC9C0;&#xC815; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xBC18;&#xC9C0; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xD074;&#xB798;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC18D;&#xD558;&#xB294; parkin &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; (&#xBC18;&#xC9C0;, &#xBC18;&#xC9C0;, &#xBC18;&#xC9C0; &#xC0AC;&#xC774;). &#xC774; &#xAC80;&#xD1A0;&#xC5D0;&#xC11C; Parkin &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xAD6C;&#xC870;/&#xAE30;&#xB2A5; &#xAD00;&#xACC4;&#xC5D0; &#xAD00;&#xD55C; &#xC54C;&#xB824;&#xC838; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBB34;&#xC5C7;&#xC744; &#xAC80;&#xC0AC; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. Parkin &#xC138; &#xBC18;&#xC9C0; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xD50C;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC720;&#xBE44;&#xD034;&#xD2F4; &#xAC19;&#xC740; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xBC0F;&#xC5D0;-&#xC0AC;&#xC774; &#xB9C1; (IBR) &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778;&#xC5D0; &#xD3EC;&#xD568; &#xB418;&#xC5B4; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBC18;&#xC9C0; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778;&#xC740; &#xC544;&#xC5F0; &#xC774;&#xC628;&#xC5D0; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xD560; ligands &#xD589;&#xC704;&#xB85C; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD14C;&#xC778; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0;&#xC774; &#xD48D;&#xBD80; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBC18;&#xC9C0; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xB2E4;&#xB978; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xB610;&#xB294; DNA&#xC640; &#xACE0; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xC218;&#xD589;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC77C;&#xBD80; &#xC2E0;&#xD638; &#xD504;&#xB85C;&#xD14C;&#xC544;&#xC880; &#xC800;&#xD558;; &#xC720;&#xBE44;&#xD034;&#xD2F4; &#xC0AC;&#xC2AC;&#xC758; &#xCCA8;&#xBD80; &#xD30C;&#xC77C;&#xC5D0; &#xCC38;&#xC5EC; &#xD558;&#xB294; E3 &#xC720;&#xBE44;&#xD034;&#xD2F4; ligases &#xAE30;&#xB2A5; &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xC720;&#xBE44;&#xD034;&#xD2F4; &#xD504;&#xB85C;&#xD14C;&#xC544;&#xC880; &#xC800;&#xD558; &#xC678;&#xC758; &#xBAA9;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC5F0;&#xACB0; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8; C &#xD130;&#xBBF8;&#xB110; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC758; &#xBC18;&#xC9C0;, RING2, Parkin &#xC704;&#xD55C; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC5D0; &#xD544;&#xC218;&#xC801;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4; E3 &#xC720;&#xBE44;&#xD034;&#xD2F4; &#xB9AC;&#xAC00; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xAE30;&#xD310; &#xD655;&#xC778; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;&#xB85C; &#xACB0;&#xC815; &#xD588;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098; Parkin DNA &#xC218;&#xB9AC;, microtubule &#xC548;&#xC815;&#xD654; &#xBC0F; aggresomes&#xC758; &#xD615;&#xC131; &#xB4F1; &#xB2E4;&#xB978; fiunctions&#xC758; &#xC218;&#xC5D0; &#xCC38;&#xC5EC; &#xD558;. &#xAC8C;&#xC2DC;&#xBB3C; &#xC2DC; &#xB0C5; &#xC2A4; &#xBC00;&#xB3C4;&#xC5D0;&#xC11C; NMDA &#xD65C;&#xB3D9;&#xC5D0; &#xC5F0;&#xB8E8; multi-protein &#xB2E8;&#xC9C0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCC38;&#xC5EC; &#xB4F1;&#xC758; &#xC77C;&#xBD80; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC5D0;&#xB294; &#xAE30;&#xC9C8; &#xBD84;&#xC790;&#xC758; ubiquitination&#xC774; &#xD544;&#xC694; &#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB9C1; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xCD5C;&#xADFC; &#xAD00;&#xCE21; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC544;&#xC5F0; &#xC774;&#xC628; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD1B5;&#xC81C; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xAC83;&#xC774; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; Parkin&#xC758; &#xC138; &#xBC18;&#xC9C0; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778;&#xC744; &#xBAA8;&#xB378;&#xB85C; &#xD558; &#xACE0; RING2 ligands&#xC758; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC138;&#xD2B8;&#xB97C; &#xD655;&#xC778; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC138;&#xD2B8;&#xB294; &#xC544;&#xC5F0; &#xC774;&#xC628; &#xC218; Parkin &#xD568;&#xC218; &#xBCC0;&#xC870;&#xB97C; &#xBD84;&#xC790; &#xC2A4;&#xC704;&#xCE58;&#xB85C; &#xD589;&#xC704;&#xB97C; &#xC5F0;&#xACB0; &#xD558;&#xB294; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC744; &#xC5F4;&#xC5B4; &#xB450; &#xBCF4;&#xB2E4;&#xB294; &#xD55C; &#xC544;&#xC5F0; &#xC774;&#xC628;&#xC758; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Parkin, &#xC140;&#xC758; &#xC704;&#xC0DD; &#xBD80;&#xC11C;&#xC5D0; &#xCD5C;&#xACE0; &#xC218;&#xC900;&#xC758; &#xAD00;&#xB9AC;&#xC790;.

Parkin pertenece a una clase de m&#xFA;ltiples prote&#xED;nas de ANILLO de dominio designado como EE (ANILLO, entre RING, RING) prote&#xED;nas. En esta revisi&#xF3;n examinamos lo que se sabe acerca de la relaci&#xF3;n estructura / funci&#xF3;n de la prote&#xED;na Parkin. Parkin contiene tres dominios de integridad, adem&#xE1;s de un dominio de la ubiquitina-like y un dominio en el medio-RING (IBR). Dominios de integridad son ricos en amino&#xE1;cidos de ciste&#xED;na que act&#xFA;an como ligandos se unen a los iones de zinc. Dominios anillo puede interactuar con el ADN o con otras prote&#xED;nas y realizar una amplia gama de funciones. Algunos funcionan como E3 ubiquitina ligasas, participar en la uni&#xF3;n de las cadenas de ubiquitina para se&#xF1;alar la degradaci&#xF3;n del proteasoma, sin embargo, la ubiquitina puede estar unido para fines distintos de la degradaci&#xF3;n del proteasoma. Se determin&#xF3; que el anillo m&#xE1;s C-terminal, RING2, es esencial para Parkin para funcionar como una ligasa E3 ubiquitina y una serie de sustratos han sido identificados. Sin embargo, Parkin tambi&#xE9;n participa en una serie de fiunctions otros, tales como la reparaci&#xF3;n del ADN, la estabilizaci&#xF3;n de los microt&#xFA;bulos, y la formaci&#xF3;n de aggresomes. Algunas funciones, como la participaci&#xF3;n en un complejo multi-prote&#xED;na implicada en la actividad NMDA en la densidad sin&#xE1;ptica de correos, no requieren la ubiquitinaci&#xF3;n de mol&#xE9;culas de sustrato. Recientes observaciones de las prote&#xED;nas ANILLO sugieren su funci&#xF3;n puede ser regulada mediante la uni&#xF3;n de iones de zinc. Hemos modelado los tres dominios de integridad de Parkin y han identificado un nuevo conjunto de RING2 ligandos. Este conjunto permite la uni&#xF3;n de dos en lugar de s&#xF3;lo un ion de zinc, abriendo la posibilidad de que el n&#xFA;mero de iones de zinc unido act&#xFA;a como un interruptor molecular para modular la funci&#xF3;n Parkin.

Parkin, un administrador de nivel superior en el Departamento de Sanidad de la c&#xE9;lula

&#x526A;&#x63A5;&#x5141;&#x8BB8;&#x5355;&#x4E2A;&#x57FA;&#x56E0;&#x6765;&#x751F;&#x6210;&#x591A;&#x4E2A;&#x7684; mRNA &#x6210;&#x7EE9;&#x5355;&#xFF0C;&#x53EF;&#x4EE5;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x6210;&#x4E0D;&#x540C;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x901A;&#x8FC7;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x786E;&#x5B9A;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x86CB;&#x767D;&#x62FC;&#x63A5;&#x5F02;&#x6784;&#x4F53;&#x7684;&#x5F88;&#x5C11;&#xFF0C;&#x548C;&#x540C;&#x6E90;&#x5EFA;&#x6A21;&#x65B9;&#x6CD5;&#x90FD;&#x5F88;&#x4E0D;&#x64C5;&#x957F;&#x9884;&#x6D4B;&#x539F;&#x5B50;&#x7EA7;&#x522B;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x5DEE;&#x5F02;&#xFF0C;&#x7531;&#x4E8E;&#x9AD8;&#x5E8F;&#x5217;&#x6807;&#x8BC6;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x5229;&#x7528;&#x5148;&#x8FDB;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x9884;&#x6D4B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6211;-TASSER &#x6765;&#x5206;&#x6790;&#x526A;&#x63A5;&#x7684;&#x4E73;&#x817A;&#x764C;&#x6A21;&#x578B;&#x4E2D;&#x5DEE;&#x5F02;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x548C;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x540E;&#x679C;&#x3002;&#x9996;&#x5148;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x6210;&#x529F;&#x5730;&#x57FA;&#x51C6;-TASSER &#x7BA1;&#x9053;&#x7ED3;&#x6784;&#x5EFA;&#x6A21;&#x7684;&#x6240;&#x6709;&#x4E03;&#x5BF9;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x62FC;&#x63A5;&#x5F02;&#x6784;&#x4F53;&#xFF0C;&#x5DF2;&#x77E5;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x89E3;&#x51B3;&#x4E86;&#x7ED3;&#x6784;&#x3002;&#x7136;&#x540E;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5EFA;&#x6A21;&#x4E09;&#x4E0E;&#x764C;&#x75C7;&#x6709;&#x5173;&#x5907;&#x9009;&#x6848;&#x6587;&#x5BF9;&#x62A5;&#x544A;&#x6709;&#x76F8;&#x53CD;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x3002;&#x5728;&#x6BCF;&#x4E00;&#x5BF9;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x89C2;&#x5BDF;&#x5230;&#x5730;&#x533A;&#x5B58;&#x5728;&#x6216;&#x7F3A;&#x5C11;&#x7684;&#x6BCD;&#x9898;&#xFF0C;&#x80FD;&#x591F;&#x76F4;&#x63A5;&#x5F71;&#x54CD;&#x53D8;&#x4F53;&#x7684;&#x72EC;&#x7279;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x5DEE;&#x5F02;&#x3002;&#x6700;&#x540E;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5C06;&#x65B9;&#x6CD5;&#x5E94;&#x7528;&#x4E8E;&#x9F20;&#x6807; Her2/&#x7EBD;&#x4E73;&#x817A;&#x80BF;&#x7624;&#x6297;&#x539F;&#x7684;&#x4E94;&#x4E2A;&#x63A5;&#x5934;&#x53D8;&#x79CD;&#xFF1A; anxa6&#xFF0C;calu&#xFF0C;cdc42&#xFF0C;ptbp1&#xFF0C;&#x548C; tax1bp3&#x3002;&#x5C3D;&#x7BA1; &gt; 75%&#x5E8F;&#x5217;&#x5907;&#x9009;&#x6848;&#x6587;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x8EAB;&#x4EFD;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x86CB;&#x767D;&#x5BF9;&#x751F;&#x7269;&#x91CD;&#x8981;&#x5730;&#x533A;&#x53D1;&#x73B0;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x5DEE;&#x5F02;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7EC4;&#x5B66;&#x5206;&#x6790;&#x7ED3;&#x5408;&#x57FA;&#x4E8E;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x6784;&#x8C61;&#x9884;&#x6D4B;&#x764C;&#x75C7;&#x548C;&#x5176;&#x5B83;&#x6761;&#x4EF6;&#x7684;&#x5DEE;&#x5F02;&#x8868;&#x8FBE;&#x66FF;&#x4EE3;&#x62FC;&#x63A5;&#x53D8;&#x79CD;&#x7684;&#x53EF;&#x884C;&#x6027;&#x3002;

&#x529F;&#x80FD;&#x6240;&#x6D89;&#x95EE;&#x9898;&#x7684;&#x66FF;&#x4EE3;&#x65B9;&#x6848;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x9884;&#x6D4B;&#x62FC;&#x63A5;&#x5728; Her2 &#x7EBD;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x4E73;&#x817A;&#x764C;&#x4E2D;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x3002;

Alternative splicing allows a single gene to generate multiple mRNA transcripts, which can be translated into functionally diverse proteins. However, experimentally determined structures of protein splice isoforms are rare, and homology modeling methods are poor at predicting atomic-level structural differences because of high sequence identity. Here we exploit the state-of-the-art structure prediction method I-TASSER to analyze the structural and functional consequences of alternative splicing of proteins differentially expressed in a breast cancer model. We first successfully benchmarked the I-TASSER pipeline for structure modeling of all seven pairs of protein splice isoforms, which are known to have experimentally solved structures. We then modeled three cancer-related variant pairs reported to have opposite functions. In each pair, we observed structural differences in regions where the presence or absence of a motif can directly influence the distinctive functions of the variants. Finally, we applied the method to five splice variants overexpressed in mouse Her2/neu mammary tumor: anxa6, calu, cdc42, ptbp1, and tax1bp3. Despite >75% sequence identity between the variants, structural differences were observed in biologically important regions of these protein pairs. These results demonstrate the feasibility of integrating proteomic analysis with structure-based conformational predictions of differentially expressed alternative splice variants in cancers and other conditions.

Functional implications of structural predictions for alternative splice proteins expressed in Her2/neu-induced breast cancers.

L&#x26;#39;&#xE9;pissage alternatif permet &#xE0; un seul g&#xE8;ne pour g&#xE9;n&#xE9;rer de multiples transcrits d&#x26;#39;ARNm, qui peuvent &#xEA;tre traduits en prot&#xE9;ines fonctionnellement diverses. Cependant, les structures d&#xE9;termin&#xE9;es exp&#xE9;rimentalement des isoformes d&#x26;#39;&#xE9;pissage de prot&#xE9;ines sont rares, et les m&#xE9;thodes de mod&#xE9;lisation par homologie sont pauvres &#xE0; pr&#xE9;dire &#xE0; l&#x26;#39;&#xE9;chelle atomique des diff&#xE9;rences structurelles en raison de l&#x26;#39;identit&#xE9; de s&#xE9;quence &#xE9;lev&#xE9;e. Ici, nous exploitons l&#x26;#39;&#xE9;tat de l&#x26;#39;art la m&#xE9;thode de pr&#xE9;diction de structure I-tasser afin d&#x26;#39;analyser les cons&#xE9;quences structurelles et fonctionnelles de l&#x26;#39;&#xE9;pissage alternatif de prot&#xE9;ines diff&#xE9;rentiellement exprim&#xE9;s dans un mod&#xE8;le de cancer du sein. Nous avons d&#x26;#39;abord avec succ&#xE8;s, on compare l&#x26;#39;ol&#xE9;oduc I-tasser pour la mod&#xE9;lisation des structures de tous les sept paires de prot&#xE9;ines isoformes d&#x26;#39;&#xE9;pissage, qui sont connus pour avoir exp&#xE9;rimentalement r&#xE9;solu structures. Nous avons ensuite mod&#xE9;lis&#xE9; trois paires de variantes li&#xE9;es au cancer d&#xE9;clar&#xE9; avoir des fonctions oppos&#xE9;es. Dans chaque paire, nous avons observ&#xE9; des diff&#xE9;rences structurelles dans les r&#xE9;gions o&#xF9; la pr&#xE9;sence ou l&#x26;#39;absence d&#x26;#39;un motif peut influencer directement les fonctions distinctives des variantes. Enfin, nous avons appliqu&#xE9; la m&#xE9;thode &#xE0; cinq variants d&#x26;#39;&#xE9;pissage surexprim&#xE9;s chez la souris Her2/neu tumeur mammaire: anxa6, calu, cdc42, ptbp1, et tax1bp3. Malgr&#xE9; l&#x26;#39;identit&#xE9;&#x26;gt; s&#xE9;quence de 75% entre les variantes, les diff&#xE9;rences structurelles ont &#xE9;t&#xE9; observ&#xE9;es dans les r&#xE9;gions biologiquement importantes de ces paires de prot&#xE9;ines. Ces r&#xE9;sultats d&#xE9;montrent la faisabilit&#xE9; de l&#x26;#39;int&#xE9;gration de l&#x26;#39;analyse prot&#xE9;omique avec la structure &#xE0; base de pr&#xE9;visions de conformation de diff&#xE9;rentiellement exprim&#xE9;s variants d&#x26;#39;&#xE9;pissage alternatifs dans les cancers et d&#x26;#39;autres conditions.

Implications fonctionnelles des pr&#xE9;dictions structurels pour les prot&#xE9;ines d&#x26;#39;&#xE9;pissage alternatif exprim&#xE9; dans les cancers du sein Her2/neu-induced

Alternatives Splei&szlig;en kann ein einzelnes Gen mehrere mRNA Transkripte, zu generieren, die funktional unterschiedliche Proteine &uuml;bersetzt werden k&ouml;nnen. Jedoch experimentell bestimmte Strukturen der Protein-Splei&szlig;-Isoformen sind selten, und Homologie Modellierungsmethoden sind arm Atomebene strukturelle Unterschiede aufgrund hoher Sequenz Identit&auml;t vorhergesagt werden k&ouml;nnen. Hier nutzen wir die Zustand-of-the-Art-Struktur Vorhersage-Methode ich-TASSER um die strukturellen und funktionellen folgen alternatives Splei&szlig;en der Proteine differentiell ausgedr&uuml;ckt in einem Brust-Krebs-Modell zu analysieren. Wir gebenchmarkt zuerst erfolgreich die-TASSER-Pipeline f&uuml;r die Modellierung der Struktur aller sieben Paare von Protein-Splei&szlig;-Isoformen, die bekannterma&szlig;en experimentell Strukturen gel&ouml;st haben. Wir modelliert dann drei Krebs-in Verbindung stehenden variant Paare gemeldet, entgegengesetzte Funktionen zu haben. Bei jedem Paar beobachteten wir strukturelle Unterschiede in den Regionen, wo der Anwesenheit oder Abwesenheit eines Motivs direkt die Unterscheidungskraft der Varianten beeinflussen kann. Schlie&szlig;lich wir die Methode auf f&uuml;nf Splei&szlig;-Varianten Pleuramesotheliom in Maus Her2/Neu-Mamma-Tumor angewendet: anxa6, Calu, cdc42, ptbp1, und tax1bp3. Trotz &gt; 75 % Sequenz Identit&auml;t zwischen den Varianten, strukturelle Unterschiede in biologisch wichtigen Regionen von diesen Protein-Paaren beobachtet wurden. Diese Ergebnisse zeigen die Machbarkeit Proteomic Analysen mit Struktur-basierte Konformations&auml;nderungen Vorhersagen differentiell exprimierten alternative Splice-Varianten bei Krebserkrankungen und anderen Bedingungen zu integrieren.

Funktionelle Auswirkungen der strukturellen Vorhersagen f&uuml;r Alternative Splei&szlig;en Proteine, die in den Brustkrebsen Her2/Neu-induzierte.

Splicing alternativo permette un singolo gene generare pi&ugrave; trascritti di mRNA, che possono essere tradotto in proteine funzionalmente diverse. Tuttavia, strutture sperimentalmente risolute di proteina splice isoforms sono rare, e metodi di modellazione di omologia sono poveri nel prevedere differenze strutturali a livello atomico a causa di identit&agrave; della sequenza alta. Qui sfruttiamo la struttura dello stato-of-the-art previsione Metodo ho-TASSER per analizzare le conseguenze strutturali e funzionali di splicing alternativo delle proteine differenzialmente espresse in un modello di cancro al seno. Abbiamo prima analizzate con successo la pipeline TASSER per la modellazione della struttura di tutte le sette coppie di proteine isoforme di splice, che sono conosciuti per avere risolto sperimentalmente strutture. Abbiamo poi modellato tre coppie variante legati al cancro ha riferite di avere funzioni opposte. In ogni coppia, abbiamo osservato le differenze strutturali nelle regioni dove la presenza o l&#39;assenza di un motivo pu&ograve; direttamente influenzare le funzioni distintive delle varianti. Infine, abbiamo applicato il metodo a cinque varianti di splicing overexpressed nel tumore mammario mouse Her2/neu: anxa6, calu, cdc42, ptbp1 e tax1bp3. Nonostante &amp;gt; identit&agrave; di sequenza del 75% tra le varianti, sono state osservate differenze strutturali nelle regioni biologicamente importante di queste coppie di proteine. Questi risultati dimostrano la fattibilit&agrave; dell&#39;integrazione di Analisi proteomic con basata su struttura conformazionale previsioni delle varianti di splicing alternativo differenzialmente espressi in tumori e altre condizioni.

Implicazioni funzionali delle previsioni strutturali per alternativa splice proteine espresse nei cancri della mammella Her2/neu-indotta.

&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306F;&#x3001;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x304C;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x306B;&#x591A;&#x69D8;&#x306A;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306B;&#x7FFB;&#x8A33;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x3001;&#x8907;&#x6570;&#x306E;mRNA&#x8EE2;&#x5199;&#x7269;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B9;&#x30A2;&#x30A4;&#x200B;&#x200B;&#x30BD;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x3001;&#x5B9F;&#x9A13;&#x7684;&#x306B;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x69CB;&#x9020;&#x306F;&#x307E;&#x308C;&#x3067;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x30DB;&#x30E2;&#x30ED;&#x30B8;&#x30FC;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x65B9;&#x6CD5;&#x304C;&#x9AD8;&#x3044;&#x305F;&#x3081;&#x3001;&#x914D;&#x5217;&#x540C;&#x4E00;&#x6027;&#x306E;&#x539F;&#x5B50;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x9055;&#x3044;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x82E6;&#x624B;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x5DEE;&#x52D5;&#x4E73;&#x764C;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3067;&#x767A;&#x73FE;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x3068;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x5206;&#x6790;&#x3059;&#x308B;&#x6700;&#x5148;&#x7AEF;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x4E88;&#x6E2C;&#x6CD5;I-TASSER&#x3092;&#x60AA;&#x7528;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x6700;&#x521D;&#x306B;&#x6210;&#x529F;&#x3057;&#x3001;&#x5B9F;&#x9A13;&#x7684;&#x306B;&#x89E3;&#x6C7A;&#x3059;&#x308B;&#x69CB;&#x9020;&#x3092;&#x6709;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B9;&#x30A2;&#x30A4;&#x200B;&#x200B;&#x30BD;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;7&#x3064;&#x306E;&#x30DA;&#x30A2;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;I-TASSER&#x30D1;&#x30A4;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3;&#x3092;&#x30D9;&#x30F3;&#x30C1;&#x30DE;&#x30FC;&#x30AF;&#x3002;&#x6B21;&#x306B;&#x53CD;&#x5BFE;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x6709;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x5831;&#x544A;3&#x764C;&#x95A2;&#x9023;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306E;&#x30DA;&#x30A2;&#x3092;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x5316;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5404;&#x30DA;&#x30A2;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306E;&#x6709;&#x7121;&#x3092;&#x76F4;&#x63A5;&#x30D0;&#x30EA;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x72EC;&#x7279;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x5730;&#x57DF;&#x3067;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x9055;&#x3044;&#x3092;&#x89B3;&#x5BDF;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6700;&#x5F8C;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;Her2/neu&#x4E73;&#x817A;&#x816B;&#x760D;&#x3067;&#x904E;&#x5270;&#x767A;&#x73FE;5&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B9;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306B;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x3092;&#x9069;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#xFF1A;anxa6&#x3001;calu&#x3001;CDC42&#x3001;ptbp1&#x3001;&#x3068;tax1bp3&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x4E9C;&#x7A2E;&#x306E;&#x9593;&#x3067;&#x26;gt; 75&#xFF05;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x540C;&#x4E00;&#x6027;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x3001;&#x69CB;&#x9020;&#x7684;&#x306A;&#x9055;&#x3044;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x30DA;&#x30A2;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x9818;&#x57DF;&#x3067;&#x89B3;&#x5BDF;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;&#x764C;&#x3084;&#x305D;&#x306E;&#x4ED6;&#x306E;&#x6761;&#x4EF6;&#x3067;&#x767A;&#x73FE;&#x5DEE;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30D5;&#x30A9;&#x30E1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3068;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30FC;&#x30E0;&#x89E3;&#x6790;&#x306E;&#x7D71;&#x5408;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x4E88;&#x6E2C;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x542B;&#x610F;Her2/neu-induced&#x4E73;&#x764C;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x767A;&#x73FE;

&#xB300;&#xCCB4; &#xC811;&#xD569; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC73C;&#xB85C; &#xBC88;&#xC5ED; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xB179;&#xCDE8; &#xB85D;&#xC744; &#xC5EC;&#xB7EC; Mrna&#xB97C; &#xC0DD;&#xC131; &#xD558;&#xB294; &#xB2E8;&#xC77C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xAC00; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC2A4;&#xD50C;&#xB77C;&#xC774;&#xC2A4; isoforms&#xC758; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xACB0;&#xC815;&#xB41C; &#xAD6C;&#xC870; &#xB4DC;&#xBB3C;&#xB2E4; &#xACE0; homology &#xBAA8;&#xB378;&#xB9C1; &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xB294; &#xB192;&#xC740; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC815;&#xCCB4;&#xC131; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xC6D0;&#xC790; &#xC218;&#xC900; &#xAD6C;&#xC870; &#xCC28;&#xC774; &#xC608;&#xCE21;&#xC5D0; &#xBD88; &#xC30D; &#xD55C;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xCD5C;&#xC2E0;&#xC758; &#xAD6C;&#xC870; &#xC608;&#xCE21; &#xBC29;&#xBC95; &#xB09C;-TASSER &#xCC28;&#xB3D9; &#xC720; &#xBC29; &#xC554; &#xBAA8;&#xB378;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD45C;&#xD604; &#xB41C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xB300;&#xCCB4; &#xC811;&#xD569;&#xC758; &#xAD6C;&#xC870;&#xC801; &#xBC0F; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801; &#xACB0;&#xACFC; &#xBD84;&#xC11D;&#xC5D0; &#xC774;&#xC6A9;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xBA3C;&#xC800; &#xC131;&#xACF5;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xBCA4;&#xCE58;&#xB9C8;&#xD0B9;-TASSER &#xD30C;&#xC774;&#xD504;&#xB77C;&#xC778; &#xAD6C;&#xC870; &#xD574;&#xACB0; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC2A4;&#xD50C;&#xB77C;&#xC774;&#xC2A4; isoforms&#xC758; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC77C;&#xACF1; &#xC30D;&#xC758; &#xAD6C;&#xC870; &#xBAA8;&#xB378;&#xB9C1;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB2E4;&#xC74C; &#xC138; &#xC554; &#xAD00;&#xB828; &#xBCC0;&#xD615; &#xC30D; &#xBC18;&#xB300; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xBCF4;&#xACE0; &#xBAA8;&#xB378;. &#xAC01; &#xC30D;&#xC758;&#xC5D0; &#xC5B4;&#xB514; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xD504;&#xC758; &#xC720;&#xBB34; &#xC218; &#xC9C1;&#xC811; &#xC601;&#xD5A5; &#xBCC0;&#xD615; &#xB3C5;&#xD2B9;&#xD55C; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xD558;&#xB294; &#xC9C0;&#xC5ED;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAD6C;&#xC870;&#xC801; &#xCC28;&#xC774;&#xAC00; &#xAD00;&#xCC30; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB9C8;&#xC9C0;&#xB9C9;&#xC73C;&#xB85C;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; 5 &#xC2A4;&#xD50C;&#xB77C;&#xC774;&#xC2A4; &#xBCC0;&#xC885; &#xB9C8;&#xC6B0;&#xC2A4; Her2/neu &#xC720; &#xBC29; &#xC885;&#xC591;&#xC5D0; overexpressed &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC; &#xC801;&#xC6A9;: anxa6, calu, cdc42, ptbp1, &#xBC0F; tax1bp3. &#xB3C4; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0; &amp;gt; &#xBCC0;&#xD615; &#xAC04;&#xC758; 75% &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; id &#xAD6C;&#xC870;&#xC801; &#xCC28;&#xC774;&#xAC00; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC30D;&#xC758; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC9C0;&#xC5ED;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAD00;&#xCC30; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xACB0;&#xACFC; &#xC554; &#xBC0F; &#xAE30;&#xD0C0; &#xC870;&#xAC74;&#xC5D0; &#xCC28;&#xB3D9; &#xD45C;&#xD604;&#xB41C; &#xB300;&#xCCB4; splice &#xBCC0;&#xC885;&#xC758; &#xAD6C;&#xC870;&#xC801; &#xC608;&#xCE21; &#xAD6C;&#xC870; &#xAE30;&#xBC18; proteomic &#xBD84;&#xC11D; &#xD1B5;&#xD569;&#xC758; &#xD0C0;&#xB2F9;&#xC131; &#xC785;&#xC99D;.

&#xB300;&#xC548;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAD6C;&#xC870; &#xC608;&#xCE21;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801; &#xC758;&#xBBF8; &#xC811;&#xCC29; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; Her2/neu &#xC720;&#xBC1C; &#xB41C; &#xC720;&#xBC29;&#xC554;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; &#xD45C;&#xD604;.

Splicing alternativo permite que un solo gen para generar m&#xFA;ltiples transcripciones de ARNm, que se pueden traducir en prote&#xED;nas funcionalmente diferentes. Sin embargo, las estructuras determinadas experimentalmente de isoformas de empalme de prote&#xED;nas son raros, y los m&#xE9;todos de modelado de homolog&#xED;a son pobres en la predicci&#xF3;n a nivel at&#xF3;mico debido a las diferencias estructurales de alta identidad de secuencia. Aqu&#xED; explotar el estado de la t&#xE9;cnica el m&#xE9;todo de predicci&#xF3;n de estructura I-TASSER para analizar las consecuencias estructurales y funcionales de splicing alternativo de prote&#xED;nas expresadas diferencialmente en un modelo de c&#xE1;ncer de mama. En primer lugar con &#xE9;xito punto de referencia de la tuber&#xED;a I-TASSER para modelar la estructura de los siete pares de isoformas de empalme de prote&#xED;nas, que se sabe que han resuelto experimentalmente estructuras. A continuaci&#xF3;n, el modelo de tres relacionados con el c&#xE1;ncer pares de variantes inform&#xF3; de que las funciones opuestas. En cada par, se observaron diferencias estructurales en las regiones donde la presencia o ausencia de un motivo directamente pueden influir en las funciones distintivas de las variantes. Por &#xFA;ltimo, se aplic&#xF3; el m&#xE9;todo de cinco variantes de empalme sobreexpresados &#x200B;&#x200B;en tumores de rat&#xF3;n Her2/neu mamaria: anxa6, Calu, Cdc42, ptbp1 y tax1bp3. A pesar de identidad&#x26;gt; 75% secuencia entre las variantes, las diferencias estructurales se observaron en las regiones biol&#xF3;gicamente importantes de estos pares de prote&#xED;nas. Estos resultados demuestran la factibilidad de integrar el an&#xE1;lisis prote&#xF3;mico, con las predicciones basadas en la estructura de conformaci&#xF3;n de la expresi&#xF3;n diferencial variantes de empalme alternativo en el c&#xE1;ncer y otras condiciones.

Consecuencias funcionales de las prote&#xED;nas estructurales predicciones alternativas de empalme Expresado en c&#xE1;nceres de mama Her2/neu-induced

TASSER &#x662F;&#x81EA;&#x52A8;&#x7684;&#x7BA1;&#x9053;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x4E09;&#x7EA7;&#x7ED3;&#x6784;&#x9884;&#x6D4B;&#x4F7F;&#x7528;&#x591A;&#x4E2A;&#x7EBF;&#x7A0B;&#x7684;&#x8DEF;&#x7EBF;&#x548C;&#x8FED;&#x4EE3;&#x7ED3;&#x6784;&#x5927;&#x4F1A;&#x6A21;&#x62DF;&#x3002;&#x5728; CASP9 &#x5B9E;&#x9A8C;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x4E24;&#x4E2A;&#x65B0;&#x7684;&#x7B97;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x5938;&#x514B;&#x548C;&#x7247;&#x6BB5;&#x6307;&#x5BFC;&#x5206;&#x5B50;&#x52A8;&#x529B;&#x5B66; (FG-MD)&#xFF0C;&#x88AB;&#x6DFB;&#x52A0;&#x5230;&#x6539;&#x5584;&#x7ED3;&#x6784;&#x6A21;&#x578B;&#x7CBE;&#x5EA6;-TASSER &#x7BA1;&#x9053;&#x3002;&#x5938;&#x514B;&#x662F;&#x4E00;&#x79CD;&#x7528;&#x4E8E;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x53EF;&#x63A2;&#x6D4B;&#x6A21;&#x677F;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7ED3;&#x6784;&#x5EFA;&#x6A21;&#x7684; de novo &#x7ED3;&#x6784;&#x9884;&#x6D4B;&#x7B97;&#x6CD5;&#x3002;&#x65E0;&#x8BBA;&#x8DDD;&#x79BB;&#x7684;&#x8FDC;&#x8FD1;&#x540C;&#x6E90;&#x7684;&#x76EE;&#x6807;&#xFF0C;&#x4E3A;&#x5938;&#x514B;&#x6A21;&#x578B;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x627E;&#x5230;&#x6709;&#x7528;&#x7684;&#x53C2;&#x8003;&#x7ED3;&#x6784;&#x9009;&#x62E9;&#x597D;&#x7EBF;&#x7A0B;&#x7684;&#x8DEF;&#x7EBF;&#x548C;&#x6307;&#x5BFC;-TASSER &#x7ED3;&#x6784;&#x5927;&#x4F1A;&#x6A21;&#x62DF;&#x3002;FG MD &#x662F;&#x539F;&#x5B50;&#x7EA7;&#x7ED3;&#x6784;&#x7EC6;&#x5316;&#x7A0B;&#x5E8F;&#xFF0C;&#x4F7F;&#x7528; PDB &#x7ED3;&#x6784;&#x4ECE;&#x6536;&#x96C6;&#x5230;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x7247;&#x6BB5;&#x6765;&#x6307;&#x5BFC;&#x5206;&#x5B50;&#x52A8;&#x529B;&#x5B66;&#x6A21;&#x62DF;&#x548C;&#x6539;&#x5584;&#x5C40;&#x90E8;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x9884;&#x6D4B;&#x6A21;&#x578B;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x6C22;&#x952E;&#x7ED3;&#x5408;&#x7F51;&#x7EDC;&#x3001; &#x626D;&#x8F6C;&#x89D2;&#x5EA6;&#x548C;&#x7A7A;&#x95F4;&#x4F4D;&#x963B;&#x7684;&#x51B2;&#x7A81;&#x3002;&#x5C3D;&#x7BA1;&#x76F8;&#x5F53;&#x5927;&#x7684;&#x8FDB;&#x5C55;&#xFF0C;&#x5728;&#x57FA;&#x4E8E;&#x6A21;&#x677F;&#x7684;&#x548C;&#x65E0;&#x6A21;&#x677F;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x86CB;&#x767D;&#x76EE;&#x6807;&#x5206;&#x7C7B;&#x3001; &#x57DF;&#x540D;&#x89E3;&#x6790;&#x3001; &#x6A21;&#x578B;&#x9009;&#x62E9;&#x548C;&#x4ECE;&#x5934;&#x6298;&#x53E0; &beta; &#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x5EFA;&#x6A21;&#x3001; &#x91CD;&#x5927;&#x6539;&#x8FDB;&#x4ECD;&#x7136;&#x9700;&#x8981;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x6539;&#x8FDB;-TASSER &#x7BA1;&#x9053;&#x3002;

&#x5728; CASP9-TASSER &#x7BA1;&#x9053;&#x5728;&#x81EA;&#x52A8;&#x5316;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7ED3;&#x6784;&#x5EFA;&#x6A21;&#x4E0E;&#x57FA;&#x4E8E;&#x5938;&#x514B;&#x7684;&#x4ECE;&#x5934;&#x6298;&#x53E0;&#x548C;&#x57FA;&#x4E8E; FG MD &#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x4F18;&#x5316;&#x76F8;&#x7ED3;&#x5408;&#x3002;

I-TASSER is an automated pipeline for protein tertiary structure prediction using multiple threading alignments and iterative structure assembly simulations. In CASP9 experiments, two new algorithms, QUARK and fragment-guided molecular dynamics (FG-MD), were added to the I-TASSER pipeline for improving the structural modeling accuracy. QUARK is a de novo structure prediction algorithm used for structure modeling of proteins that lack detectable template structures. For distantly homologous targets, QUARK models are found useful as a reference structure for selecting good threading alignments and guiding the I-TASSER structure assembly simulations. FG-MD is an atomic-level structural refinement program that uses structural fragments collected from the PDB structures to guide molecular dynamics simulation and improve the local structure of predicted model, including hydrogen-bonding networks, torsion angles, and steric clashes. Despite considerable progress in both the template-based and template-free structure modeling, significant improvements on protein target classification, domain parsing, model selection, and ab initio folding of Î²-proteins are still needed to further improve the I-TASSER pipeline.

Automated protein structure modeling in CASP9 by I-TASSER pipeline combined with QUARK-based ab initio folding and FG-MD-based structure refinement.

I-tasser est un pipeline automatis&#xE9; pour la pr&#xE9;diction de structures tertiaire de la prot&#xE9;ine &#xE0; l&#x26;#39;aide de multiples alignements de filetage et it&#xE9;ratif des simulations d&#x26;#39;assemblage de la structure. En CASP9 exp&#xE9;riences, deux nouveaux algorithmes, Quark et fragment-guid&#xE9;es de dynamique mol&#xE9;culaire (FG-MD), ont &#xE9;t&#xE9; ajout&#xE9;s au portefeuille I-tasser pour am&#xE9;liorer la pr&#xE9;cision de la mod&#xE9;lisation structurelle. QUARK est un algorithme de pr&#xE9;diction de la structure de novo utilis&#xE9; pour la mod&#xE9;lisation des structures de prot&#xE9;ines qui manquent de structures de mod&#xE8;les d&#xE9;tectables. Pour lointainement homologues des objectifs, des mod&#xE8;les QUARK se trouvent utile en tant que structure de r&#xE9;f&#xE9;rence pour la s&#xE9;lection de bons alignements de filetage et de guider les simulations I-tasser assemblage de la structure. FG-MD est un programme atomique niveau de raffinement structurel qui utilise des fragments structuraux recueillies aupr&#xE8;s des structures PDB pour guider simulation de dynamique mol&#xE9;culaire et d&#x26;#39;am&#xE9;liorer la structure locale du mod&#xE8;le pr&#xE9;dit, y compris des liaisons hydrog&#xE8;ne r&#xE9;seaux, angles de torsion, et des affrontements st&#xE9;riques. Malgr&#xE9; des progr&#xE8;s consid&#xE9;rables tant dans la mod&#xE9;lisation de la structure bas&#xE9;e sur un mod&#xE8;le et un mod&#xE8;le-libre, des am&#xE9;liorations significatives en mati&#xE8;re de classification prot&#xE9;ine cible, l&#x26;#39;analyse de domaine, la s&#xE9;lection du mod&#xE8;le, et le pliage ab initio de la &#xDF;-prot&#xE9;ines sont encore n&#xE9;cessaires pour am&#xE9;liorer encore le pipeline I-tasser.

Automatis&#xE9; mod&#xE9;lisation de la structure des prot&#xE9;ines dans les CASP9 par I-tasser pipeline combin&#xE9; avec Quark bas&#xE9;e pliant Ab Initio et affinement de la structure FG-MD-base

TASSER ist eine automatisierte Rohrleitung f&uuml;r Protein-Terti&auml;rstruktur-Vorhersage mit mehreren threading Ausrichtungen und iterativen Struktur Montage Simulationen. CASP9 Experimente wurden zwei neue Algorithmen, QUARK und Fragment-gef&uuml;hrte Molekulardynamik (FG-MD), der-TASSER-Pipeline f&uuml;r die Verbesserung der strukturellen Modellierung Genauigkeit hinzugef&uuml;gt. QUARK ist eine de Novo Struktur Vorhersagealgorithmus f&uuml;r die Modellierung der Struktur von Proteinen, die nachweisbar Vorlage Strukturen fehlen. F&uuml;r weitl&auml;ufig homologe Targets sind QUARK-Modelle als Referenzstruktur f&uuml;r die Auswahl guter threading Ausrichtungen und leiten die-TASSER Struktur Montage Simulationen n&uuml;tzlich gefunden. FG-MD ist ein atomarer Ebene strukturelle Verfeinerung-Programm, die strukturelle Fragmente, zusammengestellt von der PDB Strukturen f&uuml;hren Molek&uuml;ldynamik-Simulation und verbessern die lokale Struktur der vorhergesagte Modell, einschlie&szlig;lich Wasserstoff-Bonden Netzwerke, Torsion Winkel und sterische Auseinandersetzungen verwendet. Trotz erhebliche Fortschritte in der Template-basierte und Vorlage-freie Struktur sind Modellierung, signifikante Verbesserungen bei Protein Ziel Klassifikation Dom&auml;ne analysieren, Modellauswahl und ab initio &beta;-Proteine falten erforderlich, um die Pipeline TASSER weiter zu verbessern.

Automatisierte Protein-Struktur-Modellierung in CASP9 durch Rohrleitungen TASSER kombiniert mit QUARK ab initio Falten und FG-MD-basierte Struktur-Raffinesse.

TASSER &egrave; una pipeline automatizzata per la previsione della struttura terziaria della proteina utilizzando multipli di threading allineamenti e simulazioni di montaggio struttura iterativa. In esperimenti di CASP9, sono stati aggiunti due nuovi algoritmi, QUARK e guidati dal frammento dinamica molecolare (MD-FG), alla pipeline TASSER per migliorare la precisione di modellazione strutturale. QUARK &egrave; un algoritmo di predizione di de novo struttura utilizzato per la modellazione della struttura delle proteine che mancano strutture modello rilevabile. Per obiettivi lontanamente omologhi, modelli QUARK sono trovati utile come una struttura di riferimento per la selezione di buoni allineamenti di threading e guidando le simulazioni di montaggio struttura-TASSER. FG-MD &egrave; un programma di livello atomico raffinatezza strutturale che utilizza frammenti strutturali raccolti dalle strutture PDB di guida simulazione di dinamica molecolare e migliorare la struttura locale del modello previsto, comprese le reti di legami a idrogeno, angoli di torsione e scontri sterico. Nonostante i notevoli progressi nella struttura basata su modello e modello-free modellazione, significativi miglioramenti sulla classificazione di proteine bersaglio, l&#39;analisi di dominio, selezione modello e ab initio folding delle proteine &beta; sono ancora necessari per migliorare ulteriormente la pipeline TASSER.

Modellazione di struttura proteica automatizzato in CASP9 dalla pipeline TASSER combinato con base di QUARK raffinatezza da ab initio pieghevole e FG-MD-base a struttura.

I-TASSER&#x306F;&#x3001;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x30B9;&#x30EC;&#x30C3;&#x30C9;&#x30A2;&#x30E9;&#x30A4;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x7ACB;&#x4F53;&#x69CB;&#x9020;&#x4E88;&#x6E2C;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x81EA;&#x52D5;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30D1;&#x30A4;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3;&#x3067;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x69CB;&#x9020;&#x7D44;&#x7ACB;&#x30B7;&#x30DF;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3092;&#x53CD;&#x5FA9;&#x3002; CASP9&#x5B9F;&#x9A13;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x4E8C;&#x3064;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x30AF;&#x30A9;&#x30FC;&#x30AF;&#x3068;&#x30D5;&#x30E9;&#x30B0;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x8A98;&#x5C0E;&#x5206;&#x5B50;&#x52D5;&#x529B;&#x5B66;&#xFF08;FG-MD&#xFF09;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x7CBE;&#x5EA6;&#x3092;&#x5411;&#x4E0A;&#x3055;&#x305B;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;I-TASSER&#x30D1;&#x30A4;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3;&#x306B;&#x8FFD;&#x52A0;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002; QUARK&#x306F;&#x3001;&#x691C;&#x51FA;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x30C6;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C8;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x3092;&#x6B20;&#x3044;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30C7;&#x30CE;&#x30DC;&#x69CB;&#x9020;&#x4E88;&#x6E2C;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x9060;&#x304F;&#x306B;&#x76F8;&#x540C;&#x6027;&#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30AF;&#x30A9;&#x30FC;&#x30AF;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x306F;&#x512A;&#x308C;&#x305F;&#x30B9;&#x30EC;&#x30C3;&#x30C9;&#x30A2;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x3092;&#x9078;&#x629E;&#x3057;&#x3001;I-TASSER&#x69CB;&#x9020;&#x30A2;&#x30BB;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EA;&#x30B7;&#x30DF;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3092;&#x5C0E;&#x304F;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x53C2;&#x7167;&#x69CB;&#x9020;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x91CD;&#x5B9D;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; FG-MD&#x306F;&#x3001;&#x5206;&#x5B50;&#x52D5;&#x529B;&#x5B66;&#x30B7;&#x30DF;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3092;&#x5C0E;&#x304D;&#x3001;&#x6C34;&#x7D20;&#x7D50;&#x5408;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x3001;&#x306D;&#x3058;&#x308A;&#x89D2;&#x5EA6;&#x3001;&#x7ACB;&#x4F53;&#x7684;&#x306A;&#x885D;&#x7A81;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x3001;&#x4E88;&#x6E2C;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x306E;&#x5C40;&#x6240;&#x69CB;&#x9020;&#x3092;&#x6539;&#x5584;&#x3059;&#x308B;PDB&#x69CB;&#x9020;&#x304B;&#x3089;&#x53CE;&#x96C6;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x69CB;&#x9020;&#x30D5;&#x30E9;&#x30B0;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x539F;&#x5B50;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x7CBE;&#x5BC6;&#x5316;&#x30D7;&#x30ED;&#x30B0;&#x30E9;&#x30E0;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x30C6;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C8;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30C6;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C8;&#xB7;&#x30D5;&#x30EA;&#x30FC;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x3001;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x5206;&#x985E;&#x306B;&#x95A2;&#x3059;&#x308B;&#x5927;&#x5E45;&#x306A;&#x6539;&#x5584;&#x306F;&#x3001;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x306E;&#x89E3;&#x6790;&#x3001;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x9078;&#x629E;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x3B2;-&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;ab initio&#x306E;&#x6298;&#x308A;&#x305F;&#x305F;&#x307F;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x3067;&#x304B;&#x306A;&#x308A;&#x306E;&#x9032;&#x5C55;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x3001;&#x3055;&#x3089;&#x306B;I-TASSER&#x30D1;&#x30A4;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3;&#x3092;&#x6539;&#x5584;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5FC5;&#x8981;&#x3068;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;

QUARK&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x7B2C;&#x4E00;&#x539F;&#x7406;&#x8A08;&#x7B97;&#x306E;&#x305F;&#x305F;&#x307F;&#x8FBC;&#x307F;&#x304A;&#x3088;&#x3073;FG-MD&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x7CBE;&#x5BC6;&#x5316;&#x3068;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3067;I-TASSER&#x30D1;&#x30A4;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;CASP9&#x3067;&#x81EA;&#x52D5;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x7ACB;&#x4F53;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;

TASSER&#xC740; &#xB2E4;&#xC911;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; 3 &#xCC28; &#xAD6C;&#xC870; &#xC608;&#xCE21;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC790;&#xB3D9;&#xD654; &#xB41C; &#xD30C;&#xC774;&#xD504;&#xB77C;&#xC778; &#xC815;&#xB82C;&#xC640; &#xBC18;&#xBCF5;&#xC801;&#xC778; &#xAD6C;&#xC870; &#xC5B4;&#xC148;&#xBE14;&#xB9AC; &#xC2DC;&#xBBAC;&#xB808;&#xC774;&#xC158; &#xC2A4;&#xB808;&#xB529;. CASP9 &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCFFC;&#xD06C; &#xBC0F; &#xC870;&#xAC01; &#xC720;&#xB3C4; &#xBD84;&#xC790; &#xB3D9;&#xC5ED;&#xD559; (FG-MD), &#xB450; &#xAC1C;&#xC758; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998; &#xAD6C;&#xC870; &#xBAA8;&#xB378;&#xB9C1; &#xC815;&#xD655;&#xB3C4; &#xD5A5;&#xC0C1;&#xC744; &#xC704;&#xD55C;-TASSER &#xD30C;&#xC774;&#xD504;&#xB77C;&#xC778;&#xC5D0; &#xCD94;&#xAC00; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xCFFC;&#xD06C;&#xB294; &#xBD80;&#xC871; &#xAC10;&#xC9C0; &#xD15C;&#xD50C;&#xB9BF; &#xAD6C;&#xC870; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xAD6C;&#xC870; &#xBAA8;&#xB378;&#xB9C1;&#xC5D0; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB418;&#xB294; &#xB4DC; &#xB178; &#xBCF4; &#xAD6C;&#xC870; &#xC608;&#xCE21; &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998;. &#xBA3C; &#xB3D9;&#xC885; &#xB300;&#xC0C1; &#xCFFC;&#xD06C; &#xBAA8;&#xB378; &#xC2A4;&#xB808;&#xB529; &#xC815;&#xB82C; &#xC120;&#xACFC; &#xC548;&#xB0B4; I TASSER &#xAD6C;&#xC870; &#xC5B4;&#xC148;&#xBE14;&#xB9AC; &#xC2DC;&#xBBAC;&#xB808;&#xC774;&#xC158;&#xC744; &#xC120;&#xD0DD; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD55C; &#xCC38;&#xC870; &#xAD6C;&#xC870;&#xB85C; &#xC720;&#xC6A9; &#xD558; &#xAC8C; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB41C;&#xB2E4;. FG-MD&#xB294; &#xBD84;&#xC790; &#xB3D9;&#xC5ED;&#xD559; &#xC2DC;&#xBBAC;&#xB808;&#xC774;&#xC158;&#xC744; &#xC548;&#xB0B4; &#xD558; &#xACE0; &#xC608;&#xCE21;&#xB41C; &#xBAA8;&#xB378;, &#xC218;&#xC18C; &#xACB0;&#xD569; &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C;, &#xC785;&#xCCB4;&#xC801; &#xCDA9;&#xB3CC;, &#xBE44;&#xD2C0;&#xB9BC; &#xAC01;&#xB3C4; &#xB4F1;&#xC758; &#xC9C0;&#xC5ED; &#xAD6C;&#xC870; &#xAC1C;&#xC120; &#xAD6C;&#xC870; &#xC870;&#xAC01; PDB &#xAD6C;&#xC870;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC218;&#xC9D1; &#xB41C;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC6D0;&#xC790; &#xC218;&#xC900; &#xAD6C;&#xC870; &#xC0C1;&#xC138; &#xD504;&#xB85C;&#xADF8;&#xB7A8; &#xC774;&#xB2E4;. &#xC11C;&#xC2DD; &#xD30C;&#xC77C; &#xBC0F; &#xC11C;&#xC2DD; &#xD30C;&#xC77C;-&#xBB34;&#xB8CC; &#xAD6C;&#xC870;&#xC5D0; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xC9C4;&#xBCF4;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xB300;&#xC0C1; &#xBD84;&#xB958;, &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xAD6C;&#xBB38; &#xBD84;&#xC11D;, &#xBAA8;&#xB378; &#xC120;&#xD0DD; &#xBC0F; ab initio &beta; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xD3F4;&#xB529;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBAA8;&#xB378;&#xB9C1;, &#xD06C;&#xAC8C; &#xAC1C;&#xC120;-TASSER &#xD30C;&#xC774;&#xD504;&#xB77C;&#xC778; &#xAC1C;&#xC120; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC544;&#xC9C1;&#xB3C4; &#xD544;&#xC694; &#xD558;&#xB2E4;.

TASSER &#xD30C;&#xC774;&#xD504;&#xB77C;&#xC778;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; casp9&#xC5D0; &#xC790;&#xB3D9;&#xD654; &#xB41C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xAD6C;&#xC870; &#xBAA8;&#xB378;&#xB9C1; &#xCFFC;&#xD06C; &#xAE30;&#xBC18; ab initio &#xC811;&#xB294; FG MD &#xAE30;&#xBC18; &#xAD6C;&#xC870; &#xC218;&#xC815; &#xACB0;&#xD569;.

I-TASSER es una tuber&#xED;a automatizada para la predicci&#xF3;n de la estructura terciaria de prote&#xED;nas con m&#xFA;ltiples alineaciones de roscado e iterativo simulaciones de montaje de estructuras. En CASP9 experimentos, dos nuevos algoritmos, Quark y guiadas fragmento de din&#xE1;mica molecular (MD-FG), se agregan a la lista I-TASSER para mejorar la exactitud de modelos estructurales. Quark es una estructura de novo algoritmo de predicci&#xF3;n utilizados para el modelado de la estructura de las prote&#xED;nas que carecen de estructuras detectables de la plantilla. Para alejadas hom&#xF3;logas objetivos, los modelos QUARK se encuentran &#xFA;til como una estructura de referencia para la selecci&#xF3;n de buenas alineaciones de roscado y guiar las simulaciones estructura I-TASSER montaje. FG-MD es un programa a nivel at&#xF3;mico refinamiento estructural que utiliza fragmentos estructurales recogidos en las estructuras de AP para guiar a la simulaci&#xF3;n de din&#xE1;mica molecular y mejorar la estructura local del modelo predijo, incluidas las redes de enlace de hidr&#xF3;geno, los &#xE1;ngulos de torsi&#xF3;n, y los choques est&#xE9;ricos. A pesar de los considerables progresos tanto en el modelado de la estructura basada en plantillas y libre de la plantilla, mejoras significativas en la clasificaci&#xF3;n de prote&#xED;nas objetivo, an&#xE1;lisis de dominio, la selecci&#xF3;n del modelo, y el plegado ab initio de las prote&#xED;nas beta-todav&#xED;a son necesarios para mejorar a&#xFA;n m&#xE1;s la canalizaci&#xF3;n de la I-TASSER.

Modelado automatizada de estructuras de prote&#xED;nas en CASP9 por I-TASSER Pipeline Combinado con QUARK basado plegable ab initio y FG-MD-basada en el perfeccionamiento de estructura

Ambrish Roy

Center for Computational Medicine and Bioinformatics

University of Michigan

A Protocol for Computer-Based Protein Structure and Function Prediction