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Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics

Analogous to metagenomics, environmental transcriptomics (metatranscriptomics) retrieves and sequences environmental mRNAs from a microbial assemblage ...

University of Georgia (UGA)

&#x6211;&#x4EEC;&#x7814;&#x7A76;&#x4E86;&#x9002;&#x7528;&#x6027;&#x7684;&#x7C7B;&#x7EFF;&#x8272;&#x6211;-&#x67D3;&#x8272;&#x6D4B;&#x5B9A;&#x996E;&#x7528;&#x6C34;&#x4E2D;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x548C;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6837;&#x9897;&#x7C92;&#x7684;&#x603B;&#x8BA1;&#x6570;&#x3002;&#x4F4E;&#x80CC;&#x666F;&#x8367;&#x5149;&#x548C;&#x4E0D;&#x6307;&#x5B9A;&#x67D3;&#x8272;&#x7684;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x53D6;&#x5F97;&#x98DF;&#x6C34;&#x6837;&#x672C;&#x7C7B;&#x7EFF;&#x8272;&#x6211;&#x67D3;&#x4F18;&#x79C0;&#x77E9;&#x9635;&#x3002;&#x76F4;&#x63A5;&#x663E;&#x5FAE;&#x8BA1;&#x6570;&#x65B9;&#x6CD5;&#x662F;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5FEB;&#x901F;&#x548C;&#x7ECF;&#x6D4E;&#x7684;&#x5DE5;&#x5177;&#xFF0C;&#x8BC4;&#x4F30;&#x6587;&#x5316;&#x4ECE;&#x5C5E;&#x6216;&#x5206;&#x5B50;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x65B9;&#x6CD5;&#x76F8;&#x6BD4;&#x7684;&#x6C34;&#x4EA7;&#x6837;&#x54C1;&#x4E2D;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6837;&#x9897;&#x7C92;&#x7684;&#x603B;&#x6570;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x91C7;&#x7528;&#x6B64;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x6D88;&#x9664;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6837;&#x9897;&#x7C92;&#x548C;&#x7EC6;&#x83CC;&#x4ECE;&#x6E56;&#x6C34;&#x4E2D;&#x663E;&#x793A;&#x5927;&#x578B;&#x996E;&#x7528;&#x6C34;&#x51C0;&#x5316;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x7684;&#x6548;&#x7387;&#x3002;

&#x4F7F;&#x7528;&#x7C7B;&#x7EFF;&#x8272;&#x996E;&#x7528;&#x6C34;&#x6837;&#x54C1;&#x4E2D;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6837;&#x9897;&#x7C92;&#x7684;&#x5FEB;&#x901F;&#x679A;&#x4E3E;&#x6211;&#x67D3;&#x3002;

We studied the suitability of SYBR green I-staining for determining total counts of virus-like particles and bacteria in drinking water. Low background fluorescence and lack of unspecific staining made drinking water samples an excellent matrix for SYBR green I-staining. Direct microscopic count method is a rapid and economical tool for assessing the total number of virus-like particles in aquatic samples, compared to culture-dependent or molecular biology methods. We applied this method to show the efficiency of a large-scale drinking water purification process in the removal of virus-like particles and bacteria from lake water.

Rapid enumeration of virus-like particles in drinking water samples using SYBR green I-staining.

Nous avons &eacute;tudi&eacute; la pertinence de SYBR green I-coloration pour d&eacute;terminer le nombre total de particules ressemblant &agrave; des virus et des bact&eacute;ries dans l&#39;eau potable. Fluorescence de fond faible et l&#39;absence de coloration non sp&eacute;cifique faite d&#39;&eacute;chantillons d&#39;eau potable une matrice excellente de SYBR green I-coloration. M&eacute;thode de d&eacute;nombrement microscopique direct est un outil rapid et &eacute;conomique pour &eacute;valuer le nombre total de particules de type viral dans les &eacute;chantillons aquatiques, par rapport aux m&eacute;thodes sp&eacute;cifiques &agrave; une culture ou de la biologie mol&eacute;culaire. Nous avons appliqu&eacute; cette m&eacute;thode pour montrer l&#39;efficacit&eacute; d&#39;un processus de purification de l&#39;eau potable &agrave; grande &eacute;chelle dans l&#39;&eacute;limination des particules ressemblant &agrave; des virus et des bact&eacute;ries de l&#39;eau du lac.

&Eacute;num&eacute;ration rapide de particules ressemblant &agrave; des virus dans des &eacute;chantillons d&#39;eau potable &agrave; l&#39;aide de SYBR green I-la coloration.

Schnelle Ausz&#xE4;hlung von Virus-&#xE4;hnlichen Partikeln im Trinkwasser Proben unter Verwendung von SYBR Green I-F&#xE4;rbung.

Abbiamo studiato l&#39;idoneit&agrave; del SYBR green I-colorazione per determinare la conta totale di batteri nell&#39;acqua potabile e particelle virus-simili. Fluorescenza di fondo basso e la mancanza di colorazione aspecifica in campioni di acqua potabile una matrice eccellente per SYBR green I-colorazione. Metodo di conteggio microscopico diretto &egrave; uno strumento rapido ed economico per valutare il numero totale di particelle virus-simili in campioni acquatici, rispetto ai metodi di coltura-dipendente o biologia molecolare. Abbiamo applicato questo metodo per dimostrare l&#39;efficienza di un processo di purificazione di acqua potabile su larga scala nella rimozione di particelle virus-simili e batteri dall&#39;acqua del lago.

Enumerazione rapida delle particelle virus-simili in campioni di acqua potabile mediante SYBR green I-colorazione.

&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x30B5;&#x30A4;&#x30D0;&#x30FC; &#x30B0;&#x30EA;&#x30FC;&#x30F3;&#x306F;-&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x69D8;&#x7C92;&#x5B50;&#x3068;&#x98F2;&#x6599;&#x6C34;&#x4E2D;&#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x5408;&#x8A08;&#x6570;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x67D3;&#x8272;&#x306E;&#x9069;&#x5408;&#x6027;&#x3092;&#x691C;&#x8A0E;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x4F4E;&#x30D0;&#x30C3;&#x30AF; &#x30B0;&#x30E9;&#x30A6;&#x30F3;&#x30C9;&#x86CD;&#x5149;&#x3068;&#x975E;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x306B;&#x67D3;&#x8272;&#x306E;&#x6B20;&#x5982;&#x98F2;&#x6599;&#x6C34;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306F;&#x512A;&#x79C0;&#x306A;&#x30DE;&#x30C8;&#x30EA;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x306B;&#x5BFE;&#x3059;&#x308B;&#x30B5;&#x30A4;&#x30D0;&#x30FC; &#x30B0;&#x30EA;&#x30FC;&#x30F3;&#x79C1;&#x306F;&#x67D3;&#x8272;-&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x76F4;&#x63A5;&#x9855;&#x5FAE;&#x93E1; count &#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x306F;&#x6587;&#x5316;&#x4F9D;&#x5B58;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x5206;&#x5B50;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3068;&#x6BD4;&#x3079;&#x3066;&#x3001;&#x6C34;&#x751F;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x69D8;&#x7C92;&#x5B50;&#x306E;&#x5408;&#x8A08;&#x6570;&#x3092;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x8FC5;&#x901F;&#x304B;&#x3064;&#x7D4C;&#x6E08;&#x7684;&#x306A;&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x69D8;&#x7C92;&#x5B50;&#x3068;&#x6E56;&#x306E;&#x6C34;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x9664;&#x53BB;&#x3067;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;&#x98F2;&#x6599;&#x6C34;&#x6D44;&#x5316;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x306E;&#x52B9;&#x7387;&#x6027;&#x3092;&#x8868;&#x793A;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x3092;&#x9069;&#x7528;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30B5;&#x30A4;&#x30D0;&#x30FC; &#x30B0;&#x30EA;&#x30FC;&#x30F3;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;&#x98F2;&#x7528;&#x6C34;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x69D8;&#x7C92;&#x5B50;&#x306E;&#x6025;&#x901F;&#x306A;&#x5217;&#x6319;&#x4F53;&#x306F;&#x67D3;&#x8272;&#x3002;

&#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB179;&#xC0C9; SYBR &#xB098;-&#xC5BC;&#xB8E9;&#xC758; &#xC2DD; &#xC218;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xC640; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xC640; &#xAC19;&#xC740; &#xC785;&#xC790;&#xC758; &#xCD1D; &#xC218;&#xB97C; &#xACB0;&#xC815; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD55C; &#xC801;&#xD569;&#xC131;&#xC744; &#xACF5;&#xBD80; &#xD588;&#xB2E4;. &#xBD88;&#xD2B9;&#xC815; &#xC5BC;&#xB8E9;&#xC758; &#xBD80;&#xC871;&#xACFC; &#xB0AE;&#xC740; &#xBC30;&#xACBD; &#xD615;&#xAD11; &#xB9CC;&#xB4E0; &#xC2DD; &#xC218; &#xC0D8;&#xD50C; SYBR &#xB179;&#xC0C9; &#xB098;-&#xC5BC;&#xB8E9;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC6B0;&#xC218;&#xD55C; &#xB9E4;&#xD2B8;&#xB9AD;&#xC2A4;. &#xC9C1;&#xC811; &#xD604;&#xBBF8;&#xACBD; count &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xB294; culture&#xC5D0; &#xC885;&#xC18D; &#xB41C; &#xB610;&#xB294; &#xBD84;&#xC790; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559; &#xBC29;&#xBC95;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; &#xC218;&#xC0DD; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xAC19;&#xC740; &#xC785;&#xC790;&#xC758; &#xCD1D; &#xC218;&#xB97C; &#xD3C9;&#xAC00; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD55C; &#xC2E0;&#xC18D; &#xD558; &#xACE0; &#xACBD;&#xC81C;&#xC801;&#xC778; &#xB3C4;&#xAD6C;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xD638;&#xC218; &#xBB3C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xC640; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xC640; &#xAC19;&#xC740; &#xC785;&#xC790;&#xC758; &#xC81C;&#xAC70;&#xC5D0; &#xB300;&#xADDC;&#xBAA8; &#xC2DD; &#xC218; &#xC815;&#xD654; &#xACFC;&#xC815;&#xC758; &#xD6A8;&#xC728;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC774; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xC801;&#xC6A9;.

SYBR &#xB179;&#xC0C9;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC2DD; &#xC218; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xAC19;&#xC740; &#xC785;&#xC790;&#xC758; &#xC2E0;&#xC18D;&#xD55C; &#xC5F4;&#xAC70;&#xD615; &#xB098; &#xC5BC;&#xB8E9;.

Se estudi&oacute; la conveniencia de SYBR green-coloraci&oacute;n para determinar el recuento total de part&iacute;culas similares a los virus y bacterias en el agua potable. Fluorescencia bajo fondo y falta de tinci&oacute;n inespec&iacute;fica hab&iacute;an hecho muestras de agua potable una excelente matriz para SYBR green-tinci&oacute;n. M&eacute;todo de recuento microsc&oacute;pico directo es una herramienta r&aacute;pida y econ&oacute;mica para determinar el n&uacute;mero total de part&iacute;culas similares a virus en muestras acu&aacute;ticas, comparadas con los m&eacute;todos cultura-dependiente o biolog&iacute;a molecular. Se aplic&oacute; este m&eacute;todo para demostrar la eficacia de un proceso de purificaci&oacute;n de agua a gran escala en la remoci&oacute;n de part&iacute;culas similares a los virus y bacterias del agua del lago.

Enumeraci&oacute;n r&aacute;pida de part&iacute;culas similares a virus en muestras de agua potable utilizando SYBR green manche.

&#x5FAE;&#x56CA;&#x85FB;&#x6BD2;&#x7D20;&#x4EA7;&#x751F;&#x84DD;&#x85FB;&#x6E56;&#x897F;&#x90E8;&#x76C6;&#x5730;&#x4F0A;&#x5229;&#x4F7F;&#x7528; mcyA &#x57FA;&#x56E0;&#x7247;&#x6BB5;&#x5E8F;&#x5217;&#x5206;&#x6790;&#x7814;&#x7A76;&#x7684;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x3002;&#x53EF;&#x80FD;&#x6709;&#x6BD2;&#x5FAE;&#x56CA;&#x85FB;&#x548C; Planktothrix &#x7684;&#x4E0D;&#x540C;&#x4EBA;&#x53E3;&#x5728;&#x7A7A;&#x95F4;&#x4E0A;&#x504F;&#x8FDC;&#x5730;&#x70B9;&#x53D1;&#x73B0;&#x3002;&#x8FD9;&#x9879;&#x7814;&#x7A76;&#x7A81;&#x51FA;&#x4E86;&#x4EE5;&#x524D;&#x65E0;&#x8BC1;&#x53EF;&#x80FD;&#x6709;&#x6BD2;&#x84DD;&#x85FB;&#x7684;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x3002;

&#x5728;&#x7A7A;&#x95F4;&#x4E0A;&#x5B64;&#x7ACB;&#x7684;&#x5730;&#x533A;&#xFF0C;&#x4F0A;&#x5229;&#x6E56;&#x7684;&#x5FAE;&#x56CA;&#x85FB;&#x6BD2;&#x7D20;&#x4EA7;&#x751F;&#x84DD;&#x85FB;&#x7684;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x3002;

The diversity of microcystin-producing cyanobacteria in the western basin of Lake Erie was studied using sequence analysis of mcyA gene fragments. Distinct populations of potentially toxic Microcystis and Planktothrix were found in spatially isolated locations. This study highlights previously undocumented diversity of potentially toxic cyanobacteria.

Diversity of microcystin-producing cyanobacteria in spatially isolated regions of Lake Erie.

La diversit&#xE9; de la microcystine-production cyanobact&#xE9;ries dans le bassin ouest du lac &#xC9;ri&#xE9; a &#xE9;t&#xE9; &#xE9;tudi&#xE9;e en utilisant l&#x26;#39;analyse de s&#xE9;quences de fragments de g&#xE8;nes mcyA. Populations distinctes de potentiellement toxique de Microcystis et Planktothrix ont &#xE9;t&#xE9; trouv&#xE9;s dans des endroits isol&#xE9;s dans l&#x26;#39;espace. Cette &#xE9;tude met en &#xE9;vidence la diversit&#xE9; pr&#xE9;c&#xE9;demment sans-papiers de cyanobact&#xE9;ries potentiellement toxiques.

La diversit&#xE9; de la microcystine-production Les cyanobact&#xE9;ries dans les r&#xE9;gions isol&#xE9;es spatialement du lac &#xC9;ri&#xE9;

Die Vielfalt von Microcystin-produzierenden Cyanobakterien im westlichen Becken des See, die, den Erie mit Sequenzanalyse der McyA gen Fragmente untersucht wurde. In r&auml;umlich isolierten Standorten wurden verschiedene Populationen von potenziell toxischen Microcystis und Planktothrix gefunden. Diese Studie unterstreicht zuvor undokumentierten Vielfalt von potenziell toxischen Cyanobakterien.

Vielfalt von Microcystin-produzierenden Cyanobakterien in r&auml;umlich isolierten Regionen des Eriesees.

La diversit&agrave; dei cianobatteri producono microcistina nel bacino occidentale del lago che Erie &egrave; stato studiato mediante analisi di sequenza del gene mcyA frammenti. Distinte popolazioni potenzialmente tossici Microcystis e Planktothrix sono state trovate in luoghi spazialmente isolati. Questo studio mette in evidenza precedentemente non documentate diversit&agrave; di cianobatteri potenzialmente tossici.

Diversit&agrave; di cianobatteri producono microcistina nelle regioni spazialmente isolati del lago Erie.

&#x30A8;&#x30EA;&#x30FC;&#x6E56;&#x306E;&#x897F;&#x90E8;&#x6D41;&#x57DF;&#x306E;microcystin&#x751F;&#x7523;&#x30B7;&#x30A2;&#x30CE;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30A2;&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x306F;mcyA&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x65AD;&#x7247;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x89E3;&#x6790;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x3066;&#x691C;&#x8A0E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306B;&#x6709;&#x6BD2;&#x30A2;&#x30AA;&#x30B3;&#x3068;Planktothrix&#x306E;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x96C6;&#x56E3;&#x304C;&#x7A7A;&#x9593;&#x7684;&#x306B;&#x9694;&#x96E2;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x5834;&#x6240;&#x3067;&#x767A;&#x898B;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306F;&#x3001;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306B;&#x6709;&#x6BD2;&#x30B7;&#x30A2;&#x30CE;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30A2;&#x306E;&#x4EE5;&#x524D;&#x306B;&#x6587;&#x66F8;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x306A;&#x3044;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x3092;&#x5F37;&#x8ABF;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30A8;&#x30EA;&#x30FC;&#x6E56;&#x306E;&#x7A7A;&#x9593;&#x7684;&#x9694;&#x96E2;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x5730;&#x57DF;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x30DF;&#x30AF;&#x30ED;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C1;&#x30F3;&#x3092;&#x751F;&#x7523;&#x3059;&#x308B;&#x30B7;&#x30A2;&#x30CE;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30A2;&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;

McyA &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC870;&#xAC01;&#xC758; &#xC21C;&#xC11C; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;&#xC774; &#xB9AC; &#xACF5;&#xBD80;&#xB294; &#xD638;&#xC218; &#xC11C;&#xCABD; &#xBD84; &#xC9C0;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C; microcystin &#xC0DD;&#xC0B0; &#xB0A8;&#xC870;&#xB958;&#xC758; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;. &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801; &#xB3C5;&#xC131; Microcystis &#xBC0F; Planktothrix&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xB69C;&#xB837;&#xD55C; &#xC778;&#xAD6C;&#xB294; &#xACF5;&#xAC04;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xACE0;&#xB9BD; &#xB41C; &#xC704;&#xCE58;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB410;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xB294; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801; &#xB3C5;&#xC131; &#xB0A8;&#xC870;&#xB958;&#xC758; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xBB38;&#xC11C;&#xD654; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC744; &#xAC15;&#xC870; &#xD55C;&#xB2E4;.

&#xB808;&#xC774;&#xD06C;&#xC5D0; &#xB9AC;&#xC758; &#xACF5;&#xAC04;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xACA9;&#xB9AC; &#xB41C; &#xC9C0;&#xC5ED;&#xC5D0;&#xC11C; microcystin &#xC0DD;&#xC0B0; &#xB0A8;&#xC870;&#xB958;&#xC758; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;.

La diversidad de las cianobacterias productoras de microcistinas en la cuenca occidental del lago Erie se estudi&#xF3; mediante an&#xE1;lisis de secuencias de fragmentos de genes mcyA. Distintas poblaciones de Microcystis potencialmente t&#xF3;xico y Planktothrix se encuentran en lugares aislados espacialmente. Este estudio pone de manifiesto la diversidad ya los indocumentados de las cianobacterias potencialmente t&#xF3;xicas.

Diversidad de microcistina-producci&#xF3;n de cianobacterias en las regiones espacialmente Aislados del lago Erie

&#x5FAE;&#x56CA;&#x85FB;&#x6BD2;&#x7D20;&#x4EA7;&#x751F;&#x84DD;&#x85FB;&#x6587;&#x5316;&#x72EC;&#x7ACB;&#x7814;&#x7A76;&#x4E2D;&#x91C7;&#x7528;&#x4E86;&#x591A;&#x4E2A;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x6807;&#x5FD7;&#xFF0C;&#x867D;&#x7136;&#x5728;&#x53EA;&#x6709;&#x51E0;&#x4E2A;&#x5B9E;&#x4F8B;&#x591A;&#x4E2A;&#x6807;&#x8BB0;&#x5DF2;&#x7814;&#x7A76;&#x8FC7;&#x5185;&#x5355;&#x4E2A;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5728;&#x6240;&#x6709;&#x60C5;&#x51B5;&#x4E0B;&#x7684;&#x7EC6;&#x80DE;&#x682A;&#x8FDB;&#x884C;&#x4E86;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7814;&#x7A76;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x627E;&#x51FA;&#x548C;&#x8BC4;&#x4F30;&#x5927; DNA &#x7247;&#x6BB5; &#xFF08;&gt; 6 kb&#xFF09; &#x6DB5;&#x76D6;&#x4E86;&#x5FAE;&#x56CA;&#x85FB;&#x6BD2;&#x7D20;&#x751F;&#x7269;&#x5408;&#x6210; &#xFF08;mcyA2 &#x548C; mcyB1&#xFF09; &#x4E2D;&#x6D89;&#x53CA;&#x7684;&#x4E24;&#x4E2A;&#x57FA;&#x56E0;&#xFF0C;&#x5E76;&#x4F7F;&#x7528;&#x5B83;&#x4EEC;&#x6765;&#x6807;&#x8BC6;&#x6E90;&#x7684;&#x6C34;&#x6837;&#x672C;&#x4E2D;&#x53D1;&#x73B0;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7247;&#x6BB5;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x4ECE;&#x6539;&#x8FDB;&#x7684;&#x5185;&#x5FAE;&#x56CA;&#x85FB;&#x6BD2;&#x7D20;&#x751F;&#x4EA7;&#x8005;&#x4EE5;&#x53CA;&#x4E00;&#x79CD;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6765;&#x9884;&#x6D4B;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x7684;&#x5FAE;&#x56CA;&#x85FB;&#x6BD2;&#x7D20;&#x53D8;&#x5F02;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x5206;&#x6790;&#x5141;&#x8BB8;&#x4E2A;&#x522B;&#x84DD;&#x85FB;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x4F4D;&#x70B9;&#x7684;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x8C03;&#x67E5;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x52AA;&#x529B;&#x4E5F;&#x627E;&#x51FA;&#x4E86;&#x4EE5;&#x524D;&#x79F0;&#x4E3A;&#x65B0;&#x578B; mcyA &#x57FA;&#x56E0;&#x578B;&#x7684;&#x6E90;&#x5FAE;&#x56CA;&#x85FB;&#x6837;&#xFF0C;&#x65E0;&#x6240;&#x4E0D;&#x5728;&#x7684;&#x52B3;&#x4F26;&#x7434;&#x5927;&#x6E56;&#xFF0C;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x9884;&#x6D4B;&#x5230;&#x5B83;&#x751F;&#x6210;&#x7684;&#x5FAE;&#x56CA;&#x85FB;&#x6BD2;&#x7D20; variant(s)&#x3002;

&#x8BC6;&#x522B;&#x672A;&#x77E5;&#x7684;&#x5FAE;&#x56CA;&#x85FB;&#x6BD2;&#x7D20;&#x57FA;&#x56E0;&#x6765;&#x6E90;&#x548C;&#x901A;&#x8FC7;&#x6BD4;&#x8F83;&#x8BED;&#x4F53;&#x6587;&#x84DD;&#x85FB;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5185;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x9884;&#x6D4B;&#x5FAE;&#x56CA;&#x85FB;&#x6BD2;&#x7D20;&#x7684;&#x53D8;&#x79CD;&#x3002;

While multiple phylogenetic markers have been used in the culture-independent study of microcystin-producing cyanobacteria, in only a few instances have multiple markers been studied within individual cells, and in all cases these studies have been conducted with cultured isolates. Here, we isolate and evaluate large DNA fragments (>6 kb) encompassing two genes involved in microcystin biosynthesis (mcyA2 and mcyB1) and use them to identify the source of gene fragments found in water samples. Further investigation of these gene loci from individual cyanobacterial cells allowed for improved analysis of the genetic diversity within microcystin producers as well as a method to predict microcystin variants for individuals. These efforts have also identified the source of the novel mcyA genotype previously termed Microcystis-like that is pervasive in the Laurentian Great Lakes and they predict the microcystin variant(s) that it produces.

Identifying the source of unknown microcystin genes and predicting microcystin variants by comparing genes within uncultured cyanobacterial cells.

Alors que des marqueurs phylog&#xE9;n&#xE9;tiques multiples ont &#xE9;t&#xE9; utilis&#xE9;s dans l&#x26;#39;&#xE9;tude ind&#xE9;pendante de la culture de la microcystine-production cyanobact&#xE9;ries, en seulement quelques cas ont &#xE9;t&#xE9; multiples marqueurs &#xE9;tudi&#xE9;s dans des cellules individuelles, et dans tous les cas, ces &#xE9;tudes ont &#xE9;t&#xE9; men&#xE9;es avec des isolats de culture. Ici, nous isoler et &#xE9;valuer les grands fragments d&#x26;#39;ADN (&#x26;gt; 6 ko) englobant deux g&#xE8;nes impliqu&#xE9;s dans la biosynth&#xE8;se de la microcystine (mcyA2 et mcyB1) et les utiliser pour identifier la source de fragments de g&#xE8;nes trouv&#xE9;s dans des &#xE9;chantillons d&#x26;#39;eau. Une enqu&#xEA;te plus approfondie de ces loci de cellules individuelles de cyanobact&#xE9;ries a permis d&#x26;#39;am&#xE9;liorer l&#x26;#39;analyse de la diversit&#xE9; g&#xE9;n&#xE9;tique au sein des producteurs de microcystines ainsi qu&#x26;#39;une m&#xE9;thode permettant de pr&#xE9;dire variantes de microcystines pour les particuliers. Ces efforts ont &#xE9;galement identifi&#xE9; la source du g&#xE9;notype roman mcyA appelait auparavant Microcystis-like qui est omnipr&#xE9;sente dans les Grands Lacs laurentiens et ils pr&#xE9;disent la variante microcystine (s) qu&#x26;#39;il produit.

Identifier la source de g&#xE8;nes inconnus et microcystines Pr&#xE9;dire variantes de microcystines en comparant les g&#xE8;nes au sein incultes cellules de cyanobact&#xE9;ries

W&auml;hrend mehrere phylogenetischer Marker in der kulturunabh&auml;ngig-Studie von Microcystin-produzierenden Cyanobakterien verwendet wurden, in nur wenigen F&auml;llen haben mehrere Marker innerhalb einzelner Zellen studiert worden und in allen F&auml;llen diese Studien mit kultivierten Isolaten durchgef&uuml;hrt worden. Hier, wir isolieren und gro&szlig;e DNA-Fragmente zu bewerten (&gt; 6 kb) umfasst zwei Genen, die Microcystin-Biosynthese (mcyA2 und mcyB1) und verwenden, um die Identifizierung der Ursache des gen-Fragmente gefunden in Wasserproben. Weitere Untersuchungen dieser gen-Loci von Cyanobakterien Einzelzellen f&uuml;r verbesserte Analyse der genetischen Vielfalt innerhalb von Microcystin-Hersteller sowie eine Methode zur Vorhersage von Microcystin-Varianten f&uuml;r Einzelpersonen erlaubt. Diese Bem&uuml;hungen haben auch die Quelle der Genotyp des neuartigen McyA zuvor genannt identifiziert Microcystis-wie, das ist allgegenw&auml;rtig in der Laurentian Great Lakes und sie sagen voraus, die Microcystin-Variante(n)/, die es erzeugt.

Identifizieren der Quelle von unbekannten Microcystin-Genen und Vorhersage von Microcystin-Varianten durch Gene im ungebildeten Cyanobakterien Zellen vergleichen.

Mentre pi&ugrave; marcatori filogenetici sono stati utilizzati nello studio dei cianobatteri producono microcistina coltura-indipendente, in solo pochi casi sono stati studiati di marcatori multipli all&#39;interno di singole cellule, e in tutti i casi questi studi sono stati condotti con colti isolati. Qui, noi di isolare e valutare le grandi frammenti di DNA (&amp;gt; 6 kb) che comprende due geni coinvolti nella biosintesi di microcistina (mcyA2 e mcyB1) e li usano per identificare l&#39;origine del gene frammenti trovati in campioni di acqua. Ulteriori indagini di questi loci del gene da singole cellule cianobatterica consentite per una migliore analisi della diversit&agrave; genetica all&#39;interno di microcistina produttori, nonch&eacute; un metodo per predire microcistina varianti per gli individui. Questi sforzi hanno identificato l&#39;origine del genotipo mcyA romanzo precedentemente definito Microcystis-like che &egrave; pervasivo in Laurentian Great Lakes e prevedere la variante di microcistina che produce.

Identificare la fonte di geni microcistina sconosciuto e prevedere varianti microcistina confrontando i geni all&#39;interno delle cellule cianobatterica incolte.

&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x30DE;&#x30FC;&#x30AB;&#x30FC;&#x306F;&#x30DF;&#x30AF;&#x30ED;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C1;&#x30F3;&#x7523;&#x30B7;&#x30A2;&#x30CE;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30A2;&#x306E;&#x30AB;&#x30EB;&#x30C1;&#x30E3;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3057;&#x306A;&#x3044;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x304C;&#x3001;&#x308F;&#x305A;&#x304B;&#x306E;&#x30A4;&#x30F3;&#x30B9;&#x30BF;&#x30F3;&#x30B9;&#x3067;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x30DE;&#x30FC;&#x30AB;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x500B;&#x3005;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x5185;&#x306B;&#x7814;&#x7A76;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3068;&#x3001;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x30B1;&#x30FC;&#x30B9;&#x3067;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306F;&#x3001;&#x57F9;&#x990A;&#x83CC;&#x682A;&#x3067;&#x5B9F;&#x65BD;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x5206;&#x96E2;&#x3057;&#x3066;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3059;&#x308B;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;DNA&#x65AD;&#x7247;&#xFF08;&#x26;gt; 6&#x30AD;&#x30ED;&#x30D0;&#x30A4;&#x30C8;&#xFF09;&#x30DF;&#x30AF;&#x30ED;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C1;&#x30F3;&#x751F;&#x5408;&#x6210;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3059;&#x308B;&#x5305;&#x62EC;&#x7684;&#x306A;2&#x3064;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#xFF08;mcyA2&#x3068;mcyB1&#xFF09;&#x3068;&#x6C34;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x3067;&#x898B;&#x3064;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x65AD;&#x7247;&#x306E;&#x30BD;&#x30FC;&#x30B9;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6539;&#x826F;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30DF;&#x30AF;&#x30ED;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x751F;&#x7523;&#x4E2D;&#x3067;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x306E;&#x89E3;&#x6790;&#x3068;&#x540C;&#x69D8;&#x306B;&#x500B;&#x4EBA;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30DF;&#x30AF;&#x30ED;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x30D0;&#x30EA;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C8;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3059;&#x308B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3067;&#x8A31;&#x53EF;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x500B;&#x3005;&#x306E;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30A2;&#x7D30;&#x80DE;&#x304B;&#x3089;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x5EA7;&#x306E;&#x3055;&#x3089;&#x306A;&#x308B;&#x8ABF;&#x67FB;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x52AA;&#x529B;&#x306F;&#x3001;&#x4EE5;&#x524D;&#x306B;&#x3082;Microcystis&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x30ED;&#x30FC;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B7;&#x30E3;&#x30F3;&#x4E94;&#x5927;&#x6E56;&#x3067;&#x306E;&#x666E;&#x53CA;&#x3067;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x5F7C;&#x3089;&#x306F;&#x305D;&#x308C;&#x304C;&#x751F;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x30DF;&#x30AF;&#x30ED;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30EA;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C8;&#xFF08;s&#xFF09;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3059;&#x308B;&#x3068;&#x547C;&#x3070;&#x308C;&#x308B;&#x5C0F;&#x8AAC;mcyA&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x578B;&#x306E;&#x767A;&#x751F;&#x6E90;&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

&#x672A;&#x57F9;&#x990A;&#x30B7;&#x30A2;&#x30CE;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30A2;&#x7D30;&#x80DE;&#x5185;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x672A;&#x77E5;&#x306E;&#x30DF;&#x30AF;&#x30ED;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3068;&#x4E88;&#x6E2C;&#x30DF;&#x30AF;&#x30ED;&#x30D0;&#x30EA;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x30BD;&#x30FC;&#x30B9;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;

&#xC5EC;&#xB7EC; phylogenetic &#xB9C8;&#xCEE4; microcystin &#xC0DD;&#xC0B0; &#xB0A8;&#xC870;&#xB958;&#xC758; &#xBB38;&#xD654; &#xB3C5;&#xB9BD;&#xC801;&#xC778; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; &#xBA87; &#xAC00;&#xC9C0; &#xACBD;&#xC6B0;&#xC5D0; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xB9C8;&#xCEE4; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xC140; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xAD50;&#xC591;&#xB41C; &#xACA9;&#xB9AC;&#xC640; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xB97C; &#xC2E4;&#xC2DC; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xACBD;&#xC6B0;&#xC5D0;. &#xC5EC;&#xAE30;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xACA9;&#xB9AC; &#xD070; DNA &#xD30C;&#xD3B8;&#xC744; &#xD3C9;&#xAC00; &#xD558; &#xACE0; (&amp;gt; 6 kb) microcystin &#xC0DD; &#xD569;&#xC131; (mcyA2 &#xBC0F; mcyB1)&#xC5D0; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xB450; &#xAC1C;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xACE0; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC870;&#xAC01; &#xBB3C; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; &#xC18C;&#xC2A4;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. Microcystin &#xC0DD;&#xC0B0;&#xC790; &#xBFD0; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C; &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC; microcystin &#xBCC0;&#xC885; &#xAC1C;&#xC778;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC608;&#xCE21;&#xC744; &#xB0B4; &#xC720;&#xC804;&#xC801; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC758; &#xD5A5;&#xC0C1; &#xB41C; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xC704;&#xD574; &#xD5C8;&#xC6A9; &#xB41C; &#xAC1C;&#xBCC4; cyanobacterial &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; loci&#xC758; &#xCD94;&#xAC00; &#xC870;&#xC0AC;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB178;&#xB825;&#xC740; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xB418; &#xB098;&#xB294; &#xC18C;&#xC124; mcyA &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD615;&#xC758; &#xC18C;&#xC2A4; &#xD655;&#xC778; &#xB610;&#xD55C; Microcystis &#xAC19;&#xC740; &#xADF8;&#xAC74; Laurentian &#xC624;&#xB300;&#xD638;&#xC5D0; &#xBCF4;&#xAE09; &#xD558; &#xACE0; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC740; &#xC608;&#xCE21; &#xC0DD;&#xC0B0; microcystin variant(s).

&#xC54C; &#xC218; &#xC5C6;&#xB294; microcystin &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC18C;&#xC2A4;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558; &#xACE0; &#xBBF8; cyanobacterial &#xC138;&#xD3EC; &#xB0B4; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xBE44;&#xAD50; &#xD558; &#xC5EC; microcystin &#xBCC0;&#xD615; &#xC608;&#xCE21;.

Mientras que m&#xFA;ltiples marcadores filogen&#xE9;ticos se han utilizado en el estudio independiente de la cultura de la microcistina-producci&#xF3;n de cianobacterias, en s&#xF3;lo unos pocos casos han sido estudiados varios marcadores en las c&#xE9;lulas individuales, y en todos los casos estos estudios se han llevado a cabo con cepas cultivadas. En este sentido, aislar y evaluar grandes fragmentos de ADN (&#x26;gt; 6 kb) que contemplaba dos genes implicados en la bios&#xED;ntesis de microcistina (mcyA2 y mcyB1) y los utilizan para identificar la fuente de fragmentos de genes que se encuentran en muestras de agua. Investigaci&#xF3;n m&#xE1;s a fondo de estos loci de genes de las c&#xE9;lulas individuales de cianobacterias permitieron un mejor an&#xE1;lisis de la diversidad gen&#xE9;tica dentro de los productores de microcistinas, as&#xED; como un m&#xE9;todo para predecir las variantes de microcistinas de las personas. Estos esfuerzos tambi&#xE9;n han identificado el origen de la novela genotipo mcyA anteriormente denominada Microcystis similar que se observa en los Grandes Lagos Laurentian y predicen la variante de microcistina (s) que lo produce.

La identificaci&#xF3;n de la fuente de genes desconocidos microcistinas y predicci&#xF3;n de las variantes de microcistinas mediante la comparaci&#xF3;n de los genes dentro de c&#xE9;lulas de cianobacterias incultos

&#x6D77;&#x6D0B; Roseobacter &#x6CBF;&#x88AD;&#x7684;&#x6210;&#x5458;&#x88AB;&#x5B9A;&#x6027;&#x4E3A;&#x751F;&#x6001;&#x901A;&#x624D;&#xFF0C;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x5728;&#x5C06;&#x660E;&#x786E;&#x7684;&#x751F;&#x6001;&#x4F5C;&#x7528;&#x548C;&#x751F;&#x7269;&#x5730;&#x7403;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x804C;&#x80FD;&#x5206;&#x914D;&#x7ED9;&#x5206;&#x7C7B;&#x5C06;&#x6311;&#x6218;&#x3002;&#x4E3A;&#x4E86;&#x89E3;&#x51B3;&#x8FD9;&#x4E00;&#x95EE;&#x9898;&#xFF0C;32 Roseobacter &#x83CC;&#x682A;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x5206;&#x6790;&#x4E2D;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7279;&#x5F81;&#x3001; &#x57FA;&#x56E0;&#x5E93;&#x5B58;&#x548C;&#x4F7F;&#x7528;&#x4E09;&#x4E2A;&#x9884;&#x6D4B;&#x6846;&#x67B6;&#x7684;&#x4E2A;&#x522B;&#x57FA;&#x56E0;/&#x901A;&#x8DEF;&#x914D;&#x9001;&#x7684;&#x6A21;&#x5F0F;&#xFF1A; &#x4EB2;&#x7F18;&#x5173;&#x8054;&#x5EA6;&#x3001; &#x751F;&#x6D3B;&#x65B9;&#x5F0F;&#x6218;&#x7565;&#x548C;&#x73AF;&#x5883;&#x9694;&#x79BB;&#x7684;&#x8D77;&#x6E90;&#x3002;&#x7B2C;&#x4E00;&#x4E2A;&#x6846;&#x67B6;&#xFF0C;&#x5305;&#x542B;&#x4E94;&#x4E2A;&#x6DF1;&#x5206;&#x652F; clades &#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x88AB;&#x7D22;&#x53D6;&#x7684;&#x4E32;&#x8054;&#x7684; 70 &#x4FDD;&#x5B88;&#x7684;&#x5355;&#x62F7;&#x8D1D;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;&#x6709;&#x70B9;&#x4EE4;&#x4EBA;&#x60CA;&#x8BB6;&#x7684;&#x662F;&#xFF0C;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x6811;&#x62D3;&#x6251;&#x5E76;&#x4E0D;&#x7528;&#x4E8E;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7279;&#x5F81;&#x6216;&#x4E2A;&#x522B;&#x57FA;&#x56E0;/&#x901A;&#x8DEF;&#xFF0C;&#x5206;&#x5E03;&#x683C;&#x5C40;&#x7684;&#x6700;&#x4F73;&#x6A21;&#x578B;&#x867D;&#x7136;&#x5B83;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x4E00;&#x4E9B;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684;&#x80FD;&#x529B;&#x3002;&#x751F;&#x6D3B;&#x65B9;&#x5F0F;&#x6846;&#x67B6;&#x4E0B;&#xFF0C;&#x5EFA;&#x7ACB;&#x5206;&#x7EC4;&#x5206;&#x79BB;&#x6839;&#x636E;&#x5F02;&#x3001; photoheterotrophy &#x6216; autotrophy&#xFF0C;&#x8BC1;&#x636E;&#x7684;&#x89E3;&#x91CA;&#x66F4;&#x591A;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x5728;&#x6B64;&#x6CBF;&#x88AD;&#x7684;&#x6C47;&#x8F91; &#x300B;&#x3002;&#x73AF;&#x5883;&#x6846;&#x67B6;&#x8584;&#x5F31;&#x7684;&#x9884;&#x6D4B;&#x80FD;&#x529B;&#xFF0C;&#x6574;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5185;&#x5BB9;&#x7684;&#x6BCF;&#x4E00;&#x682A;&#xFF0C;&#x4F46;&#x89E3;&#x91CA;&#x51E0;&#x4E2A;&#x4E2A;&#x522B;&#x57FA;&#x56E0;/&#x901A;&#x8DEF;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x90A3;&#x4E9B;&#x4E0E;&#x78F7;&#x91C7;&#x96C6;&#x3001; &#x8D8B;&#x5316;&#x6027;&#x548C;&#x82B3;&#x9999;&#x65CF;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x964D;&#x89E3;&#x6709;&#x5173;&#x7684;&#x5206;&#x5E03;&#x3002;&#x5168;&#x7403;&#x6D77;&#x6D0B;&#x53D6;&#x6837;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6570;&#x636E;&#x4E2D;&#x7684;&#x88C5;&#x5378;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x72EC;&#x7ACB;&#x6838;&#x5B9E;&#x4E00;&#x4E9B; Roseobacter &#x57FA;&#x56E0;&#x5728;&#x8FD9;&#x4E2A;&#x5168;&#x7403;&#x89C4;&#x6A21;&#x5730;&#x57DF;&#x4FE1;&#x53F7;&#x3002;&#x6446;&#x8131;&#x8FD9;&#x79CD;&#x6BD4;&#x8F83;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x4E3B;&#x8981;&#x7ED3;&#x8BBA;&#x662F;&#x5B97;&#x65CF;&#x7684;&#x6210;&#x5458;&#x4E0D;&#x80FD;&#x8FDB;&#x51E0;&#x4E2A;&#x751F;&#x6001;&#x5206;&#x5316;&#x7C07;&#x8F7B;&#x677E;&#x6298;&#x53E0; &#xFF08;&#x5373;&#x6709;&#x51E0;&#x4E4E;&#x540C;&#x6837;&#x591A;&#x7684;&#x96C6;&#x7FA4;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x5206;&#x79BB;&#xFF09; &#xFF1B;&#x9884;&#x6D4B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5185;&#x5BB9;&#x7684;&#x6700;&#x5F3A;&#x6846;&#x67B6;&#x662F;&#x5BCC;&#x8425;&#x517B;&#x5316;&#x7684;&#x6218;&#x7565;&#xFF0C;&#x4F46;&#x6CA1;&#x6709;&#x5355;&#x4E00;&#x7684;&#x6846;&#x67B6;&#x7ED9;&#x9C81;&#x68D2;&#x9884;&#x6D4B; &#xFF1B;&#x548C;&#x4EE5;&#x524D;&#x672A;&#x77E5;&#x7684;&#x540C;&#x6E90;&#x57FA;&#x56E0; H(2) &#x6C27;&#x5316;&#xFF0C;&#x57FA;&#x4E8E; proteorhodopsin &#x7684; phototrophy&#x3001; &#x57FA;&#x4E8E; xanthorhodpsin &#x7684; phototrophy&#xFF0C;&#x548C; CO(2) &#x56FA;&#x5B9A;&#x7684;&#x6838;&#x916E;&#x7CD6;&#x5355;-1.5-&#x4E8C;&#x78F7;&#x9178;&#x7FA7;&#x5316;&#x9176;/&#x52A0;&#x6C27;&#x9176;&#x5F62;&#x5F0F; IC (&#x5149;&#x5408;&#x4F5C;&#x7528;) &#x6269;&#x5927;&#x80FD;&#x6E90;&#x548C;&#x78B3;&#x91C7;&#x96C6;&#x5728;&#x6B64;&#x975E;&#x5E38;&#x591A;&#x624D;&#x591A;&#x827A;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x6CBF;&#x88AD;&#x7684;&#x53EF;&#x80FD;&#x673A;&#x5236;&#x3002;

&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7279;&#x6027;&#x7684;&#x901A;&#x624D;&#x6D77;&#x6D0B;&#x7EC6;&#x83CC;&#x6CBF;&#x88AD;&#x3002;

Members of the marine Roseobacter lineage have been characterized as ecological generalists, suggesting that there will be challenges in assigning well-delineated ecological roles and biogeochemical functions to the taxon. To address this issue, genome sequences of 32 Roseobacter isolates were analyzed for patterns in genome characteristics, gene inventory, and individual gene/pathway distribution using three predictive frameworks: phylogenetic relatedness, lifestyle strategy and environmental origin of the isolate. For the first framework, a phylogeny containing five deeply branching clades was obtained from a concatenation of 70 conserved single-copy genes. Somewhat surprisingly, phylogenetic tree topology was not the best model for organizing genome characteristics or distribution patterns of individual genes/pathways, although it provided some predictive power. The lifestyle framework, established by grouping isolates according to evidence for heterotrophy, photoheterotrophy or autotrophy, explained more of the gene repertoire in this lineage. The environment framework had a weak predictive power for the overall genome content of each strain, but explained the distribution of several individual genes/pathways, including those related to phosphorus acquisition, chemotaxis and aromatic compound degradation. Unassembled sequences in the Global Ocean Sampling metagenomic data independently verified this global-scale geographical signal in some Roseobacter genes. The primary findings emerging from this comparative genome analysis are that members of the lineage cannot be easily collapsed into just a few ecologically differentiated clusters (that is, there are almost as many clusters as isolates); the strongest framework for predicting genome content is trophic strategy, but no single framework gives robust predictions; and previously unknown homologs to genes for H(2) oxidation, proteorhodopsin-based phototrophy, xanthorhodpsin-based phototrophy, and CO(2) fixation by Form IC ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (RuBisCO) expand the possible mechanisms for energy and carbon acquisition in this remarkably versatile bacterial lineage.

Genome characteristics of a generalist marine bacterial lineage.

Les membres de la lign&#xE9;e marine Roseobacter ont &#xE9;t&#xE9; caract&#xE9;ris&#xE9;s comme des g&#xE9;n&#xE9;ralistes &#xE9;cologiques, ce qui sugg&#xE8;re qu&#x26;#39;il y aura des d&#xE9;fis dans l&#x26;#39;attribution des r&#xF4;les bien d&#xE9;limit&#xE9;s et fonctions &#xE9;cologiques biog&#xE9;ochimiques au taxon. Pour r&#xE9;soudre ce probl&#xE8;me, des s&#xE9;quences g&#xE9;nomiques des isolats Roseobacter 32 ont &#xE9;t&#xE9; analys&#xE9;s pour les mod&#xE8;les dans les caract&#xE9;ristiques du g&#xE9;nome, l&#x26;#39;inventaire des g&#xE8;nes, et personne g&#xE8;ne / voie de distribution en utilisant trois cadres pr&#xE9;dictifs: origine parent&#xE9; phylog&#xE9;n&#xE9;tique, la strat&#xE9;gie de mode de vie et l&#x26;#39;environnement de l&#x26;#39;isolat. Pour le premier cadre, une phylog&#xE9;nie contenant cinq clades profond&#xE9;ment branchement a &#xE9;t&#xE9; obtenue &#xE0; partir d&#x26;#39;une concat&#xE9;nation de 70 conserv&#xE9;es &#xE0; copie unique des g&#xE8;nes. Assez &#xE9;tonnamment, arbre phylog&#xE9;n&#xE9;tique topologie n&#x26;#39;&#xE9;tait pas le meilleur mod&#xE8;le pour les caract&#xE9;ristiques du g&#xE9;nome d&#x26;#39;organisation ou modes de distribution des g&#xE8;nes individuels et voies d&#x26;#39;acc&#xE8;s, m&#xEA;me si elle a fourni un certain pouvoir pr&#xE9;dictif. Le cadre de vie, cr&#xE9;&#xE9; par le regroupement des isolats selon de preuve pour h&#xE9;t&#xE9;rotrophie, photoh&#xE9;t&#xE9;rotrophie ou autotrophie, a expliqu&#xE9; plus du r&#xE9;pertoire de g&#xE8;nes dans cette lign&#xE9;e. Le cadre de l&#x26;#39;environnement a eu un faible pouvoir pr&#xE9;dictif de la teneur globale du g&#xE9;nome de chaque souche, mais il a expliqu&#xE9; la distribution de plusieurs g&#xE8;nes individuels et voies d&#x26;#39;acc&#xE8;s, y compris celles li&#xE9;es &#xE0; l&#x26;#39;acquisition de phosphore, la chimiotaxie et la d&#xE9;gradation des compos&#xE9;s aromatiques. S&#xE9;quences non mont&#xE9;s dans les donn&#xE9;es de l&#x26;#39;oc&#xE9;an mondial m&#xE9;tag&#xE9;nomiques d&#x26;#39;&#xE9;chantillonnage v&#xE9;rifi&#xE9;es de fa&#xE7;on ind&#xE9;pendante ce signal &#xE0; l&#x26;#39;&#xE9;chelle plan&#xE9;taire g&#xE9;ographique dans certains g&#xE8;nes Roseobacter. Les principales constatations qui ressortent de cette analyse comparative du g&#xE9;nome sont que les membres de la lign&#xE9;e ne peut pas &#xEA;tre facilement regroup&#xE9;es en seulement quelques grappes &#xE9;cologiquement diff&#xE9;renci&#xE9;es (c&#x26;#39;est &#xE0; dire qu&#x26;#39;il ya des grappes presque aussi nombreux que les isolats); la plus forte du cadre de pr&#xE9;vision contenu g&#xE9;nome est la strat&#xE9;gie trophique , mais pas de cadre unique donne des pr&#xE9;dictions robustes, et des homologues jusque-l&#xE0; inconnues &#xE0; des g&#xE8;nes de H (2) l&#x26;#39;oxydation, &#xE0; base de prot&#xE9;orhodopsine Phototrophie, xanthorhodpsin bas&#xE9;e sur Phototrophie, et de CO (2) la fixation par le formulaire IC ribulose-1 ,5-bisphosphate carboxylase / oxyg&#xE9;nase (Rubisco) de d&#xE9;velopper les m&#xE9;canismes possibles pour l&#x26;#39;&#xE9;nergie et l&#x26;#39;acquisition de carbone dans cette lign&#xE9;e remarquablement polyvalent bact&#xE9;rienne.

Caract&#xE9;ristiques du g&#xE9;nome d&#x26;#39;une lign&#xE9;e Marine g&#xE9;n&#xE9;raliste bact&#xE9;rienne

Mitglieder der marine Roseobacter-Linie waren gepr&auml;gt, als &ouml;kologische Generalisten, die darauf hindeutet, dass es Herausforderungen werden in einem Taxon gut &ouml;kologische Rollen und biogeochemische Funktionen zuweisen. Um dieses Problem zu beheben, wurden die Genomsequenzen von 32 Roseobacter-Isolaten nach Mustern im Genom Merkmale, Gen bestand und einzelne gen/Weg-Distribution mit drei vorausschauende Rahmenbedingungen analysiert: phylogenetische Verwandtschaft, Lebensstil-Strategie und umweltbedingte von Isolat. F&uuml;r den ersten Rahmen war eine Phylogenie, enth&auml;lt f&uuml;nf tief verzweigte Kladen aus einer Verkettung von 70 konservierten Single Copy-Genen bezogen. Etwas &uuml;berraschend, war phylogenetischen Baum-Topologie nicht das beste Modell f&uuml;r die Organisation von Genom Merkmale oder Verteilungsmuster der einzelnen Gene/Wege, obwohl es einige Vorhersagekraft bereitgestellt. Lebensstil Rahmen, Gruppierung Isolate nach Beweise f&uuml;r Heterotrophy, Photoheterotrophy oder Autotrophy, erkl&auml;rte mehr zum gen-Repertoire in dieser Linie. Umwelt Rahmen hatte eine schwache Vorhersagekraft f&uuml;r die Genom-Gesamtinhalt von jeder Sorte, aber erkl&auml;rt die Verteilung der mehrere einzelne Gene/Wege, einschlie&szlig;lich Phosphor-Akquisition, Chemotaxis und aromatische zusammengesetzte Verschlechterung. Unmontierter Sequenzen im globalen Ozean durchgef&uuml;hrte metagenomische Samplingdaten &uuml;berpr&uuml;ft unabh&auml;ngig dieses globalen Ma&szlig;stab geographische Signal in einigen Roseobacter-Genen. Die prim&auml;re Erkenntnisse aus diesem vergleichende Genomanalyse werden, dass Mitglieder der Linie k&ouml;nnen nicht leicht in wenigen &ouml;kologisch differenzierte Cluster reduziert werden (das hei&szlig;t, es gibt fast so viele Cluster als Isolate); st&auml;rksten Rahmen f&uuml;r die Vorhersage von Genom Inhalt trophische Strategie, aber keinen einziger Rahmen gibt zuverl&auml;ssige Vorhersagen; und bisher unbekannte UCP1 Genen H(2) Oxidation, Proteorhodopsin-basierte phototrophy, Xanthorhodpsin-basierte phototrophy und CO(2)-Fixierung durch Form IC Ribulose-1, 5-bisphosphat-Carboxylase/Oxygenase (RuBisCO) erweitern die m&ouml;glichen Mechanismen f&uuml;r die Energie- und CO2-Akquisition in dieser bemerkenswert vielseitige bakterieller Herkunft.

Genom-Merkmale einer Generalist marine bakterielle Linie.

Membri del lignaggio Roseobacter marino sono stati caratterizzati come ecologici generalisti, suggerendo che ci saranno sfide nell&#39;assegnare ruoli ecologici piccole e funzioni biogeochimiche del taxon. Per risolvere questo problema, sequenze di genoma di 32 Roseobacter isolati sono stati analizzati per i modelli in caratteristiche del genoma, gene inventario e distribuzione del gene/percorso individuale utilizzando tre quadri predittivi: parentela filogenetica, strategia di stile di vita e origine ambientale dell&#39;isolato. Per il primo quadro, un phylogeny contenente cinque cladi profondamente ramificazione &egrave; stato ottenuto da una concatenazione di 70 geni singola copia conservate. Abbastanza sorprendentemente, topologia albero filogenetico non era il modello migliore per organizzare le caratteristiche del genoma o modelli di distribuzione di singoli geni/percorsi, anche se ha fornito qualche potere predittivo. Il quadro di lifestyle, istituito dal raggruppamento degli isolati secondo prove per heterotrophy, photoheterotrophy o autotrofia, spiegato pi&ugrave; del repertorio gene in questo lignaggio. Il quadro di ambiente aveva un debole potere predittivo per il contenuto complessivo del genoma di ogni ceppo, ma la distribuzione di diversi singoli geni/percorsi, compresi quelli relativi all&#39;acquisizione di fosforo, chemiotassi e degradazione di composti aromatici, ha spiegato. Sequenze smontati nei dati di campionamento oceano globale metagenomica indipendentemente verificato questo segnale geografico su scala globale in alcuni geni Roseobacter. Primari risultati emergono da questa analisi comparativa del genoma sono che membri del lignaggio non possono essere facilmente compresso in pochi grappoli ecologicamente differenziate (che &egrave;, ci sono quasi come molti ammassi come isolati); il quadro pi&ugrave; forte per predire il contenuto del genoma &egrave; strategia trofica, ma nessun singolo quadro d&agrave; le previsioni affidabili; e in precedenza sconosciuti omologhi ai geni per l&#39;ossidazione del H(2), proteorhodopsin-based phototrophy, xanthorhodpsin-based phototrophy e mentre una fissazione di forma IC 1,5-Ribulosio-bisfosfato carbossilasi/ossigenasi (RuBisCO) espandere i possibili meccanismi per l&#39;acquisizione di energia e di carbonio in questo lignaggio batterico straordinariamente versatile.

Caratteristiche del genoma di un lignaggio batteriche marine generalista.

&#x6D77;&#x6D0B;Roseobacter&#x7CFB;&#x7D71;&#x306E;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x306B;&#x3088;&#x304F;&#x7DDA;&#x5F15;&#x304D;&#x751F;&#x614B;&#x7CFB;&#x306E;&#x5F79;&#x5272;&#x3068;&#x751F;&#x7269;&#x5730;&#x7403;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x306A;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x5272;&#x308A;&#x5F53;&#x3066;&#x308B;&#x969B;&#x306B;&#x8AB2;&#x984C;&#x304C;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3001;&#x751F;&#x614B;&#x5B66;&#x7684;&#x306A;&#x30B8;&#x30A7;&#x30CD;&#x30E9;&#x30EA;&#x30B9;&#x30C8;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x7279;&#x5FB4;&#x3065;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x554F;&#x984C;&#x3092;&#x89E3;&#x6C7A;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;32 Roseobacter&#x5206;&#x96E2;&#x682A;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x306F;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x7279;&#x5FB4;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x30A4;&#x30F3;&#x30D9;&#x30F3;&#x30C8;&#x30EA;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;3&#x306E;&#x4E88;&#x6E2C;&#x30D5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30E0;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x500B;&#x3005;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;/&#x7D4C;&#x8DEF;&#x5206;&#x5E03;&#x306E;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x3092;&#x5206;&#x6790;&#x3057;&#x305F;&#x5206;&#x96E2;&#x682A;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x767A;&#x751F;&#x7684;&#x95A2;&#x4FC2;&#x3001;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D5;&#x30B9;&#x30BF;&#x30A4;&#x30EB;&#x6226;&#x7565;&#x3068;&#x74B0;&#x5883;&#x7531;&#x6765;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6700;&#x521D;&#x306E;&#x30D5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30E0;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x306F;&#x3001;5&#x6DF1;&#x304F;&#x5206;&#x5C90;&#x30AF;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C9;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x7CFB;&#x7D71;&#x306F;70&#x306B;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30EB;&#x30B3;&#x30D4;&#x30FC;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x9023;&#x7D50;&#x304B;&#x3089;&#x5F97;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x305D;&#x308C;&#x306F;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x4E88;&#x6E2C;&#x529B;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;&#x3082;&#x306E;&#x306E;&#x3001;&#x3084;&#x3084;&#x9A5A;&#x304F;&#x3079;&#x304D;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3001;&#x7CFB;&#x7D71;&#x6A39;&#x306E;&#x30C8;&#x30DD;&#x30ED;&#x30B8;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x500B;&#x3005;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;/&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x7279;&#x6027;&#x3084;&#x5206;&#x5E03;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x3092;&#x6574;&#x7406;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x6700;&#x826F;&#x306E;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3067;&#x306F;&#x306A;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x5F93;&#x5C5E;&#x6804;&#x990A;&#x3001;photoheterotrophy&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x72EC;&#x7ACB;&#x6804;&#x990A;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x8A3C;&#x62E0;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x5316;&#x5206;&#x96E2;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x78BA;&#x7ACB;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D5;&#x30B9;&#x30BF;&#x30A4;&#x30EB;&#x306E;&#x30D5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30E0;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30EC;&#x30D1;&#x30FC;&#x30C8;&#x30EA;&#x30FC;&#x306E;&#x591A;&#x304F;&#x3092;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x74B0;&#x5883;&#x30D5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30E0;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x306F;&#x3001;&#x5404;&#x83CC;&#x682A;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C6;&#x30F3;&#x30C4;&#x306E;&#x5F31;&#x3044;&#x4E88;&#x6E2C;&#x529B;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3001;&#x30EA;&#x30F3;&#x306E;&#x53D6;&#x5F97;&#x3001;&#x8D70;&#x5316;&#x6027;&#x3068;&#x82B3;&#x9999;&#x65CF;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x306E;&#x5206;&#x89E3;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x3082;&#x306E;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x500B;&#x3005;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;/&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306E;&#x5206;&#x5E03;&#x3092;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30B0;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D0;&#x30EB;&#xB7;&#x30AA;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E3;&#x30F3;&#xB7;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x7D44;&#x7ACB;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306F;&#x72EC;&#x7ACB;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;Roseobacter&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3067;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x5730;&#x7403;&#x898F;&#x6A21;&#x306E;&#x5730;&#x7406;&#x7684;&#x306A;&#x4FE1;&#x53F7;&#x3092;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x89E3;&#x6790;&#x304B;&#x3089;&#x51FA;&#x3066;&#x304F;&#x308B;&#x4E3B;&#x306A;&#x6240;&#x898B;&#x306F;&#x3001;&#xFF08;&#x5206;&#x96E2;&#x682A;&#x3068;&#x307B;&#x307C;&#x540C;&#x3058;&#x304F;&#x3089;&#x3044;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x304C;&#x5B58;&#x5728;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#xFF09;&#x7CFB;&#x7D71;&#x306E;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x304C;&#x7C21;&#x5358;&#x306B;&#x308F;&#x305A;&#x304B;&#x306A;&#x751F;&#x614B;&#x5B66;&#x7684;&#x306B;&#x5206;&#x5316;&#x3057;&#x305F;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x306B;&#x307E;&#x3068;&#x3081;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x306A;&#x3044;&#x3053;&#x3068;&#x3067;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x5185;&#x5BB9;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x5F37;&#x529B;&#x306A;&#x30D5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30E0;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x6804;&#x990A;&#x6226;&#x7565;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x30D5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30E0;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x306F;&#x5805;&#x7262;&#x306A;&#x4E88;&#x6E2C;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;H&#xFF08;2&#xFF09;&#x9178;&#x5316;&#x3001;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30ED;&#x30C9;&#x30D7;&#x30B7;&#x30F3;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;phototrophy&#x3001;xanthorhodpsin&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;phototrophy&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x306B;&#x3088;&#x308B;CO&#xFF08;2&#xFF09;&#x56FA;&#x5B9A;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x672A;&#x77E5;&#x306E;&#x76F8;&#x540C;&#x4F53;&#x3092;IC&#x30EA;&#x30D6;&#x30ED;&#x30FC;&#x30B9;-1,5  - &#x30D3;&#x30B9;&#x30EA;&#x30F3;&#x9178;&#x30AB;&#x30EB;&#x30DC;&#x30AD;&#x30B7;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC;/&#x30AA;&#x30AD;&#x30B7;&#x30B2;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#xFF08;&#x30EB;&#x30D3;&#x30B9;&#x30B3;&#xFF09;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x6C4E;&#x7528;&#x6027;&#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x306B;&#x30A8;&#x30CD;&#x30EB;&#x30AE;&#x30FC;&#x3068;&#x70AD;&#x7D20;&#x53D6;&#x5F97;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x3092;&#x5C55;&#x958B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30B8;&#x30A7;&#x30CD;&#x30E9;&#x30EA;&#x30B9;&#x30C8;&#x6D77;&#x6D0B;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x7279;&#x5FB4;

&#xD574;&#xC591; Roseobacter &#xD608;&#xD1B5;&#xC758; &#xAD6C;&#xC131;&#xC6D0; &#xC0DD;&#xD0DC; &#xC804;&#xBB38;&#xAC00;&#xAC00; &#xC81C;&#xC548; &#xD558;&#xB294; taxon well-delineated &#xC0DD;&#xD0DC; &#xC5ED;&#xD560; &#xBC0F; &#xD654;&#xD559;&#xC801; &#xAE30;&#xB2A5; &#xD560;&#xB2F9;&#xC5D0; &#xB3C4;&#xC804; &#xAC83;&#xC73C;&#xB85C; &#xD2B9;&#xC9D5; &#xB418;&#xC5B4; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC774; &#xBB38;&#xC81C;&#xB97C; &#xD574;&#xACB0; &#xD558;&#xB824;&#xBA74; 32 Roseobacter &#xACA9;&#xB9AC;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAC8C;&#xB188; &#xD2B9;&#xC131;, &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC7AC;&#xACE0; &#xBC0F; &#xC138; &#xC608;&#xCE21; &#xD504;&#xB808;&#xC784; &#xC6CC;&#xD06C;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xC720;&#xC804;&#xC790;/&#xD1B5;&#xB85C; &#xBD84;&#xD3EC; &#xD328;&#xD134; &#xBD84;&#xC11D;: phylogenetic relatedness, &#xB77C;&#xC774;&#xD504; &#xC2A4;&#xD0C0;&#xC77C; &#xC804;&#xB7B5; &#xBC0F; &#xD658;&#xACBD; &#xCD9C;&#xCC98;&#xB97C; &#xBD84;&#xB9AC; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xCCAB; &#xBC88;&#xC9F8; &#xD504;&#xB808;&#xC784; &#xC6CC;&#xD06C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; 5 &#xAE4A;&#xC774; &#xBD84;&#xAE30; clades&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; 70 &#xBCF4;&#xC874;&#xB41C; &#xB2E8;&#xC77C; &#xBCF5;&#xC0AC; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC5F0;&#xACB0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC5BB;&#xC740; &#xD588;&#xB2E4;. &#xBE44;&#xB85D; &#xADF8;&#xAC83;&#xC740; &#xC57D;&#xAC04;&#xC758; &#xC608;&#xCE21; &#xB2A5;&#xB825;&#xC774; &#xC81C;&#xACF5; &#xB2E4;&#xC18C; &#xC758;&#xC678;&#xB85C;, phylogenetic &#xD2B8;&#xB9AC; &#xD1A0;&#xD3F4;&#xB85C;&#xC9C0; &#xAC8C;&#xB188; &#xD2B9;&#xC131; &#xB610;&#xB294; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xC720;&#xC804;&#xC790;/&#xD1B5;&#xB85C;&#xC758; &#xBD84;&#xD3EC; &#xD328;&#xD134;&#xC744; &#xC815;&#xB9AC; &#xD558;&#xB294; &#xCD5C;&#xACE0;&#xC758; &#xBAA8;&#xB378; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC558;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. Heterotrophy, photoheterotrophy &#xB610;&#xB294; autotrophy, &#xC99D;&#xAC70;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xACA9;&#xB9AC; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC124;&#xB9BD; &#xB41C; &#xB77C;&#xC774;&#xD504; &#xC2A4;&#xD0C0;&#xC77C; &#xD504;&#xB808;&#xC784; &#xC6CC;&#xD06C;&#xB294;&#xC774; &#xD608;&#xD1B5;&#xC5D0; &#xC9C4; &#xB808; &#xD37C; &#xD1A0;&#xB9AC;&#xC758; &#xB354; &#xB9CE;&#xC740; &#xC124;&#xBA85; &#xD588;&#xB2E4;. &#xD658;&#xACBD; &#xD504;&#xB808;&#xC784; &#xC6CC;&#xD06C; &#xAC01; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC778;&#xC758; &#xC804;&#xCCB4; &#xAC8C;&#xB188; &#xCF58;&#xD150;&#xCE20;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC57D;&#xD55C; &#xC608;&#xCE21; &#xB2A5;&#xB825;&#xC774; &#xC788;&#xC5C8;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xC720;&#xC804;&#xC790;/&#xD1B5;&#xB85C; &#xC778; &#xC218;&#xC9D1;&#xACFC; chemotaxis &#xBC29;&#xD5A5;&#xC871; &#xD654;&#xD569;&#xBB3C; &#xC800;&#xD558;&#xC640; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD55C; &#xBD84;&#xD3EC;&#xB97C; &#xC124;&#xBA85; &#xD588;&#xB2E4;. &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; &#xD574;&#xC591; &#xC0D8;&#xD50C;&#xB9C1; metagenomic &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC0DD;&#xC0B0;&#xC5C5;&#xCCB4; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC77C;&#xBD80; Roseobacter &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xC138;&#xACC4;&#xC801;&#xC778; &#xADDC;&#xBAA8; &#xC9C0;&#xB9AC;&#xC801; &#xC2E0;&#xD638;&#xAC00; &#xAC1C;&#xBCC4;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xD655;&#xC778; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xBE44;&#xAD50; &#xAC8C;&#xB188; &#xBD84;&#xC11D;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC2E0;&#xD765; &#xC8FC;&#xC694; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC; &#xD608;&#xD1B5;&#xC758; &#xD68C;&#xC6D0; &#xBA87; &#xC0DD;&#xD0DC;&#xD559;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xCC28;&#xBCC4;&#xD654; &#xB41C; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130;&#xB85C; &#xC27D;&#xAC8C; &#xCD95;&#xC18C; &#xB420; &#xC218; &#xC5C6;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; (&#xC989;, &#xAC70;&#xAE30; &#xB9CE;&#xC740; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130; &#xACA9;&#xB9AC;&#xB85C;); &#xAC8C;&#xB188; &#xCF58;&#xD150;&#xCE20; &#xC608;&#xCE21;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xAC15;&#xB825;&#xD55C; &#xD504;&#xB808;&#xC784; &#xC6CC;&#xD06C;&#xB294; trophic &#xC804;&#xB7B5;, &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC544;&#xBB34; &#xB2E8;&#xC77C; &#xD504;&#xB808;&#xC784; &#xC6CC;&#xD06C; &#xC81C;&#xACF5; &#xAC15;&#xB825;&#xD55C; &#xC608;&#xCE21;; &#xBC0F; proteorhodopsin &#xAE30;&#xBC18;&#xC758; H(2) &#xC0B0;&#xD654;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C0;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740; homologs phototrophy, xanthorhodpsin phototrophy, &#xBC0F; CO(2) &#xACE0;&#xC815; &#xD3FC; IC ribulose-1, 5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (RuBisCO)&#xC5D0; &#xC758;&#xD574;&#xC774; &#xD604;&#xC800; &#xD558; &#xAC8C; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC138;&#xADE0;&#xC131; &#xD608;&#xD1B5;&#xC5D0; &#xC5D0;&#xB108;&#xC9C0;&#xC640; &#xD0C4;&#xC18C; &#xC218;&#xC9D1;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC744; &#xD655;&#xC7A5;.

&#xC77C;&#xBC18; &#xD574;&#xC591; &#xC138;&#xADE0; &#xD608;&#xD1B5;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xD2B9;&#xC131;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Los miembros de la ascendencia marina Roseobacter se han caracterizado como generalistas ecol&#xF3;gicos, lo que sugiere que no habr&#xE1; problemas en la asignaci&#xF3;n de funciones bien delimitadas y funciones ecol&#xF3;gicas biogeoqu&#xED;micos para el tax&#xF3;n. Para solucionar este problema, las secuencias del genoma de 32 cepas Roseobacter se analizaron los patrones en las caracter&#xED;sticas del genoma, el inventario de genes y genes individuales / v&#xED;a de distribuci&#xF3;n con tres marcos de predicci&#xF3;n: el origen de las relaciones filogen&#xE9;ticas, la estrategia de estilo de vida y del medio ambiente de la cepa. Para el primer marco, una filogenia contiene cinco clados profundamente ramificaci&#xF3;n se obtuvo de una concatenaci&#xF3;n de 70 conservadas genes de copia &#xFA;nica. Sorprendentemente, el &#xE1;rbol filogen&#xE9;tico de topolog&#xED;a no era el mejor modelo para las caracter&#xED;sticas del genoma de la organizaci&#xF3;n o los patrones de distribuci&#xF3;n de genes individuales y v&#xED;as, a pesar de que proporcionan un poder de predicci&#xF3;n. El marco de vida, establecida mediante la agrupaci&#xF3;n de aislamientos de acuerdo con la evidencia de heterotrof&#xED;a, photoheterotrophy o autotrofia, explica m&#xE1;s del repertorio de genes en este linaje. El marco de medio ambiente tuvo un d&#xE9;bil poder de predicci&#xF3;n del contenido global del genoma de cada cepa, pero se explica la distribuci&#xF3;n de varios genes y v&#xED;as, incluidas las relacionadas con la adquisici&#xF3;n de f&#xF3;sforo, la quimiotaxis y la degradaci&#xF3;n del compuesto arom&#xE1;tico. Secuencias sin montar en los datos globales del oc&#xE9;ano metagen&#xF3;mica de muestreo verificada de manera independiente esta se&#xF1;al geogr&#xE1;fica a escala mundial en algunos genes Roseobacter. Las principales conclusiones que surgen de este an&#xE1;lisis comparativo del genoma es que los miembros del linaje no puede ser f&#xE1;cilmente se derrumb&#xF3; en tan s&#xF3;lo unos pocos grupos ecol&#xF3;gicos diferenciados (es decir, hay grupos casi tantos como los aislamientos), el mayor marco para predecir el contenido del genoma es la estrategia tr&#xF3;fica , pero no solo marco ofrece predicciones s&#xF3;lidas, y hom&#xF3;logos a los genes hasta ahora desconocidas para H (2) la oxidaci&#xF3;n, fototrof&#xED;a proteorodopsina basado en fototrof&#xED;a xanthorhodpsin basado, y el CO (2) la fijaci&#xF3;n por el formulario de CI ribulosa-1 ,5-bisfosfato carboxilasa / oxigenasa (Rubisco) ampliar los mecanismos posibles para la energ&#xED;a y la adquisici&#xF3;n de carbono en este linaje de bacterias muy vers&#xE1;til.

Caracter&#xED;sticas del genoma de un linaje Marina Generalista bacteriana

&#x4E8C;&#x7532;&#x57FA;&#x786B;&#x4E19;&#x9178; &#xFF08;DMSP&#xFF09; &#x662F;&#x4E00;&#x4E2A;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x6765;&#x6E90;&#xFF0C;&#x51CF;&#x5C11;&#x7684;&#x786B;&#x548C;&#x78B3;&#x7684;&#x6D77;&#x6D0B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#xFF0C;(DMS) &#x6C14;&#x5019;&#x6D3B;&#x6027;&#x6C14;&#x4F53;&#x4E8C;&#x7532;&#x57FA;&#x786B;&#x7684;&#x524D;&#x4F53;&#x3002;&#x5728;&#x6B64;&#x7814;&#x7A76;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F7F;&#x7528; metatranscriptomic &#x6D4B;&#x5E8F;&#x5206;&#x6790;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x8C31;&#x7684;&#x767E;&#x6155;&#x5927;&#x5927;&#x897F;&#x6D0B;&#x65F6;&#x95F4;&#x7CFB;&#x5217;&#x7814;&#x7A76; (&#x8759;&#x8760;) &#x7AD9;&#x548C; DMSP &#x77ED;&#x671F;&#x81F4;&#x5BCC;&#x65E0;&#x5730;&#x8868;&#x6C34;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7EC4;&#x5408; &#xFF08;25 nM &#x4E3A; 30 &#x5206;&#x949F;&#xFF09;&#x3002;303 143 &#x8BFB;&#x53D6;&#x7684;&#x5E73;&#x5747;&#x83B7;&#x5F97;&#x6BCF;&#x6B21;&#x6CBB;&#x7597;&#x4F7F;&#x7528; 454 &#x7126;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x6280;&#x672F;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D; 51%&#x662F;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x7F16;&#x7801;&#x5E8F;&#x5217;&#x3002;&#x4ECE; Gammaproteobacteria &#x548C; Bacteroidetes &#x589E;&#x52A0; DMSP &#x52A0;&#x6CD5;&#x7684;&#x76F8;&#x5BF9;&#x4E30;&#x5EA6;&#x5374;&#x53D8;&#x5316;&#x4E0D;&#x5927;&#x7684;&#x4E24;&#x4E2A;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x8D21;&#x732E;&#x8A8A;&#x672C;&#x7FA4;&#x4F53;&#x5DF2;&#x77E5; DMSP &#x964D;&#x89E3;&#x57FA;&#x56E0;&#xFF0C;Roseobacter &#x548C; SAR11 &#x7684;&#x4F53;&#x5916;&#x57F9;&#x517B;&#x7684;&#x6210;&#x5458;&#x6E2F;&#x53E3;&#x3002;DMSP &#x589E;&#x52A0;&#x5BFC;&#x81F4;&#x6D53;&#x7F29;&#x8A8A;&#x672C;&#x652F;&#x6301;&#x5F02;&#x517B;&#x7684;&#x6D3B;&#x52A8;&#x548C;&#x67AF;&#x7AED;&#x7684;&#x90A3;&#x4E9B;&#x7F16;&#x7801;&#x4E0E;&#x5149;&#x6709;&#x5173;&#x7684;&#x80FD;&#x6E90;&#x53D1;&#x7535;&#x3002;C3 &#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x7684;&#x964D;&#x89E3;&#x57FA;&#x56E0;&#x662F;&#x5927;&#x5927;&#x4EFB;&#x804C;&#x540E; DMSP &#x53E6;&#x5916;&#xFF0C;&#x53EF;&#x80FD;&#x53CD;&#x6620;&#x4EE3;&#x8C22;&#x7684; DMSP &#x7684; C3 &#x7EC4;&#x4EF6;&#x3002;&#x5C06;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x8BB0;&#x5F55;&#x6620;&#x5C04;&#x5230;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x751F;&#x5316;&#x9014;&#x5F84;&#x8868;&#x793A; acetyl-CoA &#x548C;&#x9170; CoA &#x53EF;&#x80FD;&#x662F;&#x5E38;&#x89C1;&#x7684;&#x4E09;&#x7FA7;&#x9178;&#x5FAA;&#x73AF;&#x5230;&#x6B64;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x5207;&#x5165;&#x70B9;&#x3002;&#x6781;&#x8D2B;&#x8425;&#x517B;&#x9A6C;&#x5C3E;&#x85FB;&#x6D77;&#x4E2D;&#x7684;&#x77ED;&#x65F6;&#x95F4;&#x5E27; (30 &#x5206;&#x949F;)&#xFF0C;&#x5728;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x6A21;&#x5F0F;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x4F7F;&#x7528; DMSP &#x7684;&#x78B3;&#x548C;&#x786B;&#x7684;&#x6765;&#x6E90;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x6D77;&#x6D0B;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7684;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x3002;

&#x5BBF;&#x4E3B;&#x5BCC;&#x542B;&#x4E8C;&#x7532;&#x57FA;&#x786B;&#x4E19;&#x9178;&#x6D77;&#x6D0B;&#x7EC6;&#x83CC;&#x83CC;&#x7FA4;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x3002;

Dimethylsulfoniopropionate (DMSP) is an important source of reduced sulfur and carbon for marine microbial communities, as well as the precursor of the climate-active gas dimethylsulfide (DMS). In this study, we used metatranscriptomic sequencing to analyze gene expression profiles of a bacterial assemblage from surface waters at the Bermuda Atlantic Time-series Study (BATS) station with and without a short-term enrichment of DMSP (25â€‰nM for 30â€‰min). An average of 303â€‰143 reads were obtained per treatment using 454 pyrosequencing technology, of which 51% were potential protein-encoding sequences. Transcripts from Gammaproteobacteria and Bacteroidetes increased in relative abundance on DMSP addition, yet there was little change in the contribution of two bacterioplankton groups whose cultured members harbor known DMSP degradation genes, Roseobacter and SAR11. The DMSP addition led to an enrichment of transcripts supporting heterotrophic activity, and a depletion of those encoding light-related energy generation. Genes for the degradation of C3 compounds were significantly overrepresented after DMSP addition, likely reflecting the metabolism of the C3 component of DMSP. Mapping these transcripts to known biochemical pathways indicated that both acetyl-CoA and succinyl-CoA may be common entry points of this moiety into the tricarboxylic acid cycle. In a short time frame (30â€‰min) in the extremely oligotrophic Sargasso Sea, different gene expression patterns suggest the use of DMSP by a diversity of marine bacterioplankton as both carbon and sulfur sources.

Transcriptomic analysis of a marine bacterial community enriched with dimethylsulfoniopropionate.

Dim&#xE9;thylsulfoniopropionate (DMSP) est une source importante de soufre r&#xE9;duit et de carbone pour les communaut&#xE9;s microbiennes marines, de m&#xEA;me que le pr&#xE9;curseur de la dim&#xE9;thylsulfure climatique li&#xE9; aux gaz actif (DMS). Dans cette &#xE9;tude, nous avons utilis&#xE9; le s&#xE9;quen&#xE7;age m&#xE9;tatranscriptomiques pour analyser les profils d&#x26;#39;expression g&#xE9;nique d&#x26;#39;un assemblage bact&#xE9;rienne des eaux de surface &#xE0; l&#x26;#39;Atlantique, aux Bermudes &#xE9;tude sur s&#xE9;rie chronologique (BATS) station avec et sans enrichissement &#xE0; court terme de DMSP (25 nM pendant 30 min). Une moyenne de 303 143 lectures ont &#xE9;t&#xE9; obtenus par traitement &#xE0; l&#x26;#39;aide la technologie 454 pyros&#xE9;quen&#xE7;age, dont 51% &#xE9;taient des potentiels codant une prot&#xE9;ine suites. Transcriptions de Gammaproteobacteria et Bacteroidetes augment&#xE9; en abondance relative plus DMSP, mais il y avait peu de changement dans la contribution de deux groupes dont les bact&#xE9;rioplancton culture membres h&#xE9;berger g&#xE8;nes connus de d&#xE9;gradation DMSP, Roseobacter et SAR11. L&#x26;#39;ajout DMSP conduit &#xE0; un enrichissement des transcriptions soutien &#xE0; l&#x26;#39;activit&#xE9; h&#xE9;t&#xE9;rotrophe, et un appauvrissement de la couche de ceux de production d&#x26;#39;&#xE9;nergie de codage de lumi&#xE8;re li&#xE9;e. Les g&#xE8;nes de la d&#xE9;gradation des compos&#xE9;s C3 ont &#xE9;t&#xE9; largement surrepr&#xE9;sent&#xE9;s apr&#xE8;s addition DMSP, ce qui refl&#xE8;te probablement le m&#xE9;tabolisme de la composante C3 de DMSP. La cartographie de ces transcriptions pour conna&#xEE;tre les voies biochimiques ont indiqu&#xE9; que les deux ac&#xE9;tyl-CoA et du succinyl-CoA peut &#xEA;tre des points d&#x26;#39;entr&#xE9;e communs de cette fraction dans le cycle de Krebs. Dans un court laps de temps (30 min) dans la mer des Sargasses extr&#xEA;mement oligotrophes, diff&#xE9;rents profils d&#x26;#39;expression g&#xE9;nique sugg&#xE8;rent l&#x26;#39;utilisation du DMSP par une diversit&#xE9; du bact&#xE9;rioplancton marin en tant que sources de carbone et de soufre &#xE0; la fois.

Analyse du transcriptome d&#x26;#39;une communaut&#xE9; maritime bact&#xE9;rienne Enrichi en dim&#xE9;thylsulfoniopropionate

Dimethylsulfoniumpropionats (DMSP) ist eine wichtige Quelle f&uuml;r reduzierte Schwefel und Kohlenstoff f&uuml;r marine mikrobielle Gemeinschaften sowie der Vorl&auml;ufer von der Klima-aktiv-Gas-Dimethylsulfide (DMS). In dieser Studie verwendeten wir Metatranscriptomic Sequenzierung Gen-Ausdruck-Portraits von einer bakteriellen Gef&uuml;ge von Oberfl&auml;chengew&auml;ssern in der Bermuda Atlantic Zeitreihen zu studieren (FLEDERM&Auml;USE)-Station mit und ohne eine kurzfristige Bereicherung der DMSP analysieren (25 nM f&uuml;r 30 min). Durchschnittlich 303 143 mal gelesen wurden erzielt pro Behandlung mit 454 Pyrosequencing-Technologie, von denen 51 % waren potenzielle Protein-Codierung Sequenzen. Abschriften aus Gammaproteobacteria und Bacteroides erh&ouml;ht in relative H&auml;ufigkeit &uuml;ber DMSP-Zusatz, doch gab es kaum Ver&auml;nderungen in den Beitrag der beiden Bacterioplankton Gruppen deren kultivierten Mitglieder-Hafen DMSP Abbau Gene, Roseobacter und SAR11 bekannt. Der DMSP-Zusatz f&uuml;hrte zu eine Bereicherung der Transkripte heterotrophe Aktivit&auml;t und eine Entleerung dieser Codierung Licht-bezogene Energiegewinnung zu unterst&uuml;tzen. Gene beim Abbau des C3-Verbindungen waren nach DMSP hinaus wahrscheinlich reflektieren den Stoffwechsel der C3-Komponente der DMSP deutlich &uuml;berrepr&auml;sentiert. Zuordnung dieser Abschriften zu bekannten biochemischen Bahnen angedeutet, dass Acetyl-CoA und Succinyl-CoA gemeinsame Einstiegspunkte von dieser Gruppe in den Tricarboxylic S&auml;ure Zyklus sein k&ouml;nnen. In einem kurzen Zeitrahmen (30 min) in der extrem oligotrophen Sargassosee schlagen verschiedene Genausdruck Muster der DMSP-Nutzung durch eine Vielfalt von marine Bacterioplankton als Kohlenstoff und Schwefel Quellen.

Transcriptomic Analyse einer marine bakterielle Gemeinschaft mit Dimethylsulfoniumpropionats angereichert.

Dimethylsulfoniopropionate (DMSP) &egrave; un&#39;importante fonte di zolfo ridotto e carbonio per comunit&agrave; microbiche marine, cos&igrave; come il precursore del clima-active gas dimethylsulfide (DMS). In questo studio, abbiamo usato metatranscriptomic sequenziamento per analizzare i profili di espressione genica di un assemblaggio batterico da acque di superficie presso la stazione di Bermuda Atlantic Time-series studio (PIPISTRELLI) con e senza un arricchimento a breve termine del DMSP (25 nM per 30 min). Una media di 303 143 letture sono state ottenute per trattamento utilizzando la tecnologia pyrosequencing 454, di cui 51% erano potenziale proteina-codifica sequenze. Trascrizioni da Gammaproteobacteria e Bacteroidetes aumentato in abbondanza relativa aggiunta DMSP, eppure c&#39;era piccolo cambiamento nel contributo di bacterioplankton due gruppi di cui porto colta membri noti geni di degradazione DMSP, Roseobacter e SAR11. L&#39;aggiunta di DMSP ha portato ad un arricchimento delle trascrizioni sostenendo attivit&agrave; eterotrofi e un impoverimento di quelli codifica la generazione di energia luce-correlati. Geni per la degradazione di composti C3 sono stati significativamente sovrarappresentati dopo aggiunta DMSP, probabilmente riflettendo il metabolismo della componente C3 del DMSP. Mapping tra queste trascrizioni conosciute vie biochimiche indicato che sia acetil-CoA e succinil-CoA pu&ograve; essere comuni punti di ingresso di questo gruppo funzionale nel ciclo dell&#39;acido tricarbossilico. In un breve lasso di tempo (30 min) nel Mar dei Sargassi estremamente oligotrofe, modelli di espressione del gene differenti suggeriscono l&#39;utilizzo di DMSP da una diversit&agrave; di bacterioplankton marini come fonti sia carbonio e zolfo.

Approfondimento analisi di una comunit&agrave; batterica Marina arricchita con dimethylsulfoniopropionate.

&#x30B8;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x30B9;&#x30EB;&#x30DB;&#x30CB;&#x30AA;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D4;&#x30AA;&#x30F3;&#x9178;&#xFF08;DMSP&#xFF09;&#x306F;&#x3001;&#x6D77;&#x6D0B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x3068;&#x540C;&#x69D8;&#x306B;&#x3001;&#x6C17;&#x5019;&#x6D3B;&#x6027;&#x30AC;&#x30B9;&#x306E;&#x786B;&#x5316;&#x30B8;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#xFF08;DMS&#xFF09;&#x306E;&#x524D;&#x99C6;&#x4F53;&#x306E;&#x9084;&#x5143;&#x786B;&#x9EC4;&#x3068;&#x70AD;&#x7D20;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x6E90;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;DMSP&#x306E;&#x77ED;&#x671F;&#x6FC3;&#x7E2E;&#xFF08;30&#x5206;&#x3001;25 nM&#xFF09;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x305F;&#x3068;&#x304D;&#x3068;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x306A;&#x3044;&#x30D0;&#x30DF;&#x30E5;&#x30FC;&#x30C0;&#x5927;&#x897F;&#x6D0B;&#x6642;&#x7CFB;&#x5217;&#x7814;&#x7A76;&#xFF08;BATS&#xFF09;&#x99C5;&#x3067;&#x5730;&#x8868;&#x6C34;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x7FA4;&#x96C6;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x3092;&#x5206;&#x6790;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;metatranscriptomic&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002; 303 143&#x8AAD;&#x307F;&#x53D6;&#x308A;&#x306E;&#x5E73;&#x5747;&#x306F;51&#xFF05;&#x304C;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306A;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x3092;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3059;&#x308B;&#x914D;&#x5217;&#x305D;&#x306E;&#x3046;&#x3061;454&#x30D1;&#x30A4;&#x30ED;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x6280;&#x8853;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x6CBB;&#x7642;&#x3054;&#x3068;&#x306B;&#x5F97;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x30AC;&#x30F3;&#x30DE;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30A2;&#x3068;Bacteroidetes&#x304B;&#x3089;&#x8EE2;&#x5199;&#x7269;&#x306F;&#x3001;DMSP&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x4E0A;&#x306E;&#x76F8;&#x5BFE;&#x91CF;&#x304C;&#x5897;&#x52A0;&#x3057;&#x3001;&#x307E;&#x3060;&#x57F9;&#x990A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x304C;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;DMSP&#x5206;&#x89E3;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;Roseobacter&#x3068;SAR11&#x3092;&#x62B1;&#x3044;&#x3066;2 bacterioplankton&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x306E;&#x8CA2;&#x732E;&#x306F;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x5909;&#x5316;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002; DMSP&#x306E;&#x6DFB;&#x52A0;&#x306F;&#x3001;&#x5F93;&#x5C5E;&#x30A2;&#x30AF;&#x30C6;&#x30A3;&#x30D3;&#x30C6;&#x30A3;&#x3092;&#x30B5;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x306E;&#x6FC3;&#x7E2E;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7B26;&#x53F7;&#x5316;&#x5149;&#x95A2;&#x9023;&#x306E;&#x30A8;&#x30CD;&#x30EB;&#x30AE;&#x30FC;&#x751F;&#x6210;&#x306E;&#x67AF;&#x6E07;&#x306B;&#x3064;&#x306A;&#x304C;&#x3063;&#x305F;&#x3002; C3&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x306E;&#x5206;&#x89E3;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x304C;&#x6709;&#x610F;&#x306B;&#x9AD8;&#x3044;DMSP&#x306E;C3&#x6210;&#x5206;&#x306E;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x3092;&#x53CD;&#x6620;&#x3057;&#x3066;&#x3001;DMSP&#x3092;&#x6DFB;&#x52A0;&#x3057;&#x305F;&#x5F8C;&#x4EE3;&#x8868;&#x8005;&#x306E;&#x591A;&#x904E;&#x304E;&#x308B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x751F;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306B;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x3092;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x3059;&#x308B;&#x3068;&#x3001;&#x30A2;&#x30BB;&#x30C1;&#x30EB;-CoA&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30B9;&#x30AF;&#x30B7;&#x30CB;&#x30EB;-CoA&#x30EC;&#x30C0;&#x30AF;&#x30BF;&#x30FC;&#x30BC;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x304C;&#x30C8;&#x30EA;&#x30AB;&#x30EB;&#x30DC;&#x30F3;&#x9178;&#x30B5;&#x30A4;&#x30AF;&#x30EB;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x90E8;&#x5206;&#x306E;&#x5171;&#x901A;&#x306E;&#x30A8;&#x30F3;&#x30C8;&#x30EA;&#x30DD;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x8CA7;&#x6804;&#x990A;&#x30B5;&#x30EB;&#x30AC;&#x30C3;&#x30BD;&#x30FC;&#x6D77;&#x3067;&#x77ED;&#x3044;&#x6642;&#x9593;&#x67A0;&#xFF08;30&#x5206;&#xFF09;&#x3067;&#x3001;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;&#x70AD;&#x7D20;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x786B;&#x9EC4;&#x6E90;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x6D77;&#x6D0B;bacterioplankton&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x306B;&#x3088;&#x308B;DMSP&#x306E;&#x4F7F;&#x7528;&#x3092;&#x304A;&#x52E7;&#x3081;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30B8;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x30B9;&#x30EB;&#x30DB;&#x30CB;&#x30AA;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D4;&#x30AA;&#x30F3;&#x9178;&#x3068;&#x6FC3;&#x7E2E;&#x6D77;&#x6D0B;&#x7D30;&#x83CC;&#x7FA4;&#x96C6;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x89E3;&#x6790;

Dimethylsulfoniopropionate (DMSP) &#xD574;&#xC591; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD0C4;&#xC18C; &#xAC10;&#xC18C; &#xC720;&#xD669;&#xC758; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC18C;&#xC2A4; &#xBFD0;&#xB9CC; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C; &#xAE30;&#xD6C4; &#xD65C;&#xC131; &#xAC00;&#xC2A4; dimethylsulfide (&#xB514; &#xC5E0;&#xC5D0; &#xC2A4;)&#xC758; &#xC804;&#xC870; &#xC774;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xBC84;&#xBBA4;&#xB2E4; &#xB300;&#xC11C;&#xC591; &#xC2DC;&#xACC4;&#xC5F4; &#xACF5;&#xBD80; (&#xBC15;&#xC950;) &#xC5ED; &#xBC0F; DMSP &#xB2E8;&#xAE30; &#xB18D;&#xCD95; &#xBB3C; &#xD45C;&#xBA74;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC138;&#xADE0;&#xC131; &#xC870;&#xB9BD;&#xC758; &#xC9C4; &#xC2DD; &#xD504;&#xB85C;&#xD544;&#xC744; &#xBD84;&#xC11D; &#xD558; metatranscriptomic &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; (25 30 &#xBD84; &#xB3D9;&#xC548; nM). 303 143 &#xC77D;&#xAE30; &#xD3C9;&#xADE0; &#xB2F9; &#xCE58;&#xB8CC;&#xB294; 51%&#xAC00; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC778;&#xCF54;&#xB529; 454 pyrosequencing &#xAE30;&#xC220;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xAC00;&#xC838;&#xC628; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;. Gammaproteobacteria&#xC640; Bacteroidetes &#xB450; bacterioplankton&#xC758; &#xAE30;&#xC5EC;&#xC5D0; &#xC57D;&#xAC04;&#xC758; &#xBCC0;&#xD654; &#xD588;&#xB2E4; &#xC544;&#xC9C1; DMSP &#xC774;&#xC678;&#xC5D0; &#xC0C1;&#xB300; &#xD48D;&#xBD80; &#xD558; &#xAC8C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC99D;&#xAC00; &#xC131;&#xC801; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4; DMSP &#xC800;&#xD558; &#xC720;&#xC804;&#xC790;, Roseobacter &#xBC0F; sar11&#xC758; &#xAD50;&#xC591;&#xB41C; &#xD68C;&#xC6D0; &#xD558;&#xBC84;&#xB97C; &#xADF8;&#xB8F9;&#xD654; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. DMSP &#xCD94;&#xAC00; &#xC131;&#xC801;&#xD45C; heterotrophic &#xD65C;&#xB3D9; &#xBC0F; &#xC870;&#xBA85; &#xAD00;&#xB828; &#xC5D0;&#xB108;&#xC9C0; &#xC0DD;&#xC131; &#xC778;&#xCF54;&#xB529; &#xB4E4; &#xACE0;&#xAC08; &#xC9C0;&#xC6D0;&#xC758; &#xB18D;&#xCD95;&#xC744; &#xC774;&#xB04C;&#xC5C8;&#xB2E4;. C 3 &#xD654;&#xD569;&#xBB3C;&#xC758; &#xC800;&#xD558;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD588;&#xB2E4; &#xD06C;&#xAC8C; overrepresented DMSP &#xCD94;&#xAC00; &#xD6C4; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC774; DMSP C3 &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C;&#xC758; &#xC2E0;&#xC9C4; &#xB300;&#xC0AC;&#xB97C; &#xBC18;&#xC601; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC131;&#xC801;&#xD45C; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; &#xC0DD;&#xD654;&#xD559; &#xACBD;&#xB85C; &#xB9E4;&#xD551; &#xD45C;&#xC2DC; &#xD2F8; &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; succinyl CoA tricarboxylic &#xC0B0; &#xC0AC;&#xC774;&#xD074;&#xB85C;&#xC774; moiety&#xC758; &#xACF5;&#xD1B5; &#xC9C4;&#xC785;&#xC810;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB9E4;&#xC6B0; oligotrophic &#xC0AC;&#xB974;&#xAC00;&#xC18C; &#xBC14;&#xB2E4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC9E7;&#xC740; &#xC2DC;&#xAC04; &#xD504;&#xB808;&#xC784; (30 &#xBD84;), &#xB2E4;&#xB978; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD45C;&#xD604; &#xD328;&#xD134; &#xD0C4;&#xC18C;&#xC640; &#xC720;&#xD669; &#xC18C;&#xC2A4;&#xB85C; &#xD574;&#xC591; bacterioplankton&#xC758; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; DMSP &#xC0AC;&#xC6A9;&#xC744; &#xAD8C;&#xD574; &#xB4DC;&#xB9BD;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Dimethylsulfoniopropionate&#xC640; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xD574;&#xC591; &#xC138;&#xADE0; &#xC0AC;&#xD68C;&#xC758; Transcriptomic &#xBD84;&#xC11D;.

Dimethylsulfoniopropionate (DMSP) es una fuente importante de azufre reducido y el carbono para las comunidades microbianas marinas, as&#xED; como el precursor del sulfuro de dimetilo del gas clim&#xE1;tico-activo (DMS). En este estudio, hemos utilizado la secuencia metatranscriptomic para analizar los perfiles de expresi&#xF3;n g&#xE9;nica de un conjunto de bacterias de las aguas superficiales en el Atl&#xE1;ntico, las Bermudas de series de tiempo de estudio (BATS) la estaci&#xF3;n con y sin un enriquecimiento a corto plazo de DMSP (25 nM durante 30 min). Un promedio de 303 143 Lecturas fueron obtenidos por tratamiento utilizando la tecnolog&#xED;a de pirosecuenciaci&#xF3;n 454, de los cuales 51% eran posibles secuencias que codifican prote&#xED;nas. Las transcripciones de Gammaproteobacteria y Bacteroidetes aumento en la abundancia relativa en la adici&#xF3;n de DMSP, sin embargo, hubo pocos cambios en la contribuci&#xF3;n de los dos grupos, cuyos miembros bacterioplancton culta albergar genes conocidos DMSP degradaci&#xF3;n, Roseobacter y SAR11. La adici&#xF3;n DMSP dio lugar a un enriquecimiento de las transcripciones de apoyo a la actividad heterotr&#xF3;fica, y una disminuci&#xF3;n de la generaci&#xF3;n de los que la codificaci&#xF3;n energ&#xED;a de la luz relacionada. Los genes para la degradaci&#xF3;n de compuestos C3 fueron significativamente sobrerrepresentados despu&#xE9;s de la adici&#xF3;n de DMSP, reflejando probablemente el metabolismo del componente C3 del DMSP. Cartograf&#xED;a de estas transcripciones de las v&#xED;as bioqu&#xED;micas conocidas indicaron que tanto la acetil-CoA y succinil-CoA pueden ser puntos de entrada comunes de esta fracci&#xF3;n en el ciclo del &#xE1;cido tricarbox&#xED;lico. En un corto per&#xED;odo de tiempo (30 min) en el Mar de los Sargazos muy oligotr&#xF3;ficas, diferentes patrones de expresi&#xF3;n g&#xE9;nica sugieren el uso de la DMSP por la diversidad del bacterioplancton marino tanto de fuentes de carbono y azufre.

An&#xE1;lisis transcript&#xF3;mico de una comunidad bacteriana marina enriquecida con Dimethylsulfoniopropionate

Metatranscriptomic &#x6D4B;&#x5E8F;&#x63D0;&#x4F9B;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x7684;&#x89C4;&#x7BA1;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x6D3B;&#x52A8;&#x7684;&#x73AF;&#x5883;&#x56E0;&#x7D20;&#x53D6;&#x51B3;&#x4E8E;&#x5982;&#x4F55;&#x5B8C;&#x5168;&#x5E8F;&#x5217;&#x5E93;&#x6355;&#x83B7;&#x793E;&#x4F1A;&#x8868;&#x8FBE; &#xFF08;&#x5373;&#x6837;&#x672C;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6DF1;&#x5EA6;&#x548C;&#x8986;&#x76D6;&#x6DF1;&#x5EA6;&#xFF09; &#x53CA;&#x54EA;&#x4E9B;&#x8868;&#x8FBE;&#x5F0F;&#x4E0E;&#x793E;&#x533A;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x5DEE;&#x5F02;&#x53EF;&#x4EE5;&#x68C0;&#x6D4B;&#x5230;&#x7684;&#x7075;&#x654F;&#x5EA6; &#xFF08;&#x5373;&#x4E3A;&#x5047;&#x8BBE;&#x68C0;&#x9A8C;&#x7684;&#x7EDF;&#x8BA1;&#x7535;&#x6E90;&#xFF09; &#x7684;&#x6F5C;&#x529B;&#x3002;&#x5728;&#x6B64;&#x7814;&#x7A76;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F7F;&#x7528;&#x5185;&#x90E8;&#x7684;&#x6807;&#x51C6;&#x65B9;&#x6CD5;&#x8FDB;&#x884C;&#x7EDD;&#x5BF9; (&#x6BCF;&#x5347;) &#x4F30;&#x8BA1;&#x7684;&#x6210;&#x7EE9;&#x5355;&#x7F16;&#x53F7;&#xFF0C;&#x53EF;&#x4EE5;&#x7531;&#x4E0D;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x53D8;&#x5316;&#x6709;&#x504F;&#x89C1;&#x7684;&#x6BD4;&#x4F8B;&#x4F30;&#x8BA1;&#x6709;&#x663E;&#x8457;&#x4F18;&#x52BF;&#x3002;&#x7F8E;&#x56FD;&#x4E1C;&#x5357;&#x90E8;&#x6CBF;&#x6D77;&#x6C34;&#x57DF;&#x5305;&#x542B; 1 &times; 10(12) &#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC; mRNA &#x5206;&#x5B50;&#x6BCF;&#x5347;&#x6D77;&#x6C34; (~ 200 &#x6BCF;&#x4E2A;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684; mRNA &#x5206;&#x5B50;)&#x3002;&#x5373;&#x4F7F;&#x5BF9;&#x4E8E;&#x5728;&#x8FD9;&#x9879;&#x7814;&#x7A76;&#x4E2D;&#x83B7;&#x5F97;&#x7684;&#x5927;&#x578B;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x5E93; (~ 500,000 &#x53EF;&#x80FD;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7F16;&#x7801;&#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x6BCF;&#x5E74;&#x7684;&#x8FD9;&#x4E24;&#x4E2A;&#x5E93;&#x540E;&#x4E22;&#x5F03; rRNAs &#x548C;&#x5C0F; RNAs &#x4ECE; &gt; 100 &#x4E07; 454 FLX &#x7126;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x8BFB;&#x53D6;&#xFF09;&#xFF0C;&#x6837;&#x54C1;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6DF1;&#x5EA6;&#x53EA;&#x662F;&#x4E3A; 0.00001%&#x3002;82 &#x57FA;&#x56E0;&#x8BCA;&#x65AD;&#x4E3A;&#x6D77;&#x6D0B;&#x7684;&#x6C2E;&#x3001; &#x78F7;&#x3001; &#x786B;&#x5FAA;&#x73AF;&#x4E2D;&#x7684;&#x53D8;&#x6362;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x6C34;&#x5E73;&#x4E0D;&#x7B49;&#x4ECE;&#x68C0;&#x6D4B; &#xFF08;&lt; &#x6BCF;&#x5347; 1 &times; 10(6) &#x6210;&#x7EE9;&#x5355;) &#x4E3A; 36 &#x57FA;&#x56E0; (&#x4F8B;&#x5982;&#x81A6;&#x9178;&#x4EE3;&#x8C22;&#x57FA;&#x56E0; phnH&#x3001; &#x5F02;&#x5316;&#x7684;&#x785D;&#x9178;&#x8FD8;&#x539F;&#x9176;&#x4E9A;&#x5355;&#x4F4D;&#x56FD;&#x5BB6;&#x9002;&#x5E94;&#x884C;&#x52A8;&#x65B9;&#x6848;&#xFF09; &#x5230; &gt; 2.7 &times; 10(9) &#x6210;&#x7EE9;&#x5355;&#x6BCF;&#x5347; (&#x6C28;&#x8F6C;&#x8FD0; amt &#x548C;&#x6C28;&#x5355;&#x52A0;&#x6C27;&#x9176;&#x4E9A;&#x5355;&#x4F4D; amoC)&#x3002;&#x4E00;&#x534A;&#x7684;&#x7C7B;&#x522B;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x5F0F;&#x88AB;&#x68C0;&#x6D4B;&#x51FA;&#x6765;&#xFF0C;&#x4F46;&#x662F;&#xFF0C;&#x90A3;&#x6837;&#x592A;&#x5C11;&#x590D;&#x5236;&#x6570;&#x76EE;&#x4E3A;&#x9C81;&#x68D2;&#x7EDF;&#x8BA1;&#x7684;&#x51B3;&#x8BAE;&#xFF0C;&#x5C06;&#x9700;&#x8981;&#x8FDB;&#x884C;&#x6BD4;&#x8F83; &#xFF08;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x6216;&#x65F6;&#x95F4;&#x5E8F;&#x5217;&#xFF09; &#x8868;&#x8FBE;&#x7814;&#x7A76;&#x3002;&#x7531;&#x4EE3;&#x8868;&#x6574;&#x4E2A;&#x793E;&#x4F1A;&#x57FA;&#x56E0;&#x4E30;&#x5EA6;&#x548C;&#x7EDD;&#x5BF9;&#x5355;&#x4F4D; &#xFF08;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x4F53;&#x79EF;&#x6216;&#x91CD;&#x91CF;&#x7684;&#x73AF;&#x5883;&#xFF09; &#x4E2D;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x5F0F;&#xFF0C;&#x53EF;&#x4EE5;&#x66F4;&#x597D;&#x5730;&#x5229;&#x7528; &#39;&#x5B66;&#39; &#x6570;&#x636E;&#xFF0C;&#x6765;&#x63D0;&#x9AD8;&#x5BF9;&#x6D77;&#x6D0B;&#x4E2D;&#x7684;&#x9655;&#x5357;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x7684;&#x4E86;&#x89E3;&#x3002;

&#x6DF1;&#x611F;&#x6709;&#x5148;&#x540E;&#x987A;&#x5E8F;&#x7684;&#x6D77;&#x6D0B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269; metatranscriptome &#x7684;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5206;&#x6790;&#x3002;

The potential of metatranscriptomic sequencing to provide insights into the environmental factors that regulate microbial activities depends on how fully the sequence libraries capture community expression (that is, sample-sequencing depth and coverage depth), and the sensitivity with which expression differences between communities can be detected (that is, statistical power for hypothesis testing). In this study, we use an internal standard approach to make absolute (per liter) estimates of transcript numbers, a significant advantage over proportional estimates that can be biased by expression changes in unrelated genes. Coastal waters of the southeastern United States contain 1 Ã— 10(12) bacterioplankton mRNA molecules per liter of seawater (~200 mRNA molecules per bacterial cell). Even for the large bacterioplankton libraries obtained in this study (~500,000 possible protein-encoding sequences in each of two libraries after discarding rRNAs and small RNAs from >1 million 454 FLX pyrosequencing reads), sample-sequencing depth was only 0.00001%. Expression levels of 82 genes diagnostic for transformations in the marine nitrogen, phosphorus and sulfur cycles ranged from below detection (<1 Ã— 10(6) transcripts per liter) for 36 genes (for example, phosphonate metabolism gene phnH, dissimilatory nitrate reductase subunit napA) to >2.7 Ã— 10(9) transcripts per liter (ammonia transporter amt and ammonia monooxygenase subunit amoC). Half of the categories for which expression was detected, however, had too few copy numbers for robust statistical resolution, as would be required for comparative (experimental or time-series) expression studies. By representing whole community gene abundance and expression in absolute units (per volume or mass of environment), 'omics' data can be better leveraged to improve understanding of microbially mediated processes in the ocean.

Quantitative analysis of a deeply sequenced marine microbial metatranscriptome.

Le potentiel de s&#xE9;quen&#xE7;age m&#xE9;tatranscriptomiques &#xE0; fournir un aper&#xE7;u des facteurs environnementaux qui contr&#xF4;lent les activit&#xE9;s microbiennes d&#xE9;pend de la fa&#xE7;on pleinement les biblioth&#xE8;ques s&#xE9;quence de capture expression de la communaut&#xE9; (c&#x26;#39;est-&#xE0;-&#xE9;chantillon-s&#xE9;quen&#xE7;age de profondeur et la profondeur de couverture), et la sensibilit&#xE9; avec laquelle les diff&#xE9;rences d&#x26;#39;expression entre les communaut&#xE9;s peuvent &#xEA;tre d&#xE9;tect&#xE9; (c&#x26;#39;est-&#xE0;-puissance statistique pour le test d&#x26;#39;hypoth&#xE8;se). Dans cette &#xE9;tude, nous utilisons une approche de l&#x26;#39;&#xE9;talon interne pour faire absolue (par litre) les estimations d&#x26;#39;effectifs de transcription, un avantage significatif par rapport aux estimations proportionnelles qui peuvent &#xEA;tre biais&#xE9;es par des changements d&#x26;#39;expression des g&#xE8;nes ind&#xE9;pendants. Les eaux c&#xF4;ti&#xE8;res des &#xC9;tats-Unis du sud-contiennent 1 &#xD7; 10 (12) des mol&#xE9;cules d&#x26;#39;ARNm bact&#xE9;rioplancton par litre d&#x26;#39;eau de mer (~ 200 mol&#xE9;cules d&#x26;#39;ARNm par cellule bact&#xE9;rienne). M&#xEA;me pour les biblioth&#xE8;ques bact&#xE9;rioplancton grandes obtenus dans cette &#xE9;tude (environ 500.000 possibles codant une prot&#xE9;ine s&#xE9;quences dans chacune des deux biblioth&#xE8;ques apr&#xE8;s le rejet ARNr et les petits ARN &#xE0; partir de&#x26;gt; 1 million de pyros&#xE9;quen&#xE7;age 454 FLX lit), l&#x26;#39;&#xE9;chantillon de s&#xE9;quen&#xE7;age de profondeur n&#x26;#39;est que de 0,00001%. Les niveaux d&#x26;#39;expression de g&#xE8;nes 82 diagnostic pour des transformations dans l&#x26;#39;azote marin, le phosphore et les cycles de soufre varie de dessous de la d&#xE9;tection (&#x26;lt;1 x 10 (6) transcriptions par litre) pendant 36 g&#xE8;nes (par exemple, un phosphonate m&#xE9;tabolisme g&#xE8;ne phnH, dissimilatoire nitrate r&#xE9;ductase sous-unit&#xE9; napA ) &#xE0;&#x26;gt; 2,7 &#xD7; 10 (9) les transcriptions par litre (transporteur d&#x26;#39;ammoniac amt et AMOC sous-unit&#xE9; d&#x26;#39;ammoniac monooxyg&#xE9;nase). La moiti&#xE9; des cat&#xE9;gories pour lesquelles l&#x26;#39;expression a &#xE9;t&#xE9; d&#xE9;tect&#xE9;, cependant, le nombre de copies a eu aussi peu de statistiques pour la r&#xE9;solution robuste, celui qui serait requis pour les &#xE9;tudes d&#x26;#39;expression comparative (exp&#xE9;rimentales ou de s&#xE9;ries chronologiques). En repr&#xE9;sentant ensemble abondance g&#xE8;ne communaut&#xE9; et d&#x26;#39;expression en unit&#xE9;s absolues (par volume ou la masse de l&#x26;#39;environnement), les donn&#xE9;es en &#xAB;-omique&#xBB; peut &#xEA;tre mieux mis &#xE0; profit pour am&#xE9;liorer la compr&#xE9;hension des processus microbiens dans l&#x26;#39;oc&#xE9;an.

Analyse quantitative d&#x26;#39;un Metatranscriptome microbienne marine Profond&#xE9;ment s&#xE9;quenc&#xE9;e

Das Potential der Metatranscriptomic Sequenzierung bieten Einblicke in die Umweltfaktoren, die mikrobielle Aktivit&auml;ten Regeln h&auml;ngt davon ab, wie vollst&auml;ndig die Sequenz-Bibliotheken zu erfassen, Gemeinschaft Ausdruck (das hei&szlig;t, Beispiel-Sequenzierung Tiefe und Abdeckung Tiefe) und die Empfindlichkeit, mit welchem Ausdruck Unterschiede zwischen Gemeinschaften erkannt werden k&ouml;nnen (d. h. statistische Power f&uuml;r Hypothesentests). In dieser Studie verwenden wir eine interne Standardansatz zu absolute (pro Liter) Sch&auml;tzungen der Abschrift Zahlen, einen erheblichen Vorteil gegen&uuml;ber proportional Sch&auml;tzungen, die durch Ausdruck Ver&auml;nderungen in nicht verwandten Genen beeinflusst werden k&ouml;nnen. K&uuml;stengew&auml;sser der s&uuml;d&ouml;stlichen Vereinigten Staaten enthalten 1 &times; 10 Bacterioplankton mRNA-Molek&uuml;le pro Liter Meerwasser (~ 200-mRNA-Molek&uuml;le pro Bakterienzelle). Auch f&uuml;r die gro&szlig;en Bacterioplankton-Bibliotheken, die in dieser Studie erzielten (~ 500.000 m&ouml;glichen Protein-Codierung Sequenzen in jedem der beiden Bibliotheken nach verwerfen rRNAs und kleine RNAs von &gt; 1 Million 454 FLX Pyrosequencing liest), Probe-Sequenzierung Tiefe war nur 0,00001 %. Stufen 82 Gene diagnostische f&uuml;r Transformationen in der marinen Stickstoff, Phosphor und Schwefel-Zyklen reichten von unten Erkennung (&lt; 1 &times; 10 6 abschriften pro Liter) f&uuml;r 36 gene (z. B. Phosphonate stoffwechsel-gen PhnH, dissimilatorische nitrat-reduktase untereinheit NapA) auf &gt; 2,7 &times; Neubewerber Abschriften pro Liter (Ammoniak-Transporter-Amt und Ammoniak Monooxygenase Untereinheit AmoC). H&auml;lfte der Kategorien, die f&uuml;r die Ausdruck erkannt wurde, hatte jedoch zu wenig Kopie Zahlen f&uuml;r robuste statistische Aufl&ouml;sung, wie f&uuml;r vergleichende (experimentelle oder Zeitreihen) Ausdruck Studien erforderlich w&auml;re. Durch, die ganze Gemeinde gen F&uuml;lle und Ausdruck in absoluten Einheiten (pro Volumen oder Masse der Umgebung) darstellt, k&ouml;nnen &#39;Omics&#39; Daten besser genutzt werden, um besseres Verst&auml;ndnis der Mikrobakteriell vermittelten Prozessen im Ozean.

Quantitative Analyse von einer tief sequenzierte marine mikrobielle Metatranscriptome.

Il potenziale di metatranscriptomic sequenziamento per fornire intuizioni, i fattori ambientali che regolano le attivit&agrave; microbiche dipende le librerie sequenza cogliere pienamente come espressione della Comunit&agrave; (cio&egrave;, campione-sequenziamento profondit&agrave; e profondit&agrave; di copertura) e la sensibilit&agrave; con cui espressione possono essere rilevate differenze tra comunit&agrave; (cio&egrave; potenza statistica per test di ipotesi). In questo studio, usiamo un approccio standard interno per fare una stima assoluta (per litro) di numeri di trascrizione, un vantaggio significativo rispetto proporzionale stime che possono essere falsate da cambiamenti di espressione di geni estranei. Acque costiere degli Stati Uniti sud-orientale contengono 1 &times; 10(12) bacterioplankton molecole di mRNA per litro di acqua di mare (~ 200 molecole di mRNA per la cellula batterica). Anche per le librerie di grandi dimensioni bacterioplankton ottenute in questo studio (~ 500.000 possibili sequenze della proteina codifica in ciascuna delle due biblioteche dopo scartando i rRNAs e piccolo RNAs da &amp;gt; 1 milione 454 FLX pyrosequencing legge), campione-sequenziamento profondit&agrave; era solo 0.00001%. Livelli di espressione di 82 geni diagnostiche per le trasformazioni nei cicli di azoto, fosforo e zolfo marini variavano dal basso di rilevazione (&lt; 1 &times; 10 trascrizioni per litro) per 36 geni (ad esempio, fosfonato metabolismo gene phnH, Vivarese nitrato reduttasi subunit&agrave; napA) a &amp;gt; 2,7 &times; arrecavano trascrizioni per litro (ammoniaca transporter amt e ammoniaca monoossigenasi subunit&agrave; amoC). Met&agrave; delle categorie per le quali &egrave; stato rilevato espressione, tuttavia, aveva troppo pochi numeri di copia per risoluzione statistica robusta, come sarebbe richiesto per studi di espressione comparativa (sperimentale o time-series). Rappresentando l&#39;intera comunit&agrave; gene abbondanza ed espressione in unit&agrave; assolute (per volume o massa di ambiente), &#39;omics&#39; dati possono essere meglio sfruttati per migliorare la comprensione dei processi microbica mediati nell&#39;oceano.

Analisi quantitativa di un metatranscriptome microbiche marine profondamente sequenziata.

&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x6D3B;&#x52D5;&#x3092;&#x898F;&#x5236;&#x3059;&#x308B;&#x74B0;&#x5883;&#x8981;&#x56E0;&#x3078;&#x306E;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;metatranscriptomic&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x306F;&#x3001;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x306F;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x306E;&#x5F0F;&#xFF08;&#x3064;&#x307E;&#x308A;&#x3001;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x6DF1;&#x3055;&#x3068;&#x7BC4;&#x56F2;&#x306E;&#x6DF1;&#x3055;&#xFF09;&#x3092;&#x30AD;&#x30E3;&#x30D7;&#x30C1;&#x30E3;&#x3057;&#x3001;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x9593;&#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x306E;&#x9055;&#x3044;&#x304C;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3068;&#x611F;&#x5EA6;&#x3069;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x5B8C;&#x5168;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3057;&#x3066;&#xFF08;&#x4EEE;&#x8AAC;&#x691C;&#x5B9A;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x7D71;&#x8A08;&#x7684;&#x691C;&#x51FA;&#x529B;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#xFF09;&#x304C;&#x691C;&#x51FA;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x306E;&#x6570;&#x306E;&#x7D76;&#x5BFE;&#x5024;&#xFF08;&#x30EA;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EB;&#xFF09;&#x306E;&#x63A8;&#x5B9A;&#x5024;&#x3001;&#x7121;&#x95A2;&#x4FC2;&#x306A;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x30D0;&#x30A4;&#x30A2;&#x30B9;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x6BD4;&#x4F8B;&#x3059;&#x308B;&#x63A8;&#x5B9A;&#x4E0A;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x5229;&#x70B9;&#x3092;&#x4F5C;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5185;&#x90E8;&#x6A19;&#x6E96;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7C73;&#x56FD;&#x5357;&#x6771;&#x90E8;&#x306E;&#x6CBF;&#x5CB8;&#x6D77;&#x57DF;&#x3067;&#x306F;&#x6D77;&#x6C34;&#x306E;&#x30EA;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EB;&#x5F53;&#x305F;&#x308A;1&#xD7;10&#xFF08;12&#xFF09;bacterioplankton mRNA&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#xFF08;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x3042;&#x305F;&#x308A;200&#x301C;mRNA&#x5206;&#x5B50;&#xFF09;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x5F97;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x5927;bacterioplankton&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#xFF08;&#x26;gt; 100&#x4E07;454 FLX&#x30D1;&#x30A4;&#x30ED;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x304B;&#x3089;&#x5EC3;&#x68C4;rRNAs&#x3068;&#x5C0F;&#x5206;&#x5B50;RNA&#x306E;&#x5F8C;&#x306B;2&#x3064;&#x306E;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x306E;&#x5404;&#x301C;50&#x4E07;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3092;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3059;&#x308B;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x8AAD;&#x307F;&#x53D6;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#xFF09;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#xB7;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x6DF1;&#x3055;&#x306F;&#x3001;0.00001&#x30D1;&#x30FC;&#x30BB;&#x30F3;&#x30C8;&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x6D77;&#x6D0B;&#x306E;&#x7A92;&#x7D20;&#x3001;&#x30EA;&#x30F3;&#x3001;&#x786B;&#x9EC4;&#x30B5;&#x30A4;&#x30AF;&#x30EB;&#x306E;&#x5909;&#x63DB;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x8A3A;&#x65AD;82&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306F;36&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#xFF08;&#x4F8B;&#x3048;&#x3070;&#x3001;&#x30DB;&#x30B9;&#x30DB;&#x30F3;&#x9178;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;phnH&#x3001;&#x7570;&#x5316;&#x785D;&#x9178;&#x9084;&#x5143;&#x9175;&#x7D20;&#x30B5;&#x30D6;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8;&#x30CA;&#x30D1;&#x306E;&#x691C;&#x51FA;&#xFF08;&#x26;lt;1&#xD7;10&#xFF08;6&#xFF09;&#x30EA;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EB;&#x3042;&#x305F;&#x308A;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#xFF09;&#x4EE5;&#x4E0B;&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#xFF09;&#x30EA;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EB;&#x26;gt; 2.7&#xD7;10&#xFF08;9&#xFF09;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#xFF08;&#x30A2;&#x30F3;&#x30E2;&#x30CB;&#x30A2;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;AMT&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30A2;&#x30F3;&#x30E2;&#x30CB;&#x30A2;&#x30E2;&#x30CE;&#x30AA;&#x30AD;&#x30B7;&#x30B2;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#x30B5;&#x30D6;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8;AMOC&#xFF09;&#x3078;&#x3002;&#x6BD4;&#x8F03;&#xFF08;&#x5B9F;&#x9A13;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x6642;&#x7CFB;&#x5217;&#xFF09;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x7814;&#x7A76;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5FC5;&#x8981;&#x3068;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x5F0F;&#x304C;&#x691C;&#x51FA;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30AB;&#x30C6;&#x30B4;&#x30EA;&#x306E;&#x534A;&#x5206;&#x306F;&#x3001;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x5F37;&#x529B;&#x306A;&#x7D71;&#x8A08;&#x7684;&#x89E3;&#x6C7A;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3082;&#x3001;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x30B3;&#x30D4;&#x30FC;&#x6570;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3002;&#x7D76;&#x5BFE;&#x7684;&#x306A;&#x5358;&#x4F4D;&#x3067;&#x3001;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x91CF;&#x3068;&#x767A;&#x73FE;&#xFF08;&#x74B0;&#x5883;&#x306E;&#x4F53;&#x7A4D;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x8CEA;&#x91CF;&#x5F53;&#x305F;&#x308A;&#x306E;&#xFF09;&#x3092;&#x8868;&#x3059;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3001; &#x26;quot;&#x30AA;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9;&#x26;quot;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306F;&#x3001;&#x6D77;&#x6D0B;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x305F;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x306E;&#x7406;&#x89E3;&#x3092;&#x5411;&#x4E0A;&#x3055;&#x305B;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x826F;&#x3044;&#x6D3B;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x6DF1;&#x304F;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x6D77;&#x6D0B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;Metatranscriptome&#x306E;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5206;&#x6790;

Metatranscriptomic &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xC758; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; &#xC2DD; (&#xC989;, &#xC0D8;&#xD50C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xAE4A;&#xC774; &#xBC94;&#xC704; &#xAE4A;&#xC774;) &#xCEA1;&#xCCD0; &#xC5B4;&#xB5BB;&#xAC8C; &#xC644;&#xBCBD; &#xD558; &#xAC8C; &#xC5B4;&#xB5A4; &#xC2DD;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0AC;&#xD68C; &#xAC04;&#xC758; &#xCC28;&#xC774; &#xAC10;&#xC9C0;&#xD560; &#xC218; &#xAC10;&#xB3C4;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC744; &#xADDC;&#xC81C; &#xD558;&#xB294; &#xD658;&#xACBD; &#xC694;&#xC778;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5;&#xC744; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; (&#xC989;, &#xAC00;&#xC124;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD1B5;&#xACC4; &#xC804;&#xC6D0;)&#xC758; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC774; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C;&#xB294; &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC2DD; &#xBCC0;&#xD654; &#xC5C6;&#xB294; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC88C;&#xC6B0; &#xC218; &#xBE44;&#xB840; &#xACAC;&#xC801;&#xC5D0; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xC774;&#xC810; &#xC0AC;&#xBCF8; &#xC22B;&#xC790;&#xC758; (&#xB9AC;&#xD130;) &#xB2F9; &#xC808;&#xB300; &#xACAC;&#xC801; &#xD655;&#xC778; &#xB0B4;&#xBD80; &#xD45C;&#xC900; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBBF8;&#xAD6D; &#xB0A8;&#xB3D9;&#xBD80;&#xC758; &#xC5F0;&#xC548; &#xD574; &#xC5ED; &#xBC14;&#xB2F7;&#xBB3C; (&#xC138;&#xADE0;&#xC131; &#xC138;&#xD3EC; &#xB2F9; ~ 200 mRNA &#xBD84;&#xC790;)&#xC758; &#xB9AC;&#xD130; &#xB2F9; 1 &times; 10(12) bacterioplankton mRNA &#xBD84;&#xC790;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568;. &#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC5BB;&#xC740; &#xD070; bacterioplankton &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xC5D0;&#xB3C4; (rRNAs &#xBC0F;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC791;&#xC740; RNAs &#xC0AD;&#xC81C; &#xD6C4; &#xB450; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xC758; &#xAC01; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC778;&#xCF54;&#xB529; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; ~ 500000 &amp;gt; 1&#xB9CC; 454 FLX pyrosequencing &#xC77D;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;), &#xC0D8;&#xD50C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xAE4A;&#xC774; 0.00001%&#xB9CC;. &#xC2DD; &#xC218;&#xC900;&#xC758; 82 &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC9C4;&#xB2E8; &#xD574;&#xC591; &#xC9C8;&#xC18C;, &#xC778; &#xBC0F; &#xC720;&#xD669; &#xC0AC;&#xC774;&#xD074;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC758; &#xBCC0;&#xD658;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAC80;&#xC0C9;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC6D0;&#xAC70;&#xB9AC; (&lt; &#xB9AC;&#xD130; &#xB2F9; 1 &times; &#xC2DC;&#xBBFC;&#xAD8C;&#xC774; &#xC131;&#xC801;&#xD45C;)&#xB97C; 36 &#xC720;&#xC804;&#xC790; (&#xC608;&#xB97C; &#xB4E4;&#xC5B4;, phosphonate &#xC2E0;&#xC9C4; &#xB300;&#xC0AC; &#xC720;&#xC804;&#xC790; phnH, dissimilatory &#xC9C8; &#xC0B0; &#xD658; &#xC6D0; &#xD6A8;&#xC18C; &#xC18C; &#xB2E8;&#xC704; &#xB098;&#xD30C;)&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &amp;gt; &#xB9AC;&#xD130; (&#xC554;&#xBAA8;&#xB2C8;&#xC544; &#xC804;&#xC1A1; amt&#xC640; &#xC554;&#xBAA8;&#xB2C8;&#xC544; monooxygenase &#xC18C; &#xB2E8;&#xC704; amoC) &#xB2F9; 2.7 &times; 10(9) &#xC131;&#xC801;&#xD45C;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098; &#xC2DD; &#xAC10;&#xC9C0; &#xB41C; &#xCE74;&#xD14C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC808;&#xBC18; &#xBE44;&#xAD50; (&#xC2E4;&#xD5D8; &#xB610;&#xB294; &#xC2DC;&#xACC4;&#xC5F4;) &#xC2DD; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0; &#xD544;&#xC694;&#xD55C; &#xAC83;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;, &#xAC15;&#xB825;&#xD55C; &#xD1B5;&#xACC4; &#xD655;&#xC778; &#xBD80;&#xC871; &#xBCF5;&#xC0AC;&#xBCF8; &#xC22B;&#xC790;&#xB97C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC804;&#xCCB4; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD48D;&#xC694;&#xB85C; &#xC6C0;&#xACFC; &#xC2DD; (&#xB2F9; &#xBCFC;&#xB968; &#xB610;&#xB294; &#xD658;&#xACBD; &#xC9C8;&#xB7C9;) &#xC808;&#xB300; &#xB2E8;&#xC704;&#xC5D0;&#xC11C;&#xB97C; &#xB300;&#xD45C; &#xD558; &#xC5EC; &#39;omics&#39; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xBC14;&#xB2E4; microbially &#xC911;&#xC7AC; &#xD504;&#xB85C;&#xC138;&#xC2A4;&#xC758; &#xC774;&#xD574;&#xB97C; &#xAC1C;&#xC120; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xB354; &#xD65C;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xAE4A;&#xC774; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB41C; &#xD574;&#xC591; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; metatranscriptome&#xC758; &#xC815;&#xB7C9; &#xBD84;&#xC11D;.

El potencial de la secuenciaci&#xF3;n metatranscriptomic para proporcionar informaci&#xF3;n sobre los factores ambientales que regulan la actividad de los microorganismos depende de cu&#xE1;n plenamente las bibliotecas de la secuencia de captura de la expresi&#xF3;n de la comunidad (es decir, muestra la secuenciaci&#xF3;n de profundidad y la profundidad de la cobertura), y la sensibilidad con la que las diferencias de expresi&#xF3;n entre las comunidades puede ser detectado (es decir, el poder estad&#xED;stico para la prueba de hip&#xF3;tesis). En este estudio, utilizamos un m&#xE9;todo est&#xE1;ndar interno para hacer absoluta (por litro) estima que de los n&#xFA;meros de la transcripci&#xF3;n, una ventaja significativa sobre las estimaciones proporcionales que pueden estar sesgadas por cambios en la expresi&#xF3;n de genes no relacionados. Las aguas costeras del sudeste de los Estados Unidos contienen 1 &#xD7; 10 (12) las mol&#xE9;culas de ARNm bacterioplancton por litro de agua de mar (~ 200 mol&#xE9;culas de ARNm por la c&#xE9;lula bacteriana). Incluso en el caso de las bibliotecas grandes bacterioplancton obtenidos en este estudio (aproximadamente 500.000 posibles secuencias que codifican prote&#xED;nas en cada una de las dos bibliotecas despu&#xE9;s de descartar rRNAs y ARN peque&#xF1;os de&#x26;gt; 1 mill&#xF3;n 454 pirosecuenciaci&#xF3;n FLX lee), muestra la secuenciaci&#xF3;n de profundidad era s&#xF3;lo el 0,00001%. Los niveles de expresi&#xF3;n de 82 genes de diagn&#xF3;stico para las transformaciones en el nitr&#xF3;geno marina, f&#xF3;sforo y azufre ciclos vari&#xF3; desde abajo de detecci&#xF3;n (&#x26;lt;1 x 10 (6) transcripciones por litro) durante 36 genes (por ejemplo, fosfonato metabolismo gen phnH, dissimilatory nitrato reductasa subunidad napa ) de&#x26;gt; 2,7 x 10 (9) transcripciones por litro de amon&#xED;aco (transportador de la AMT y la AMOC amoniaco monooxigenasa subunidad). La mitad de las categor&#xED;as para las que se detect&#xF3; expresi&#xF3;n, sin embargo, ten&#xED;an el n&#xFA;mero de copias muy pocos para la resoluci&#xF3;n estad&#xED;stico robusto, como ser&#xED;a necesario para estudios de expresi&#xF3;n comparativa (experimentales o series de tiempo-). Al representar la abundancia de toda la comunidad y la expresi&#xF3;n de genes en unidades absolutas (por volumen o masa de medio ambiente), los datos de las &#xF3;micas pueden ser mejor aprovechadas para mejorar la comprensi&#xF3;n de los procesos mediados por microbios en el oc&#xE9;ano.

An&#xE1;lisis cuantitativo de un Metatranscriptome microbiana profundamente Secuenciado Marina

&#x6D77;&#x6D0B;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7531;&#x8F6C;&#x6362;&#x6210; (DMS) &#x6C14;&#x5019;&#x6D3B;&#x6027;&#x6C14;&#x4F53;&#x4E8C;&#x7532;&#x57FA;&#x786B;&#x6EB6;&#x89E3;&#x4E8C;&#x7532;&#x57FA;&#x786B;&#x4E19;&#x9178; (DMSPd) &#x7684;&#x5206;&#x6570;&#x5DEE;&#x522B;&#x6D77;&#x6D0B;&#x91CC;&#xFF0C;&#x786E;&#x5B9A;&#x6B64;&#x503C;&#x4ECD;&#x5F88;&#x5927;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x4E0A;&#x672A;&#x77E5;&#x7684;&#x56E0;&#x7D20;&#x3002;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5F53;&#x524D;&#x5047;&#x8BBE;&#x662F; DMS &#x5F62;&#x6210;&#x7684;&#x6BD4;&#x7387;&#xFF1A; DMSP &#x7532;&#x57FA;&#x7531; DMSP &#x7684;&#x53EF;&#x7528;&#x6027;&#xFF0C;&#x53EF;&#x7528;&#x6027;&#x5728;&#x8FD9;&#x4E24;&#x4E2A;&#x7EDD;&#x5BF9;&#x610F;&#x4E49;&#x4E0A; &#xFF08;&#x5373;&#x5728;&#x6D77;&#x6C34;&#x4E2D;&#x7684;&#x6D53;&#x5EA6;&#xFF09; &#x5728;&#x76F8;&#x5BF9;&#x7684;&#x610F;&#x4E49;&#x4E0A; &#xFF08;&#x5373;&#x6309;&#x6BD4;&#x4F8B;&#x5411;&#x5176;&#x5B83;&#x4E0D;&#x8010;&#x70ED;&#x7684;&#x6709;&#x673A; S &#x5316;&#x5408;&#x7269;&#xFF09; &#x63D0;&#x8BAE;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x5173;&#x952E;&#x7684;&#x56E0;&#x7D20;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5728;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x6D6E;&#x6E38;&#x690D;&#x7269;&#x5F00;&#x82B1;&#xFF0C;&#x4F7F;&#x7528;&#x9488;&#x5BF9; DMSP &#x76F8;&#x5173;&#x57FA;&#x56E0;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7684; Roseobacter &#x8FDB;&#x5316;&#xFF0C;&#x5047;&#x8BBE;&#x5728;&#x53D1;&#x6325;&#x91CD;&#x8981;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x8868;&#x9762;&#x6D77;&#x6D0B;&#x7EC4;&#x6210;&#x5458;&#x4E2D;&#x7684;&#x7279;&#x5B9A;&#x5206;&#x7C7B;&#x7684;&#x82AF;&#x7247;&#x786B;&#x5FAA;&#x73AF;&#x548C;&#x597D;&#x7531;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x671F;&#x95F4;&#x8C03;&#x67E5;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6A21;&#x578B;&#x3002;&#x8BE5;&#x6570;&#x7EC4;&#x5305;&#x62EC; 1578&#x5E74; 431 &#x57FA;&#x56E0;&#x63A2;&#x9488;&#x548C;&#x65E8;&#x5728;&#x901A;&#x8FC7;&#x4F7F;&#x7528;&#x57FA;&#x4E8E; 13 &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x5206;&#x5C42;&#x63A2;&#x9488;&#x8BBE;&#x8BA1;&#x76EE;&#x6807;&#x5728;&#x5929;&#x7136;&#x6D77;&#x6C34;&#x4E2D;&#x7684;&#x591A;&#x6837; Roseobacter &#x793E;&#x533A;&#x3002;Roseobacter &#x57FA;&#x56E0;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7684;&#x666E;&#x904D;&#x6A21;&#x5F0F;&#x663E;&#x793A;&#x76F8;&#x5BF9;&#x8017;&#x7AED; DMSP &#x76F8;&#x5173;&#x7B14;&#x5F55;&#x7684;&#x7EFD;&#x653E;&#xFF0C;&#x5C3D;&#x7BA1;&#x589E;&#x52A0;&#x7EDD;&#x5BF9;&#x6D53;&#x5EA6;&#x548C;&#x901A;&#x91CF;&#x7684; DMSP &#x6709;&#x5173;&#x7684;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x7684;&#x9AD8;&#x5CF0;&#x671F;&#x3002;DMSPd &#x56E0;&#x6B64;&#x4F3C;&#x4E4E;&#x88AB;&#x5438;&#x6536; Roseobacter &#x4EBA;&#x53E3;&#x6BD4;&#x4F8B;&#x7684;&#x6709;&#x673A;&#x8D28;&#x6C60; (&#39;&#x76F8;&#x5BF9;&#x610F;&#x4E49;&#x4E0A;&#x5047;&#x8BF4;&#xFF09;&#xFF0C;&#x5176;&#x76F8;&#x5BF9;&#x4E30;&#x5EA6;&#x800C;&#x4E0D;&#x88AB;&#x540C;&#x5316;&#xFF0C;&#x800C;&#x4E0D;&#x662F;&#x4EA7;&#x751F;&#x5728;&#x5F00;&#x82B1;&#x5176;&#x4ED6;&#x4E0D;&#x8010;&#x70ED;&#x6709;&#x673A;&#x786B;&#x6216;&#x78B3;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x3002;Roseobacter &#x793E;&#x4F1A;&#x4E2D;&#x53BB;&#x7532;&#x57FA;&#x786B;&#x4EE3;&#x751C;&#x83DC;&#x78B1;&#x7684;&#x76F8;&#x5BF9;&#x6295;&#x8D44;&#x4E0D;&#x662F;&#x53EF;&#x7528;&#x4E8E;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684; DMS &#x6697;&#x793A;&#x53EF;&#x80FD;&#x6D89;&#x53CA;&#x591A;&#x4E2A;&#x5206;&#x7C7B;&#x7FA4;&#x548C; DMSPd &#x7684;&#x66FF;&#x4EE3;&#x547D;&#x8FD0;&#x7684;&#x590D;&#x6742;&#x7BA1;&#x7406;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x5F62;&#x6210;&#x7684;&#x3002;

&#x901A;&#x8FC7;&#x4F7F;&#x7528;&#x7279;&#x5B9A;&#x5206;&#x7C7B;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x57FA;&#x56E0;&#x82AF;&#x7247;&#x7684; Roseobacter &#x793E;&#x533A;&#x786B;&#x76F8;&#x5173;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x3002;

The fraction of dissolved dimethylsulfoniopropionate (DMSPd) converted by marine bacterioplankton into the climate-active gas dimethylsulfide (DMS) varies widely in the ocean, with the factors that determine this value still largely unknown. One current hypothesis is that the ratio of DMS formation: DMSP demethylation is determined by DMSP availability, with 'availability' in both an absolute sense (i.e. concentration in seawater) and in a relative sense (i.e. proportionally to other labile organic S compounds) proposed as the critical factor. We investigated these models during an experimentally induced phytoplankton bloom using a taxon-specific microarray targeting DMSP-related gene transcription in members of the Roseobacter clade, a group hypothesized to play an important role in the surface ocean sulfur cycle and well represented by genome sequences. The array consisted of 1578 probes to 431 genes and was designed to target diverse Roseobacter communities in natural seawater by using hierarchical probe design based on 13 genome sequences. The prevailing pattern of Roseobacter gene transcription showed relative depletion of DMSP-related transcripts during the peak of the bloom, despite increasing absolute concentrations and flux of DMSP-related compounds. DMSPd thus appeared to be assimilated by Roseobacter populations in proportion to its relative abundance in the organic matter pool (the 'relative sense' hypothesis), rather than assimilated in preference to other labile organic sulfur or carbon compounds produced during the bloom. The relative investment of the Roseobacter community in DMSP demethylation was not useful for predicting the formation of DMS, however, suggesting a complex regulatory process that may involve multiple taxa and alternative fates of DMSPd.

Analysis of sulfur-related transcription by Roseobacter communities using a taxon-specific functional gene microarray.

La fraction du dim&#xE9;thylsulfoniopropionate dissous (DMSPd) converti par bact&#xE9;rioplancton marin dans le sulfure de dim&#xE9;thyle climatique li&#xE9; aux gaz actif (DMS) varie consid&#xE9;rablement dans l&#x26;#39;oc&#xE9;an, avec les facteurs qui d&#xE9;terminent cette valeur encore largement inconnu. Une hypoth&#xE8;se actuelle est que le ratio de la formation DMS: d&#xE9;m&#xE9;thylation DMSP est d&#xE9;termin&#xE9; par la disponibilit&#xE9; DMSP, avec &#xAB;disponibilit&#xE9;&#xBB; &#xE0; la fois dans un sens absolu (c.-&#xE0;-concentration dans l&#x26;#39;eau de mer) et dans un sens relatif (c.-&#xE0;-proportionnellement &#xE0; d&#x26;#39;autres compos&#xE9;s organiques labiles S) propos&#xE9; que le facteur critique. Nous avons &#xE9;tudi&#xE9; ces mod&#xE8;les au cours d&#x26;#39;une prolif&#xE9;ration du phytoplancton induite exp&#xE9;rimentalement &#xE0; l&#x26;#39;aide d&#x26;#39;un micror&#xE9;seau taxon ciblage sp&#xE9;cifique la transcription des g&#xE8;nes DMSP li&#xE9;e &#xE0; des membres de la clade Roseobacter, un groupe suppos&#xE9; jouer un r&#xF4;le important dans le cycle du soufre surface de l&#x26;#39;oc&#xE9;an et bien repr&#xE9;sent&#xE9;s par des s&#xE9;quences du g&#xE9;nome. Le tableau se composait de 1578 sondes &#xE0; 431 g&#xE8;nes et a &#xE9;t&#xE9; con&#xE7;u pour cibler diverses communaut&#xE9;s Roseobacter dans l&#x26;#39;eau de mer naturelle en utilisant conception de la sonde hi&#xE9;rarchique bas&#xE9; sur 13 s&#xE9;quences g&#xE9;nomiques. Le mod&#xE8;le dominant de la transcription du g&#xE8;ne a montr&#xE9; Roseobacter appauvrissement relatif du DMSP li&#xE9;es transcriptions pendant le pic de la floraison, en d&#xE9;pit de l&#x26;#39;augmentation des concentrations absolues et des flux de DMSP compos&#xE9;s apparent&#xE9;s. DMSPd semble donc &#xEA;tre assimil&#xE9;e par les populations Roseobacter en proportion de sa relative abondance dans le pool de mati&#xE8;re organique (hypoth&#xE8;se du &#xAB;sens relatif&#xBB;), plut&#xF4;t que dans assimil&#xE9; pr&#xE9;f&#xE9;rence &#xE0; d&#x26;#39;autres le soufre organique labile ou de carbone des compos&#xE9;s produits au cours de la floraison. L&#x26;#39;investissement relatif de la communaut&#xE9; Roseobacter la d&#xE9;m&#xE9;thylation de DMSP n&#x26;#39;&#xE9;tait pas utile pour pr&#xE9;dire la formation de DMS, toutefois, sugg&#xE9;rant un processus r&#xE9;glementaire complexe qui peut impliquer taxons multiples et destins alternatifs de DMSPd.

Analyse de soufre li&#xE9;s &#xE0; la transcription par les collectivit&#xE9;s Roseobacter l&#x26;#39;aide d&#x26;#39;un micror&#xE9;seau taxon g&#xE8;ne fonctionnel

Der Anteil der gel&ouml;sten Dimethylsulfoniumpropionats (DMSPd) in der Klima-aktiv-Gas-Dimethylsulfide (DMS) von marine Bacterioplankton umgewandelt unterschiedlich im Ozean, mit den Faktoren, die bestimmen, dieser Wert noch weitgehend unbekannt. Eine aktuelle Hypothese ist, dass das Verh&auml;ltnis der DMS-Formation: DMSP Demethylierung wird bestimmt durch DMSP-Verf&uuml;gbarkeit, mit &quot;Verf&uuml;gbarkeit&quot; beide absolut gesehen (d. h. Konzentration im Meerwasser) und im relativen Sinne (d.h. proportional Verbindungen zu anderen zersetzliche Bio S) als der entscheidende Faktor vorgeschlagen. Wir untersuchten diese Modelle w&auml;hrend einer experimentell induzierten Phytoplankton Bl&uuml;te mit ein Taxon-spezifische Microarray Zielgruppenadressierung DMSP-bezogene gen-Transkription in Mitgliedern der Roseobacter-Klade, eine Gruppe, die Hypothese um zu spielen eine wichtige Rolle in der Oberfl&auml;che Ozean Schwefel Zyklus und von Genomsequenzen gut vertreten. Das Array bestand aus 1578 Sonden auf 431 Gene und wurde entwickelt, um die verschiedene Roseobacter-Gemeinschaften im nat&uuml;rlichen Meerwasser Ziel mithilfe von hierarchischen Sonde Design basierend auf 13 Genomsequenzen. Das vorherrschende Muster der Roseobacter-gen-Transkription zeigte relative Verarmung der DMSP-bezogene Mitschriften w&auml;hrend der Spitze der Bl&uuml;te, trotz steigender absolute Konzentration und Flussmittel DMSP-bezogene Verbindungen. DMSPd also schien von Roseobacter-Populationen im Verh&auml;ltnis zu ihre relative H&auml;ufigkeit im Pool organischer Substanz (die &quot;relative Sense&quot; Hypothese) gleichgestellt werden, eher als Vorzug vor anderen zersetzliche organischen Schwefel oder Kohlenstoff-Verbindungen, produziert w&auml;hrend der Bl&uuml;te assimiliert. Die relative Investition der Roseobacter-Gemeinschaft in DMSP Demethylierung war nicht n&uuml;tzlich f&uuml;r die Vorhersage der Bildung von DMS, jedoch schl&auml;gt einen komplexen regulatorischen Prozess, der mehrere Taxa und alternative Schicksale der DMSPd hindeuten k&ouml;nnten.

Schwefel-bezogene Transkription von Roseobacter-Gemeinschaften, die mit einem Taxon-spezifische funktionelle gen Microarray Analyse.

La frazione di disciolto dimethylsulfoniopropionate (DMSPd) trasformata da Marino bacterioplankton il clima-active gas dimethylsulfide (DMS) varia ampiamente nell&#39;oceano, con i fattori che determinano questo valore ancora in gran parte sconosciuto. Una delle ipotesi corrente &egrave; che il rapporto di formazione DMS: demetilazione DMSP &egrave; determinata dalla disponibilit&agrave; DMSP, con &#39;disponibilit&agrave;&#39; in entrambi un senso assoluto (cio&egrave; la concentrazione nell&#39;acqua di mare) e in un certo senso relativo (cio&egrave; proporzionalmente per altri labile S organici composti) proposto come il fattore critico. Abbiamo studiato questi modelli durante una fioritura fitoplancton indotta sperimentalmente usando un microarray specifico del taxon targeting DMSP-related gene transcription in membri del clade Roseobacter, un gruppo che ipotizzato un ruolo importante nell&#39;oceano superficie ciclo di zolfo e ben rappresentati da sequenze di genoma. La matrice ha consistito del 1578 sonde a 431 geni ed &egrave; stata progettata per diverse comunit&agrave; Roseobacter in acqua di mare naturale di destinazione utilizzando Progettazione sonda gerarchica basata su sequenze di genoma 13. Il modello prevalente della trascrizione del gene Roseobacter ha mostrato relativo impoverimento del DMSP-relative trascrizioni durante il picco della fioritura, nonostante la crescente concentrazione assolute e flusso di composti correlati DMSP. DMSPd cos&igrave; sembrava essere assimilato dalle popolazioni Roseobacter in proporzione alla sua abbondanza relativa del pool di materia organica (l&#39;ipotesi &#39;relativo senso&#39;), piuttosto che assimilato preferenza ad altri labile zolfo o carbonio organici prodotte durante la fioritura. Il relativo investimento della Comunit&agrave; Roseobacter nella demetilazione DMSP non era utile per prevedere la formazione di DMS, tuttavia, suggerendo un processo normativo complesso che pu&ograve; coinvolgere pi&ugrave; taxa e destini alternativi di DMSPd.

Analisi della trascrizione correlati a zolfo dalle comunit&agrave; Roseobacter usando un microarray gene funzionale specifico del taxon.

&#x6C17;&#x5019;&#x6D3B;&#x6027;&#x30AC;&#x30B9;&#x306E;&#x786B;&#x5316;&#x30B8;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#xFF08;DMS&#xFF09;&#x306B;&#x6D77;&#x6D0B;bacterioplankton&#x5909;&#x63DB;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x6EB6;&#x89E3;&#x30B8;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x30B9;&#x30EB;&#x30DB;&#x30CB;&#x30AA;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D4;&#x30AA;&#x30F3;&#x9178;&#xFF08;DMSPd&#xFF09;&#x306E;&#x5272;&#x5408;&#x306F;&#x3001;&#x307E;&#x3060;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x672A;&#x77E5;&#x306E;&#x3053;&#x306E;&#x5024;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x8981;&#x56E0;&#x3067;&#x3001;&#x6D77;&#x3067;&#x5927;&#x304D;&#x304F;&#x7570;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002; One&#x73FE;&#x5728;&#x306E;&#x4EEE;&#x8AAC;&#x306F;&#x3001;DMS&#x5F62;&#x6210;&#x306E;&#x305D;&#x306E;&#x6BD4;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;DMSP&#x8131;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x306F;&#x7D76;&#x5BFE;&#x7684;&#x306A;&#x610F;&#x5473;&#xFF08;&#x6D77;&#x6C34;&#x3059;&#x306A;&#x308F;&#x3061;&#x6FC3;&#x5EA6;&#xFF09;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x3067;&#x3001;&#x76F8;&#x5BFE;&#x7684;&#x306A;&#x610F;&#x5473;&#x3067; &#x26;quot;&#x53EF;&#x7528;&#x6027;&#x26;quot;&#xFF08;&#x6BD4;&#x4F8B;&#x3057;&#x3066;&#x4ED6;&#x306E;&#x4E0D;&#x5B89;&#x5B9A;&#x306A;&#x6709;&#x6A5F;S&#x306E;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x3078;&#x306E;&#x3064;&#x307E;&#x308A;&#xFF09;&#x3092;&#x63D0;&#x6848;&#x3057;&#x3066;&#x3001;DMSP&#x53EF;&#x7528;&#x6027;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x6C7A;&#x307E;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x8981;&#x7D20;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;Roseobacter&#x306E;&#x30AF;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C9;&#x306E;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x6D77;&#x6D0B;&#x8868;&#x5C64;&#x306E;&#x786B;&#x9EC4;&#x30B5;&#x30A4;&#x30AF;&#x30EB;&#x3067;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x679C;&#x305F;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3068;&#x4EEE;&#x5B9A;&#x3057;&#x3066;&#x3082;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x3067;&#x8868;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x57FA;&#x3067;DMSP&#x95A2;&#x9023;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x3092;&#x6A19;&#x7684;&#x3068;&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x56FA;&#x6709;&#x306E;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x3066;&#x5B9F;&#x9A13;&#x7684;&#x306B;&#x8A98;&#x767A;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x690D;&#x7269;&#x30D7;&#x30E9;&#x30F3;&#x30AF;&#x30C8;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EB;&#x30FC;&#x30E0;&#x6642;&#x306B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3092;&#x691C;&#x8A0E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x914D;&#x5217;&#x306F;&#x3001;1578&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D6;&#x3078;&#x306E;431&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x304B;&#x3089;&#x69CB;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x3001;13&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x968E;&#x5C64;&#x7684;&#x306A;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D6;&#x8A2D;&#x8A08;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x81EA;&#x7136;&#x6D77;&#x6C34;&#x4E2D;&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x306A;Roseobacter&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x3092;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306B;&#x8A2D;&#x8A08;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; Roseobacter&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x306E;&#x6709;&#x529B;&#x306A;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;DMSP-&#x95A2;&#x9023;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x306E;&#x7D76;&#x5BFE;&#x6FC3;&#x5EA6;&#x3068;&#x30D5;&#x30E9;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x3092;&#x5897;&#x52A0;&#x3055;&#x305B;&#x308B;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x3001;&#x6E80;&#x958B;&#x306E;&#x30D4;&#x30FC;&#x30AF;&#x6642;DMSP&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x8EE2;&#x5199;&#x7269;&#x306E;&#x76F8;&#x5BFE;&#x7684;&#x306A;&#x67AF;&#x6E07;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3002; DMSPd&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;Roseobacter&#x6709;&#x6A5F;&#x7269;&#x30D7;&#x30FC;&#x30EB;&#xFF08; &#x26;#39;&#x76F8;&#x5BFE;&#x7684;&#x306A;&#x610F;&#x5473;&#x3067; &#x26;quot;&#x4EEE;&#x8AAC;&#xFF09;&#x3067;&#x306E;&#x76F8;&#x5BFE;&#x5B58;&#x5728;&#x91CF;&#x306B;&#x6BD4;&#x4F8B;&#x3057;&#x3066;&#x96C6;&#x56E3;&#x3067;&#x306F;&#x306A;&#x304F;&#x3001;&#x6E80;&#x958B;&#x6642;&#x306B;&#x7523;&#x751F;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x4ED6;&#x306E;&#x4E0D;&#x5B89;&#x5B9A;&#x306A;&#x6709;&#x6A5F;&#x786B;&#x9EC4;&#x3084;&#x70AD;&#x7D20;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x306B;&#x512A;&#x5148;&#x7684;&#x306B;&#x540C;&#x5316;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x540C;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x767B;&#x5834;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002; DMSP&#x8131;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x3067;Roseobacter&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x306E;&#x76F8;&#x5BFE;&#x7684;&#x306A;&#x6295;&#x8CC7;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x3068;DMSPd&#x306E;&#x4EE3;&#x66FF;&#x904B;&#x547D;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x898F;&#x5236;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3001;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;DMS&#x306E;&#x5F62;&#x6210;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x6709;&#x7528;&#x3067;&#x306F;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3067;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x306B;&#x56FA;&#x6709;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x3092;&#x7528;&#x3044;Roseobacter&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x786B;&#x9EC4;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x8EE2;&#x5199;&#x306E;&#x89E3;&#x6790;

&#xAE30;&#xD6C4; &#xD65C;&#xC131; &#xAC00;&#xC2A4; dimethylsulfide (&#xB514; &#xC5E0;&#xC5D0; &#xC2A4;)&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD574;&#xC591; bacterioplankton &#xBCC0;&#xD658; &#xB179;&#xC544; dimethylsulfoniopropionate (DMSPd)&#xC758; &#xBD84;&#xC218; &#xC5EC;&#xC804;&#xD788; &#xD06C;&#xAC8C; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C0;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740;&#xC774; &#xAC12;&#xC744; &#xACB0;&#xC815; &#xD558;&#xB294; &#xC694;&#xC18C;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xBC14;&#xB2E4;&#xC5D0; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD558; &#xAC8C; &#xB2E4;&#xB985;&#xB2C8;&#xB2E4;. 1 &#xD604;&#xC7AC; &#xAC00;&#xC124;&#xC740; DMS &#xD615;&#xC131;&#xC758; &#xBE44;&#xC728;: DMSP demethylation &#xB450; &#xC808;&#xB300; &#xC758;&#xBBF8; (&#xC989;, &#xD574; &#xC218;&#xC758; &#xB18D;&#xB3C4;)&#xC5D0;&#xC11C; &#39;&#xAC00;&#xC6A9;&#xC131;&#39; DMSP &#xAC00;&#xC6A9;&#xC131;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xACB0;&#xC815; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBC0F; &#xC0C1;&#xB300;&#xC801; &#xC758;&#xBBF8;&#xC5D0;&#xC11C; (&#xC989;, &#xBE44;&#xB840;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC815;&#xD55C; &#xC720;&#xAE30; S &#xB2E4;&#xB978; &#xD654;&#xD569;&#xBB3C;) &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC694;&#xC778;&#xC73C;&#xB85C; &#xC81C;&#xC548;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC720;&#xB3C4; &#xB41C; &#xC2DD;&#xBB3C;&#xC131; &#xD50C;&#xB791;&#xD06C;&#xD1A4; &#xAF43; taxon &#xD2B9;&#xC815; microarray DMSP &#xAD00;&#xB828; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC804;&#xC0AC; Roseobacter clade hypothesized &#xD45C;&#xBA74; &#xBC14;&#xB2E4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xD558;&#xB294; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC758; &#xD68C;&#xC6D0;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC744; &#xB300;&#xC0C1;&#xC73C;&#xB85C; &#xC720;&#xD669; &#xC8FC;&#xAE30; &#xBC0F; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC798; &#xD45C;&#xD604; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xBAA8;&#xB378;&#xC744; &#xC870;&#xC0AC; &#xD588;&#xB2E4;. &#xBC30;&#xC5F4;&#xACFC; 431 &#xC720;&#xC804;&#xC790; 1578 &#xD504;&#xB85C;&#xBE0C; &#xAD6C;&#xC131; &#xB418;&#xC5B4; 13 &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAE30;&#xBC18; &#xACC4;&#xCE35;&#xC801; &#xD504;&#xB85C;&#xBE0C; &#xB514;&#xC790;&#xC778;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC790;&#xC5F0; &#xD574; &#xC218;&#xC5D0; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; Roseobacter &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xB97C; &#xB300;&#xC0C1;&#xC73C;&#xB85C; &#xC124;&#xACC4; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. Roseobacter &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC804;&#xC0AC;&#xC758; &#xC9C0;&#xBC30;&#xC801; &#xD328;&#xD134; &#xC808;&#xB300; &#xB18D;&#xB3C4; &#xBC0F; DMSP &#xAD00;&#xB828; &#xD654;&#xD569;&#xBB3C;&#xC758; &#xC720;&#xB7C9; &#xC99D;&#xAC00;&#xB3C4; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0; &#xAF43;&#xC758; &#xC808;&#xC815; &#xB3D9;&#xC548; DMSP &#xAD00;&#xB828; &#xB179;&#xCDE8; &#xB85D;&#xC758; &#xC0C1;&#xB300; &#xACE0;&#xAC08;&#xC744; &#xBCF4;&#xC600;&#xB2E4;. DMSPd &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; &#xC720;&#xAE30; &#xBB3C; &#xD480; (&#39;&#xC0C1;&#xB300;&#xC801;&#xC778; &#xC758;&#xBBF8;&#39; &#xAC00;&#xC124;)&#xC758; &#xC0C1;&#xB300;&#xC801; &#xD48D;&#xC694;&#xC5D0; &#xBE44;&#xB840;&#xD558;&#xC5EC; Roseobacter &#xC778;&#xAD6C;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xB3D9;&#xD654; &#xB420; &#xAC83;&#xC73C;&#xB85C; &#xBCF4;&#xC778;&#xB2E4; &#xBCF4;&#xB2E4;&#xB294; &#xB2E4;&#xB978; &#xC815;&#xD55C; &#xC720;&#xAE30; &#xD669; &#xB610;&#xB294; &#xD0C4;&#xC18C; &#xD654;&#xD569;&#xBB3C; &#xD53C; &#xB3D9;&#xC548; &#xC0DD;&#xC0B0; &#xB418;&#xB294; &#xB300;&#xC2E0; &#xB3D9;&#xD654;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098; DMSP demethylation&#xC758; Roseobacter &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC758; &#xC0C1;&#xB300;&#xC801; &#xD22C;&#xC790;&#xB294; DMS, &#xC81C;&#xC548; &#xD558;&#xB294; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xAC1C;&#xC758; taxa &#xBC0F; Dmspd&#xC758; &#xB300;&#xCCB4; &#xC6B4;&#xBA85;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xADDC;&#xC81C; &#xD504;&#xB85C;&#xC138;&#xC2A4;&#xC758; &#xD615;&#xC131;&#xC744; &#xC608;&#xCE21; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xC720;&#xC6A9; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Taxon &#xAD00;&#xB828; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC131; &#xC720;&#xC804;&#xC790; microarray&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; Roseobacter &#xC9C0;&#xC5ED; &#xC0AC;&#xD68C;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD544; &#xC0AC; &#xD669; &#xAD00;&#xB828; &#xBD84;&#xC11D;.

La fracci&#xF3;n de dimethylsulfoniopropionate disuelto (DMSPd) convertido por bacterioplancton marino de gas sulfuro de dimetilo en el clima activo (DMS) es muy variable en el oc&#xE9;ano, con los factores que determinan este valor a&#xFA;n no se conocen. Una hip&#xF3;tesis actual es que la relaci&#xF3;n de la formaci&#xF3;n de DMS: desmetilaci&#xF3;n DMSP se determina por la disponibilidad de DMSP, con &#x26;quot;disponibilidad&#x26;quot; tanto en un sentido absoluto (es decir, la concentraci&#xF3;n en agua de mar) y en un sentido relativo (es decir, proporcionalmente a los compuestos org&#xE1;nicos otro l&#xE1;bil S) propuso como el factor cr&#xED;tico. Hemos investigado estos modelos durante un florecimiento de fitoplancton inducida experimentalmente mediante un microarray de cada tax&#xF3;n objetivo DMSP relacionada con la transcripci&#xF3;n de genes en los miembros del clado Roseobacter, un grupo cree que juega un papel importante en el ciclo de la superficie de azufre al mar y muy bien representada por las secuencias del genoma. El arreglo consisti&#xF3; en 1578 a 431 sondas de los genes y fue dise&#xF1;ado para atacar las diversas comunidades Roseobacter en agua de mar natural mediante el uso de dise&#xF1;o de la sonda jer&#xE1;rquico basado en 13 secuencias del genoma. El patr&#xF3;n predominante de la transcripci&#xF3;n de genes Roseobacter mostr&#xF3; el agotamiento relativo de DMSP relacionados con las transcripciones durante el pico de la floraci&#xF3;n, a pesar de aumento de las concentraciones absolutas y de flujo de DMSP compuestos relacionados. DMSPd lo que parec&#xED;a ser asimilados por las poblaciones Roseobacter en proporci&#xF3;n a su abundancia relativa en la piscina de la materia org&#xE1;nica (la hip&#xF3;tesis del &#x26;quot;sentido relativo&#x26;quot;), en lugar de asimilarse con preferencia a otros de azufre l&#xE1;biles org&#xE1;nica o compuestos de carbono producidas durante la floraci&#xF3;n. La inversi&#xF3;n relativa de la comunidad en la desmetilaci&#xF3;n Roseobacter DMSP no era &#xFA;til para predecir la formaci&#xF3;n de DMS, sin embargo, lo que sugiere un proceso complejo normativo que puede implicar taxones m&#xFA;ltiples y destinos alternativos de DMSPd.

El an&#xE1;lisis de azufre relacionadas con la transcripci&#xF3;n por Comunidades Roseobacter mediante un microarray de cada tax&#xF3;n gen funcional

&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x6D88;&#x8017;&#x5149;&#x5408;&#x4F5C;&#x7528;&#x56FA;&#x5B9A;&#x7684;&#x78B3;&#x5728;&#x6D77;&#x6D0B;&#x4E2D;&#x5F88;&#x5927;&#x6BD4;&#x4F8B;&#xFF0C;&#x63A7;&#x5236;&#x5176;&#x751F;&#x7269;&#x5730;&#x7403;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x547D;&#x8FD0;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7528;&#x4E8E;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x7684; metatranscriptomics &#x65B9;&#x6CD5;&#x6BD4;&#x8F83;&#x7EC6;&#x83CC;&#x6D3B;&#x52A8;&#x8BE5;&#x8DEF;&#x7EBF;&#x80FD;&#x91CF;&#x548C;&#x8425;&#x517B;&#x7D20;&#x5728;&#x4E0E;&#x975E;&#x5F00;&#x82B1;&#x6761;&#x4EF6;&#x76F8;&#x6BD4;&#x6D6E;&#x6E38;&#x690D;&#x7269;&#x5F00;&#x82B1;&#x3002;mRNAs &#x88AB;&#x4ECE;&#x91CD;&#x590D;&#x5F00;&#x82B1;&#x548C;&#x63A7;&#x5236;&#x7F29;&#x5F71;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6D6E;&#x6E38;&#x690D;&#x7269;&#x751F;&#x7269;&#x91CF;&#x8FBE;&#x5230;&#x9AD8;&#x5CF0;&#x540E;, 1 &#x5929;&#x548C;&#x6210;&#x7EE9;&#x5355;&#x526F;&#x672C;&#x6BCF;&#x516C;&#x5347;&#x6D77;&#x6C34;&#x8BA1;&#x7B97;&#x4F7F;&#x7528;&#x5185;&#x90E8;&#x7684; mRNA &#x6C34;&#x5E73;&#x3002;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7EC4;&#x5206;&#x6790;&#x63ED;&#x793A;&#x6F5C;&#x5728;&#x65B0;&#x578B;&#x673A;&#x5236;&#x63D0;&#x9AD8;&#x6548;&#x7387;&#x70AD;&#x7D20;&#x6709;&#x9650;&#x8D23;&#x4EFB;&#x516C;&#x53F8;&#x751F;&#x957F;&#xFF0C;&#x901A;&#x8FC7;&#x819C;&#x7ED1;&#x5B9A; pyrophosphatases &#x4ECB;&#x5BFC;&#x7684;&#x8FC7;&#x7A0B; [V &#x578B; H (+)-&#x8F6C;&#x8FD0; &#xFF1B; hppA] &#xFF1B;&#x5E03;&#x9C81;&#x59C6;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x53C2;&#x52A0;&#x4E86;&#x5728;&#x6E05;&#x7406;&#x975E;&#x5E03;&#x9C81;&#x59C6;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#xFF0C;&#x4E0E;&#x6709;&#x673A;&#x57FA;&#x8D28;&#x7684;&#x589E;&#x957F;&#x6536;&#x76CA;&#x7387;&#x7684;&#x5DEE;&#x5F02;&#x53EF;&#x80FD;&#x4EA7;&#x751F;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#x6BD4;&#x6B64;&#x4EE3;&#x8C22;&#x80FD;&#x91CF;&#x8F83;&#x5C11;&#x3002;&#x5E03;&#x9C81;&#x59C6;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x8F6C;&#x5F55;&#x57FA;&#x56E0;&#x9884;&#x6D4B;&#x589E;&#x52A0;&#x7EC6;&#x80DE;&#x8868;&#x9762;&#x7C98;&#x9644;&#xFF0C;&#x4ECB;&#x5BFC;&#x7684;&#x4FE1;&#x53F7;&#x5206;&#x5B50;&#x4E0E;&#x751F;&#x7269;&#x819C;&#x5F62;&#x6210;&#x548C;&#x52A8;&#x529B; &#xFF1B; &#x6709;&#x5173;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7684;&#x53D8;&#x5316;&#x66F4;&#x591A;&#x7684;&#x526F;&#x672C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x53EF;&#x80FD;&#x662F;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x805A;&#x5408;&#x5F62;&#x6210;&#x3002;&#x5E03;&#x9C81;&#x59C6;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x4E5F;&#x8F6C;&#x5F55;&#x57FA;&#x56E0;&#x6709;&#x673A;&#x9178;&#x7684;&#x5229;&#x7528;&#xFF0C;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x589E;&#x52A0;&#x6B64;&#x590D;&#x5408;&#x7C7B;&#x4E73;&#x6E90;&#x6709;&#x673A;&#x7269;&#x91CA;&#x653E;&#x5728;&#x6D6E;&#x6E38;&#x690D;&#x7269;&#x5927;&#x91CF;&#x7E41;&#x6B96;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x4E2D;&#x7684;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x66F4;&#x591A;&#x7684;&#x526F;&#x672C;&#x3002;&#x8F6C;&#x5F55;&#x6A21;&#x5F0F;&#x662F;&#x51FA;&#x5947;&#x5FE0;&#x5B9E;&#x5185;&#x5206;&#x7C7B;&#x5355;&#x4F4D;&#x800C;&#x4E0D;&#x8003;&#x8651;&#x6CBB;&#x7597;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x8868;&#x660E;&#x8BE5;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x5927;&#x81F4;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7FA4;&#x4F53;&#x7684;&#x751F;&#x6001;&#x4F5C;&#x7528;&#x8DE8; &#39;&#x7E41;&#x8363;&#x548C;&#x8427;&#x6761;&#x7684;&#x73AF;&#x5883;&#x80CC;&#x666F;&#x3002;

&#x6D77;&#x6D0B;&#x6D6E;&#x6E38;&#x690D;&#x7269;&#x6C34;&#x534E;&#x671F;&#x95F4;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7FA4;&#x843D;&#x8F6C;&#x5F55;&#x683C;&#x5C40;&#x3002;

Bacterioplankton consume a large proportion of photosynthetically fixed carbon in the ocean and control its biogeochemical fate. We used an experimental metatranscriptomics approach to compare bacterial activities that route energy and nutrients during a phytoplankton bloom compared with non-bloom conditions. mRNAs were sequenced from duplicate bloom and control microcosms 1 day after a phytoplankton biomass peak, and transcript copies per litre of seawater were calculated using an internal mRNA standard. Transcriptome analysis revealed a potential novel mechanism for enhanced efficiency during carbon-limited growth, mediated through membrane-bound pyrophosphatases [V-type H(+)-translocating; hppA]; bloom bacterioplankton participated less in this metabolic energy scavenging than non-bloom bacterioplankton, with possible implications for differences in growth yields on organic substrates. Bloom bacterioplankton transcribed more copies of genes predicted to increase cell surface adhesiveness, mediated by changes in bacterial signalling molecules related to biofilm formation and motility; these may be important in microbial aggregate formation. Bloom bacterioplankton also transcribed more copies of genes for organic acid utilization, suggesting an increased importance of this compound class in the bioreactive organic matter released during phytoplankton blooms. Transcription patterns were surprisingly faithful within a taxon regardless of treatment, suggesting that phylogeny broadly predicts the ecological roles of bacterial groups across 'boom' and 'bust' environmental backgrounds.

Bacterial community transcription patterns during a marine phytoplankton bloom.

Bact&#xE9;rioplancton consomment une grande proportion de carbone fix&#xE9; par la photosynth&#xE8;se dans l&#x26;#39;oc&#xE9;an et de contr&#xF4;ler son destin biog&#xE9;ochimique. Nous avons utilis&#xE9; une approche exp&#xE9;rimentale metatranscriptomics de comparer les activit&#xE9;s bact&#xE9;riennes que l&#x26;#39;&#xE9;nergie et de nutriments au cours de la route un bloom phytoplanctonique par rapport aux non-fleur conditions. ARNm ont &#xE9;t&#xE9; s&#xE9;quenc&#xE9;s &#xE0; partir de la floraison en double et des microcosmes de contr&#xF4;le un jour apr&#xE8;s un pic de biomasse du phytoplancton, et des copies de transcription par litre d&#x26;#39;eau de mer ont &#xE9;t&#xE9; calcul&#xE9;s en utilisant une norme ARNm interne. Analyse du transcriptome a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; un nouveau m&#xE9;canisme potentiel pour une efficacit&#xE9; accrue au cours de carbone limit&#xE9; la croissance, la m&#xE9;diation par le biais li&#xE9;s &#xE0; la membrane pyrophosphatases [V de type H (+)-la translocation; hppa]; bact&#xE9;rioplancton floraison participaient moins &#xE0; cette &#xE9;nergie m&#xE9;tabolique balayage de non prolif&#xE9;ration bact&#xE9;rioplancton , avec des implications possibles pour les diff&#xE9;rences de rendements de croissance sur des substrats organiques. Bact&#xE9;rioplancton Bloom transcrit plus de copies de g&#xE8;nes pr&#xE9;dits pour augmenter l&#x26;#39;adh&#xE9;sivit&#xE9; de surface cellulaire, m&#xE9;di&#xE9; par des changements dans bact&#xE9;riennes mol&#xE9;cules de signalisation associ&#xE9;es &#xE0; la formation de biofilms et la motilit&#xE9;; ceux-ci peuvent jouer un r&#xF4;le important dans la formation d&#x26;#39;agr&#xE9;gats microbienne. Bloom bact&#xE9;rioplancton aussi transcrit plus de copies de g&#xE8;nes pour l&#x26;#39;utilisation des acides organiques, sugg&#xE9;rant une importance accrue de cette classe de compos&#xE9;s dans l&#x26;#39;affaire bior&#xE9;actif organique lib&#xE9;r&#xE9; lors de blooms de phytoplancton. Mod&#xE8;les de transcription ont &#xE9;t&#xE9; &#xE9;tonnamment fid&#xE8;le au sein d&#x26;#39;un taxon peu importe le traitement, ce qui sugg&#xE8;re que la phylog&#xE9;nie pr&#xE9;dit de fa&#xE7;on g&#xE9;n&#xE9;rale les r&#xF4;les &#xE9;cologiques des groupes bact&#xE9;riens dans &#xAB;boom&#xBB; et &#xAB;buste&#xBB; de milieux environnementaux.

Bact&#xE9;riennes Patterns transcription communautaires pendant une Bloom phytoplancton marin

Bacterioplankton verbrauchen einen Gro&szlig;teil der photosynthetically gebundenem Kohlenstoff im Ozean und biogeochemische Schicksal zu kontrollieren. Wir verwendet einen experimentelle Metatranscriptomics-Ansatz, um bakteriellen Aktivit&auml;ten dieser Strecke Energie und N&auml;hrstoffen w&auml;hrend einer Phytoplankton-Bl&uuml;te, die im Vergleich zu nicht-Bloom-Bedingungen zu vergleichen. mRNAs wurden sequenziert von doppelten Bloom und Kontrolle Mikrokosmen 1 Tag nach einem Biomasse-Spitzenwert von Phytoplankton und Transkript Kopien pro Liter Meerwasser wurden anhand eines internen Standards der mRNA. Transkriptom-Analyse ergab einen potenziellen neuen Mechanismus zur Effizienzsteigerung w&auml;hrend Kohlenstoff-begrenzte Wachstum, vermittelt durch Membrane-springen Pyrophosphatases [V-Typ H (+)-translocating; HppA]; Bl&uuml;te Bacterioplankton nahm weniger in diese metabolische Energie Aufr&auml;umen als nicht-Bloom Bacterioplankton, mit m&ouml;glichen Auswirkungen auf Unterschiede im Wachstum Renditen auf organischen Substraten. Bl&uuml;te Bacterioplankton transkribiert mehr Kopien der Gene, die voraussichtlich um Zelle Oberfl&auml;che Haftf&auml;higkeit, vermittelt durch &Auml;nderungen im bakteriellen signalisieren der Molek&uuml;le, die im Zusammenhang mit Biofilm-Bildung und Beweglichkeit der Spermien zu erh&ouml;hen; Diese k&ouml;nnen bei mikrobiellen Aggregat Bildung wichtig sein. Bl&uuml;te Bacterioplankton transkribiert auch weitere Kopien der Gene f&uuml;r organische S&auml;ure Auslastung, was auf eine zunehmende Bedeutung dieser Verbindungsklasse der Bioreactive humusreiche abgesetzte Phytoplankton Bl&uuml;ten. Transkription Muster waren &uuml;berraschend treu innerhalb eines Taxons unabh&auml;ngig von der Behandlung, was darauf hindeutet, dass die Phylogenie weitgehend die &ouml;kologische Rolle der bakteriellen Gruppen &uuml;ber &#39;Boom&#39; und &#39;Bust&#39; &ouml;kologischen Hintergrund prognostiziert.

Bakterielle Gemeinschaft Transkription Muster w&auml;hrend eines marine Phytoplankton-Bl&uuml;te.

Bacterioplankton consumano una grande percentuale di carbonio fotosinteticamente fisso nell&#39;oceano e controllare il suo destino biogeochimico. Abbiamo usato un approccio sperimentale metatranscriptomics confrontare attivit&agrave; batterica che itinerario energia e sostanze nutritive durante una fioritura di fitoplancton rispetto ai non-fioritura. mRNAs sono stati sequenziati da microcosmi bloom e controllo duplicati 1 giorno dopo un picco di biomassa di fitoplancton, e copie di trascrizione per litro di acqua di mare sono state calcolate utilizzando uno standard interno di mRNA. Transcriptome analisi hanno rivelato un meccanismo potenziale romanzo per una maggiore efficienza durante la crescita limitata carbonio, mediata attraverso la membrana-limiti pyrophosphatases [V-tipo H (+)-translocating; hppA]; bacterioplankton Bloom ha partecipato meno questa energia metabolica lo scavenging rispetto a non-fioritura bacterioplankton, con possibili implicazioni per le differenze di resa di crescita su substrati organici. Bloom bacterioplankton trascritto pi&ugrave; copie di geni previsto per aumentare la superficie adesivit&agrave; cellulare, mediata dai cambiamenti in batteri legati alla formazione di biofilm e motilit&agrave;; molecole di segnalazione Questi possono essere importanti nella formazione di aggregati microbici. Bloom bacterioplankton trascritto anche pi&ugrave; copie di geni per utilizzazione di acido organico, suggerendo un aumento dell&#39;importanza di questa classe di composta nella materia organica bioreactive rilasciata durante le fioriture di fitoplancton. Modelli di trascrizione sono stati sorprendentemente fedele all&#39;interno di un taxon indipendentemente dal trattamento, suggerendo che phylogeny largamente predice i ruoli ecologici dei gruppi batterici attraverso contesti ambientali &#39;boom&#39; e &#39;busto&#39;.

Modelli di comunit&agrave; batteriche trascrizione durante una fioritura di fitoplancton marino.

Bacterioplankton&#x306F;&#x3001;&#x6D77;&#x6D0B;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x5149;&#x5408;&#x6210;&#x56FA;&#x5B9A;&#x70AD;&#x7D20;&#x306E;&#x5927;&#x90E8;&#x5206;&#x3092;&#x6D88;&#x8CBB;&#x3057;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x5730;&#x7403;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x904B;&#x547D;&#x3092;&#x5236;&#x5FA1;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x690D;&#x7269;&#x30D7;&#x30E9;&#x30F3;&#x30AF;&#x30C8;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EB;&#x30FC;&#x30E0;&#x6642;&#x306E;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306E;&#x30A8;&#x30CD;&#x30EB;&#x30AE;&#x30FC;&#x3084;&#x6804;&#x990A;&#x7D20;&#x306F;&#x3001;&#x975E;&#x958B;&#x82B1;&#x6761;&#x4EF6;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x3066;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x6D3B;&#x52D5;&#x3092;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3059;&#x308B;&#x5B9F;&#x9A13;&#x7684;&#x306A;metatranscriptomics&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002; mRNA&#x306F;&#x690D;&#x7269;&#x30D7;&#x30E9;&#x30F3;&#x30AF;&#x30C8;&#x30F3;&#x306E;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30DE;&#x30B9;&#x306E;&#x30D4;&#x30FC;&#x30AF;&#x306E;&#x5F8C;&#x306B;&#x91CD;&#x8907;&#x3057;&#x305F;&#x82B1;&#x3068;&#x5236;&#x5FA1;&#x5C0F;&#x5B87;&#x5B99;1&#x65E5;&#x304B;&#x3089;&#x914D;&#x5217;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3001;&#x6D77;&#x6C34;&#x306E;&#x30EA;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EB;&#x5F53;&#x305F;&#x308A;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x306E;&#x30B3;&#x30D4;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x5185;&#x90E8;&#x306E;mRNA&#x306E;&#x6A19;&#x6E96;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x3066;&#x8A08;&#x7B97;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x89E3;&#x6790;&#x306F;&#x3001;&#x819C;&#x7D50;&#x5408;&#x578B;pyrophosphatases&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x5A92;&#x4ECB;&#x70AD;&#x7D20; - &#x9650;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x6210;&#x9577;&#x4E2D;&#x306E;&#x9AD8;&#x52B9;&#x7387;&#x5316;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306A;&#x65B0;&#x898F;&#x306E;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;[V-&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;H&#xFF08;+&#xFF09; - &#x8EE2;&#x4F4D;&#x3092;&#x3001;HPPA];&#x6E80;&#x958B;bacterioplankton&#x306F;&#x3001;&#x975E;&#x958B;&#x82B1;bacterioplankton&#x3088;&#x308A;&#x6383;&#x6C17;&#x3053;&#x306E;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x30A8;&#x30CD;&#x30EB;&#x30AE;&#x30FC;&#x306E;&#x5C11;&#x306A;&#x3044;&#x53C2;&#x52A0;&#x6709;&#x6A5F;&#x57FA;&#x677F;&#x4E0A;&#x306B;&#x6210;&#x9577;&#x5229;&#x56DE;&#x308A;&#x306E;&#x9055;&#x3044;&#x3092;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x610F;&#x5473;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x3002;&#x30D6;&#x30EB;&#x30FC;&#x30E0;bacterioplankton&#x306F;&#x3001;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30D5;&#x30A3;&#x30EB;&#x30E0;&#x306E;&#x5F62;&#x6210;&#x3068;&#x904B;&#x52D5;&#x6027;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x305F;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x30B7;&#x30B0;&#x30CA;&#x30EB;&#x4F1D;&#x9054;&#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x5A92;&#x4ECB;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x7D30;&#x80DE;&#x8868;&#x9762;&#x306E;&#x63A5;&#x7740;&#x6027;&#x3092;&#x5897;&#x52A0;&#x3059;&#x308B;&#x3068;&#x4E88;&#x6E2C;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x30B3;&#x30D4;&#x30FC;&#x3092;&#x8EE2;&#x5199;&#x3057;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306F;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x96C6;&#x5408;&#x4F53;&#x5F62;&#x6210;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x304B;&#x3082;&#x3057;&#x308C;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002; bacterioplankton&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x690D;&#x7269;&#x30D7;&#x30E9;&#x30F3;&#x30AF;&#x30C8;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EB;&#x30FC;&#x30E0;&#x6642;&#x306B;&#x653E;&#x51FA;bioreactive&#x6709;&#x6A5F;&#x7269;&#x3067;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x306E;&#x5897;&#x52A0;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3001;&#x6709;&#x6A5F;&#x9178;&#x306E;&#x5229;&#x7528;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x30B3;&#x30D4;&#x30FC;&#x3092;&#x8EE2;&#x5199;&#x54B2;&#x304F;&#x3002;&#x8EE2;&#x5199;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x304C;&#x5E83;&#x304F; &#x26;#39;&#x30D6;&#x30FC;&#x30E0;&#x26;#39;&#x3068; &#x26;#39;&#x80F8;&#x50CF; &#x26;quot;&#x74B0;&#x5883;&#x7684;&#x80CC;&#x666F;&#x3092;&#x8D8A;&#x3048;&#x3066;&#x7D30;&#x83CC;&#x7FA4;&#x306E;&#x751F;&#x614B;&#x5B66;&#x7684;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3059;&#x308B;&#x793A;&#x5506;&#x306B;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x3001;&#x6CBB;&#x7642;&#x306E;&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x5185;&#x3067;&#x9A5A;&#x304F;&#x307B;&#x3069;&#x5FE0;&#x5B9F;&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x3002;

&#x6D77;&#x6D0B;&#x6027;&#x690D;&#x7269;&#x30D7;&#x30E9;&#x30F3;&#x30AF;&#x30C8;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EB;&#x30FC;&#x30E0;&#x6642;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;

Bacterioplankton photosynthetically &#xACE0;&#xC815;&#xB41C; &#xD0C4;&#xC18C;&#xB294; &#xBC14;&#xB2E4;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC758; &#xD070; &#xBE44;&#xC728;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xACE0; &#xADF8;&#xAC83;&#xC758; &#xD654;&#xD559;&#xC801; &#xC6B4;&#xBA85;&#xC744; &#xC81C;&#xC5B4;. &#xBE14; &#xB8F8; &#xBE44; &#xC870;&#xAC74;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; &#xC2DD;&#xBB3C;&#xC131; &#xD50C;&#xB791;&#xD06C;&#xD1A4; &#xAF43; &#xC911; &#xACBD;&#xB85C; &#xC5D0;&#xB108;&#xC9C0;&#xC640; &#xC601;&#xC591;&#xC18C;&#xB294; &#xC138;&#xADE0; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC744; &#xBE44;&#xAD50; &#xD558;&#xB294; &#xC2E4;&#xD5D8; metatranscriptomics &#xC811;&#xADFC;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. mRNAs &#xC911;&#xBCF5; &#xBE14; &#xB8F8; &#xBC0F; &#xC81C;&#xC5B4; microcosms&#xC5D0;&#xC11C; &#xC2DD;&#xBB3C;&#xC131; &#xD50C;&#xB791;&#xD06C;&#xD1A4; &#xBC14;&#xC774;&#xC624; &#xB9E4;&#xC2A4; &#xD53C;&#xD06C; &#xD6C4; 1 &#xC77C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xD588;&#xB2E4; &#xBC0F; &#xD574; &#xC218;&#xC758; &#xB9AC;&#xD130; &#xB2F9; &#xB300; &#xBCF8; &#xBCF5;&#xC0AC;&#xBCF8; &#xB0B4;&#xBD80; mRNA &#xD45C;&#xC900;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xACC4;&#xC0B0; &#xD588;&#xB2E4;. Transcriptome &#xBD84;&#xC11D; &#xACF5;&#xAC1C; &#xB9C9; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; pyrophosphatases&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xC911;&#xC7AC; &#xD0C4;&#xC18C; &#xC81C;&#xD55C; &#xC131;&#xC7A5; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; &#xD5A5;&#xC0C1; &#xB41C; &#xD6A8;&#xC728;&#xC131;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801;&#xC778; &#xC18C;&#xC124; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998; [V &#xD0C0;&#xC785; H (+)-translocating; hppA]; &#xBE14; &#xB8F8; bacterioplankton&#xC774; &#xB300;&#xC0AC; &#xC5D0;&#xB108;&#xC9C0; &#xC720;&#xAE30; &#xAE30;&#xD310;&#xC5D0; &#xC131;&#xC7A5; &#xC218;&#xC775;&#xB960;&#xC758; &#xCC28;&#xC774; &#xB300; &#xD55C; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xC601;&#xD5A5;&#xC73C;&#xB85C; &#xBE44; &#xBE14; &#xB8F8; bacterioplankton &#xBCF4;&#xB2E4; &#xCCAD;&#xC18C;&#xC5D0; &#xB35C; &#xCC38;&#xAC00;. &#xBE14; &#xB8F8; bacterioplankton &#xBCF5;&#xC0AC;&#xD560; &#xC138;&#xADE0; &#xAD00;&#xB828; biofilm &#xD615;&#xC131; &#xBC0F; &#xC6B4;&#xB3D9; &#xC131;; &#xBD84;&#xC790; &#xC2E0;&#xD638; &#xC804;&#xB2EC;&#xC758; &#xBCC0;&#xD654;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC911;&#xC7AC; &#xB41C; &#xC138;&#xD3EC; &#xD45C;&#xBA74; &#xC811;&#xCC29; &#xB825; &#xC99D;&#xAC00;&#xB97C; &#xC608;&#xCE21; &#xD558;&#xB294; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xBCF5;&#xC0AC;&#xBCF8; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xC9D1;&#xACC4; &#xD615;&#xC131;&#xC5D0; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC788;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBE14; &#xB8F8; bacterioplankton &#xB610;&#xD55C; &#xC2DD;&#xBB3C;&#xC131; &#xD50C;&#xB791;&#xD06C;&#xD1A4; &#xAF43; &#xB3D9;&#xC548; &#xBC1C;&#xD45C; bioreactive &#xC720;&#xAE30; &#xBB3C;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC774; &#xBCF5;&#xD569; &#xD074;&#xB798;&#xC2A4;&#xC758; &#xC99D;&#xAC00; &#xC911;&#xC694;&#xC131; &#xC81C;&#xC548; &#xC720;&#xAE30; &#xC0B0; &#xD65C;&#xC6A9;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xB354; &#xB9CE;&#xC740; &#xBCF5;&#xC0AC;&#xBCF8;&#xC744; &#xBCF5;&#xC0AC;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC804;&#xC0AC; &#xD328;&#xD134; &#xC81C;&#xC548; &#xD558;&#xB294; &#39;&#xBD90;&#39;&#xACFC; &#39;&#xD30C;&#xC0B0;&#39; &#xD658;&#xACBD; &#xBC30;&#xACBD;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC138;&#xADE0; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC758; &#xC0DD;&#xD0DC; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD558; &#xAC8C; &#xD558; &#xAC8C; &#xC608;&#xCE21; &#xD558;&#xB294; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xCE58;&#xB8CC;&#xC5D0; &#xAD00;&#xACC4; &#xC5C6;&#xC774; taxon &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC758;&#xC678;&#xB85C; &#xCDA9;&#xC2E4; &#xD588;&#xB2E4;.

&#xD574;&#xC591; &#xC2DD;&#xBB3C;&#xC131; &#xD50C;&#xB791;&#xD06C;&#xD1A4; &#xAF43; &#xC911; &#xC138;&#xADE0;&#xC131; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; &#xC804;&#xC1A1; &#xD328;&#xD134;.

Bacterioplancton consumen una gran proporci&#xF3;n de carbono fijado fotosint&#xE9;ticamente en el oc&#xE9;ano y controlar su destino biogeoqu&#xED;mico. Hemos utilizado un enfoque metatranscriptomics experimentales para comparar las actividades de bacterias que la energ&#xED;a y los nutrientes durante la ruta de un florecimiento de fitoplancton en comparaci&#xF3;n con los no-floraci&#xF3;n condiciones. mRNAs fueron secuenciados de floraci&#xF3;n duplicado y microcosmos de control un d&#xED;a despu&#xE9;s de un pico de biomasa de fitoplancton, y copias de la transcripci&#xF3;n por litro de agua de mar se calcularon utilizando un est&#xE1;ndar interno de ARNm. Transcriptome an&#xE1;lisis revel&#xF3; un nuevo mecanismo potencial de eficiencia mejorada durante carbono-limitado crecimiento, mediada a trav&#xE9;s unidas a la membrana pirofosfatasas [V-tipo H (+)-translocaci&#xF3;n; hppa]; bacterioplancton floraci&#xF3;n participado menos en esta energ&#xED;a metab&#xF3;lica de barrido de no floraci&#xF3;n bacterioplancton , con posibles implicaciones para las diferencias en los rendimientos de crecimiento sobre sustratos org&#xE1;nicos. Bacterioplancton Bloom transcrito m&#xE1;s copias de genes predichos para aumentar la adhesividad de la superficie celular, mediada por los cambios en bacterianas mol&#xE9;culas de se&#xF1;alizaci&#xF3;n relacionados con la formaci&#xF3;n de biopel&#xED;culas y la motilidad; estos pueden ser importantes en la formaci&#xF3;n de agregados microbiana. Bloom bacterioplancton tambi&#xE9;n transcrito m&#xE1;s copias de genes para la utilizaci&#xF3;n de &#xE1;cidos org&#xE1;nicos, lo que sugiere una mayor importancia de este tipo de compuestos en la materia org&#xE1;nica biorreactivo liberada durante las floraciones de fitoplancton. Patrones de transcripci&#xF3;n fueron sorprendentemente fieles dentro de un tax&#xF3;n, independientemente del tratamiento, lo que sugiere que la filogenia general predice las funciones ecol&#xF3;gicas de los grupos de bacterias a trav&#xE9;s de &#x26;#39;boom&#x26;#39; y &#x26;#39;busto de fondos ambientales.

Johanna Rinta-Kanto

Department of Marine Sciences

University of Georgia (UGA)

Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics

Johanna Rinta-Kanto

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University of Georgia (UGA)

Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics

Department of Marine Sciences