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이 프로토콜에서 우리는 측정하는 방법을 제시 Caenorhabditis 엘레간스 수명.
수명은 몇 가지 유전자 경로에 의해 규제 생물 학적 과정이다. 노화의 생물을 조사하는 한 가지 전략은 동물을 연구하는 것입니다 나이 규제 경로의 구성 요소에 항구 변이. 이러한 변이를 교란 연령 규제 통로의 기능을하기 때문에 전체 유기체의 수명을 변경하는 경우, 그들은 중요한 기계론의 통찰력은 1-3 제공합니다.
수명의 규정을 조사하기 위해 또 다른 전략은 교란 연령 규제 경로에 작은 분자를 사용하는 것입니다. 지금까지 분자의 숫자는 다양한 모델 생물의 수명을 연장하는 것으로 알려져 있으며, 노화 4-16의 생물학을 연구하는 도구로 사용됩니다. 식별 분자의 수는 지금까지 노화의 생물학을 연구에 사용할 수있는 유전자 "도구 모음"에 비해 작습니다.
Caenorhabditis 엘레간스 때문에 우수한 유전 3 주동안 짧은 수명의 노화 연구에 사용되는 주요 모델 중 하나입니다. 최근 C.elegans 때문에 작은 크기와 microtiter 플레이트 성장하는 기능 표현형 기반 약물 화면 5,7,16-20를위한 모델 생물로 등장했다.
여기 우리는 96 잘 microtiter 접시에 C.elegans 수명을 측정하는 분석을 제시한다. 분석은 개발하고 성공적으로 C.elegans 수명 7 연장 분자 대형 라이브러리를 화면으로 사용되었습니다. 분석의 신뢰성은 여러 시험에서 평가되었다 : 첫째, 서로 다른 온도에서 성장 야생 유형 동물의 수명을 측정하여, 두 번째 변경 lifespans과 돌연변이의 수명을 측정하여, 셋째, 서로 다른 농도에 대한 응답으로 수명의 변화를 측정하여 약은 Mirtazepine니다. Mirtazepine 이전 C.elegans 7 수명을 연장하기 위해 표시되었습니다. 이 테스트의 결과는 분석이 다른 assays에서 이전 결과를 복제 할 수 있으며, 양적는 것을 보여줍니다. microtiter 형식은 자동 액체 처리 시스템이 수명 분석 호환 차종과 자동 플랫폼에 통합이 가능합니다.
개요 : 프로토콜은 네 부분으로 나뉩니다. 파트 1은 먹이 박테리아를 준비하는 방법에 대해 설명합니다. 파트 2 웜 문화를 준비하는 방법에 대해 설명합니다. 3 부에서는 수명을 점수하는 방법에 대해 설명합니다. 4 부에서는 몇 가지 대표적인 결과를 보여줍니다, 그리고 제 5 부에 필요한 솔루션을 준비하는 방법에 대해 설명합니다. 수명 실험을 완료하는 데 몇 주가 걸릴. 프로토콜 주간의 각 단계에 대한, 일, 그리고 하루의 시간 계획을 용이하게하기 위해 포함됩니다. L4 단계 (데이 0) 전체 프로토콜에 대한 참조 포인트로 사용됩니다.
1. 수유 박테리아의 준비
이 섹션은 먹이 박테리아의 준비에 대해 설명합니다. 특정 E. 대장균은 OP50라고 C.elegans를 공급하는 데 사용되는 변형. 다른 박테리아와 웜 문화의 교차 오염을 방지하기 위해이 프로토콜을하기 전에, OP50 변형이 Carbenicillin / 암피실린 저항 21하였습니다. 사전에 OP50 4~5일를 준비합니다. OP50과 연락 오는 모든 자료는 멸균해야합니다.
일 -7 : 목요일 (주 1) : 접종 37 박 이상의 단일 OP50 식민지와 부화 ° 세균 통에 C 100 μg / ML 암피실린 및 0.1 μg / ML Amphotericin B를 포함하는 TB 5 ML.
일 -6 : 금요일 (주 1).
아침 8시 반. 문화 충분한 시간이 포화에 도달하도록 초기 접종
2. 동기 웜 문화의 준비
이 섹션은 웜 문화의 준비에 대해 설명합니다. 그 목표는 벌레의 시대 - 동기 인구를 생성하는 것입니다. 5 단계에서 표백제 치료 후 C.elegans와 연락 오는 모든 자료는 멸균해야합니다. 플레이트는 별도로 표시 ° C 않는 20 보관됩니다.
일 -6 : 금요일 (주 1), 오후 4 오후 : 새로운 접시에 동물을 전송
주 -3 : 월요일 (주 2) 오전 10:00 : 동기 인구를 설정
일 -2 : 화요일 (주 2) 12:00 : 접시에 종자 동물
일 0 : 목요일 (주 2) 정오가 : Fluorodeoxyuridine을 추가하여 동물을 소독 (FUDR)
1 일 : 금요일 (주 2) : 문화에 약물을 추가
일 4 : 월요일 (주 3) : 변경 실러스
제 5 일 : 화요일 (주 3) : 기아를 방지하기 위해 새로운 OP50 추가
3. 수명의 점수.
이 섹션은 동물들이 죽을때까지 제 2의 동기 웜 인구의 생존을 감시하는 방법을 설명합니다. 96 잘 접시에있는 동물을 관찰하려면, 2X 또는 2.5x 목적으로 거꾸로 현미경을 사용합니다. 기록 생존 데이터를 일주일에 세 번, 월요일, 수요일, 금요일. 동물이 살아 있거나 죽어있는지를 확인하기 위해 움직임을 사용합니다. 강한 빛, 특히 푸른 불빛이 이동하는 동물을 유도. 분석에서 죽은 동물을 제거하지 마십시오. 때로는 움직이지 않았고 앞의 수가 죽은 결정 동물은 나중에 이동 할 수도 있습니다.
4. 대표 결과.
이 섹션에서는이 분석과 몇 가지 대표적인 결과에 의해 생성되는 수명 데이터의 기록을 유지하는 방법에 대한 예제를 보여줍니다.
그림 1A는이 분석하는 동안 수명 데이터를 기록하는 방법에 대한 예제를 보여줍니다. 엑셀 시트는 생존 각 우물에 인구를 추적하는 데 사용됩니다. 각 잘 들어 그것이 몇달이 좌표의, 스트레인, 마약, 약물의 농도와 일 0에 살아있는 동물의 총 개수는 (X0) 실험의 시작 부분에 기록됩니다. 기록 날짜뿐만 아니라 생활과 죽은 동물의 수를 세 번 각각 잘의 다양한 인구의 생존을 수행하기 위해 주. 그래프 결과를 위해, 매일 매일 살아있는 동물의 분율을 계산하고 일 시간의 함수로 플롯. P - 값은 스타타 또는 이와 유사한 소프트웨어와 같은 통계 패키지를 사용하여 계산해야합니다.
C.elegans의 매체 수명은 온도에 따라 달라집니다. 그림 1B는 수명의 온도 종속 변경 사항이 정확하게 수명 분석 22 기반 microtiter에 의해 복제되는 보여줍니다. 마찬가지로, microtiter 플레이트 분석 야생 타입 N2 동물 23-24 25 (그림 1C)에서 다를 lifespans을보고 돌연변이에서 수명의 변화를 재현한.
분석은 또한 더 많은 양적 진술을하기 위해 사용할 수 있습니다. Fig1D의 의미에서 수명이 Mirtazepine 농도 7 기능으로 꾸몄다 있습니다. 각 데이터 포인트는 7-12 인구의 평균 수명, 잘 다른 각 생활을 나타냅니다. 잘마다 동물의 숫자 (5-15 동물) 비교적 낮은 경우에도 오차 막대에서 볼 수 있듯이 잘 - 투 - 잘 편차는 상대적으로 작다.
그림 1. 수명 분석을 기반으로 microtiter 플레이트 정확하게 수명의 변화에 문헌에 보고된를 재현한.
(A) 샘플 데이터는 Excel 스프레드 시트에서 수집했습니다. 각 계수 세션 날짜 동안 잘의 좌표와 살고 죽은 동물의 숫자를 기록했다. 실험의 시작 부분에서, 각 우물에 동물의 총 개수가 결정되었습니다. (B) 야생 유형의 생존 곡선 (N2) 동물 20 성장 ° C와 25 ° C. 수명에 영향을 변이를 들고 종자의 (C) 서바이벌 곡선. 네개의 변종은 20 ° C.에 병렬로 assayed되었습니다 Mirtazepine 취급 N2 동물 (D) 선량 반응 곡선. 평균 수명은 Mirtazepine 농도의 함수로 꾸몄다 있습니다. 오류 막대는 조건 1 일 8 웰스의 SEM을 나타냅니다.
5. 자료.
M9 버퍼, 1000 ML
Potassiumphosphate 버퍼 산도 6.0 1000 ML
추적 금속 솔루션
S - 기초 중간, 1000 ML
칼륨 구연 산염의 1M 1000 ML
S - 완료 중간, 1000 ML
NGM의 한천
TB 1000 ML
0.6 MM Fluorodeoxyuridine (FUDR, 시그마 고양이 # F0503), 1000 ML
100 MG / ML Carbenicillin, 10 ML
250ug / ML Amphotericin B, 4 ML
제시 프로토콜 96 잘 microtiter 접시에 C.elegans 수명의 측정을하실 수 있습니다. 으로 대표 결과에 표시된 섹션은 안정적으로 이전 결과를 복제 및 양적 정보를 제공합니다. 이 분석을 사용 우리는 성공적으로 C.elegans 수명에 대한 그들의 영향에 대한 89,000 분자 이상 검사를했습니다.
약물 검사의 목적을 위해, 96 잘 microtiter 플레이트 형식의 수명을 측정하는 것은 전통적인 고체 미디어 분석을 통해 몇 가지 장점이 있습니다. 그것은 미디어 준비, 보육 공간, 그리고 필요한 약물의 양을에 필요한 노동을 줄일 수 있습니다. 96 - 웰 형식과 현미경 설정은 높은 처리량 검사에 대한 전체 분석의 자동화를 허용합니다.
분석의 개발 기간 동안 각 변수와 조합에 대해 여러 개의 값이 그에 C.elegans 수명에 미치는 영향에 대해 테스트되었습니다. 이 테스트는 3에서 10에 이르기까지 다양한 OP50 농도를 포함 MG / ML (3, 4, 6, 8, 10 MG / ML), 7에서 45 (7, 10, 15, 22, 45에 이르기까지 잘 따라 웜의 다른 번호 웜 / 음), 40에서 150 잘마다 μL (40, 60, 80, 100, 120, 150 μL), 그리고 버퍼 구성의 변화에 이르기까지 다양한 문화 볼륨. 먹은 경우 Carbenicillin 방지 OP50와 농도에 Carbenicillin이나 Amphotericin B도가 표시가 C.elegans 수명에 영향을 찾았습니다. 접시의 지속적인 완만한 떨고, 자주 C.elegans 액체 문화에 추천합니다,이 분석에 사용되는 작은 볼륨 소모품 발견되었습니다. 큰 우물과 microtiter 접시가 사용할 수있다면 부드러운 흔들림는하지만 필요합니다. 값은이 프로토콜에 신중하게 테스트를 다양한 조건의 통계 비교에 따라 선택되어 지적했다.
이 분석의 가장 놀라운 특징은 아마 C.elegans은 테이프로 봉인된 96 잘 접시에 보관 수있다는 사실이다. 나란히 비교는 비닐 실러와 함께 밀폐 접시, 또는 공기의 교환을 허용 실러스와 밀폐 접시에 unsealed 접시에 교양 동물의 수명에 차이를 공개하지 않았다. 세 조건에서 동물 L1에서 65시간 이내 gravid 어른 매우 homogenously 개발하고 매우 유사한 lifespans을 보여주었다. NGM에 병렬로 성장 동물이 약간 더 빠른 개발,하지만이 차이는 실러의 부재 또는 존재 독립했다.
제시 프로토콜은 라이브 세균을 기반으로하지만, 죽은 박테리아에 대한 적응하실 수 있습니다. 그러나, 액체 분석에서 하나의 생존 박테리아는 빠르게 증식하고 문화를 다시 채웁니다. 우리 손에, 그들은 액체 문화 사용할 수있는 범위 내에서 세균을 죽일 수있는 유일한 안정적인 방법은 감마 방사선으로 박테리아의 연장 치료를하는 것입니다.
수명 실험의 계획에 고려해야 할 한 가지 중요한 포인트는 감지의 능력이 있습니다. 효과의 크기에 따라, 관심있는 약물의 영향은 여러 우물에서 테스트해야합니다. 전형적인 분석 4 약물 치료 4 제어 우물, 해당 대략하기 40-50 각 동물에서 실험 이상의 95%의 수명에서 30 % 증가를 감지하기 위해 충분해야합니다. 14 % 증가는 사건의 60 %에 감지하고 따라서 더 많은 복제 우물을 필요로하고 있습니다.
이 분석에 의해 생성된 수명 데이터의 풍부한는 실험을 개발하거나 특정 parametrical Gompertz 모델 1 변형하는 데 사용할 수 있습니다. 이러한 Gompertz 모델은 검색의 힘을 확인하고 대규모 스크린에 대한 잘못된 반응과 네거티브 필름의 수를 추정하는 데 유용합니다. 우리는 장님이 실험에서 이러한 모델의 예측을 검증하고 대형 스크린에서 거짓 네거티브 필름의 숫자 (게시되지 않은 결과를) 측정에 사용.
요약, 우리는 제시 분석은 C.elegans의 수명을 연장하고 기본 메커니즘을 연구하는 작은 분자를 식별하는 큰 도움이 될 것으로 예상.
이 프로토콜은 원래 린다 벅의 연구실에서 Xiaolan 예와 마이클 Petrascheck에 의해 시애틀에서 프레드 허치슨 암 연구 센터에서 개발되었습니다. 위의 자세한 버전은보다 넓은 지역 사회에 사용할 수있는 모든 절차를 준비하고 있습니다. 우리는 비판적 프로토콜을 읽기위한 캐롤 테일러, 사라 르뵈프와 앤디 Tomacelli 감사드립니다. 이것은 스크립스 연구소에서 원고 # 2866입니다. Petrascheck 연구소는 노바티스 ADI 프로그램에 의해 자금입니다.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Amphotericin B | Calbiochem | cat# 171375 | Also called Fungizone |
FUDR | Sigma-Aldrich | cat# F0503 | FUDR is inactivated by heat, thaw in cold water |
Mianserin | Sigma-Aldrich | M2525-250MG | Use as positive control at 50μM final concentration |
Cyproheptadine | Sigma-Aldrich | cat#C6022-MG | Alternative positive control at 10 μM final concentration |
Sealing Tape | Nalge Nunc international | cat# 236370 | Polyester, non-sterile |
96 well plate | Falcon BD | cat# 351172 | Non-treated, transparent, sterile individual packaged, polystyrene |
Nunclon flask | Nalge Nunc international | cat# 178883 | used for large volumes |
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