OpenProt는 진핵 게놈의 다형성 성소 주석을 허용하고, 프로토 유전자의 코딩 잠재력을 인식하고 이전에 는 감지 할 수없는 단백질의 발견을 가능하게하는 첫 번째 데이터베이스입니다. 우리는 광범위한 생물 정보 학적 기술을 필요로하지 않고 모든 사용자가 액세스 할 수 있도록이 프로토콜을 설계그것은 본질적으로 사람의 손아귀 내에서 proteomic 발견을 배치합니다. 의학에서 오늘날의 어려움을 이해하고 해결하기 위해, 우리는 프로테오믹 풍경과 모든 배우와 역학을 완전히 이해해야합니다.
오픈프로트는 이러한 가능성을 제공합니다. 여기서OpenProt는 파토노믹 실험의 분석에 사용되지만 프로테오메의 보다 명확한 정의를 제공하기 때문에 다른 시스템과도 함께 사용할 수도 있습니다. OpenProt 웹 사이트를 열고 상단 페이지 메뉴의 링크를 사용하여 다운로드 페이지를 엽니다.
분석의 실험 데이터와 원하는 단백질 유형에 따라 관심있는 종을 클릭하십시오. AllProts, Isoforms 및 RefProds를 클릭하여 OpenProt 데이터베이스에 존재하는 모든 알려진 새로운 단백질 유형을 포함하는 파일을 생성하고 가능한 경우 단백질 서열이 그려진 주석을 클릭합니다. 연구 목표에 따라 단백질 고려에 필요한 증거 지원 수준을 클릭하십시오.
그런 다음 모든 OpenProt 예측이 포함된 파일을 생성하고 다운로드할 원하는 파일 형식을 클릭할 것으로 예상되는 모든 파일을 클릭합니다. 프로테오믹 아나나이스의 경우 FASTA 단백질 파일을 선택합니다. readme 파일에는 파일 형식에 필요한 모든 정보가 포함됩니다.
데이터베이스 처리의 경우 적절한 프로테오믹스 도구 인스턴스에 로그인하고 새 기록을 만듭니다. 다운로드한 OpenProt 데이터베이스를 가져오려면 업로드를 클릭합니다. 데이터베이스 처리 워크플로를 입력하려면 워크플로 페이지로 이동하여 다시 업로드를 클릭하고 워크플로 실행을 클릭합니다.
그런 다음 가져온 OpenProt 데이터베이스를 입력으로 선택하고 얻은 Fasta 파일의 이름을 의미 있는 것으로 바꿉니다. 데이터베이스는 프로테오믹스 분석에 사용할 준비가 되었습니다. 대량 분광파일 준비를 위해 프로테오 마법사 제품군에서 자유롭게 사용할 수 있는 MS 변환 도구를 열고 분석할 데이터 파일을 업로드합니다.
출력에 대한 디렉토리를 선택하고 원하는 파일 형식을 mzML로 설정한 다음 질량 분석 수준 1과 2에서 웨이블렛 기반 알고리즘을 사용하여 피크 피킹 필터를 선택하고 변환을 시작합니다. 단백질 정량화를 위해, 새로운 역사를 만들고 드래그하고 새로운 역사에 이전에 만든 데이터베이스를 드롭. 변환된 mzML 데이터 파일을 가져오려면 업로드를 클릭합니다.
워크플로 페이지를 열고 업로드를 클릭하여 원하는 워크플로를 가져오고 워크플로를 실행하여 다양한 매개 변수를 검토합니다. 가져온 mzML 데이터 파일을 선택하고 이전에 만든 데이터베이스를 데이터베이스 Fasta 파일로 입력합니다. 워크플로가 X를 사용하기 때문에!
탠덤 검색 엔진, X를 가져 오기 위해 업로드를 클릭! 탠덤 기본 구성 파일입니다. 전체 OpenProt databse를 사용할 때 크기가 크게 증가하여 엄격한 잘못된 검색률을 사용합니다.
품질 관리를 위해 ID 필터 출력에서 파일 정보 도구를 실행하여 펩타이드 스펙트럼 일치 수 또는 확인된 펩타이드 및 단백질 수와 같은 일반적인 성능 메트릭을 제공합니다. OpenProt 데이터베이스 마이닝의 경우 OpenProt 웹 사이트로 돌아가검색 페이지를 엽니다. 단백질이 확인된 관심의 종을 클릭하고 단백질 쿼리 상자에 단백질 가입 번호를 입력합니다.
서지를 클릭하고 쿼리된 단백질에 대한 기본 정보가 포함된 테이블이 나타납니다. 다음으로 세부 정보 링크를 클릭합니다. 새로 열린 페이지에는 쿼리된 단백질을 중심으로 하는 게놈 브라우저와 기타 정보가 포함됩니다.
단백질 또는 DNA 서열을 얻으려면, 정보 탭에서 단백질 또는 DNA 링크를 클릭한 다음 탭을 클릭하여 대량 분광증거 리보솜 프로파일링 검출 및 보존 및 식별된 단백질 도메인에 대한 자세한 정보를 찾아봅니다. 본 대표적인 성문에서, 원래 논문에서 확인된 단백질의 대부분은 OpenProt 2_pep 또는 OpenProt_all 데이터베이스를 사용하여 확인되었으며, OpenProt 데이터베이스가 InterPro KB 데이터베이스에 근거한 현재 절차에 필적하는 단백질 식별 및 정량화를 생성할 수 있음을 보여줍니다. 11 아직 데이터베이스에 주석이 없는 잘 지원되는 단백질은 OpenProt 2_pep 데이터베이스를 사용하여 자신감 있는 펩타이드를 사용하여 모든 데이터 집합에서 확인되었습니다.
29개의 새로운 단백질은 OpenProt_all 데이터베이스를 사용하여 자신감 있는 펩티드를 가진 모든 데이터 집합에서 발견되었습니다. 권장된 엄격한 거짓 발견 비율은 확인된 단백질의 총 수를 감소했더라도, 가장 자신감 있는 단백질 식별에 영향을 미치지 않았습니다. 하나의 새로운 단백질은 Raf-1 단백질의 상호 작용자로 발견되었습니다.
이 단백질은 이전에 질량 분석법 또는 리보솜 프로파일링에 의해 검출되지 않았고 좋은 품질의 스펙트럼을 입증했습니다. 선택한 매개 변수가 실험 설계에 적합한지 확인하고 새로운 단백질 발견을 보고할 때 항상 스포츠 증거의 품질을 확인하십시오. 이 프로토콜은 기능성 프로테오믹스와 함께 사용할 때 특히 모든 하향식 프로테오믹스 실험에 적응할 수 있습니다.
이것은 단백질 상호 작용 및 세포 통로의 많은 깊은 검열 그리고 이해를 허용할 것입니다. OpenProt는 현재 게놈 표기법에 의해 중계된 프로토믹 풍경의 실질적인 과소 평가를 강조하고 진핵 유전자의 다각성 특성을 강조합니다. 그것은 연구를위한 완전히 새로운 길입니다.
이 프로토콜의 장점은 광범위한 생물 정보 학적 기술이 필요하지 않으며 먼 서버를 사용하기 때문에 모든 컴퓨터에서 실행할 수 있다는 것입니다.
