Em células eucarióticas, os fatores de transcrição são proteínas que podem se ligar ao DNA e regular a expressão dos genes. Para iniciar a transcrição, cada RNA polimerase requer várias proteínas diferentes, chamadas fatores gerais de transcrição, para se ligar as regiões promotoras. Por exemplo, a primeira e maior destas proteínas, chamada TFIID, irá se vincular a região da caixa TATA encontrada na maioria dos promotores.

Junto com outras proteínas, eles recrutam a polimerase para a região promotora e formando o complexo de pré-iniciação. Os fatores de Transcrição específica, por outro lado, podem ligar-se às regiões de regulação distais chamadas locais potenciadores, longe do ponto de início da transcrição, às vezes milhares de pares de base a montante ou a jusante de um gene, e induzir taxas mais elevadas de transcrição. Em um processo chamado looping, a fita de DNA irá dobrar de uma forma que permite fatores de transcrição vinculados a locais de potenciadores estabelecerem interações proteína-proteína com proteínas mediadoras e o complexo de pré-iniciação.

Os fatores de transcrição específicos que se ligam a locais potenciadores para promover a transcrição são conhecidos como ativadores, enquanto aqueles que bloqueiam ou reduzem a transcrição são chamados repressores. A presença de fatores específicos de transcrição e elementos regulamentares distais permite a expressão genética diferencial, como a ativação ou desativação de genes diferentes durante o desenvolvimento inicial para determinar se a célula se tornará uma célula da pele ou um neurônio, bem como a transcrição coordenada de genes funcionais relacionados. Mais de 1, 500 fatores de transcrição diferentes foram identificados em humanos, 02:03.560 02:06.890 que regulam uma ampla gama de genes críticos, a partir do tipo das células no início do desenvolvimento até a resposta celular a diferentes condições ambientais.