Para começar, use um navegador da Web para visitar o charmm-gui. site da organização. Crie e ative sua conta gratuita antes de criar seu primeiro conjunto de arquivos.
Vá para o menu superior, navegue até o gerador de entrada e selecione construtor de membrana nas opções disponíveis no lado esquerdo da tela. Selecione o construtor de bicamada para construir uma bicamada lipídica, selecione o sistema somente membrana e armazene a ID de trabalho gerada para acesso futuro. Visualize os sistemas durante cada etapa do processo de construção clicando em exibir estrutura localizada na parte superior da página.
Inspecione consistentemente se há componentes ausentes ou erros no tamanho do patch. Selecione a opção lipídica heterogênea, independentemente de construir uma bicamada de componente único, e escolha um tipo de caixa retangular. Para hidratação, selecione 45 moléculas de água por lipídio, o que é suficiente para uma bicamada totalmente hidratada.
Agora defina o comprimento de XY com base no número de componentes lipídicos. Determinar o número de lipídios necessários para cada espécie lipídica com base no modelo pré-planejado. Para representar o retículo endoplasmático e as células eucarióticas, uma combinação de 336 DOPC, 132 DPPE, 60 colesterol e 72 lipídios POPI foi usada no modelo PI, enquanto 330 DOPC, 126 DPPE, 54 colesterol, 66 POPI e 24 lipídios DOPS foram usados para o modelo PIPS.
Insira o número desejado de moléculas para os folhetos superior e inferior nas duas caixas ao lado do nome lipídico para criar uma composição simétrica da membrana. Em seguida, navegue até o topo da lista de espécies lipídicas e inicie a ação clicando no botão mostrar informações do sistema. Usando CHARMM-GUI, validar a contagem total de lipídios em cada folíolo na bicamada simétrica.
Continue clicando nas próximas telas para definir os valores desejados de temperatura e pressão para simulação e a sintaxe para os arquivos de simulação de acordo com o mecanismo de dinâmica molecular de escolha. Por exemplo, GROMACS. Baixe os arquivos resultantes e transfira-os para o cluster de computadores.
Use softwares selecionados, por exemplo, dinâmica molecular visual ou PyMOL para visualizar o sistema final.
