Depois de construir as coordenadas do sistema para simulações de dinâmica molecular, crie um script de submissão para minimizar e relaxar o sistema de coordenadas construído. Use os comandos listados até o comentário de produção da hashtag no arquivo LEIA-ME fornecido na saída do CHARMM-GUI para o script de envio. Envie o script de relaxamento e verifique se todos os arquivos de saída de suas etapas foram produzidos antes de avançar para a execução de produção.
Após a conclusão, verifique a presença de arquivos de saída com diferentes extensões geradas a partir do GROMACS durante a execução de relaxamento de seis etapas. Para realizar benchmarking, gere trajetórias curtas de um a dois nanossegundos e estime o custo computacional usando números variados de nós de computação. Compare o desempenho em nanossegundos por dia para diferentes números de nós de computação para determinar os recursos ideais para a execução.
Escolha o número de nós que resultam em um nível de desempenho entre 75 e 80% do máximo. Comprima arquivos de trajetória bruta indicados como arquivos trr no GROMACS alterando o formato de arquivo para arquivos xtc ou ignorando quadros para reduzir o tamanho do arquivo para facilitar a transferência eficiente para a estação local para visualização e análise. Visualize a trajetória completa antes de executar qualquer análise para identificar as moléculas ou átomos de interesse e determinar a porção da trajetória destinada à caracterização.
Em seguida, determine a área por série temporal lipídica apenas para simulações de membrana e identifique a porção da trajetória. A análise da estrutura da membrana revelou uma diferença significativa na espessura entre os dois modelos para o retículo endoplasmático, indicando uma relação inversa entre a área por lipídio e a espessura da membrana. Os parâmetros de ordem do deutério de cada espécie lipídica mostraram que há pouca ou nenhuma diferença entre a ordem das caudas lipídicas entre os modelos, exceto para DPPE, que mostra um ligeiro aumento para a cauda SN1 no modelo PI.
A composição lipídica e os modelos de membrana modulam as interações com outras moléculas. Por exemplo, simulações usando diferentes proporções de lipídios PC e PS mostraram que interações eletrostáticas conduzem a ligação inicial de D112, um cátion lipofílico deslocalizado a lipídios aniônicos e interações hidrofóbicas puxam a molécula para o núcleo da membrana.
