Comece adicionando todos os conjuntos de dados de entrada multiômica à pasta de dados de entrada. Aqui eles contêm dados de pacientes com síndromes coronarianas estáveis, crônicas e agudas. Para pré-processar os dados, clique no símbolo da pasta e, em seguida, clique duas vezes nos mofa_workflow scripts e configurações para acessar a pasta de configuração.
Clique duas vezes no arquivo CSV de configuração de dados para abri-lo. Na coluna de valor, insira os caminhos para as pastas de dados de entrada e resultados. Na coluna nome-valor da configuração, especifique um nome a ser adicionado como uma extensão de arquivo para todos os arquivos salvos.
Para salvar as alterações, selecione Arquivo e Salvar arquivo CSV no menu na parte superior. Em seguida, usando o menu de navegação do lado esquerdo, clique em scripts para ir para a pasta de scripts. Clique duas vezes em 00_Configuration_Update.
ipynb para abrir o notebook de inicialização. Para executar o script, clique no botão Reiniciar kernel e executar todas as células na parte superior e, em seguida, clique em Reiniciar no pop-up. Para navegar até a pasta de configurações, clique duas vezes em configurações.
Em seguida, clique duas vezes em 01_Pre_Processing_SC_Data. csv para abrir o arquivo. Verifique os valores preenchidos automaticamente, selecione Arquivo e Salvar arquivo CSV no menu na parte superior para salvar as alterações.
Em seguida, use o menu de navegação no lado esquerdo e clique em scripts para navegar até a pasta de scripts. Clique duas vezes em 01_Prepare_Pseudobulk. ipynb para abrir o notebook.
Para executar o script, clique no botão Reiniciar kernel e executar todas as células na parte superior e, em seguida, clique em Reiniciar no pop-up. Para navegar até a pasta de figuras, clique duas vezes primeiro nas figuras e depois em 01_figures. Abra o gráfico recém-gerado FIG01_Amount_of_Cells visão geral.
Em seguida, examine o gráfico para identificar grupos de tipos de células com um número muito baixo de células por amostra. Anote os nomes dessas IDs de cluster para excluí-las nas etapas subsequentes. Para navegar de volta para a pasta de configuração, clique nos pontos e clique duas vezes em configurações.
Em seguida, abra o arquivo 02_Pre_Processing_Configuration_SC.csv. Adicione todas as IDs de cluster identificadas para exclusão na etapa anterior, separadas por vírgulas na coluna cell_type_exclusion. Para salvar as alterações, selecione Arquivo e Salvar arquivo CSV no menu na parte superior.
Agora abra o arquivo 02_Pre_Processing_Configuration. CSV e ajuste a configuração de pré-processamento para cada conjunto de dados incluído e armazenado na pasta de entrada de dados. Ajuste os parâmetros nas colunas conforme necessário, dependendo de quais etapas de pré-processamento devem ser aplicadas.
Salve as alterações selecionando Arquivo e Salvar arquivo CSV. Para navegar até a pasta de scripts, clique em scripts. Abra o notebook 02_Integrate_and_Normalize_Data_Sources.ipynb.
Clique no botão Reiniciar kernel e executar todas as células na parte superior e clique em Reiniciar no pop-up. Em seguida, navegue até a pasta 02_results gerada. Clique no símbolo da pasta, clique duas vezes nos resultados e 02_results.
Verifique se ele inclui o 02_Combined_Data do arquivo, o nome da configuração, o CSV INTEGRADO contendo o arquivo de entrada de dados de pré-processamento combinado.
