Comece com os dados de entrada processados e harmonizados, que contêm cinco colunas, ID de amostra, tipo, conjunto de dados, variável e valor. Esses dados serão usados no modelo MOFA. Em seguida, vá para o Jupyter Lab e clique no símbolo da pasta.
Clique duas vezes no fluxo de trabalho do MOFA, seguido de scripts e configurações. Abra o arquivo 03_MOFA_Configuration.csv. Insira o número de fatores a serem estimados no modelo MOFA e ajuste os valores no arquivo para definir se a espera e o dimensionamento devem ser aplicados.
Selecione o arquivo e salve o arquivo CSV no menu na parte superior para salvar as alterações. Usando o menu de navegação no lado esquerdo, navegue até a pasta de scripts clicando em scripts. Em seguida, abra o 03_Run_MOFAipynb do notebook.
Clique no botão Reiniciar kernel e executar todas as células na parte superior para executar o script e, em seguida, clique em reiniciar no pop-up. Para navegar até a pasta 03_figures, clique duas vezes nas figuras e depois em 03_figures. Abra o gráfico gerado Figure03_Overview_Variance_Decomposition o nome do resultado do MOFA e examine o resultado do modelo.
Vá para o menu de navegação no lado esquerdo. Clique no símbolo da pasta e, em seguida, clique duas vezes nos dados de entrada para navegar até a pasta de dados de entrada. Arraste e solte o preparado.
CSV contendo todos os metadados das amostras a serem analisadas em associação com o arquivo de fatores gerado na pasta de dados de entrada. Clique no símbolo da pasta. Em seguida, clique duas vezes em mofa_workflow, seguido de scripts e configurações para navegar de volta para a pasta de configurações.
Abra o arquivo 04_Factor_Analysis_csv. Na coluna de variáveis numéricas, adicione os nomes de todas as colunas numéricas no arquivo CSV de metadados de amostra preparado que será investigado em relação aos fatores MOFA separados por vírgulas. Na coluna de covariáveis categóricas, adicione os nomes de todas as colunas categóricas no arquivo CSV de metadados de amostra preparado que será investigado em relação aos fatores MOFA, separados por vírgulas.
Salve as alterações selecionando Arquivo e Salvar arquivo CSV no menu na parte superior. Em seguida, clique em scripts para navegar até a pasta de scripts. Clique duas vezes no 04_Downstream_Factor_Analysis_ipynb do caderno para abri-lo.
Para executar o script, clique no botão Reiniciar kernel e executar todas as vendas na parte superior e, em seguida, clique em reiniciar no pop-up. Use o menu de navegação à esquerda para navegar até a pasta 04_figures clicando duas vezes nas figuras e depois em 04_figures. Para abrir os gráficos gerados, clique duas vezes neles e investigue os fatores em busca de padrões e associações interessantes.
