Para começar, baixe o pipeline de análise compactado do GitHub digitando o comando no terminal. Após o download, digite o comando para descompactar o arquivo zip. Quando a descompactação estiver concluída, remova o arquivo zip e altere o nome da pasta descompactada.
Em seguida, defina permissões executáveis para todos os scripts de shell no diretório de trabalho. Nas opções disponíveis, localize o script de shell de instalação apropriado. Procure um script chamado Script_01_Installation.sh.
Abra o terminal e digite echo SHELL para verificar o shell padrão usado no terminal ativo. Se bash não for o shell padrão, defina-o digitando chsh s no terminal. Digite o script de download rápido da fila no terminal ou arraste o arquivo de script para o terminal e pressione Enter.
Depois de executar o script, verifique se há mensagens de erro no arquivo de log. Agora, insira o script de corte no terminal e execute-o. Em seguida, digite o script de criação de índice bowtie2 no terminal e execute-o.
Por fim, execute o script de mapeamento bowtie2 e pressione Enter. Digite o script de filtragem e classificação bam no terminal e execute-o. Em seguida, converta os formatos bam para BEDPE, BED e bedGraph digitando o comando apropriado no terminal e pressionando Enter.
Execute a normalização usando o método SRPMC e, em seguida, execute o script de análise de tamanho de inserção. Execute chamadas de pico usando o comando MACS no terminal. Depois, digite o comando para chamadas de pico usando SEACR e pressione Enter.
Crie arquivos BED de pico usando o comando apropriado no terminal e, em seguida, filtre os picos. Em seguida, insira o comando para mesclar picos MACS. Digite o comando no terminal para mesclar picos SEACR.
Gere um gráfico de correlação e execute o comando para análise de componentes principais no terminal. Em seguida, crie um diagrama de Venn comparando diferentes métodos usando o comando apropriado. Insira o comando para gerar um diagrama de Venn para replicações.
Por fim, gere um mapa de calor do centro de pico focado. Em seguida, gere um mapa de calor do centro de pico inteiro.
