Аминокислоты ковалентно связываются друг с другом пептидными связями. Пептидная связь соединяет карбоксильную группу одной аминокислоты с аминогруппой другой. Пептиды это небольшие цепочки аминокислот, от двух до пятидесяти мономеров.

Пептидная связь образуется в результате реакции конденсации, при которой высвобождается молекула воды. Когда аминогруппа и карбоксильная группа соединяются вместе, это приводит к образованию амидной группы. Пептидная связь имеет жесткую планарную структуру и демонстрирует некоторые характеристики двойной связи.

Это связано с тем, что двойная связь на карбониле может действовать как резонансная структура с пептидной связью углерод-азот. Этот резонанс приводит к уменьшению длины одинарной связи, увеличению длины двойной связи и тормозит вращение групп вокруг пептидной связи. Пептидные связи могут существовать в цис-и транс-конформациях.

В цис-конформации альфа-атомы углерода находятся на одной стороне пептидной связи, а в транс-конформации они находятся на противоположных сторонах связи. Пептидные связи в основном встречаются в транс-конформации, за исключением случаев, когда пролин вносит свою аминогруппу в образование связи. Аминокислоты, связанные пептидными связями, имеют N-конец и C-конец.

N-конец это конец, на котором аминогруппа не участвует в образовании пептидной связи, а C-конец это конец, на котором карбоксильная группа не участвует в образовании пептидной связи. Последовательность аминокислот в пептиде или белке всегда начинается с N-конца и заканчивается С-концом. Когда две аминокислоты соединяются пептидной связью, они известны как дипептиды.

Когда три и четыре аминокислоты соединяются пептидными связями, они известны как трипептиды и тетрапептиды соответственно. А когда несколько аминокислот соединяются вместе пептидными связями, они известны как полипептиды. Пептидные связи могут быстро разрушаться путем гидролиза с использованием химических катализаторов вроде кислот или ферментов, известных как протеазы.

Разрыв пептидных связей включает добавление молекулы воды. Кроме того, эти связи могут разорваться самопроизвольно в результате медленного процесса в присутствии воды.