Не-LTR ретротранспозоны тип транспозонов первого класса, на который в настоящее время приходится около 17%человеческого генома. В отличие от ретротранспозонов LTR с их характерными длинными концевыми повторами, не-LTR Ретротранспозон получил свое имя из-за отсутствие этих мотивов. не-LTR Ретротранспозоны, в свою очередь, подразделяются на две категории, Длинные Диспергированные Повторы, Или LINE, и короткие Диспергированные Повторы или SINE.

Пока LINE являются автономными и могут кодировать белки, критические для их мобилизации, SINE являются неавтономными ретротранспозонами, и требуют белки кодированные другими элементами для их мобилизации. Например, элементы L1, Тип LINE ретротранспозонов и одним из немногих автономных транспозонов, активных в организме человека, элемены приблизительно 6 КБ длиной, содержащие две открытых рамки для чтения. ORF1 кодирует белок с привязкой РНК и активными шаперонами.

ORF2 кодирует белок с доменами обратной транскриптазы и эндонуклеазы. Оба этих белка крайне важны для мобилизации Элемента L1.Внутри ядра, РНК-полимераза 2 сначала транскрибирует Элемент L1 в РНК L1, который затем полиаденилирован и транспортирован в цитоплазму, чтобы быть переведённым в белки ORF1 и ORF2. Затем оба этих белка ассоциируются с РНК L1 чтобы сформировать Рибонуклеопротеин L1, или RNP.

L1 RNP импортируется обратно в ядро, где он использует свою эндонуклеазу, чтобы сделать зазубрины в шахматном порядке на целевом сайте, богатом АТ.Обратная транскриптаза затем использует свободный конец 3-праймера одной из цепей ДНК в качестве праймера для обратной транскрипции РНК L1.Этот процесс называется обратная транскрипция, примированная целевым сайтом. РНК L1 затем переваривается, пока клеточная ДНК-полимераза не начнёт расширение конца 3 прайм ОН Комплементарной цепочки ДНК с помощью новой синтезированной цепочки ДНК в качестве шаблона. Наконец, концы заново синтезированного элемента L1 герметизируются ферментами хозяина, в результате чего целевой сайт будет продублирован.

В отличие от LINE, SINE содержат только от 100 до 400 пар оснований, и не могут кодировать белки, которые требуются для их транспозиции. Однако большинство элементов SINE содержат структурные элементы, например, последовательность на конце 3'богатую АТ, которая при транскрипции позволяет им быть узнаными белками, которые кодируют LINE. Это облегчаетих интеграцию в геном через тот же разрез и процесс копирования в качестве элементов LINE.