Для начала скачайте репозиторий выравнивания CLOCCS, введя команду в терминал. Создайте среду conda с помощью файла conda.rec. yml, введя команду в терминал в папку, где был клонирован репозиторий выравнивания CLOCCS.
Дважды щелкните cloccs_v2023. jar, расположенного в папке CLOCCS в репозитории выравнивания CLOCCS, и дождитесь открытия графического пользовательского интерфейса. На экране можно ввести параметры для запуска CLOCCS и отобразить результаты после запуска.
Введите условия эксперимента, указав температуру в градусах Цельсия с помощью текстового поля с надписью Температура, и укажите метод синхронизации с помощью выпадающего меню Synchro.method. Чтобы ввести настройки для данных о бутонизации, выберите опцию Шишка для бутонизации дрожжей в раскрывающемся меню типа модели. Импортируйте данные, загрузив файл с помощью кнопки «Выбрать файл» или введя его в поля ввода текста на панели «Импорт данных».
В первом столбце указываются временные точки, а в двух других — данные о почках. Чтобы ввести настройки проточных цитометрических данных, выберите раздел Поток в раскрывающемся меню Тип модели. Импортируйте данные с помощью панели «Импорт данных» и нажмите «Выбрать файл».
Затем выберите временные точки в поле Время для подгонки, для которых должна быть построена проточная цитометрическая аппроксимация CLOCCS. После того, как все входные данные будут выбраны для почковательной или проточной цитометрии, нажмите кнопку «Применить», а затем кнопку «Образец» в верхней части экрана. Просмотрите кривую почкования или графики проточной цитометрии на вкладке Прогнозируемые посадки.
Получите параметры CLOCCS из подгонки, выбрав вкладку «Апостериорные параметры». В результирующей таблице каждая строка состоит из параметра, а последняя строка является апостериорной. Столбцы состоят из прогнозируемого параметра для среднего значения, 2,5% нижнего доверительного интервала, 97,5% верхнего доверительного интервала и коэффициента принятия.
Кривые почкования CLOCCS были правильно подобраны, о чем свидетельствуют точки данных, накладывающиеся на соответствующую кривую соответствия с небольшим 95% доверительным диапазоном. С помощью данных о фазах клеточного цикла проточной цитометрии CLOCCS создает подгонку CLOCCS для каждого выбранного момента времени.
