Визуализация структур мозга рыбок данио с помощью Napari

После установки Napari и Napari Animation создайте новый файл записной книжки Jupyter. Чтобы визуализировать изображения и создать фильмы с изображением мозга данио-рерио, загрузите 3D-изображение и откройте окно Napari. Затем подключите плагин анимации Napari.

Затем задайте такие параметры, как размер воксела, цветовая карта и пределы контраста в элементах управления слоями. Отрегулируйте параметры просмотрщика на холсте. Затем, чтобы захватить визуализированное изображение, нажмите кнопку захвата в мастере анимации.

Чтобы создать видеоролики с визуализированным объемом, измените настройки просмотрщика и добавьте ключевые кадры. После добавления ключевых кадров задайте количество кадров между ключевыми кадрами в мастере анимации. Наконец, сохраните визуализированную анимацию.

Объемное поле зрения мозга личинки данио-рерио, экспрессирующей паннейроны GCaMP 7A, охватывало области мозга переднего, среднего и заднего мозга. Тела нейронных клеток продолговатого мозга, мозжечковой пластинки, тектума зрительного нерва, гебенулы и дорсального конечного мозга были хорошо видны во всем мозге личинки данио-рерио. При 2D-функциональной визуализации тела нейронных клеток были четко видны как на заднем плане, так и на наложенной нейронной активности.