Для начала загрузите образец входного файла с разделителями-запятыми, содержащего измерения метаболитов. Дважды щелкните загруженный файл образца, чтобы открыть его и убедиться, что он содержит имена образцов в первом столбце и групповые назначения во втором столбце. Остальные столбцы содержат метаболиты, и каждая строка представляет образец.
Далее скачайте приложение Filigree Java и дважды кликните по загруженному. jar для запуска приложения. На вкладке Данные нажмите кнопку Обзор, чтобы загрузить входной файл.
В разделе Укажите столбцы или строки щелкните стрелку раскрывающегося списка рядом с идентификатором образца, чтобы выбрать соответствующее имя столбца или строки из входного файла. Затем выберите «Образец». Далее нажмите на стрелку выпадающего списка рядом с пунктом Группа, чтобы выбрать соответствующий столбец или строку из входного файла и выберите Группировать.
В разделе Указать примеры групп щелкните стрелки раскрывающегося списка рядом с каждой группой, чтобы выбрать соответствующий столбец группы из входного файла. В разделе Группировка объектов установите флажок рядом с нужным методом, вычислить группы объектов. Щелкните просмотр тепловых карт, чтобы просмотреть тепловую карту и определить желаемое процентное снижение.
Затем с помощью ползунка уменьшения характеристик выберите нужное процентное уменьшение характеристик и сдвиньте маленький кружок, пока процентное уменьшение не покажет соотношение признаков к выборке 1,25. Нажмите кнопку «Далее», чтобы перейти на вкладку «Анализ». В разделе «Выбор выходного каталога» нажмите кнопку «Обзор» и выберите желаемое расположение каталога для хранения сгенерированных выходных файлов.
Нажмите на кнопку «Запустить анализ». После отображения сообщения об успешном завершении анализа нажмите кнопку «Окей» во всплывающем окне. Затем на вкладке Анализ нажмите кнопку Обзор сетей, чтобы открыть интерактивные филигранные подсети во вкладке браузера.
В столбце имени подсети нажмите на ссылку Подсеть 1. Затем исследуйте интерактивную подсеть, нажав кнопку с плюсом, увеличьте масштаб части сети и нажмите кнопку с минусом, чтобы уменьшить масштаб. Щелкните по узлу группы и перетащите его, чтобы переместить в подсеть.
Затем нажмите кнопку Развернуть функции, чтобы развернуть все узлы группы и просмотреть конкретные соединения, составляющие узлы группы. Затем нажмите кнопку Свернуть объекты, чтобы свернуть недавно развернутые узлы группы. Затем нажмите кнопку По группе выборки, чтобы изменить представление с одной подсети на несколько подсетей, разделенных по группе.
Затем, используя представление подсетей, изучите и сравните группы. Нажмите кнопку Все выборки, чтобы вернуться к виду одной подсети, и нажмите кнопку Далее, чтобы просмотреть следующую подсеть. Дифференциальная сеть, построенная с использованием измерений метаболитов плазмы крови у мышей с сахарным диабетом 1 типа и мышей без диабета, показала более высокую степень связности сети в группе без диабета.
Результаты анализа обогащения показали, что девять из 12 идентифицированных метаболических модулей значительно различались между мышами с диабетом 1 типа и мышами без диабета.
