Для начала используйте веб-браузер для посещения charmm-gui. org. Создайте и активируйте бесплатную учетную запись перед сборкой первого набора файлов.
Перейдите в верхнее меню, перейдите к генератору входных данных и выберите сборщик мембран из доступных вариантов в левой части экрана. Выберите сборщик бислоев для создания липидного бислоя, затем выберите систему только мембран и сохраните сгенерированный идентификатор задания для будущего доступа. Визуализируйте системы на каждом этапе процесса сборки, нажав на структуру просмотра, расположенную в верхней части страницы.
Постоянно проверяйте наличие отсутствующих компонентов или ошибок в размере патчей. Выберите вариант гетерогенного липида независимо от того, нужно ли строить однокомпонентный бислой, затем выберите тип прямоугольной коробки. Для гидратации выбирайте 45 молекул воды на липид, что достаточно для полностью гидратированного бислоя.
Теперь установите длину XY исходя из количества липидных компонентов. Определите необходимое количество липидов для каждого вида липидов на основе заранее запланированной модели. Для представления эндоплазматического ретикулума и эукариотических клеток в модели PI использовалась комбинация 336 DOPC, 132 DPPE, 60 холестерина и 72 липидов POPI, в то время как в модели PIPS использовались 330 DOPC, 126 DPPE, 54 холестерина, 66 POPI и 24 липидов DOPS.
Введите желаемое количество молекул для верхнего и нижнего листочков в два поля рядом с названием липида, чтобы создать симметричную мембранную композицию. Затем перейдите в верхнюю часть списка видов липидов и начните действие, нажав на кнопку «Показать информацию о системе». С помощью CHARMM-GUI проверьте общее количество липидов в каждой листке симметричного бислоя.
Продолжайте щелкать по следующим экранам, чтобы задать желаемые значения температуры и давления для моделирования, а также синтаксис для файлов моделирования в соответствии с выбранным механизмом молекулярной динамики. Например, GROMACS. Скачайте полученные файлы и перенесите их в кластер компьютеров.
Используйте выбранное программное обеспечение, например, визуальную молекулярную динамику или PyMOL для визуализации конечной системы.
