После построения системных координат для моделирования молекулярной динамики создайте сценарий отправки, чтобы свести к минимуму и ослабить построенную систему координат. Используйте перечисленные команды до комментария к хэштегу production в файле README, предоставленном в выходных данных CHARMM-GUI для скрипта отправки. Отправьте сценарий релаксации и убедитесь, что все выходные файлы его шагов были созданы, прежде чем переходить к производственному прогону.
По завершении проверьте наличие выходных файлов с различными расширениями, сгенерированных из GROMACS во время шестиэтапного выполнения релаксации. Чтобы выполнить бенчмаркинг, сгенерируйте короткие траектории длиной от одной до двух наносекунд и оцените вычислительные затраты, используя различное количество вычислительных узлов. Сравните производительность в наносекундах в день для разного количества вычислительных узлов, чтобы определить оптимальные ресурсы для выполнения.
Выберите количество узлов, при котором уровень производительности составляет от 75 до 80 % от максимального. Сжимайте необработанные файлы траекторий, обозначенные как файлы trr в GROMACS, изменяя формат файла на файлы xtc или пропуская кадры для уменьшения размера файла и облегчения эффективной передачи на местную станцию для визуализации и анализа. Визуализируйте полную траекторию перед проведением любого анализа, чтобы идентифицировать интересующие молекулы или атомы и определить участок траектории, предназначенный для характеризации.
Затем определите площадь липидного временного ряда для моделирования только мембран и определите участок траектории. Анализ структуры мембраны выявил значительную разницу в толщине между двумя моделями эндоплазматического ретикулума, что указывает на обратную зависимость между площадью на липид и толщиной мембраны. Параметры порядка дейтерия каждого вида липидов показали, что разница между порядком липидных хвостов между моделями незначительна или отсутствует, за исключением DPPE, который показывает небольшое увеличение для хвоста SN1 в модели PI.
Липидный состав и мембранные модели модулируют взаимодействие с другими молекулами. Например, моделирование с использованием различных соотношений липидов PC и PS показало, что электростатические взаимодействия управляют начальным связыванием D112, делокализованного липофильного катиона с анионными липидами, а гидрофобные взаимодействия втягивают молекулу в ядро мембраны.
