Анализ секвенирования неплоскоклеточного немелкоклеточного рака легкого с использованием интегрированного программного обеспечения для просмотра генома

Обратите внимание на то, что все переводы сгенерированы ИИ. Нажмите здесь для версии на английском языке.

73 Views

•

02:11 min

•

September 8th, 2023

DOI :

10.3791/200726-v

September 8th, 2023

•

Christophe Bontoux¹^,²^,³^,⁴^,⁵, Virginie Lespinet-Fabre¹^,²^,³^,⁴, Olivier Bordone¹^,²^,³^,⁴, Virginie Tanga¹^,²^,³^,⁴, Maryline Allegra¹^,²^,³^,⁴, Myriam Salah¹^,²^,³^,⁴, Salomé Lalvée¹^,²^,³^,⁴, Samantha Goffinet¹^,²^,³^,⁴, Jonathan Benzaquen³^,⁴^,⁵^,⁶, Charles-Hugo Marquette³^,⁴^,⁵^,⁶, Marius Ilié¹^,²^,³^,⁴^,⁵, Véronique Hofman¹^,²^,³^,⁴^,⁵, Paul Hofman¹^,²^,³^,⁴^,⁵

¹Laboratory of Clinical and Experimental Pathology, Centre Hospitalier Universitaire de Nice, Université Côte d’Azur, CHU de Nice, ²Hospital-Integrated Biobank (BB-0033-00025), Université Côte d'Azur, Hôpital Pasteur, CHU de Nice, ³Institut Hospitalo-Universitaire (IHU), RespirERA, Université Côte d'Azur, Hôpital Pasteur, CHU de Nice, ⁴FHU OncoAge, Université Côte d'Azur, ⁵Team 4, Institute of Research on Cancer and Aging (IRCAN), CNRS INSERM, Centre Antoine-Lacassagne, Université Côte d'Azur, ⁶Department of Pulmonary Medicine and Thoracic Oncology, Centre Hospitalier Universitaire de Nice, Université Côte d'Azur

Транскрипт

Для начала откройте встроенное программное обеспечение для просмотра генома. В меню результатов выберите команду Sample Results. Затем нажмите на название интересующего образца в столбце имени образца, чтобы просмотреть результаты секвенирования.

Чтобы просмотреть результаты плагина для анализа молекулярного покрытия, в правом верхнем углу нажмите «Скачать файлы». Затем в сводке по прогону щелкните вкладку «Отчет о прогоне», чтобы просмотреть метрики анализа и «Отчет о прогоне». Чтобы просмотреть результат SNV и INDEL, перейдите на вкладку Отклонение, затем выберите SNV и INDEL.

Нажмите «Редактировать фильтры» и выберите «Без фильтра». Затем перейдите на вкладку «Дисперсия», затем «Слияния», чтобы просмотреть результаты слияния вариантов экзонов РНК. В правом верхнем углу нажмите Визуализация и вариант экзона РНК.

Затем просмотрите график дисперсии экзона РНК. Перейдите на вкладку «Дисперсия», затем выберите «Слияния», чтобы просмотреть дисбаланс тайлов слияния экзонов РНК. В правом верхнем углу нажмите «Визуализация», затем «Дисбаланс слияния плиток с РНК-экзонами» и просмотрите графики дисбаланса «Слияние плиток с РНК-экзонами».

На вкладке Отклонение щелкните CNV, чтобы отобразить результаты CNV. Наконец, создайте отчет о вариантах, перейдя по ссылке для загрузки PDF-файла. В данном исследовании представлен молекулярный анализ, проведенный у 259 пациентов с НС-НМРЛ, включая различные типы биопсий и хирургические препараты.

Гены-драйверы мутантов и слияния генов также наблюдались при анализе ДНК-РНК. Чувствительность метода для обнаружения однонуклеотидных вариационных вставок и делеций, дисперсии числа копий и слияний была высокой и составляла от 91,67% до 100%

Смотреть дополнительные видео

Из серии

Оценка геномных изменений у пациентов с неплоскоклеточным немелкоклеточным раком легкого

02:14

В центре внимания автора: Достижения в тестировании молекулярных биомаркеров для неплоскоклеточного немелкоклеточного рака легкого

В этой серии

757 Views

02:34

Подготовка образцов ДНК и РНК FFPE к секвенированию с помощью автоматизированного прибора для очистки (API)

В этой серии

88 Views

01:13

Секвенирование нового поколения неплоскоклеточного немелкоклеточного рака легкого на основе ампликона

В этой серии

70 Views

02:11

Анализ секвенирования неплоскоклеточного немелкоклеточного рака легкого с использованием интегрированного программного обеспечения для просмотра генома

В этой серии

73 Views

Конфиденциальность

Условия эксплуатации

Политика

СВЯЖИТЕСЬ С НАМИ

РЕКОМЕНДОВАТЬ БИБЛИОТЕКЕ

НОВОСТИ JoVE

Исследования

Образование

АВТОРЫ

Библиотекарь

О JoVE