Прежде чем начать установку SCRAP на платформе Mac OSX, выполните команду git в терминале, чтобы подтвердить существование Git. Чтобы проверить установку Miniconda, введите which conda в терминале. Чтобы установить Miniconda, обратитесь к файлу Platform Setup в репозитории Meffert Lab GitHub для получения инструкций по установке на системы Windows, Mac OS и Ubuntu Для Mac, используя менеджер пакетов Home Brew, используйте команду brew install miniconda для установки Miniconda.
Чтобы установить Conda, запустите conda init, указав используемую оболочку, затем закройте и снова откройте оболочку. При успешной установке отображается базовая среда, активированная в рамках сеанса терминала. Затем запустите указанный git clone, чтобы получить последнюю копию исходного кода SCRAP.
Установите Mamba, улучшенный решатель пакетов для Conda. С помощью следующей команды установите все зависимости для SCRAP из SCRAP_environment. yml в свою собственную среду Conda.
Затем используйте указанный сценарий bash, специфичный для организма, чьи взаимодействия мРНК SNC RNA анализируются на предмет SCRAP. Укажите каталог исходной папки SCRAP и выполните действия по установке с использованием файлов в папках FASTA и аннотаций. Убедитесь, что путь к каталогу полон и заканчивается косой чертой.
Обратитесь к таблицам в файле ReadMe. md для правильных аббревиатур видов miRBase. Для получения обновленного референсного генома используйте браузер генома UCSC или концентратор данных генома NCBI.
Ознакомьтесь с соответствующей аннотацией species. bed в директории аннотаций в исходной папке SCRAP. Если есть необходимость проанализировать другой вид, предоставьте указанный файл.
После установки зависимостей и SCRAP используйте указанный скрипт для запуска анализа SCRAP с указанной структурой команд. Перечислите полный путь к примерам каталогов без каких-либо сокращений и отформатируйте образцы каталогов так, чтобы имя папки совпадало с именем образца. Подчеркните, что указанный путь ведет к каталогу, содержащему все папки с образцами, а не к отдельной папке или файлу с образцами.
Далее перечислите весь путь к файлу адаптера. Убедитесь, что имена образцов в файле адаптера совпадают с ранее упомянутыми именами папок и именами файлов. Укажите тип образца, парный конец или одинарный конец, и укажите выбор РНК-фильтров для пре-мРНК, тРНК и, возможно, очистки РНК.
Перечислите весь путь к ссылочному каталогу. Аббревиатура miRBase и аббревиатура референсного генома.
