В центре внимания автора: вычислительный конвейер для анализа химерных взаимодействий некодирующей РНК и РНК-мишени в данных высокопроизводительного секвенирования

Этот протокол охватывает установку и практические шаги по использованию вычислительного конвейера, предназначенного для анализа высокопроизводительных данных секвенирования химерных некодирующих РНК-целевых РНК-взаимодействий. Молекулярная стратегия формирования химерных РНК является относительно недавней разработкой, которая имеет преимущества по сравнению с предыдущими инструментами биохроматического предсказания в однозначном понимании полногеномного ландшафта взаимодействия некодирующих РНК-мишеней РНК. Данные секвенирования, полученные в результате высокопроизводительного секвенирования химерных РНК, могут представлять собой аналитическую проблему для новых пользователей этой стратегии.

Мы создали кроссплатформенный вычислительный конвейер с открытым исходным кодом, который хорошо аннотирован, чтобы позволить пользователям начального уровня анализировать данные своих экспериментов по секвенированию химерной некодирующей РНК-мишени РНК. В будущих экспериментах лаборатория Меффорда планирует использовать вычислительный анализ набора данных, полученного в результате наших текущих исследований посттранскрипционной регуляции в нервной системе млекопитающих, а также поддерживать обновление на нашем GitHub.