После запуска SCRAP используйте указанную команду скрипта для выполнения пиковых вызовов. Перечислите полные пути к каталогу, содержащему образцы папок и файл адаптера. Затем определите критерии для пиковых вызовов, включая минимальное количество операций чтения виртуализации и количество различных библиотек виртуализации, необходимых для распознавания пикового вызова.
Укажите, должны ли пики быть вызваны sncRNA одного семейства, что актуально для микроРНК, которые имеют общие семенные последовательности и могут связываться с перекрывающимися генами-мишенями. Затем укажите полный путь к референсному каталогу, базовую аббревиатуру MIR и референсную аббревиатуру генома. После вызова пика запустите скрипт аннотации пика.
Укажите полный путь к результирующим пикам. Кровать от пика вызова к справочнику и нужному виду для аннотации. Используйте samtools merge для объединения всех нужных bam-файлов для упрощения комбинированной визуализации.
Затем используйте samtools sort для построчной сортировки merged. bam файл. Индексируйте отсортированные.
BAM с использованием индекса Samtools, генерирующего двоичный индексный файл формата Samtools, необходимый для инструментов геномной визуализации. Наконец, в средстве просмотра интегративной геномики откройте отсортированное. бац и проиндексированный.
по файлу. Применение модифицированной версии SCRAP к ранее опубликованным наборам данных секвенирования выявило снижение взаимодействий микроРНК с интронными областями. Снижение наблюдалось после выделения высокодоверительных взаимодействий через пиковые вызовы с помощью SCRAP.
