Молекулярный докинг для исследования взаимодействия между ксантатином и белком Keap1

Для начала загрузите кристаллические структуры ксантатина и Keap1. После обработки структур перейдите к двум задачам и выберите опцию стыковки лигандов. Выберите сетку рецепторов из файла и нажмите кнопку Обзор.

Затем нажмите «Рабочий стол», откройте папку молекулярной стыковки и дважды щелкните по файлу glide-grid 2FLU. Выберите zip-файл 2FLU со скользящей сеткой и нажмите кнопку Открыть. Теперь нажмите «Использовать лиганды из файлов».

Затем нажмите «Обзор» и выберите «Рабочий стол». Выберите папку молекулярного закрепления и откройте файл ligprep_1. После этого выберите файл ligprep_1-out-maegz и нажмите Открыть.

Зайдите в Настройки и выберите точность XP, дополнительная точность, опция. Измените имя задания на скольжение. xp2flu, а затем нажмите кнопку Выполнить.

Чтобы просмотреть результаты стыковки, нажмите кнопку "Файл" и выберите "Параметры импорта структур". Перейдите на рабочий стол и откройте папку молекулярного закрепления. После этого выберите glide-dock XP 2FLU файл.

Выберите глиссаду XP 1 pv. maegz и нажмите кнопку Открыть. Затем дважды щелкните по точке в рабочей области, чтобы выбрать лиганд.

Выберите sitemap_1_protein. Нажмите «Таблица» и проведите пальцем вправо, чтобы просмотреть счет стыковки. Чтобы визуализировать 2D-результаты, выберите sitemap_1_protein, как показано ранее.

Нажмите Ligand Interaction, выберите View и установите флажок LID legend (Легенда LID). Затем нажмите «Файл», выберите «Сохранить снимок экрана» и введите 6 000 для ширины. Снимите галочку с прозрачного фона и нажмите OK. Сохраните файл на рабочем столе как 2D-xanthatin-2FLU.

Молекулярный докинг-анализ предсказал взаимодействие между ксантатином и белком Keap1.