Начните с загрузки структуры белково-белкового комплекса. Для этого перейдите на домашнюю страницу банка данных белков и введите идентификатор PDB в главное поле поиска. На главной странице структуры нажмите на Скачать файлы, а затем на Биологическая сборка 1, чтобы скачать файлы в формате PDB-gz.
Откройте скачанную структуру в UCSF Chimera. Перейдите в раздел «Инструменты», затем «Структура/редактирование» и нажмите «Изменить идентификаторы цепочки». Переименуйте вторую цепочку, первоначально помеченную как A в B. Затем нажмите на избранное, а затем на панель модели.
Выберите модель с двумя цепочками и нажмите кнопку «Группировать/разгруппировать», чтобы разделить каждую цепочку в отдельную модель. Далее выберите две модели и нажмите на кнопку копирования/объединения. Введите новое имя для объединенной модели, установите флажок «Закрыть исходные модели» и нажмите кнопку «ОК».
Нажмите «Выбрать», затем «Цепочка» и убедитесь, что цепочки в димере теперь идентифицируются как A и B. Нажмите на файл и сохраните PDB, чтобы сохранить отредактированную структуру как новый файл PDB. Для идентификации целевого сегмента в белке лиганда перейдите на сервер BUDE Alanine Scan. Нажмите на кнопку «Выбрать файл» в разделе «Структура», «Загрузить» и «Загрузите сохраненный PDB-файл».
На следующей странице проверьте, что структура была загружена правильно, и введите имя задания на сервере. Установите цепи A в качестве рецептора и B в качестве лиганда и нажмите кнопку «Начать сканирование», чтобы отправить задание. Как только задание будет завершено, нажмите «Показать результаты», чтобы открыть страницу результатов.
В списке остатков выберите прогнозируемый участок остатков для лучшего взаимодействия с целевой поверхностью связывания. С помощью этого протокола было предсказано взаимодействие аминокислотного сегмента с поверхностью связывания IRF5. С помощью компьютерного сканирования мутагенеза аланина сегмент из 13 аминокислот был предсказан из положений 424 по 436, при этом мотив PLXIS начинался с аргинина 432.
