В этом протоколе рассматривается, насколько хорошо эмпирические потенциальные подходы могут быть адаптированы для решения и разумного прогнозирования структурных и колебательно свойств прототипов систем солнечных батарей, опоясывых красителей. Это важно из-за ошеломляюще сниженных вычислительных подходов с возможностью использования различных подходов к выборке. Для выполнения молекулярно-динамического моделирования откройте DL_POLY программного обеспечения и используйте хорошо проверенное силовое поле Лопеса и др.
для расслабления комнатной температуры ионной жидкой конфигурации с помощью эмпирических потенциалов. Затем используйте силовое поле Мацуи-Акаоги, включая подвижность Титании в процессе релаксации, для моделирования анатазы. Для выполнения оптимизации геометрии с конъюгированным градиентом минимизации относительного градиента прекращения 0.0001, укажите оптимизацию в файле поля в течение 15 пикосекунд с одной фемтосекундной остановкой времени в 300 Кельвин в ансамбле NVT.
Чтобы запустить DL_POLY на терминале, введите DL_POLY. X.In файл управления, укажите Nose-Hoover для NVT и выберите траекторию скорости положения, печатая каждую фемтосекунду. Для поверхности анатазы убедитесь, что она периодически проходит вдоль х и у лабораторных осей, проецирующих на комнатную температуру ионные жидкости пару параллельных поверхностей с х-оси 21 ангстрема и оси 21 ангстрема.
Убедитесь, что сенсибилизированная красителем система солнечных батарей с явным растворителем состоит из 827 атомов. Для вакуол случае, должно быть 347 атомов в системе. В полевом файле для параметров Леннарда-Джонса примените лоренц-Бертелот, сочетающий правила, и введите арифметическое среднее радиуса Леннарда-Джонса и геометрическое среднее глубина леннард-Джонса для эмпирических силовых полей в нижней части файла поля под вкладкой необязанных взаимодействий.
Для обработки электростатики дальнего радиуса действия примените метод Эвальда, используя неоединяемую длину отсечения в 10 ангстремов, и установите реальный параметр распада пространства для метода Эвальда в файле управления примерно 3,14 на длину необялечения. Затем выберите число векторов волн Эвальда, чтобы обеспечить относительную терпимость в оценке Эвальда один раз от 10 до отрицательной пятой в файле управления. Провести ряд потенциальных оценок энергии с файлом REVCON переименован в config до тех пор, пока давление системы в выходе сходится в течение нескольких процентов, чтобы выбрать не связаны длины отсечения.
Из файла истории используйте скорость диатома Python отдельно. py в терминале для извлечения отдельных скоростей x, y и z на каждом шагу. Чтобы вычислить функцию автоматической корреляции скорости, используйте vacf151005.
py и введите classical_dye_autocore. ш в терминал. Функция автоматической корреляции скорости будет вычислена для всех диатомовых.
Чтобы вычислить спектры из молекулярной динамики, используйте массу взвешенных Фурье Преобразование атомной скорости красителя автоматической корреляции функции, используйте Python MWPS. py и введите run_all_4. ш в терминале.
Будут вычислены массы взвешенных спектров мощности. Для оценки частичных наборов изменений в комнатной температуре ионных жидкостей для имперского потенциального базового молекулярного динамического моделирования для готового сравнения друг с другом подготовьтесь к таблице литературных зарядов и введите эту таблицу в формат полевых файлов для DL-POLY. Для расчета комнатной температуры Mulliken ионных жидких зарядов, в среднем более четырех точек траектории молекулярной динамики ab-initio, повторно нормализовать и подготовить таблицу литературы обвинения и войти в таблицу в формате файла поля для DL-POLY.
Для выполнения анализа EHT в среднем более четырех точек траектории молекулярной динамики ab-initio, реализованной в пакете программного обеспечения молекулярной рабочей среды. Повторно нормализовать и подготовить таблицу литературных сборов и выйти на поле в формате полевых файлов для DL-POLY. Здесь показаны репрезентативные связывающие мотивы четырех различных частичных наборов заряда после 15 пикосекунд молекулярной динамики.
Для словесности выведенные заряды как продемонстрировано, видно взаимодействие седить водопода с поверхностным протоном можно наблюдать. Тем не менее, три ab-initio молекулярной динамики производных наборов заряда не имеют такой сильный Куломбическое взаимодействие с поверхностным протоном. Действительно, меньшая величина частичных зарядов в литературе, полученных случае по сравнению с теми, отобранных по-разному от ab-initio молекулярной динамики приводит к меньшей степени заряда экранирования по отношению к большей величине частичной комнатной температуры ионных жидких зарядов.
Интересно, что Mulliken производных заряда набор показывает определенные устойчивые kinking красителя иметь видные связи водорода с преодолением атома кислорода на поверхности анатазы. Лучшее качество заряда подходит от ab-initio молекулярной динамики привести к более реалистичным N719 связывающие мотивы, которые в соответствии с PEV основе Борн-Оппенгеймер молекулярной динамики с участием Grimme-D3 дисперсии. Масса взвешенных ab-initio молекулярной динамики скорости автоматической корреляции функции спектральных результатов демонстрируют кластер спектроскопических пиков на 300 до 400 сантиметров области.
Основные пики, присутствующие в классических спектрах, находятся на уровне 600 и 800 сантиметров для литературных зарядов, 525 и 800 сантиметров для зарядов Mulliken, 675, 810 и 900 сантиметров для зарядов EHT и 650, 800 и 900 сантиметров для набора заряда Хиршфельда. Обязательно проверьте начальную структуру геометрии Титании во всех направлениях. Для оптимизации силовое поле может быть использовано для оценки эмпирического потенциала в колебательном спектре, как и прогнозировалось для молекулярной динамики.
молекулярная динамика ab-initio является эффективной и перспективной стратегией. Использование молекулярной динамики также, вероятно, будет иметь важное значение в моделировании позволяют красителя сенсибилизированных солнечных элементов прототип
