مروج التقاط مرحبا c: عالية الاستبانة، وعلى نطاق الجينوم التنميط التفاعلات المروج

منظمة ثلاثية الأبعاد للجينوم مرتبط بوظيفتها. على سبيل المثال، التحكم العناصر التنظيمية مثل القدرة على النسخي الزمانية التعبير عن الجينات المستهدفة من خلال الاتصال الجسدي، غالباً ما سد مسافات كبيرة (في بعض الحالات مئات من كيلوبس) الجينوم وتجاوز الجينات القريبة. الجينوم البشري المرافئ القدرة على 1 مليون المقدرة، الغالبية العظمى منها يكون معروف الأهداف الجينات. ومن ثم تعيين المناطق التنظيمية البعيدة للجينات المستهدفة أمر حاسم لفهم التحكم التعبير الجيني. قمنا بتطوير المروج التقاط مرحبا-ج (شارتر-ج) لتمكين الكشف عن الجينوم على نطاق المنظومة لمناطق التفاعل المروج البعيدة (المتحقق)، لكل من المروجين في تجربة واحدة. في شارتر-ج، هي على وجه التحديد أثري مكتبات C مرحبا معقدة للغاية لتسلسل منظم من خلال اختيار الهجين في الحل مع آلاف الطعم بيوتينيلاتيد الحمض النووي الريبي مكملة لينتهي من كافة الأجزاء المحتوية على مروج تقييد. ويهدف إلى تسلسلات المروج ثم سحب لأسفل وشركائها التفاعل المتكرر مثل القدرة وغيرها من العناصر التنظيمية المحتملة. بعد الفائق إقران نهاية التسلسل، يتم تطبيق اختبار إحصائية لكل جزء متصلة المروج تقييد تحديد الكبير المتحقق على مستوى جزء التقييد. وقد استخدمنا شارتر-C لتوليد أطلس التفاعلات المروج البعيدة المدى في عشرات من الإنسان وأنواع الخلايا الماوس. أسهمت هذه الخرائط إينتيراكتومي المروج إلى فهم أكبر لمراقبة التعبير الجيني الثدييات بتعيين المناطق التنظيمية المفترضة للجينات المستهدفة والكشف عن شبكات التفاعل المروج المكانية التفضيلية-المروج. هذه المعلومات أيضا له أهمية عالية لفهم الأمراض الوراثية البشرية، وتحديد الجينات الأمراض المحتملة، عن طريق ربط غير الترميز المرتبطة بالمرض تسلسل المتغيرات في أو بالقرب من تسلسلات تحكم للجينات المستهدفة.