启动子捕获高分辨率, 全基因组的启动子交互分析

基因组的三维组织与它的功能有关。例如, 转录增强剂等调控元素通过物理接触控制其目标基因的时空表达, 通常会在一定程度上弥合 (在某些情况下数以百计的 kilobases) 基因组距离和绕过附近的基因。人类基因组有大约100万促进剂, 其中绝大多数有未知的基因靶点。因此, 将远端调控区域分配给目标基因是理解基因表达控制的关键。我们开发了启动子捕获高 c (PCHi), 使全基因组的远端启动子相互作用区域 (PIRs) 的检测, 为所有发起人在一个单一的实验。在 PCHi 中, 高度复杂的高 C 库专为启动子序列, 通过在溶液混合选择与数以千计的生物素化 RNA 诱饵互补的所有启动子包含限制片段的两端特别丰富。其目的是, 然后拉下启动子序列和他们的频繁互动伙伴, 如增强剂和其他潜在的监管要素。在高通量配对结束排序后, 对每个启动子结扎的限制片段应用统计测试, 以确定限制片段级别上的重要 PIRs。我们使用 PCHi 生成了许多人和老鼠的细胞类型的远程启动子交互的图谱。这些启动子 interactome 映射通过将假定的调控区域分配给目标基因, 并揭示优先的空间启动子交互网络, 有助于更好地理解哺乳动物基因表达控制。这些信息也与了解人类遗传疾病和潜在疾病基因的识别有着很高的相关性, 通过将非编码疾病相关的序列变体或接近控制序列的基因链接到他们的目标。