Promotor Capture Hej-C: Høj opløsning, Genome-wide profilering af promotor interaktioner

Den tredimensionale organisation af genomet er knyttet til dens funktion. For eksempel, styre regulerende elementer såsom transcriptional smagsforstærkere den spatio-temporale udtryk for deres mål gener gennem fysisk kontakt, ofte bridging betydeligt (i nogle tilfælde hundredvis af kilobases) genomisk afstande og omgåelse nærliggende gener. Det menneskelige genom havne en anslået en million smagsforstærkere, hvoraf langt størstedelen har ukendte gen mål. Tildele distale lovgivningsmæssige områder til deres mål gener er således afgørende at forstå gen expression kontrol. Vi udviklede promotor fange Hi-C (PCHi-C) til at aktivere genome-wide påvisning af distale promotor-interagere regioner (PIRs), for alle projektledere i et enkelt eksperiment. I PCHi-C, er meget komplekse Hi-C biblioteker specifikt beriget til promotor sekvenser gennem i løsning hybrid udvalg med tusinder af biotinylated RNA lokkemad supplement til enderne af alle promotor-holdige begrænsning fragmenter. Formålet er at derefter pull-down promotor sekvenser og deres hyppig interaktion partnere såsom smagsforstærkere og andre potentielle regulerende elementer. Efter høj overførselshastighed parret ende sekventering påføres en statistisk test hver promotor-forbundet begrænsning fragment at identificere væsentlige PIRs på fragment begrænsningsniveau. Vi har brugt PCHi-C til at generere en atlas af langtrækkende promotor interaktioner i snesevis af mennesker og mus celletyper. Disse promotor interactome kort har bidraget til en større forståelse af pattedyr gen expression kontrol ved at tildele formodede lovgivningsmæssige områder til deres mål gener og afslørende præferentielle rumlige promotor-promotor interaktion netværk. Denne information også har høj relevans til forståelsen af menneskets genetiske sygdom og identifikation af potentielle sygdomsgener, ved at sammenkæde ikke-kodende sygdom-associerede sekvens varianter i eller i nærheden af styringsforløb til deres mål gener.