Promotor Capture Hi-C: High-resolution, genoom-brede profilering van promotor interacties

De driedimensionale organisatie van het genoom is gekoppeld aan de functie. Bijvoorbeeld, controle regelgevende elementen zoals de versterkers van de transcriptionele de spatio-temporele uitdrukking van hun doelgenen door middel van fysiek contact, vaak aanzienlijke (in sommige gevallen honderden van kilobases) genomic afstanden te overbruggen en omzeilen nabijgelegen genen. Het menselijk genoom herbergt een geschatte één miljoen enhancers, waarvan de overgrote meerderheid hebben onbekende gene doelen. Distale regelgevende gebieden toe te wijzen aan hun doelgenen is dus van cruciaal belang te begrijpen gen expressie controle. We ontwikkeld promotor vangen Hi-C (PCHi-C) de genoom-brede detectie van distale promotor-interactie regio's (PIRs), inschakelen voor alle initiatiefnemers in een enkele experiment. In PCHi-C, zijn zeer complexe Hi-C bibliotheken speciaal verrijkt voor promotor sequenties via in-oplossing hybride selectie met duizenden biotinyleerd RNA lokaas complementair aan de uiteinden van alle promotor-bevattende beperkingsfragmenten. Het doel is om vervolgens pull-down promotor sequenties en hun frequente interactie partners zoals smaakversterkers en andere potentiële regelgevende elementen. Na hoge gegevensdoorvoer gekoppeld-einde sequencing, wordt een statistische toets toegepast op elke promotor-afgebonden beperking fragment te identificeren aanzienlijk PIRs op het beperkingsniveau fragment. PCHi-C hebben we gebruikt voor het genereren van een atlas van lange-afstands promotor interacties in tientallen mens en muis celtypes. Deze promotor interactome kaarten hebben bijgedragen tot een beter begrip van bij zoogdiercellen expressie controle door het toewijzen van vermeende regelgevende gebieden aan hun doelgenen en onthullend preferentiële ruimtelijke promotor-promotor interactienetwerken. Deze informatie is ook groot belang aan het begrip van genetische ziekten bij de mens en de identificatie van potentiële ziekte genen, door het koppelen van niet-coderende ziekte-geassocieerde volgorde van varianten in of nabij besturingsprocessen aan hun doelgenen.