Capture promoteur Salut-c : Haute résolution, Genome-wide profilage des Interactions de promoteur

L’organisation en trois dimensions du génome est liée à sa fonction. Par exemple, des éléments de régulation comme exhausteurs de transcriptional contrôlent l’expression spatio-temporelle de leurs gènes cibles par le biais de contacts physiques, souvent des liens relationnels considérable (dans certains cas des centaines de kilobases) génomique et contournant gènes voisins. Le génome humain recèle un exhausteurs de 1 million environ, la majorité dont est inconnu gènes cibles. Affectation des régions régulatrices distales à leurs gènes cibles est donc crucial de comprendre le contrôle d’expression de gène. Nous avons développé promoteur Capture Hi-C (DAPE-C) pour permettre la détection du génome des régions distales de promoteur-interaction (PIRs), pour tous les promoteurs dans une expérience simple. PCHi-c, hautement complexe CIH bibliothèques sont spécifiquement enrichis de séquences promotrices par le biais de sélection dans la solution hybride avec des milliers d’appâts biotinylé RNA complémentaires jusqu’aux extrémités de tous les fragments de restriction contenant du promoteur. Le but est de séquences promotrices puis menu déroulant et leurs partenaires d’interaction fréquente comme exhausteurs et d’autres éléments réglementaires potentielles. Après le séquençage haut débit jumelé-fin, un test statistique est appliqué à chaque fragment de restriction ligaturé au promoteur d’identifier les détecteurs infrarouge passifs significatifs au niveau du fragment de restriction. Nous avons utilisé le PCHi-C à produire un atlas des interactions à longue portée de promoteur en des dizaines d’homme et types de cellules de souris. Ces cartes d’interactome promoteur ont contribué à une meilleure compréhension du contrôle d’expression de gène mammifère en affectant les régions régulatrices putatives à leurs gènes cibles et révélant les réseaux d’interaction spatiale préférentiel de promoteur-promoteur. Cette information a aussi haute importance à la compréhension des maladies génétiques humaines et l’identification des gènes de maladies potentielles, en liant non codantes associés à la maladie variantes dans ou près des séquences de contrôle de leurs gènes cibles de la séquence.