Promotor Capture Hallo-c: Hochauflösende, genomweite Profilierung der Promoter Interaktionen

Die dreidimensionale Organisation des Genoms ist mit seiner Funktion verknüpft. Z. B. Steuern regulatorische Elemente wie transkriptionelle Enhancer, den räumlich-zeitlichen Ausdruck ihrer Zielgene durch körperlichen Kontakt, oft erhebliche (in einigen Fällen Hunderte von Kilobases) genomischen Entfernungen überbrücken und unter Umgehung nahe gelegenen Gene. Das menschliche Genom hegt eine geschätzte 1 Million Enhancer, die überwiegende Mehrheit davon haben unbekannte gen Ziele. Ihre Zielgene distalen regulatorische Regionen zuordnen ist daher wichtig zu verstehen, gen-Expressions. Wir entwickelten Promoter erfassen Hi-C (PCHi-C) ermöglichen die genomweite Detektion von distalen Promotor-Interaktion Regionen (PIRs), für alle Veranstalter in einem einzigen Experiment. In PCHi-C sind hochkomplexe Hi-C-Bibliotheken speziell für promotorsequenzen durch in-Lösung Hybrid-Auswahl mit Tausenden von biotinylierte RNA Köder komplementär zu den Enden alle Projektträger-haltigen Einschränkung Fragmente bereichert. Ziel ist es, dann Pulldown promotorsequenzen und ihre häufigen Interaktionspartnern wie Geschmacksverstärker und andere mögliche regulatorische Elemente. Nach hohem Durchsatz gepaart-End Sequenzierung wird ein statistischer Test jeder Veranstalter ligiert Beschränkungsfragment, bedeutende PIRs auf Beschränkung Fragment Ebene zu identifizieren. Wir haben PCHi-C verwendet, um einen Atlas der Langstrecken-Promoter Interaktionen in Dutzenden von Mensch und Maus Zelltypen zu generieren. Diese Veranstalter Interaktom Karten haben zu einem besseren Verständnis der Säugetier-gen-Expressions beigetragen, indem ihre Zielgene vermeintliche regulatorische Regionen zuordnen und bevorzugte räumliche Promotor-Promotor Interaktion Netze offenbart. Diese Information hat auch hohen Relevanz für das Verständnis menschlichen genetischen Krankheit und die Identifizierung von möglichen Krankheitsgenen, durch die Verknüpfung von nicht-kodierenden krankheitsassoziierten Varianten in oder in der Nähe von Sequenzen, deren Zielgene-Sequenz.