יזם לכידת שלום-c: ברזולוציה גבוהה, הגנום כולו פרופיל של אינטראקציות יזם

הארגון תלת מימדי של הגנום הוא מקושר אל תפקידה. לדוגמה, רכיבים רגולטוריות כגון משפרי תעתיק לשלוט התבטאות הגנים היעד שלהם באמצעות מגע פיזי, לעיתים קרובות גישור מרחקים גנומית ניכרת (במקרים מסוימים מאות של kilobases), תוך עקיפת-עתיים גנים הסמוכה. הגנום האנושי בנמלים משפרי מיליון מוערך, הרוב המכריע של אשר יש נודע מטרות הגן. הקצאת אזורים רגולטוריות דיסטלי הגנים שלהם יעד חיוני ובכך להבין בקרת ביטוי גנים. פיתחנו יזם ללכוד Hi-C (PCHi-C) כדי לאפשר זיהוי הגנום כולו אזורים אינטראקציה-יזם הדיסטלי (חיישנים), עבור כל היזמים בניסוי יחיד. PCHi-c, ספריות ויטמינצ'יק מורכב במיוחד מועשר עבור יזם רצפים דרך הבחירה בפתרון היברידית עם אלפי פיתיונות biotinylated RNA משלים הקצוות של כל חלקי של הגבלת המכילים מקדם. המטרה היא ואז נפתחים יזם רצפים זוגם בתדירות גבוהה אינטראקציה כגון משפרי ורכיבים רגולטוריות פוטנציאליים אחרים. לאחר רצף לזווג-end תפוקה גבוהה, מבחן סטטיסטי מוחל על כל שבר ובין אם-לא יזם ההגבלה כדי לזהות חיישנים משמעותית ברמת פרגמנט ההגבלה. השתמשנו PCHi-C כדי ליצור אטלס של אינטראקציות יזם ארוכי טווח עשרות רבות של האדם, סוגי תאים העכבר. מפות interactome אלה יזם תרמו להבנה גדולה יותר של בקרת ביטוי גנים בתרבית של-ידי הקצאת בשם אזורים רגולטוריות הגנים שלהם היעד של חשיפת מועדף המרחבי יזם-יזם אינטראקציה עם רשתות. מידע זה כולל גם רלוונטיות גבוהה להבנת מחלות גנטיות אנושיות וזיהוי של גנים פוטנציאליים מחלה, על-ידי קישור ללא קידוד הקשורים למחלה רצף משתנים או בסמוך שליטה רצפי הגנים היעד שלהם.