प्रमोटर कब्जा हाय-सी: उच्च संकल्प, जीनोम-व्यापक प्रमोटर बातचीत की रूपरेखा

जीनोम का तीन आयामी संगठन अपने कार्य से जुड़ा हुआ है. उदाहरण के लिए, transcriptional बढ़ाने के रूप में विनियामक तत्वों शारीरिक संपर्क के माध्यम से अपने लक्ष्य जीन की spatio-लौकिक अभिव्यक्ति नियंत्रण, अक्सर काफी पाटन (कुछ मामलों में kilobases के सैकड़ों) जीनोमिक दूरी और बाईपास पास जीन । मानव जीनोम एक अनुमानित १,०००,००० बढ़ाने के बंदरगाह, जिनमें से विशाल बहुमत अज्ञात जीन लक्ष्य है । उनके लक्ष्य जीन के लिए बाहर का नियामक क्षेत्रों निर्दिष्ट इस प्रकार जीन अभिव्यक्ति नियंत्रण को समझने के लिए महत्वपूर्ण है । हम एक ही प्रयोग में सभी प्रवर्तकों के लिए, बाहर प्रमोटर-बातचीत क्षेत्रों (PIRs) के जीनोम चौड़ा पता लगाने को सक्षम करने के लिए प्रवर्तक कब्जा हाय-सी (PCHi-सी) का विकास किया । PCHi-सी में, अत्यधिक जटिल उच्च सी पुस्तकालयों विशेष रूप से सभी प्रमोटर युक्त प्रतिबंध टुकड़े के सिरों के पूरक biotinylated आरएनए चारा के हजारों के साथ में समाधान संकर चयन के माध्यम से प्रमोटर दृश्यों के लिए समृद्ध कर रहे हैं । उद्देश्य के लिए तो खींच-नीचे प्रमोटर दृश्यों और उनके ऐसे बढ़ाने और अंय संभावित नियामक तत्वों के रूप में लगातार बातचीत भागीदारों है । उच्च-प्रवाह युग्मित-समाप्त sequencing के बाद, एक सांख्यिकीय परीक्षण प्रतिबंध अंश स्तर पर महत्वपूर्ण PIRs की पहचान करने के लिए प्रत्येक promotion-ligated प्रतिबंध अंश करने के लिए लागू किया जाता है । हम PCHi-सी का इस्तेमाल किया है के लिए मानव और माउस सेल प्रकार के दर्जनों में लंबी दूरी के प्रमोटर बातचीत के एक एटलस उत्पंन करते हैं । इन प्रमोटर interactome मैप्स अपने लक्ष्य जीन को ख्यात विनियामक क्षेत्रों निर्दिष्ट और तरजीही स्थानिक प्रमोटर-प्रमोटर संपर्क नेटवर्क का खुलासा द्वारा स्तनधारी जीन अभिव्यक्ति नियंत्रण की एक बड़ी समझ में योगदान दिया है । यह भी जानकारी मानव आनुवंशिक रोग और संभावित रोग जीन की पहचान को समझने के लिए उच्च प्रासंगिकता है, गैर कोडिंग रोग-संबंधित अनुक्रम वेरिएंट में या नियंत्रण अनुक्रम के पास अपने लक्ष्य जीन को जोड़ने के द्वारा ।