Promotore cattura Ciao-c: Ad alta risoluzione, Genome-wide profilatura delle interazioni del promotore

L'organizzazione tridimensionale del genoma è legata alla sua funzione. Ad esempio, elementi regolatori come rinforzatori trascrizionali controllano l'espressione spazio-temporale dei loro geni bersaglio attraverso il contatto fisico, spesso colmare distanze genomiche considerevole (in alcuni casi centinaia di kilobasi) e bypassando geni vicini. Il genoma umano porti un stimato rinforzatori 1 milione, la maggior parte dei quali hanno sconosciuto geni bersaglio. Assegnazione regioni regolative distale ai loro geni bersaglio è dunque fondamentale per comprendere il controllo di espressione genica. Abbiamo sviluppato promotore Capture Hi-C (PCHi-C) per abilitare il rilevamento del genoma di regioni promotore-interacting distali (PIRs), per tutti i promotori in un singolo esperimento. In PCHi-C, altamente complesso Hi-C biblioteche specificamente sono arricchiti per sequenze promotrici attraverso selezione in soluzione ibrida con migliaia di esche biotinilati RNA complementari alle estremità dei frammenti di restrizione promotore-contenenti tutti. L'obiettivo è quello di sequenze promotrici poi discesa e i loro partner di frequente interazione come esaltatori e altri potenziali elementi regolatori. Dopo la sequenziazione di alto-rendimento accoppiato-fine, viene applicato un test statistico per ogni frammento di restrizione promotore-legati per identificare PIRs significativi a livello di frammento di restrizione. Abbiamo usato PCHi-C per generare un Atlante delle interazioni a lungo raggio promotore in decine di umani e tipi di cellule del mouse. Queste mappe Interactoma promotore hanno contribuito ad una maggiore comprensione del controllo di espressione genica dei mammiferi assegnando putative regioni regolative ai loro geni bersaglio e rivelando reti di interazione spaziale preferenziale promotore-promotore. Questa informazione ha anche alta rilevanza per la comprensione di malattie genetiche umane e l'identificazione di potenziali geni-malattia, collegando malattia-collegati non codificanti varianti a o vicino a sequenze di controllo a loro geni bersaglio di sequenza.