プロモーター キャプチャこんにちは-c: 高解像度, ゲノム プロモーターの相互作用のプロファイリング

ゲノムの 3次元組織は、その機能にリンクされます。たとえば、規制など転写エンハンサー制御時空 (場合によっては何百もの kilobases の) でかなりゲノム距離を多くの場合ブリッジとバイパスの物理的な接触を介してターゲット遺伝子発現近くの遺伝子。人間のゲノムの大半がある不明、推定 100 万のエンハンサーを隠し持って遺伝子ターゲット。遺伝子発現制御を理解することが重要、その標的遺伝子に遠位の規定する領域を割り当てます。単一の実験すべてのプロモーターのプロモーターが (PCHi C) 遠位相互作用のプロモーター領域 (ピアース) のゲノム規模の検出を有効にするをやあ-C のキャプチャを開発しました。PCHi - c、非常に複雑なやあ-C ライブラリはプロモータ配列をすべてプロモーターを含む断片の両端に相補的な RNA をビオチン化餌の何千ものハイブリッド ソリューションの選択の特に濃縮されています。目的は、プルダウン プロモータ配列し、エンハンサーやその他の潜在的な規制要素などの頻繁な相互作用パートナーです。高スループット ペアエンド シーケンス後統計テストは制限のフラグメント レベルで重要なピアースを識別するために各プロモーター結紮制限のフラグメントに適用されます。人間の数十とマウスの細胞型で長距離プロモーター作用のアトラスを生成する PCHi C を使いました。これらのプロモーター インタラクトーム マップは、ターゲット遺伝子に推定の規定する領域を割り当て、優遇空間プロモーター プロモーター間相互作用ネットワークを明らかに哺乳類の遺伝子発現制御のより深い理解に貢献しました。この情報も、疾患に関連する非コードをリンクすることによってヒトの遺伝性疾患と潜在的な疾患遺伝子の同定を理解する関連性の高いシーケンスまたは制御シーケンスのターゲット遺伝子の近くの亜種。