발기인 캡처 안녕-c: 고해상도, 게놈 넓은 발기인 상호 작용의 프로 파일링

게놈의 3 차원 조직 기능에 연결 된다. 예를 들어 transcriptional 강화 등 규제 요소 제어 신체 접촉, 종종 상당한 (경우에 따라 수백 kilobases의) 게놈 거리 브리징 및 우회를 통해 그들의 표적 유전자의 spatio 시간적 표현 근처는 유전자 인간 게놈 항구는 약된 1 백만 강화의 대다수는 알 수 없는 유전자 목표. 그들의 표적 유전자를 원심 규제 영역을 지정 하는 것은 따라서 유전자 식 제어를 이해 하는 중요 한 합니다. 우리는 단일 실험에서 모든 발기인에 대 한 발기인 캡처 안녕-C (PCHi-C) 원심 발기인-상호 작용 영역 (Pir)의 게놈 넓은 탐지를 사용 하도록 개발. PCHi-c, 매우 복잡 한이 C 라이브러리는 수천 biotinylated RNA baits 모든 발기인에 포함 된 금지 파편의 끝에 보완 솔루션에서 하이브리드 선택을 통해 발기인 시퀀스에 대 한 구체적으로 농축 된다. 목표를 다음 풀 다운 발기인 순서 및 그들의 빈번한 상호 작용 파트너 강화 등 다른 잠재적인 규제 요소입니다. 높은 처리량 쌍-엔드 시퀀싱, 후 통계 시험 제한 조각 수준에서 상당한 Pir를 식별 하기 위해 각 발기인 출혈 제한 부분에 적용 됩니다. 우리 인간의의 마우스 세포 유형 장거리 발기인 상호 작용의 아틀라스 생성 PCHi-C를 이용 했다. 이 발기인 위하여 지도 그들의 표적 유전자를 putative 규제 지역 지정 및 우대 공간 발기인-발기인 상호 작용 네트워크를 공개 하 여 포유류 유전자 식 컨트롤의 더 큰 이해에 공헌 했다. 이 정보는 또한 비 코딩 질병 관련 된 연결 하 여 잠재적인 질병 유전자의 식별 인간의 유전자 질환을 이해 하 고 관련성이 있다 변종에 또는 근처에 그들의 표적 유전자를 제어 시퀀스 시퀀스.