Promotoren fange Hei-C: Med høy oppløsning, genomet-bred profilering av arrangøren interaksjoner

Tredimensjonale organiseringen av genomet er knyttet til sin funksjon. For eksempel styre regulatoriske elementer som transcriptional enhancers spatio-temporale uttrykk for sine mål gener gjennom fysisk kontakt, ofte bygge bro betydelig (i noen tilfeller hundrevis av kilobases) genomisk avstander og omgåelsen nærliggende gener. Det menneskelige genomet havner en anslagsvis én million enhancers, de aller fleste som har ukjente genet mål. Tilordne distale regulatoriske regioner til sine mål gener er derfor avgjørende å forstå gene expression kontroll. Vi utviklet selskapet fange Hi-C (PCHi-C) for å aktivere genomet hele påvisning av distale promoter-samspill regioner (PIRs), alle arrangører i ett enkelt eksperiment. I PCHi-C, er svært komplekse Hi-C biblioteker spesielt beriket for arrangøren sekvenser gjennom i-løsning hybrid utvalg med tusenvis av biotinylated RNA agn utfyllende til endene av alle promoter inneholder begrensning fragmenter. Målet er å deretter rullegardinmenyen promoter sekvenser og deres hyppige samhandling partnere som enhancers og andre potensielle regulatoriske elementer. Etter høy gjennomstrømming sammen-end sekvensering brukes en statistisk test hver promoter-samskrevet begrensning fragment å identifisere viktige PIRs på fragment begrensningsnivå. PCHi-C har vi brukt til å generere en atlas av langtrekkende Promotoren samhandling i dusinvis av menneskelige og mus celletyper. Disse arrangøren interactome kartene har bidratt til en større forståelse av pattedyr gene expression kontroll av tilordne antatte regulatoriske regioner til sine mål gener og avslørende fortrinnsrett romlige promoter-arrangøren samhandling nettverk. Denne informasjonen også har høy relevans å forstå menneskelig genetisk sykdom og identifisering av potensielle sykdom gener, ved å koble ikke-koding sykdomsassosierte sekvens varianter i eller nær kontroll sekvenser til sine mål gener.