Promotor captura Oi-c: Alta resolução, todo o genoma caracterização das interações do promotor

A organização tridimensional do genoma está ligada à sua função. Por exemplo, elementos reguladores tais como potenciadores transcriptional controlam a expressão espaço-temporal dos seus genes alvo através do contato físico, muitas vezes ponte genômica distâncias consideráveis (em alguns casos centenas de kilobases) e ignorando genes nas proximidades. O genoma humano abriga uma potenciadores de 1 milhão estimado, a grande maioria dos quais têm desconhecido alvos de gene. Atribuição de regiões reguladoras distais para seus genes-alvo, portanto, é crucial entender controle de expressão do gene. Nós desenvolvemos o promotor capturar Hi-C (PCHi-C) para permitir a detecção de todo o genoma de regiões de promotor-interagindo distais (PIRs), para todos os promotores em uma única experiência. No PCHi-C, altamente complexo Hi-C bibliotecas especificamente são enriquecidas para sequências de promotor através de seleção em solução híbrida com milhares de iscas biotinilado RNA complementares até o fim de todos os fragmentos de restrição que contêm promotor. O objectivo é então suspenso promotor sequências e seus parceiros de interacção frequente como potenciadores e outros elementos reguladores potenciais. Após o sequenciamento de emparelhado-fim do elevado-throughput, um teste estatístico é aplicado para cada fragmento de restrição promotor-ligados para identificar PIRs significativos no nível de fragmento de restrição. Nós usamos PCHi-C para gerar um atlas de interações de longo alcance promotor em dezenas de humanos e tipos de células de rato. Estes mapas de interactome promotor têm contribuído para uma maior compreensão do controle da expressão de gene mamíferos atribuindo putativos regiões reguladoras de seus genes-alvo e revelando as redes de interação espacial preferencial do promotor-promotor. Esta informação também tem alta relevância para a compreensão de doenças genéticas humanas e a identificação de potenciais genes de doença, vinculando não-codificantes associada a doença sequenciar variantes em ou perto de sequências de controle para seus genes-alvo.