Промоутер захват Привет C: С высоким разрешением, геном общесистемной Профилирование взаимодействия промоутер

Трёхмерный Организации генома связано с ее функции. Например нормативных элементов, таких как транскрипционный анализ усилители управляют пространственно временных выражение их целевых генов через физический контакт, часто преодоление значительно (в некоторых случаях сотни kilobases) геномных расстояния и обход близлежащих генов. Геном человека затаивает примерно один миллион усилители, подавляющее большинство из которых имеют неизвестные цели ген. Присвоение их генов-мишеней дистальной регулирования регионах важно таким образом понять управления выражения гена. Мы разработали промоутер захватить Hi-C (PCHi-C), чтобы включить обнаружение генома общесистемной дистальной промоутер взаимодействующих областей (Пирс), для всех промоутеров в одном эксперименте. В PCHi-C весьма сложные Hi-C библиотек специально обогащены промоутер последовательностей подборку в решение для совместной работы с тысячами биотинилированным РНК приманки дополняет концы всех промоутер содержащих ограничение фрагментов. Цель состоит в том, затем потяните вниз промоутер последовательностей и их частое взаимодействие партнеров таких усилителей и других потенциальных регуляторных элементов. После высокой пропускной способности в паре конец последовательности, статистический тест применяется для каждого фрагмента промоутер лигируют ограничений для выявления значительных Пирс на уровне фрагмент ограничение. Мы использовали PCHi-C для создания атласа на большие расстояния промоутер взаимодействий в десятки человека и типы клеток мыши. Эти карты interactome промоутер способствовали более глубокому пониманию млекопитающих ген выражение управления присвоения предполагаемого регулирования регионов их генов-мишеней и выявление преференциальных пространственных промоутер промоутер взаимодействия сетей. Эта информация также имеет большое значение для понимания генетических болезней человека и выявление потенциальных болезней генов, связывая некодирующих болезни связанные последовательности вариантов или поблизости управляющие последовательности для их целевых генов.