Promotor captura Hola-C: Perfiles de alta resolución, genoma de interacciones promotor

La organización tridimensional del genoma está ligada a su función. Por ejemplo, elementos reguladores como potenciadores transcripcionales controlan de la expresión espacio-temporal de sus genes diana a través del contacto físico, a menudo salvar distancias genómica considerable (en algunos casos cientos de kilobases) y pasando por alto genes cercanos. El genoma humano alberga un estimado potenciadores 1 millón, la mayoría de los cuales tiene desconocido objetivos gen. Así es crucial para entender el control de la expresión de gene asignar distales regiones reguladoras de sus genes diana. Hemos desarrollado promotor capturar Hi-C (PCHi-C) para permitir la detección de genoma de regiones de interacción promotor distales (PIR), para todos los promotores en un solo experimento. PCHi-c, altamente complejo Hi-C bibliotecas son enriquecidas específicamente para secuencias de promotor a través de la selección de híbridos en solución con miles de cebos biotinilado RNA complementarios a los extremos de los fragmentos de restricción que contiene el promotor. El objetivo es secuencias de promotor entonces hacia abajo y sus compañeros de interacción frecuente como potenciadores y otros posibles elementos reguladores. Después de la secuenciación de alto rendimiento extremo apareado, se aplica una prueba estadística a cada fragmento de restricción ligada promotor identificar PIRs significativas a nivel de fragmento de restricción. Hemos utilizado PCHi-C para generar un atlas de interacciones de largo alcance promotor en decenas de humanos y tipos de células de ratón. Estos mapas del interactoma promotor han contribuido a una mayor comprensión del control de la expresión de genes mamíferos asignando regiones reguladoras supuestas a sus genes diana y revela redes de interacción espacial preferencial promotor-promotora. Esta información también tiene gran importancia para entender la enfermedad genética humana y la identificación de genes de enfermedades potenciales, vinculando no codificante asociada a enfermedad secuencia variantes en o cerca de secuencias de control a sus genes diana.