Arrangören Capture-C: Högupplösta, Genome-wide profilering av promotorn interaktioner

Tredimensionella organisationen av genomet är kopplad till dess funktion. Till exempel styra föreskrivande element såsom transkriptionell enhancers plats och tid uttryck för deras målgener genom fysisk kontakt, ofta överbrygga betydande (i vissa fall hundratals av kilobases) genomisk avstånd och förbi närbelägna gener. Det mänskliga genomet hamnar en uppskattningsvis en miljon smakförstärkare, de allra flesta som har okänd gen mål. Tilldela distala regulatoriska regioner till deras målgener är därför avgörande att förstå gen uttryck kontroll. Vi utvecklat arrangören fånga Hi-C (PCHi-C) för att aktivera genome-wide detektion av distala arrangören-interagera regioner (PIRs), för alla initiativtagare i ett enda experiment. I PCHi-C, är mycket komplexa Hi-C-bibliotek speciellt berikad för arrangören sekvenser genom i-lösning hybrid urval med tusentals biotinylerade RNA beten komplement till ändarna av alla arrangören-innehållande begränsning fragment. Syftet är att sedan nedrullningsbara arrangören sekvenser och deras ofta förekommande samspel partners såsom förstärkare och andra potentiella rättsliga element. Efter hög genomströmning Parade-end sekvensering appliceras en statistisk test varje arrangören-sammanskrivna begränsning fragment att identifiera betydande PIRs på nivån begränsning fragment. Vi har använt PCHi-C för att generera en atlas för långväga arrangören interaktioner i dussintals mänskliga och mus celltyper. Dessa arrangören interactome kartor har bidragit till en större förståelse för däggdjur uttryck kontroll genom tilldela sin målgener förmodad regulatoriska regioner och avslöjar förmånliga rumsliga arrangören-promotorn interaktion nätverk. Denna information har också hög relevans för att förstå mänskliga genetiska sjukdomar och identifiering av potentiella sjukdomsgener, genom att länka icke-kodande sjukdomsassocierade sekvens varianter i eller nära styrförlopp till deras målgener.