Organizatörü yakalama Merhaba-C: Yüksek çözünürlüklü, genom çapında organizatörü etkileşimlerin profil oluşturma

Üç boyutlu genom organizasyonu onun işlevine bağlıdır. Örneğin, sık sık önemli (bazı durumlarda yüzlerce kilobases) genomik mesafeler köprü ve yan yol fiziksel temas yoluyla onların hedef genlerin spatio-temporal ifade transkripsiyon arttırıcılar gibi düzenleyici elemanlarının kontrol Yakındaki genler. İnsan genomu büyük çoğunluğu var bilinmeyen bir tahmini bir milyon arttırıcılar limanlar gen hedefler. Hedef genleri distal düzenleyici bölgeleri atama böylece gen ifadesi denetim anlamanız çok önemlidir. Bir tek denemede tüm rehberleri için organizatörü yakalama Hi-C (PCHi-C) distal organizatörü etkileşim bölgeleri (PIRs), genom çapında algılamasını etkinleştirmek için geliştirilmiştir. PCHi-C, son derece karmaşık Hi-C kitaplıklar organizatörü serileri biotinylated RNA yemler tamamlayıcı bütün organizatörü içeren kısıtlama parçaları sonuna kadar binlerce çözüm karma seçim yoluyla için özel olarak zenginleştirilmiş. Sonra açılan organizatörü dizileri ve arttırıcılar ve diğer potansiyel düzenleyici elemanlarının gibi sık etkileşim eşleri için amaçtır. Yüksek üretilen iş eşleştirilmiş uç sıralama sonra kısıtlama parça düzeyinde önemli PIRs tanımlamak için her kısıtlama organizatörü bakmaksızın parçası bir istatistiksel test uygulanır. PCHi-C uzun menzilli organizatörü etkileşimlerin bir atlas onlarca insan ve fare hücre tipleri oluşturmak için kullandık. Bu organizatörü interactome haritalar memeli gen ifadesi denetim daha büyük bir anlayış için hedef genleri sözde düzenleyici bölgeleri atama ve Tercihli kayma organizatörü organizatörü etkileşim ağları açığa katkıda bulunmuştur. Bu bilgileri ayrıca insan genetik hastalık ve potansiyel hastalık genler, tanımlaması kodlamayan hastalık ilişkili bağlayarak anlamak için yüksek alaka vardır sıra türevleri veya kontrol dizilerini için onların hedef genlerin yakınında.