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DNA-based Fish Species Identification Protocol

We have developed a fast, simple, and accurate DNA-based screening method to identify the fish species present in fresh and processed seafood samples. ...

Agilent Technologies

&#x4E0B;&#x4E00;&#x4EE3; DNA &#x6D4B;&#x5E8F;&#x5DE5;&#x4F5C;&#x6D41;&#x9700;&#x8981;&#x7CBE;&#x786E;&#x7684;&#x91CF;&#x5316;&#x7684; DNA &#x5206;&#x5B50;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x8FDB;&#x884C;&#x6392;&#x5217;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x4FBF;&#x786E;&#x4FDD;&#x6700;&#x4F73;&#x6027;&#x80FD;&#x7684;&#x6587;&#x4E66;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x8BF4;&#x660E;&#x5982;&#x4F55;&#x4F7F;&#x7528; qPCR &#x5B9A;&#x91CF;&#x5316;&#x7684;&#x4E0B;&#x4E00;&#x4EE3;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x4E2D;&#x4F7F;&#x7528;&#x7684; DNA &#x5E93;&#x3002;&#x53E6;&#x5916;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0; qPCR &#x91CF;&#x5316;&#x53EF;&#x80FD;&#x5141;&#x8BB8;&#x6539;&#x8FDB;&#x5F53;&#x524D;&#x7684;&#x672C;&#x56FD;&#x4E00;&#x822C;&#x4E8B;&#x52A1;&#x5DE5;&#x4F5C;&#x6D41;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x51CF;&#x5C11;&#x5E93; DNA &#x6240;&#x9700;&#xFF0C;&#x63D0;&#x9AD8;&#x5728;&#x91CF;&#x5316; amplifiable DNA&#xFF0C;&#x51C6;&#x786E;&#x6027;&#x548C;&#x901A;&#x8FC7;&#x51CF;&#x5C11;&#x6216;&#x6D88;&#x9664;&#x9700;&#x8981;&#x653E;&#x5927; DNA &#x6D4B;&#x5E8F;&#x524D;&#x907F;&#x514D;&#x653E;&#x5927;&#x504F;&#x89C1;&#x7684;&#x91CF;&#x3002;

&#x5FEB;&#x901F;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5316;&#x4E0B;&#x4E00;&#x4EE3;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684; DNA &#x5E93;&#x3002;

The next-generation DNA sequencing workflows require an accurate quantification of the DNA molecules to be sequenced which assures optimal performance of the instrument. Here, we demonstrate the use of qPCR for quantification of DNA libraries used in next-generation sequencing. In addition, we find that qPCR quantification may allow improvements to current NGS workflows, including reducing the amount of library DNA required, increasing the accuracy in quantifying amplifiable DNA, and avoiding amplification bias by reducing or eliminating the need to amplify DNA before sequencing.

Rapid quantification of DNA libraries for next-generation sequencing.

Les workflows de s&eacute;quen&ccedil;age de l&#39;ADN nouvelle g&eacute;n&eacute;ration n&eacute;cessitent une quantification pr&eacute;cise des mol&eacute;cules d&#39;ADN &agrave; s&eacute;quencer, qui assure une performance optimale de l&#39;instrument. Ici, nous d&eacute;montrons l&#39;utilisation de qPCR pour la quantification des biblioth&egrave;ques d&#39;ADN utilis&eacute;es dans le s&eacute;quen&ccedil;age de prochaine g&eacute;n&eacute;ration. En outre, on trouve que qPCR quantification peut permettre des am&eacute;liorations &agrave; des workflows NGS actuels, notamment en r&eacute;duisant la quantit&eacute; d&#39;ADN requis, augmentant l&#39;exactitude dans la quantification d&#39;ADN amplifiable et en &eacute;vitant les biais d&#39;amplification en r&eacute;duisant ou en &eacute;liminant la n&eacute;cessit&eacute; d&#39;amplifier l&#39;ADN avant s&eacute;quen&ccedil;age de biblioth&egrave;que.

Quantification rapide des biblioth&egrave;ques d&#39;ADN pour l&#39;ordonnancement de la prochaine g&eacute;n&eacute;ration.

Die n&auml;chste Generation DNA Sequenzierung Workflows erfordern eine genaue Quantifizierung der DNA-Molek&uuml;le zu sequenziert werden die sorgt f&uuml;r eine optimale Leistung des Ger&auml;tes. Hier zeigen wir die Verwendung von qPCR zur Quantifizierung von DNA-Bibliotheken, die in der Sequenzierung der n&auml;chsten Generation verwendet. Au&szlig;erdem finden wir, dass qPCR Quantifizierung Verbesserungen an aktuellen NGS-Workflows, einschlie&szlig;lich der Reduzierung der Bibliothek DNA erforderlich, erh&ouml;hen die Genauigkeit in der amplifiable DNA quantifizieren und Vermeidung von Verst&auml;rkung Voreingenommenheit durch Reduzierung oder Beseitigung der Notwendigkeit zur Verst&auml;rkung von DNA vor der Sequenzierung zulassen kann.

Schnelle Quantifizierung von DNA-Bibliotheken f&uuml;r die Sequenzierung der n&auml;chsten Generation.

Flussi di lavoro di sequenziamento del DNA generazione richiedono un&#39;accurata quantificazione delle molecole di DNA da sequenziare che assicura prestazioni ottimali dello strumento. Qui, ci illustrano l&#39;utilizzo di qPCR per la quantificazione delle librerie di DNA utilizzato nel sequenziamento di nuova generazione. Inoltre, troviamo che la qPCR quantificazione pu&ograve; consentire miglioramenti all&#39;attuale Workflow NGS, compresa la riduzione della quantit&agrave; di libreria DNA necessario, aumentando l&#39;accuratezza nel DNA amplifiable misurando e di evitare bias di amplificazione riducendo o eliminando la necessit&agrave; di amplificare il DNA prima di sequenziamento.

Rapida quantificazione delle librerie del DNA per il sequenziamento di nuova generazione.

&#x6B21;&#x4E16;&#x4EE3; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; &#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x30D5;&#x30ED;&#x30FC; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3059;&#x308B; DNA &#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x6B63;&#x78BA;&#x306A;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5316;&#x3068;&#x697D;&#x5668;&#x306E;&#x6700;&#x9069;&#x306A;&#x30D1;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30DE;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x4FDD;&#x8A3C;&#x3059;&#x308B;&#x5FC5;&#x8981;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x6B21;&#x4E16;&#x4EE3;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3067;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x308B; DNA &#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x306E;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5316;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E; qPCR &#x306E;&#x4F7F;&#x7528;&#x3092;&#x30C7;&#x30E2;&#x30F3;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x306F; qPCR &#x5B9A;&#x91CF;&#x5316;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA; &#x30C7;&#x30B8;&#x30BF;&#x30EB;&#x30D7;&#x30EA;&#x30C7;&#x30A3;&#x30B9;&#x30C8;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3; DNA &#x306E;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5316;&#x306E;&#x7CBE;&#x5EA6;&#x306E;&#x5411;&#x4E0A;&#x3068;&#x524A;&#x6E1B;&#x3084;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x524D;&#x306B; DNA &#x3092;&#x5897;&#x5E45;&#x3059;&#x308B;&#x5FC5;&#x8981;&#x304C;&#x306A;&#x304F;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x5897;&#x5E45;&#x30D0;&#x30A4;&#x30A2;&#x30B9;&#x3092;&#x56DE;&#x907F;&#x3059;&#x308B;&#x306E;&#x306B;&#x5FC5;&#x8981;&#x306A; DNA &#x306E;&#x91CF;&#x3092;&#x524A;&#x6E1B;&#x3059;&#x308B;&#x306A;&#x3069;&#x3001;&#x73FE;&#x5728;&#x306E; NGS &#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x30D5;&#x30ED;&#x30FC;&#x3078;&#x6539;&#x5584;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x898B;&#x3064;&#x3051;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

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&#xCC28;&#xC138;&#xB300; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; DNA &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xC758; &#xAE09;&#xC18D; &#xD55C; &#xC815;&#xB7C9;&#xD654;.

Los flujos de trabajo de la secuencia de ADN de pr&oacute;xima generaci&oacute;n requieren una cuantificaci&oacute;n precisa de las mol&eacute;culas de ADN para ser secuenciado que asegura un rendimiento &oacute;ptimo del instrumento. Aqu&iacute;, demostramos que el uso de qPCR para la cuantificaci&oacute;n de las bibliotecas de ADN utilizado en la generaci&oacute;n de la secuencia. Adem&aacute;s, encontramos que la qPCR cuantificaci&oacute;n puede permitir mejoras a los actuales flujos de trabajo NGS, incluyendo la reducci&oacute;n de la biblioteca de ADN necesario, aumentar la precisi&oacute;n en la cuantificaci&oacute;n de ADN amplificable y evitar el sesgo de amplificaci&oacute;n reduciendo o eliminando la necesidad de amplificar ADN antes de la secuencia.

Rachel Formosa

Agilent Technologies

DNA-based Fish Species Identification Protocol