Böbrekler, üst karın bölgesinde bulunan iki büyük fasülye şeklinde organdır. Toksinleri uzaklaştırmak ve dolaşım sisteminin su ve elektrolitlerini böbrek damarları yoluyla dengelemek için günde birkaç kez kanı filtrelerler. Böbrekler, renal arterler yoluyla doğrudan kalpten kan alır. Bu arterler, fasulyenin içbükey yüzeyi olan hilumdan böbreğe girer, burada dallanır ve daha küçük damarlara ve kılcal damarlara bölünürler.

Böbrek korteksi, böbreğin kalın dış tabakasıdır. Kılcal damarların böbrek tübülünün ucuyla yakın temas ettiği renal korpuskülleri barındırır. Tübülün veya Bowman kapsülünün ucu, bir top gibi görünen glomerulus adı verilen kılcal damar ağını çevreler. Kılcal damarların bu olağandışı düzenlemesi, böbrek tübülünün ucunun ve kılcal damarların etkileştiği yüzey alanını arttırır. Kıvrık tübüller Bowman kapsülünden renal korteksin altındaki doku olan renal medullada bulunan Henle kulbuna uzanır.

Kortikal intrüzyonlar medullayı çoklu böbrek piramitlerine bölerler. Her piramidin tepesi hilum bölgesine doğru bakar, böylece toplama kanallarını renal pelvisteki kalikslere boşaltır. Pelvis dolduğunda, idrar üretere boşaltılır. Üreter, böbrekleri idrarın atılmadan önce depolandığı mesaneye bağlar.

Renal korpuskül, proksimal ve distal kıvrık tübüller, Henle kulbu ve toplama kanalları böbreğin fonksiyonel birimi olan nefronu oluşturur. Nefron, suyu ve elektrolitleri yeniden emmek ve toksinleri atmak için kanı filtreler. Her insan böbreğinde yaklaşık 1 milyon nefron vardır.

Bir kişi böbreğini bağışladığında, yani nefron sayısını yarıya indirdiğinde, kalan böbreğin boyut ve hacmi artarak durumu telafi eder. Bağışçılar, ölüm riskinde bir artış olmadan bağıştan sonra sağlıklı bir yaşam sürebilirler. Bununla birlikte, bazı donörlerde tek kalan böbreğin yoğun çalışması sebebiyle yüksek tansiyon gelişebilir.

Böbrek taşları, çözünen aşırı doygunluğun bir sonucudur (en yaygın olarak kristalize olan ve agregat oluşturan kalsiyum taşları). Kalsiyumun aşırı doygunluğu, kalsiyumun emildiği Henle kulbunda meydana gelebilir. Yeterli filtrat hacmi yoksa, kalsiyum toplama kanallarından ve böbrek pelvisine doğru hareket ederken kristalleşebilir ve toplanabilir. En taşları belirti vermeden geçmesi; ancak eğer bir taş blok için yeterince büyük değilse, önemli ağrıya neden olabilir. Çoğu taş semptom vermeden atılabilse de üreteri tıkayacak kadar büyük taşlar şiddetli ağrıya sebep olabilir.