Filogeni, organizmaların veya organizma gruplarının evrimsel çeşitlenmesiyle ilgilenir. Takson, canlıların sınıflandırılmasında, alemden alt türe kadar bir hiyerarşi içinde düzenlenmiş tüm birimlerin ortak adıdır. Taksa, evrimsel hiyerarşinin farklı seviyelerini kapsayabilir. Örneğin, tüm kuşları içeren grup bir taksondur ( kuşgiller sınıfını içerir) ve tüm papatya türlerinin grubu (Bellis) bir taksondur. Filogenez da aynı şekilde yalnızca bir cins içerebilir (yani tür ilişkilerini tasvir edebilir) veya tüm bir krallığı kapsayabilir.

Tipik olarak, filogeni bir ağaçla temsil edilir. İlgili her takson dalın ucunda gösterilir ve dallar bu taksonlar arasındaki ilişkiyi temsil eder. Yakın akraba taksonlar genomlarının daha büyük bir bölümünü paylaşır ve bu da morfolojik benzerliklerle sonuçlanır. Kardeş taksonlar, ortak bir düğüm tarafından temsil edilen ortak bir atayı paylaşırlar.

Ağaçtaki düğümler, taksonları ayıran bir morfolojik özelliği veya moleküler değişikliği gösterir. Belirli bir düğüme doğrudan bağlanan tüm taksonların ortak bir atası vardır. Dolayısıyla ağacın kökü, ağaçtaki tüm taksonların paylaştığı atadır. Kökü olmayan bir ağaç, taksonların ilişkisini temsil eder ancak paylaşılan ortak ata hakkında bilgi sağlamaz.

Bir ağacın dallarının uzunluğunun bir anlamı olabilir veya olmayabilir. Ölçekli bir ağaçta dalın uzunluğu, taksonların ortak bir atadan evrimleşmesinden bu yana meydana gelen değişikliklerin sayısını veya zamanı temsil edebilir.