Филогения занимается эволюционным разнообразием организмов или групп организмов. Группа организмов с названием называется таксоном. Таксоны могут охватывать разные уровни эволюционной иерархии. Например, группа, содержащая всех птиц, является таксоном (включая класс Aves ), и группа всех видов маргариток (род Bellis ) является таксоном. Филогения также могут включать только один род (т. е. отображать взаимоотношения видов) или охватывать все царство.

Обычно филогения представлена ​​деревом. Каждый представляющий интерес таксон изображен на вершине ветви, и ветви представляют взаимосвязь между этими таксонами. Близкородственные таксоны имеют большую часть своего генома, что приводит к морфологическому сходству. Сестринские таксоны имеют непосредственного общего предка, представленного общим узлом.

Узлы на дереве отображают морфологические характеристики или молекулярные изменения, которые различают таксоны. Все таксоны, которые напрямую связаны с конкретным узлом, имеют недавнего общего предка. Следовательно, корень дерева является общим предком для всех таксонов в дереве. Дерево без корня представляет взаимосвязь таксонов, но не предоставляет информацию об общем общем предке.

Длина ветвей дерева может иметь, а может и не иметь значение. В масштабируемом дереве длина ветви может представлять время или количество изменений, произошедших с тех пор, как таксоны произошли от общего предка.