La fillologia si occupa della diversificazione evolutiva di organismi o gruppi di organismi. Un gruppo di organismi con un nome è chiamato taxon. Taxa può estendersi su diversi livelli della gerarchia evolutiva. Ad esempio, il gruppo che contiene tutti gli uccelli è un taxon (che comprende la classe Aves),e il gruppo di tutte le specie di margherite (il genere Bellis) è un taxon. Le filogenie possono anche includere un solo genere (cioè, rappresentare le relazioni di specie) o abbracciare un intero regno.

In genere, la filoria è rappresentata da un albero. Ogni taxon di interesse è raffigurato sulla punta della filiale e le filiali rappresentano il rapporto tra questi taxa. I taxa strettamente correlati condividono una porzione più ampia del loro genoma, con conseguente somiglianze morfologiche. Sorella taxa condividono un antenato comune immediato, rappresentato da un nodo condiviso.

I nodi nell'albero raffigurano un cambiamento morfologico caratteristico o molecolare che differenzia i taxa. Tutti i taxa che si connettono direttamente a un nodo specifico condividono un predecessore comune recente. Quindi, la radice dell'albero è l'antenato condiviso da tutti i taxa nell'albero. Un albero senza una radice rappresenta il rapporto di taxa ma non fornisce informazioni sull'antenato comune condiviso.

La lunghezza dei rami di un albero può o non può avere un significato. In un albero in scala, la lunghezza del ramo può rappresentare il tempo o il numero di cambiamenti che si sono verificati dopo l'evoluzione dei taxa da un antenato comune.