Sentromer, her kromozomda bulunan, daraltılmış bir bölgedir;burada, hücre bölünmesinin anafazı sırasında kromatitlerin aslına uygun şekilde ayrılmasını sağlamak için kinetokor ve mikrotübüller bir araya gelir. Çoğu ökaryotta, sentromer iki kromatin bölgesine bölünür:sentromer çekirdeği ve perisentrik heterokromatin bölgesi. Tüm ökaryotlarda sentromer çekirdeği, sentromer protein A veya CENP-A olarak adlandırılan, bir çekirdek histonu H3 varyantı içerir.

Diğer üç çekirdek histonu olan H2A, H2B, H4 ile birlikte CENP-A, sentromere özgü nükleozomu oluşturur. CENP-A'nın işlevsel C-terminal kat bölgesi, ökaryotlar arasında yüksek oranda korunmuştur. Ancak, proteinin N-terminal kuyruğu, hem boyut hem de dizi açısından önemli farklılıklar gösterir.

Sakkaromiçes serevisia mayasındaki sentromer çekirdekleri, tek bir mitotik iğsiye bağlı tek bir CENP-A nükleozomu içerir. Bu nedenle, bunlar nokta sentromerler olarak adlandırılır. Bu çekirdek sentromer bölgesi, yaklaşık 125 baz çift, AT-zengini perisentrik DNA dizileri ile çevrilidir.

Bu bölge, metillenmiş histon H3 içeren nükleozomlarla karakterizedir. Sentromer kromatini, kinetokor ve mikrotübüller ile etkileşim için, CENP-A içeren nükleozomları açığa çıkaran üç boyutlu bir yapı oluşturur. Buna karşılık, insan kromozomlarının sentromer çekirdeği, değişimli olarak sıralanmış CENP-A nükleozomlarına ve normal H3 nükleozomlarına sahiptir.

Bu, normal H3 nükleozomları dimetillenmiştir. Bu sırayla değişen bloklar, beş megabaz uzunluğuna ulaşabilir ve çoğunlukla, perisentrik heterokromatin DNA ile çevrili, alfa uydu DNA adı verilen, kısa ve tekrarlanan AT-zengini DNA dizileri içerir. CENP-A'nın nükleozomlara yüklenmesinin zamanlaması da türler arasında farklılık gösterir.

Örneğin, insanlarda anafaz ve G1 fazları arasında yüklenirken, bitkilerde yükleme geç G2 fazında gerçekleşir.