O centrômero é uma região contristada em cada cromossoma, onde o cinetócoro e os microtúbulos se juntam assegurar a separação fiel da célula cromática durante a anáfase da divisão da célula. Na maioria dos eucariontes, o centrómero é dividido em dois domínios de cromatina, o núcleo centrómero e a heterocromatina na região Pericéntrica. O núcleo do centrómero em todos os eucariontes contém uma variante da histona do núcleo H3, chamada proteína do centrómero A ou CENP-a.

junto com as três outras histonas do núcleo, H2A, H2B, H4, o CENP-A forma o centrómero nucleossoma-específico. O domínio funcional da dobra do C-terminal do CENP-A é altamente conservado entre eucariontes. No entanto, a cauda N-terminal da proteína mostra variações significativas, tanto em tamanho como em sequência.

Os núcleos de centrómeros na levedura Saccharomyces cerevisiae contêm um único CENP-UM nucleossomo anexado a um único fuso mitótico. Por isso, estes são conhecidos como centrómeros do ponto. Esta região centrómera do núcleo é ladeada por aproximadamente 125 pares da base do DNA pericêntrico rico em sequências.

Esta região é caracterizada por nucleossomas contendo histona metilada H3.A cromatina centrômero forma uma estrutura tridimensional para expor o CENP-A contendo nucleossomas para interação com o cinetócoro e os microtúbulos. Em contraste, o núcleo centrômero de cromossomos humanos arranjou alternativamente o núcleo de nucleossomas CEFP-A e nucleossomas H3 regulares. Estes nucleossomas H3 regulares são dimetilados.

Estes blocos alternados podem se estender até cinco megabases de comprimento e contêm, em grande parte, sequencias curtas repetidas ricas em DNA chamados DNA alfa satélite, ladeado por DNA heterocromatino pericêntrico. O tempo de carregamento do CENP-A para os nucleossomas também difere entre espécies. Por exemplo, enquanto em humanos é carregado entre as fases da anáfase e G1, em plantas a carga ocorre na fase G2 tardia.