Ökaryotik hücrelerde, RNA polimeraz tarafından yapılan transkriptler çekirdekten çıkmadan önce modifiye edilir ve işlenir. İşlenmemiş RNA, olgun mRNA'dan ayırt edilmesi için öncü mRNA veya pre-mRNA olarak adlandırılır.

Yaklaşık 20-40 ribonükleotid, RNA polimeraz ile birleştirildikten sonra, bir grup enzim, büyüyen transkriptin 5’ ucuna bir “başlık” ekler. Bu süreçte, bir 5’ fosfat, kendisine bağlı bir metil grubu olan modifiye edilmiş guanozin ile değiştirilir. Bu 5 ’ başlık, hücrenin mRNA'yı hücredeki diğer RNA türlerinden ayırt etmesine yardımcı olur ve sonraki translasyonda rol oynar.

Transkripsiyon sırasında veya kısa bir süre sonra, spliceozom adı verilen büyük bir kompleks, pre-mRNA transkriptinin çeşitli kısımlarını keserek geri kalan sekansları yeniden birleştirir. Transkriptte kalan RNA dizilerine “eksonlar” (ifade edilen diziler) denmesine karşın kaldırılan kısımlar "intron" olarak adlandırılır. İlginç bir şekilde, tek bir RNA segmenti, bir hücre tipinde bir ekson ve diğerinde bir intron olabilir. Benzer şekilde, tek bir hücre, alternatif olarak eklenmiş bir gen transkriptinin birden çok varyantını içerebilir ve bu da tek bir genden birden çok proteinin üretilmesini sağlar.

Transkripsiyon tamamlandığında, bir enzim pre-mRNA molekülünün 3 ’ ucuna yaklaşık 30-200 adenin nükleotidi ekler. Bu poli-A kuyruğu, mRNA'yı sitoplazmada bozulmaya karşı korur. Olgun mRNA daha sonra translasyon için çekirdekten çıkar.